2016 Fiscal Year Annual Research Report
Development of genetic diagnosis for Japanese Retinitis Pigmentosa patients using next generation sequencer
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26462659
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| Research Institution | Hamamatsu University School of Medicine |
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Principal Investigator |
堀田 喜裕 浜松医科大学, 医学部, 教授 (90173608)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山本 修一 千葉大学, 大学院医学研究院, 教授 (20230550)
寺崎 浩子 名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (40207478)
細野 克博 浜松医科大学, 医学部, 助教 (60402260)
高橋 政代 国立研究開発法人理化学研究所, 多細胞システム形成研究センター, プロジェクトリーダー (80252443)
蓑島 伸生 浜松医科大学, 光尖端医学教育研究センター, 教授 (90181966)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 遺伝性網膜変性 / 遺伝子変異解析 / 次世代シークエンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
網膜色素変性(RP)は、失明に至る遺伝性、進行性の疾患群であり、網膜を原発性、びまん性に障害する。RPは常染色体優性遺伝(ad)、常染色体劣性遺伝(ar)、X連鎖性の遺伝形式が知られる。これまでに80個以上の原因遺伝子が同定され、遺伝的異質性が知られている。
我々は、100名のarRP患者を収集し、arRP原因遺伝子のEYSとUSH2Aの変異探索を行い、上記2遺伝子がわが国のarRPの約2割を占める事を明らかにし、眼科領域の遺伝子診断の一般化に大きく道を開く事になった (Hosono et al., PLoS One 2012, Zhao et al., J.Hum.Genet. 2014)。本研究はこの研究成果をさらに発展させ、日本人の遺伝性網膜変性患者を効率よくスクリーニングできる遺伝子診断システムの構築を目的とした。本年度は収集した遺伝性網膜変性患者の原因遺伝子の変異探索を実施し、以下の結果が得られた。
浜松医科大学眼科を受診した2名のRP(患者ID: HM0046, HM0047)に対して次世代シークエンサー(NGS)を用いて変異探索を行った。解析対象として既報告のRPとLCAの原因遺伝子74個を選択し、ターゲット領域のライブラリー作成は、HaloPlex Target Enrichment kit(アジレント社)を用いた。NGSは本学先端機器共用推進部のMiSeq(イルミナ社)を使用した。
NGSデータから原因変異の絞込みを行った結果、HM0046よりadRPの原因遺伝子PRPF31にp.(R354*)のヘテロ接合変異を抽出した。また、HM0047よりPRPF31にp.(S145fs)のヘテロ接合変異を抽出した。
NGSによる遺伝子診断の結果、上記患者らの原因遺伝子としてPRPF31の寄与が示唆された。RPの遺伝子診断に本研究で構築した遺伝子診断システムは有効であった。
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[Journal Article] Novel HPS6 mutations identified by whole-exome sequencing in two Japanese sisters with suspected ocular albinism2016
Author(s)
Miyamichi D, Asahina M, Nakajima J, Sato M, Hosono K, Nomura T, Negishi T, Miyake N, Hotta Y, Ogata T, Matsumoto N.
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Journal Title
Journal of Human Genetics
Volume: 61(9)
Pages: 839-842
DOI
Peer Reviewed
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