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2014 Fiscal Year Research-status Report

噛み合いによる減耗を低減する切歯低形成トラフグの作出基盤の開発

Research Project

Project/Area Number 26450273
Research InstitutionFisheries Research Agency

Principal Investigator

岡本 裕之  独立行政法人水産総合研究センター, その他部局等, 研究員 (50372040)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤原 篤志  独立行政法人水産総合研究センター, その他部局等, グループ長 (30443352)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords噛み合い / トラフグ / 切歯形成遺伝子 / 突然変異
Outline of Annual Research Achievements

トラフグ変異集団全個体(845尾分)のゲノムDNAに対し、9つの分泌性カルシウム結合性リンタンパク質SCPP各遺伝子について、5’ 側から48領域(各約200bp/領域)、SPARC  (Exon2,3,4,5,6:445塩基)、SPARCL1 (Exon2,3,4:1145塩基)、SCPP1 (Exon2,3,4,5,6,7,8,9:480塩基)、SCPP2 (Exon2,3,4,5,6,7,8:661塩基)、SCPP3A (Exon2,3,4:259塩基)、SCPP3B (Exon2,3,4:289塩基)、SCPP3C Exon2,3,4:277塩基)、SCPP4 (Exon2,3,4,5,6:741塩基)、SCPP5 (Exon2,3,4,5,6,7+8:409塩基)を設定した。この全48領域(全4706塩基)に対して、NGS (Ion PGMTM)、マルチアンプリコン作製システム(Access ArrayTM)、ゲノム解析ソフト(CLCゲノミクスワークベンチ)を用いて変異塩基スクリーニングを実施し、参照配列とした親魚のゲノム配列と異なる塩基のうち、5%以下のものはシークエンサーのリードエラー、また10%以上も何らかのエラー、さらにin/delも除いた結果、アミノ酸変異を持たない変異が9カ所(SCPP2, SCPP3A, SCPP3C, SPARC)、アミノ酸変異を持つ変異が5カ所(SCPP3A:1カ所, SCPP3C:4カ所)の変異箇所が得られた。変異した塩基により、SCPP3Aではシステインがトリプトファンに、SCPP3C遺伝子ではスレオニンがアラニン(3カ所)あるいはイソロイシン(1カ所)に変異していた。SCPP遺伝子領域群で検出された変異導入率は0.0004%となり、当初の予想(0.4%程度)より低い値となり、変異が入りにくいゲノム領域である可能性が考えられた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当初の計画通り変異集団全個体のゲノムDNA に対し、9つのSCPP 遺伝子48 領域(200bp/領域)について、次世代シークエンサー、Digital PCR 等を用いて集約的に解析し、変異塩基の解析を実施し、いくつかの候補箇所を同定した。しかしながら10/30-11/3にかけて、3年間飼育した突然変異導入トラフグ約400尾がアミルウージニウム症で全滅したため予定していた免疫学的調査や変異体の選抜が実施できなくなった。

Strategy for Future Research Activity

当該年度に突然変異導入トラフグ約400尾をアミルウージニウム症ですべて喪失したため、予定していた免疫学的調査や変異体の選抜が実施できなくなり、想定外の研究計画の変更を余儀なくされた。今後は、機能欠損個体の作出については時間のかかるTILLING法は中止し、DNA編集技術(TALENあるいはCRISPR)に集中して研究を推進することとする。

Causes of Carryover

10/30-11/3にかけて、成魚となるまで飼育を続けていた変異導入トラフグおよそ400尾がアミルウージニウム症にて全滅してしまったため、当初計画していた試験ができなくなり、その分の予算が残った。そこで次年度に遺伝子編集試験を重点的に行うこととし、そのために必要なおよそ60万円の予算を繰り越した。

Expenditure Plan for Carryover Budget

遺伝子編集試験に関わる顕微注入やRNA合成、塩基配列解析等の消耗品等に使用する。

  • Research Products

    (2 results)

All 2015 2014

All Presentation (2 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Presentation] Application of mutant screening for multi-genes using next generation sequencing technology from mutagenized populations2015

    • Author(s)
      Okamoto H., Ishikawa T., Nishiki I., Iwasaki Y., Kai W. and Fujiwara A.
    • Organizer
      International Symposium Genetics In Aquaculture
    • Place of Presentation
      スペイン、サンチャゴ・デ・コンポステラ大学
    • Year and Date
      2015-06-21 – 2015-06-27
  • [Presentation] ゲノム編集によるトラフグの育種戦略2014

    • Author(s)
      岡本裕之
    • Organizer
      日本水産学会
    • Place of Presentation
      九州大学
    • Year and Date
      2014-09-19 – 2014-09-19
    • Invited

URL: 

Published: 2016-05-27  

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