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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Construction of Non-natural biosynthetic system by using enzyme located DNA nanostructure

Publicly Offered Research

Project AreaCreation of Complex Functional Molecules by Rational Redesign of Biosynthetic Machineries
Project/Area Number 17H05440
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

中田 栄司  京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (70467827)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Keywords分子コンビナート / アダプター / DNAナノ構造体 / 代謝反応 / 非天然化合物
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、微生物が有する天然化合物合成システムを模倣して、試験管内で非天然骨格を有する生理活性物質を合目的に合成するシステムを構築することを目的としている。本研究を開始するまでに我々が「分子コンビナート」として開発してきた複数種類の酵素をDNAナノ構造体上に配置した高効率な物質変換システムを応用し、様々な由来の酵素を組み合わせることでDNAナノ構造体上で人工代謝経路「分子コンビナート」を構築する。
前年度までに、複数種類の酵素を共有結合で安定に配置することができる直交性を有する「DNA結合性アダプター(共有結合型)」を開発し、3種類の酵素を実際に狙った位置に高収率で配置することに成功した。その際に得られた研究成果により、4種類以上の酵素を配置するために必須となるDNA結合アダプター(共有結合型)の機能拡張に有効な戦略を見出していた。そこで本年度は、実際にその戦略に基づいて同一の共有結合型部位を持つDNA結合性アダプター(共有結合型)を設計・調製し、機能評価をおこなった。その結果、従来の問題点(DNA配列選択的な配置場所の制御が困難であること)を解決したDNA塩基配列選択的なDNA結合性アダプター(共有結合型)の開発に成功した。この戦略と従来の方法論の組み合わせにより、4種類以上の酵素の配置が実現できるようになった。さらに、共有結合モジュールの反応性を制御することでも拡張することができることを見出し、その機能評価をおこなっており、これが実現できれば、倍の組み合わせ(8種類)のDNA結合性アダプター(共有結合型)を手にすることができる。また、酵素を1分子ずつ最大35分子配置できるDNAナノ構造体上にDNA結合アダプター(共有結合型)を効率よく配置できることを確認した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (18 results)

All 2019 2018

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] DNA binding adaptors to assemble proteins of interest on DNA scaffold2019

    • Author(s)
      Nakata Eiji、Dinh Huyen、Nguyen Thang Minh、Morii Takashi
    • Journal Title

      Methods Enzymol.

      Volume: 617 Pages: 287~322

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2018.12.014

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Covalent Bond Formation by Modular Adaptors to Locate Multiple Enzymes on a DNA Scaffold2019

    • Author(s)
      Nakata, E.; Nakano, S.; Rajendran, A.; Morii, T.
    • Journal Title

      Kinetic Control in Synthesis and Self-Assembly

      Volume: 0 Pages: 163-183

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置する―生物から学んだ分子コンビナートへの挑戦―2019

    • Author(s)
      中田栄司・森井 孝
    • Organizer
      東京農業大学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] Tuning the reactivity of crosslink formation for sequence-selective DNA-protein conjugation2019

    • Author(s)
      ZHANG, Zhengxiao; NAKATA, Eiji; THANG, Nguyen Minh; MORII, Takashi
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] Enhanced enzymatic activity with a packed assembling of enzyme2019

    • Author(s)
      DINH, Huyen; NAKATA, Eiji; KINOSHITA, Masahiro; MORII, Takashi
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] Reaction of enzyme cascades assembled in 3D DNA nanostructure2019

    • Author(s)
      LIN, Peng; DINH, Huyen; THANG, Minh Nguyen; NAKATA, Eiji; MORII, Takashi
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] DNAオリガミを鋳型にしたリポソームの形成2019

    • Author(s)
      小西宏明・DINH Huyen・脇坂智彦・中田栄司・仲野瞬・森井 孝
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA scaffold2018

    • Author(s)
      Eiji Nakata, Takashi Morii
    • Organizer
      理研・CSRS融合研究セミナー
    • Invited
  • [Presentation] DNAナノ構造体上に複数種類の酵素を配置した分子コンビナート2018

    • Author(s)
      中田栄司・森井 孝
    • Organizer
      東京大学薬学研究科天然物化学教室講演会#121
    • Invited
  • [Presentation] Design of sequence specific modular adaptors by tuning the reactivity of protein-tag substrate2018

    • Author(s)
      張 正宵・中田 栄司・Thang Minh Nguyen・森井 孝
    • Organizer
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] DNAナノ構造体を鋳型にしたリポソーム形成2018

    • Author(s)
      小西 宏明・DINH Huyen・中田 栄司・仲野 瞬・森井 孝
    • Organizer
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] Construction of a 3D DNA nanostructure for assembling enzyme cascade reaction2018

    • Author(s)
      LIN Peng・Dinh Huyen・ Thang Minh Nguyen・Nakata Eiji・Morii Takashi
    • Organizer
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA scaffold2018

    • Author(s)
      Eiji Nakata, Takashi Morii
    • Organizer
      ACeND 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors for Locating Multiple Enzymes on DNA scaffold2018

    • Author(s)
      Eiji Nakata, Thang Minh Nguyen, Zhengxiao Zhang, Huyen Dinh, Peng Lin, Masayuki Saimura, Takashi Morii
    • Organizer
      ISNAC2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Assembling cascade enzymes on a 3D DNA nanostructure2018

    • Author(s)
      Peng LIN, Huyen Dinh, Nguyen Minh Thang, Eiji Nakata, Takashi Morii
    • Organizer
      ISNAC2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Nanoliposome enclosing proteins on DNA scaffold2018

    • Author(s)
      Hiroaki Konishi, Huyen Dinh, Tomohiko Wakisaka, Eiji Nakata, Shun Nakano, Takashi Morii
    • Organizer
      ISNAC2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Design of sequence specific modular adaptors by tuning the reactivity of protein-tag substrates2018

    • Author(s)
      Zhengxiao Zhang, Eiji Nakata, Thang Minh Nguyen, Takashi Morii
    • Organizer
      ISNAC2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA scaffold2018

    • Author(s)
      Eiji Nakata, Takashi Morii
    • Organizer
      ISNM2018
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2021-01-27  

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