2014 Fiscal Year Research-status Report
次世代シーケンサーでの網羅的遺伝子発現解析によるサケ脳の母川刷込関連分子の探索
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26450279
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
工藤 秀明 北海道大学, 水産科学研究科(研究院), 准教授 (40289575)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | サケ / 母川刷込 / 嗅覚 / 次世代シーケンサー / トランスクリプトーム / 嗅球 / 終脳 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では，北日本の重要水産物であるサケ（シロザケ Oncorhynchus keta）の母川刷込前後や産卵遡上時の母川のニオイを想起する前後に脳内で発現が消長もしくは大きく変化する分子群を次世代シーケンサーを用いた網羅的な遺伝子発現解析により同定し，その各分子について脳内における時空間的に詳細な発現解析を行い，母川刷込形成の脳内における分子機序を明らかにすることを目的としている。初年度である平成26年度は，研究計画通り初夏に北太平洋西部で本学附属練習船による手釣りにより採集した外洋索餌回遊時の未成熟魚（雌雄各1個体），秋季には北海道南部に位置する八雲町の遊楽部川が流入する噴火湾での遊漁船での手釣りにより採集した河川遡上前の成熟途上魚（雄3個体），遊楽部川の下流域および上流の産卵場付近で電気ショッカーにより採集した成熟魚（それぞれ雄2個体，雌1個体）の前脳（嗅球および終脳）をサンプリングした。常法により全RNAを抽出し，バイオアナライザーによるRNAのクオリティ確認後，計画していた所属部局の次世代シーケンサー機材の使用を止め，価格も下がり安定した結果が得られる外部委託（北海道システムサイエンス社）により上記11サンプルからのライブラリ調整，次世代シーケンサー Illumina HiSeqを用いたペアエンド法によるトランスクリプトーム解析を行い，それぞれ4,500万前後のリード数を得た。現在，納品された膨大なデータの分析を開始している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ほぼ応募書類の計画スケジュール通りに進んでいるため。
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| Strategy for Future Research Activity |
初年度の遡上前後（想起時）に前脳で発現に変化が見られる遺伝子の同定を行う解析作業を継続し，発現動態やデータベースによる既知の遺伝子との相同性から注目する遺伝子を絞り込む。その後，最終年度（平成28年度）に機器を購入して実施予定であったリアルタイムPCRによる詳細な発現解析を計画変更による前倒しで母川刷込関連遺伝子候補をさらに絞り込む。合わせて，春季に降河時のサケ幼稚魚と再び夏季の外洋索餌回遊時の未成熟魚の採集を行い，降河時に消長する遺伝子を見出だすためのトランスクリプトーム解析を実施する予定である。
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| Causes of Carryover |
外部委託解析を行った次世代シーケンサーの納品（約100万円）が年度末近い3月19日だったため，会計システム上、翌月の引き落としになるため会計の数字上はこのように多額の次年度使用額が生じたようになっている。しかしながら，実質は3万円のみが次年度使用額として繰り越しとなっている。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
実際の次年度使用額は3万円であるため，遺伝子解析試薬等の補充に使用する予定である。
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