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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidating structural basis for the protein complex controlling photoperiod-dependent flowering pathway

Publicly Offered Research

Project AreaDetermining the principles of the birth of new plant species: molecular elucidation of the lock-and-key systems in sexual reproduction
Project/Area Number 19H04855
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

宮川 拓也  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任准教授 (50596559)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Keywords植物 / 花成誘導 / 光周期応答 / 蛋白質間相互作用 / 複合体構造解析
Outline of Annual Research Achievements

光周期依存経路は、日長という環境要因を植物が感知することで花成が促進される外因的経路であり、植物の開花時期を決定する重要な発生制御機構の一つである。この経路の中心的な転写因子であるCONSTANS(CO)は、光応答性のE3ユビキチンリガーゼにより転写と翻訳後修飾の二段階で調節されている。本研究では、CO及びその転写抑制因子CDF1の分解を導くE3ユビキチンリガーゼの光依存的な機能変換機構にアプローチするため、コムギ胚芽無細胞合成系を用いて、E3ユビキチンリガーゼ複合体のin vitro再構成系を確立した。さらにこの再構成系を用いた相互作用アッセイにより、CDF1が「E3ユビキチンリガーゼFKF1に恒常的に結合する領域」と「FKF1の光センサーであるLOVドメインにGIタンパク質を介して結合する領域」が特定され、光依存的なCDF1制御モデルをアップデートする知見が得られた。
葯・花粉の発達に関わる遺伝子等の転写調節に機能するブラシノステロイド(BR)のシグナル伝達機構では、そのマスター転写因子であるBZR転写因子のDNA配列特異性とその構造基盤の解明に取り組んだ。DAP-seqデータとマイクロアレイのゲノムワイド解析により、BZR転写因子が単独で強く結合可能なDNAプロモーター上のG-box配列を認識した場合の遺伝子発現の制御パターンが明らかになった。また、BZR転写因子のG-box配列に対する親和性はそれに隣接する両側2塩基の組み合わせに強く影響されることが分かり、BIL1/BZR1が特有のDNA主鎖リン酸基との相互作用ネットワークを利用することで、BIL1/BZR1と結合が可能な特定のDNAコンホメーション変化を許容する隣接塩基パターンを認識する仕組みが示された。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2021 2020

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 1 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] Highlighting the potential utility of MBP crystallization chaperone for Arabidopsis BIL1/BZR1 transcription factor-DNA complex2021

    • Author(s)
      Nosaki S, Terada T, Nakamura A, Hirabayashi K, Xu Y, Bui TBC, Nakano T, Tanokura M, Miyakawa T
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 11 Pages: 3879

    • DOI

      10.1038/s41598-021-83532-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] NIGT1 family proteins exhibit dual mode DNA recognition to regulate nutrient response-associated genes in Arabidopsis2020

    • Author(s)
      Ueda Y, Nosaki S, Sakuraba Y, Miyakawa T, Kiba T, Tanokura M, Yanagisawa S
    • Journal Title

      PLoS Genet

      Volume: 16 Pages: e1009197

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1009197

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural bases of IMiD selectivity that emerges by 5-hydroxythalidomide2020

    • Author(s)
      Furihata H, Yamanaka S, Honda T, Miyauchi Y, Asano A, Shibata N, Tanokura M, Sawasaki T, Miyakawa T
    • Journal Title

      Nat Commun

      Volume: 11 Pages: 4578

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18488-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular basis for substrate recognition and catalysis by a marine bacterial laminarinase2020

    • Author(s)
      Yang J, Xu Y, Miyakawa T, Long L, Tanokura M
    • Journal Title

      Appl Environ Microbiol

      Volume: 86 Pages: e01796-20

    • DOI

      10.1128/AEM.01796-20

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] タンパク質構造解析セミナー2020

    • Author(s)
      宮川拓也
    • Organizer
      植物生長調節物質若手研究会
    • Invited
  • [Presentation] 硝酸に応答して根粒共生を抑制するNLPを介した転写制御機構の解析2020

    • Author(s)
      西田帆那, 野崎翔平, 鈴木孝征, 伊藤百代, 宮川拓也, 西嶋遼, 田之倉優, 川口正代司, 川勝泰二, 寿崎拓哉
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
  • [Presentation] ブラシノステロイド情報伝達における鍵転写因子のDNA結合特異性の究明2020

    • Author(s)
      野崎翔平, 宮川拓也, 光田展隆, 寺田透, 山上あゆみ, 徐玉群, Bui Thi Bao Chau, 中野雄司, 田之倉優
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
  • [Presentation] BES/BZR転写因子の競争的関係性は維管束幹細胞制御の堅牢性に貢献す2020

    • Author(s)
      古谷朋之, 齊藤真人, 内村悠, 佐竹暁子, 野﨑翔平, 宮川拓也, 島津舜治, 矢守航, 田之倉優, 福田裕穂, 近藤侑貴
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
  • [Presentation] 免疫調節薬サリドマイドの標的分子への作用が体内代謝で変化する仕組み2020

    • Author(s)
      降旗大岳, 山中聡士, 本田敏章, 柴田哲男, 田之倉優, 澤崎達也, 宮川拓也
    • Organizer
      第29回日本バイオイメージング学会学術集会
  • [Presentation] サリドマイド代謝物によるC2H2型ジンクフィンガーの分解選択性の構造基盤2020

    • Author(s)
      降旗大岳, 山中聡士, 本田敏章, 柴田哲男, 田之倉優, 澤崎達也, 宮川拓也
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Book] Nuts & Seeds in Health and Disease Prevention (2nd ed.)2020

    • Author(s)
      Hatano K, Miyakawa T, Tanokura M
    • Total Pages
      15
    • Publisher
      Academic Press
  • [Book] 膜タンパク質工学ハンドブック2020

    • Author(s)
      宮川拓也, 田之倉優
    • Total Pages
      11
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
  • [Book] e-水産学シリーズ1 水圏生物タンパク質科学の新展開2020

    • Author(s)
      宮川拓也, 田之倉優
    • Total Pages
      27
    • Publisher
      恒星社厚生閣

URL: 

Published: 2021-12-27  

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