機能的四倍体であるアムールチョウザメの分子遺伝マーカー開発

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 26450256
• Research Institution: Hokkaido University
• Principal Investigator: 東 典子 北海道大学, 水産科学研究科(研究院), 特任助教 (20374704)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: 水産養殖の遺伝的管理 / アムールチョウザメ / マイクロサテライトマーカー / 倍数性

Outline of Annual Research Achievements

倍数性の高いアムールチョウザメ（進化的8倍体、機能的4倍体とされる）において、親子判定や系統解析に有効なマイクロサテライト（STR）マーカーとその解析方法の開発を目的として研究を行っている。昨年度までに、アムールチョウザメのSTRマーカー開発のためゲノム内の繰り返し配列を抽出し、増幅可能で多型・遺伝子型判別が期待できるPCRプライマーセットを300組設計できたので、今年度はそれらについて2個体のゲノムを用いて、まず、PCR増幅可能かどうかを一次選抜した。増幅できた200座については、5’側にM13相補的配列を付加したtailed primerと、蛍光物質FAMを付加したM13プライマーを混合した蛍光標識PCRで、PCR条件、特に正確な増幅ができるアニーリング温度について精査した。PCR産物は3130ジェネティックアナライザで増幅断片長解析を行い、遺伝子型判定によって、有効性(増幅能、多型、遺伝子型判別能）を検定し、二次選抜を行った。その結果選抜された有望なマーカーについてはさらに、2個体(親）＋14個体(子）のゲノムを用いて、親子判定が可能か(子に出るアリルは必ず親にあるか）を確認した。さらに、既報のアムールチョウザメSTRマーカーについても同様の選抜を行った。その結果、30座の有効なマーカーを得た。また、最初に用いた家系(親2+子38)以外に、別の家系(親2+子30、親0＋子29）、別家系の飼育個体(18）、野生魚（海洋由来来遊魚3)の組織標本またはゲノムを調製し、来年度の解析に備えた。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の目標通り30座のマーカーが選抜できている

Strategy for Future Research Activity

マーカー選抜に用いた家系の子の個体数を追加し、また別家系の親子・兄弟のゲノムを用いて、データを蓄積するとともにさらに有効で使いやすい(判定しやすい）マーカーを絞り込む。データをバーコード化し、個体識別や解析に用いる方法を開発する。また、他の解析ソフトの応用で高倍数性の生物について家系や系統の解析ができないか、模索する。AFLP法を試し、開発したSTRマーカーとどちらが実際の現場で使いやすいか（簡便性、再現性、コストなど）比較する。

Causes of Carryover

投稿論文の英文校閲と一部消耗品の納品が3月になり、32,698円分の支払いが次年度に繰り越されたものである。

Expenditure Plan for Carryover Budget

次年度使用額については既に発注・納品されており、28年度分については当初予定通り実験消耗品費・標本採集などの旅費に使用する予定である。