2018 Fiscal Year Annual Research Report
機能性核酸の細胞内動的構造解析とＤＮＡ変換酵素のスライディングの活写
Publicly Offered Research
| Project Area | Novel measurement techniques for visualizing 'live' protein molecules at work |
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| Project/Area Number |
17H05878
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
永田 崇 京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (10415250)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | APOBEC / in-cell NMR / AFM |
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| Outline of Annual Research Achievements |
A3G及びA3Fはレトロウィルスが合成するssDNA上のシトシンをウラシルに脱アミノ化することにより遺伝情報を破壊する。本研究では、A3G及びA3Fが一本鎖DNA中の標的シトシンを探索する際の分子機構の解明を目指して来た。これまでA3Gについて解析を進め成果を上げてきたが、今回はA3Fの解析を行い論文発表した[BBA, 2020]。まず、A3FのN214H変異体の活性が高いことを見出し [PCCP, 2018a]、これを使うことによりNMR解析が可能であることに思い至った。そして、これまで用いてきたuracil-DNA glycosylaseアッセイに加え、実時間NMR法も用いて脱アミノ化酵素活性を調べた。これにより、A3Fは濃度条件[A3F-CTD]≫[ssDNA]では長いssDNA中の標的シトシンを効率よく脱アミノ化するのに対し、[A3F-CTD]≪[ssDNA]条件では短いssDNA中の標的シトシンを効率よく脱アミノ化することが明らかとなった[BBA, 2020]。さらに本研究では、脱アミノ化速度とssDNA結合親和性を使って半定量解析することにより、A3Fのこの特徴的な活性について合理的に説明することにも成功した[BBA, 2020]。他方、機能性核酸の細胞内動的構造解析については、これまでにヒト培養細胞に導入した核酸のin-cell NMRに成功していた[PCCP, 2018b]。核酸のイミノ水素は塩基対を形成したときのみNMRシグナルとして観測される。したがって、イミノ水素と水の水素の交換速度を知ることにより、核酸構造の局所的な安定性を評価することができる。我々は、ヒト培養細胞に導入した核酸についてこの交換速度を測定するin-cell NMR法を開発し、核酸構造の安定性に関して議論することに成功し、第18回蛋白質科学会年会において口頭発表を行った。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(40 results)
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[Presentation] Promoter associated non-coding RNA, pncRNA, can diminish the aggregation of TLS caused by shearing stress2019
Author(s)
Hamad NH, Mashima T, Yamaoki Y, Kondo K, Yoneda R, Kurokawa R, Nagata T, Katahira, M
Organizer
第42回日本分子生物学会年会
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[Presentation] NMR Analysis for Molecular Insight into the Interaction between Lignin and Carbohydrate Binding Module of Cel7A from Trichoderma reesei2019
Author(s)
Tokunaga, Y, Nagata, T, Kondo, K, Katahira, M, Watanabe, T
Organizer
The 20th International Symposium on Wood, Fiber and Pulping Chemistry
Int'l Joint Research
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[Presentation] Strategy of lignocellulose conversion using catalysts with controlled affinity to lignin2019
Author(s)
Watanabe, T, Tokunaga, Y, Oshiro, S, Saito, K, Okano, H, Nishimura, H, Nagata, T, Kondo, K, Katahira, M, Isozaki, K, Takaya, H, Nakamura, M
Organizer
1st International Lignin Symposium
Int'l Joint Research
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