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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Y染色体からみたヤポネシア男性の起源・成立の解明

Publicly Offered Research

Project AreaDeciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data
Project/Area Number 19H05346
Research InstitutionThe University of Tokushima

Principal Investigator

佐藤 陽一  徳島大学, 大学院医歯薬学研究部(薬学域), 教授 (10363160)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
KeywordsY染色体 / ハプログループ
Outline of Annual Research Achievements

現代日本人のY染色体ハプログループ解析及びY染色体ハプログループとY染色体構造解析によるY染色体の進化について解析することで、ヤポネシア男性が辿ってきた道筋を明らかにすることを目的とし、以下の研究を行った。
1)現代日本人のY染色体ハプログループ解析:日本人男性106サンプルについてY染色体ハプログループの更新を行った。旧C1はC1a1a1に、旧C3はC2b1aの下流の5グループ及びC2b1bの下流の2グループに分類された。旧D2*はD1a2a1cの下流の7グループ及びD1a2a2の下流の4グループに分類された。旧D2a1はD1a2a2aの下流の8グループに分類された。旧O2b*は4グループに、旧O2b1は5グループに分類された。また、旧O3a3cは4グループに、旧O3a4は3グループに分類された。
2)Y染色体ハプログループとY染色体構造解析によるY染色体の進化:日本人において比較的頻度が高いY染色体ハプログループD1a2、C、O1b2、O2a2b1、O2a1bは例外があるものの同一の構造パターンを示したことから、それぞれ共通の先祖から由来していると考えられる。一方、頻度が低いK、O1a、O1b1a1a1、O2は多数の構造パターンを示したことから、それぞれ異なった先祖由来であり比較的最近日本に流入したと示唆される。
3)Y染色体ハプログループと全ゲノム解析によるクラスター分類:811人のヤポネシア男性について、SNPアレイを用いて全ゲノムジェノタイピングを行った。得られたデータを使用してY染色体ハプログループ間で主成分分析を行ったが特に違いはみられなかった。しかし、各ハプログループの推定発生時期に関して解析を行うとゲノムワイドな有意水準を満たす領域が同定された。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (10 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Genome-wide association study of semen volume, sperm concentration, testis size, and plasma inhibin B levels2020

    • Author(s)
      Sato Youichi、Tajima Atsushi、Kiguchi Misaki、Kogusuri Suzu、Fujii Aki、Sato Takehiro、Nozawa Shiari、Yoshiike Miki、Mieno Makiko、Kojo Kosuke、Uchida Masahiro、Tsuchiya Haruki、Yamasaki Kazumitu、Imoto Issei、Iwamoto Teruaki
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 65 Pages: 683~691

    • DOI

      10.1038/s10038-020-0757-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 遺伝情報の機械学習を用いた顕微鏡下精巣内精子採取術における精子回収予測の検討2021

    • Author(s)
      佐藤 陽一, 土屋 春樹, 古城 公佑, 内田 将央, 山崎 一恭, 岩本 晃明
    • Organizer
      日本アンドロロジー学会第39回学術大会
  • [Presentation] Y染色体ハプログループとAZF領域欠失パターンとの関連性から見た日本人のY染色体進化2020

    • Author(s)
      多田 篤史, 足立 奈生子, 井上 誠, 佐藤 陽一
    • Organizer
      第74回日本人類学会大会
  • [Presentation] 日本人男性のY染色体ハプログループとAZF領域欠失パターンとの関連性2020

    • Author(s)
      多田 篤史, 足立 奈生子, 井上 誠, 佐藤 陽一
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第65回大会
  • [Presentation] 現代日本人のY染色体ハプログループ解析2020

    • Author(s)
      井上 誠, 佐藤 陽一:現代日本人のY染色体ハプログループ解析
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第65回大会
  • [Presentation] 非閉塞性無精子症に対する全エクソーム解析2020

    • Author(s)
      国村 彩香, 福永 千香, 古城 公佑, 内田 将央, 土屋 春樹, 松本 吉隆, 山崎 一恭, 岩本 晃明, 佐藤 陽一
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第65回大会
  • [Presentation] ゲノムワイド関連解析による血中inhibin B値関連遺伝子の同定と遺伝子改変マウスの解析2020

    • Author(s)
      上殿 千晴, 藤井 亜紀, 田嶋 敦, 佐藤 丈寛, 井本 逸勢, 佐藤 陽一
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第65回大会
  • [Presentation] ゲノム情報を用いた機械学習によるシタラビン投与後の副作用発現予測モデルの構築2020

    • Author(s)
      遠藤 優香, 田島 穂澄, 岡田 直人, 中村 信元, 賀川 久美子, 藤井 志朗, 三木 浩和, 石澤 啓介, 安倍 正博, 佐藤 陽一
    • Organizer
      第59回日本薬学会中国四国支部学術大会
  • [Presentation] 機械学習による遺伝情報を用いた抗がん剤投与の味覚障害発現予測モデルの構築2020

    • Author(s)
      武井 みのり, 岡田 直人, 中村 信元, 賀川 久美子, 藤井 志朗, 三木 浩和, 石澤 啓介, 安倍 正博, 佐藤 陽一
    • Organizer
      第59回日本薬学会中国四国支部学術大会
  • [Remarks] 徳島大学大学院医歯薬学研究部医薬品情報学分野ホームページ

    • URL

      https://www.tokushima-u.ac.jp/ph/faculty/labo/inf/

URL: 

Published: 2021-12-27  

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