2016 Fiscal Year Annual Research Report
ＤＮＡ変換酵素のスライディングと共役した酵素活性機構の動的構造基盤の解明
Publicly Offered Research
| Project Area | Novel measurement techniques for visualizing 'live' protein molecules at work |
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| Project/Area Number |
15H01634
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
永田 崇 京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (10415250)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | NMR / APOBEC / 実時間計測 / 脱アミノ化 / AFM |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度はまず、がんの原因変異を引き起こすシチジン脱アミノ化酵素APOBEC3B（A3B）について、NMR実時間解析を行った。A3Bは一本鎖DNA（ssDNA）に含まれるTC配列を脱アミノ化してTU配列に変換する。今回、A3Bは短いssDNAに含まれるTC配列に対して高い活性を示すこと、また長いssDNAにおいては、末端領域よりも中心領域に含まれるTC配列に対して高い活性を示すこと等を明らかにした。これらの性質は、同じAPOBECファミリーの抗HIV1因子APOBEC3G（A3G）の性質とは大きく異なる。A3Gは長いssDNAに含まれるシチジンに対して高い活性を示すとともに、シチジンの位置依存性に関しては3’→5’極性を有することを、我々は明らかにして来た。A3Bについて得られた新しい知見について論文を作成し、海外学術誌に投稿した。今後は高速AFM観察により、A3BとA3Gの異なる機能発現機構を明らかにする。
一方昨年度は、A3GがssDNA上をスライディングする姿を高速AFMで観察することを試みて、問題点と改善の指針を得ていた。今年度はそれを踏まえて、ssDNAの向きを決められる系を構築するとともに、ssDNAが比較的弱く固定化出来る条件を検討した。前者により、A3GがssDNA上を動く際の向きを知ることができ、後者により、ssDNAの固定化が及ぼすA3Gの動きへの影響を抑えることが出来る。領域内共同研究により更なる条件検討を進めている。
新たにはじめた核酸のin-cell NMRについては、ヒト培養細胞に導入した核酸のNMRスペクトルを世界に先駆けて得ることに成功していた。今年度は、細胞内環境、疑似細胞内環境及び試験管内環境における核酸のスペクトルを比較した。異なる環境への感受性は核酸配列または構造により異なることがわかった。現在論文作成と追加実験を進めている。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Molecular Landscape of the Ribosome Pre-initiation Complex during mRNA Scanning: Structural Role for eIF3c and Its Control by eIF52017
Author(s)
Obayashi E, Luna RE, Nagata T, Martin-Marcos P, Hiraishi H, Singh CR, Erzberger JP, Zhang F, Arthanari H, Morris J, Pellarin R, Moore C, Harmon I, Papadopoulos E, Yoshida H, Nasr ML, Unzai S, Thompson B, Aube E, Hustak S, Stengel F, Dagraca E, Ananbandam A, Gao P, Urano T, Hinnebusch AG, Wagner G, Asano K.
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Journal Title
Cell Report
Volume: 18
Pages: 2651-2663
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Presentation] リグノセルロースの糖－リグニン複合体とその酵素反応の解析2017
Author(s)
西村 裕志,左近 静香, Jenny Arnling Baath, Amanda Ristinmaa, Johanna Nilsson, Gunnar Westman, Lisbeth Olsson, 永田 一真, 永田 崇, 片平 正人, 渡辺 隆司
Organizer
第67回日本木材学会大会
Place of Presentation
九州大学（福岡市）
Year and Date
2017-03-17 – 2017-03-19
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[Presentation] Non-coding RNA/DNA recognition by TLS/FUS that causes repression of cyclin D1 transcription and telomere elongation2016
Author(s)
Kondo, K., Mashima, T., Oyoshi, T., Yoneda, R., Kurokawa, R., Nagata, T. and Katahira, M.
Organizer
The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
Place of Presentation
熊本大学（熊本市）
Year and Date
2016-09-27 – 2016-09-29
Int'l Joint Research
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[Presentation] Accurate and molecular-size-tolerant NMR quantitation of diverse compounds, and real-time monitoring of enzymatic reaction2016
Author(s)
Okamura, H., Kamba, K., Nishimura, H., Kigawa, T., Watanabe, T., Nagata, T., Katahira, M.
Organizer
The XXVIIth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
Place of Presentation
国立京都国際会館（京都市）
Year and Date
2016-08-21 – 2016-08-26
Int'l Joint Research
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[Presentation] Analysis of molecular interaction of peptides with lignin for lignocellulosic biorefinery2016
Author(s)
Watanabe, T., Yamaguchi, A., Oshiro, S., Suetomi, T., Nishimura, H., Nagata, T., Mashima, T., Katahira, M., Isozaki, K., Takaya, H. and Nakamura, M.
Organizer
4th Symposium on Biotechnology applied to Lignocelluloses
Place of Presentation
CSIC downtown Campus (Madrid)
Year and Date
2016-06-19 – 2016-06-22
Int'l Joint Research
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