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2017 Fiscal Year Annual Research Report

微生物集団が示す特異な動的秩序形成機構の解明とその制御

Publicly Offered Research

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 16H00765
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

山本 量一  京都大学, 工学研究科, 教授 (10263401)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Keywordsシミュレーション / 微生物 / 細胞 / 集団運動
Outline of Annual Research Achievements

本研究は「微生物集団が示す特異なダイナミクスの解明とそのハンドリング機構の基礎付け」を目的とするものであり,平成29年度は以下の成果を得ることに成功した.
細胞の大規模な集団運動のメカニズムは大きな謎となっており,生物学・医学・物理学などの様々な分野において研究者の興味を引きつけている.一般的に,細胞はその内部で起こる複雑な生化学プロセスを利用して周りの状況に応答する.例えば,複数の細胞が接触するような状況が発生すると,お互いに避けるような運動が応答として得られる.この現象は「細胞遊走の接触阻害(Contact inhibition of locomotion)」と呼ばれ,細胞の集団運動の発現に重要な役割を果たしていると信じられている.本研究では,非常に簡単な細胞モデルを用いて,実際の細胞集団が示す種々の複雑な集団運動を再現することに成功した.このモデルでは,基板上を遊走する細胞をバネでつながった2つの円盤として表現し,細胞の伸びに依存した推進力を導入することで接触阻害の効果を取り入れている.このような簡単なモデルにも関わらず,細胞が他の細胞と接触すると減速することや,基板上の細胞数密度の増加とともに不動状態に陥ることを正しく再現し,細胞の形が集団運動に大きな影響を与えることを示した.さらに,前部の円盤が後部より大きい場合に多数の細胞が同じ方向に集団移動が出現しやすいことを見出し,実際の遊走細胞の形との類似性を指摘した.

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] 基板上で遊走?増殖する細胞集団のモデリング2018

    • Author(s)
      山本 量一、Molina John J.、Schneider Simon K.
    • Journal Title

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      Volume: 17 Pages: 14~19

    • DOI

      10.2477/jccj.2018-0003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanics of Cell Crawling by Means of Force-free Cyclic Motion2018

    • Author(s)
      Tarama Mitsusuke、Yamamoto Ryoichi
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 87 Pages: 044803~044803

    • DOI

      10.7566/JPSJ.87.044803

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Collective motion of cells crawling on a substrate: roles of cell shape and contact inhibition2017

    • Author(s)
      Schnyder Simon K.、Molina John J.、Tanaka Yuki、Yamamoto Ryoichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 5163

    • DOI

      10.1038/s41598-017-05321-0

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Particle-based model for crawling and proliferating cells with contact inhibitions2018

    • Author(s)
      Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      2018 Aspen Winter Conference on Fundamental Problems in Active Matter
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Colony growth of cells on a substrate2018

    • Author(s)
      Simon Schnyder
    • Organizer
      Active Matter Workshop
  • [Presentation] Mechanosensitivity of crawling cells2018

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Active Matter Workshop
  • [Presentation] 基盤上を運動する細胞の力学モデル2018

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      研究会「凝縮系の理論化学」
    • Invited
  • [Presentation] 細胞分裂を考慮した自発運動粒子モデルによる創傷治癒のシミュレーション2018

    • Author(s)
      松田拓也
    • Organizer
      研究会「凝縮系の理論化学」
    • Invited
  • [Presentation] Particle-based Model for Crawling and Proliferating Cells with Contact Inhibitions2018

    • Author(s)
      山本量一
    • Organizer
      新学術領域研究「動的秩序と機能」第6回国際シンポジウム
  • [Presentation] Mechanosensitivity of Crawling Cells2017

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      Complex Motion in Fluids
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanosensitivity of Crawling Cells2017

    • Author(s)
      John Molina
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 微生物集団が示す特異な動的秩序形成機構の解明とその制御2017

    • Author(s)
      山本量一
    • Organizer
      科研費新学術領域研究「動的秩序と機能」2017全体班会議
  • [Presentation] A par-cle-based minimal model for crawling and prolifera-ng cells on substrate2017

    • Author(s)
      山本量一
    • Organizer
      日本生物物理学会第55回年会
    • Invited
  • [Remarks] KAPSEL HomePage

    • URL

      http://www-tph.cheme.kyoto-u.ac.jp/kapsel/

URL: 

Published: 2018-12-17  

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