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2014 Fiscal Year Research-status Report

真核細胞における遺伝子発現ノイズの制御機構

Research Project

Project/Area Number 26650055
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

谷口 雄一  独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, ユニットリーダー (90556276)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords1分子・1細胞生物学 / 生物物理学 / システム生物学 / 超高感度顕微鏡技術 / 微細加工技術 / 生命反応の物理
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、真核細胞(出芽酵母)における遺伝子発現の諸過程を1分子レベルで追跡する解析技術を確立し、真核細胞特有の遺伝子発現ノイズの制御メカニズムの解明を目指している。本年度においては、遺伝子発現の中途産物であるmRNA、並びに最終産物であるタンパク質の発現を細胞内において可視化するプローブ系の確立を行った。タンパク質発現の解析を行うにあたり、細胞内のゲノムDNA内の特定遺伝子のコード領域に、蛍光タンパク質であるVenusの配列の挿入を行った。挿入によりタンパク質の発現と共役して蛍光タンパク質が発現されるようになるため、その数を1分子蛍光顕微鏡を用いて捉えることでタンパク質発現数の定量化が可能となる。一方でmRNA発現の解析を行うにあたり、同じ遺伝子のmRNAの3’非翻訳領域にPP7タンパク質の結合配列のリピートを挿入すると共に、PP7タンパク質と赤色蛍光タンパク質の融合体を恒常的に発現するカセットの挿入を行った。これにより、mRNAの発現と共役して複数の蛍光タンパク質からなる蛍光スポットが発生するようになり、それをカウントすることでmRNA発現数の定量化が可能となる。
申請者は並列して、細胞内の蛍光スポットの数を定量化するための測定・解析システムの開発も進めている。代表者はライトシート型蛍光顕微鏡に、ピエゾステージを基盤とした高速3次元スキャンシステムを導入し、細胞の任意の焦点面において蛍光スポットが観察できることを確認した。しかしながら、得られた蛍光スポットはシグナル強度が弱く、全てのスポットを検出することが容易ではないと判断されたため、現在、シグナル増強のためのプローブ系のさらなる改良と、微弱なスポットを捉えることができる画像処理システムの開発を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本年度はプローブ系の確立のみを行う予定であったが、現段階でほぼ達成し、すでに測定システムの構築に向けた取り組みを進めており、当初の計画より大きく進展していると考える。その他の項目も計画通り遂行されている。

Strategy for Future Research Activity

研究計画は現在のところ順調に進捗しており、今後も研究計画に変更無く研究を進める予定である。また、当初の計画より進展した部分に関しては計画を前倒しする予定である。

  • Research Products

    (10 results)

All 2015 2014

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 4 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] 1細胞遺伝子発現動態のゲノムワイド解析とモデル化2015

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Journal Title

      細胞工学

      Volume: 34 Pages: 251-257

  • [Journal Article] 細菌の意思決定2014

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Journal Title

      パリティ

      Volume: 29 Pages: 12-21

  • [Journal Article] 1細胞遺伝子発現解析2014

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Journal Title

      生体の化学

      Volume: 65 Pages: 410-411

  • [Journal Article] Protein expression analyses at the single cell level2014

    • Author(s)
      Ohno, M., Karagiannis, P., Taniguchi, Y.
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 19 Pages: 13932-13947

    • DOI

      10.3390/molecules190913932.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 一細胞遺伝子発現動態のゲノムワイド解析とモデル化2015

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Organizer
      物性談話会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(名古屋市)
    • Year and Date
      2015-01-23 – 2015-01-23
    • Invited
  • [Presentation] 単一大腸菌細胞における遺伝子発現のゆらぎ・ばらつきの定量化2014

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Organizer
      日本顕微鏡学会超微形態解析研究部会主催研究会
    • Place of Presentation
      帝京平成大学(豊島区)
    • Year and Date
      2014-11-22 – 2014-11-22
    • Invited
  • [Presentation] 全ゲノムスケールでの遺伝子発現ノイズ・動態の1分子レベルでの定量化2014

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Organizer
      第87回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都市)
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-15
    • Invited
  • [Presentation] Mining genome-wide datasets of single-cell gene expressions at single-molecule resolution2014

    • Author(s)
      Taniguchi, Y.
    • Organizer
      52th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Sapporo convention center (Sapporo, Japan)
    • Year and Date
      2014-09-27 – 2014-09-27
    • Invited
  • [Book] 1分子ナノバイオ計測(野地博行著) 13章:転写翻訳1細胞定量測定2014

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Total Pages
      9
    • Publisher
      化学同人
  • [Patent(Industrial Property Rights)] Microscope, focusing unit, fluid holding unit, and optical unit2014

    • Inventor(s)
      Taniguchi, Y., Nishimura, K.
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人理化学研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2014/059883
    • Filing Date
      2014-04-03
    • Overseas

URL: 

Published: 2016-05-27  

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