2015 Fiscal Year Research-status Report
MicroRNAプロファイリングによる頸動脈石灰化粥腫の安定化機構の解明
| Project/Area Number |
26462169
|
|---|
| Research Institution | Nagoya City University |
|---|
Principal Investigator |
片野 広之 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (30295612)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山田 和雄 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (90150341)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
|
| Keywords | carotid endarterectomy / calcium score / miRNA / microarray / RT-PCR |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
対象とするヒト頸動脈プラークは、頸動脈内膜剥離術によって摘出した標本（摘出後ただちにRNA later処理）を用いた。石灰化含有度の評価は術前MDCTAでのカルシウムスコアで行った。標本を粉砕処理しRNAを抽出、RNeasy lipid tissue mini kit (QIAGEN)を用いて精製、2100 BioanalyzerにてRNA qualityを確認しcDNAを合成、Cyanin 3-CTP、Cyanin 5-CTPでAgilent linear Amplification kits (Agilent)を用いてラベルし、Cy3-sample cRNA および Cy5-reference cRNA をAgilent rat oligo microarrays (～20,000 unique 60 mer oligonucleotides) Agilent hybridization solutionとともに60℃でハイブリダイゼーションさせた。Agilent DNA Microarray Scanner (G2565BA) でアレイをスキャンし Feature Extraction softwareで検出した。高石灰化群 vs 低石灰化群比較においてTGS>50 かつ Log2 >1 かつ FDR< 0.05 となる10miRNA, 個別比較10対から5miRNA, その他4miRNAを抽出した。control small RNA, miRNA3種及びSpike-in2種類を含め24 primer setについてRT-PCR施行中である。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
microarrayを効率よく施行するため試料収集に時間をかけたため。
|
| Strategy for Future Research Activity |
RT-PCRの結果にて、高発現のmiRNAについて、さらにPCRにてtarget geneを特定する。
|
| Causes of Carryover |
microarrayを効率よく施行するため試料収集に努め次年度の使用となったため。
|
| Expenditure Plan for Carryover Budget |
収集した試料についてmicroarrayおよびRT-PCRを施行しtarget geneを特定していく。
|
