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2021 Fiscal Year Annual Research Report

High-Speed AFM Visualization of Structural Dynamics of Porous Coordination Polymers Induced External Stimuli

Publicly Offered Research

Project AreaSoft Crystals: Science and Photofunctions of Easy-Responsive Systems with Felxibility and Higher-Ordering
Project/Area Number 20H04669
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

内橋 貴之  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (30326300)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Keywords高速原子間力顕微鏡 / ソフトクリスタル / ピラーアレーン / 低分子ゲル化剤
Outline of Annual Research Achievements

*多孔性結晶の高解像可視化技術の確立.
当初目的としていたMOF結晶はDMF中での観察が結晶の安定化のために必須であるが、DMF中ではMOF結晶表面に数nmスケールの汚染物質が付着していることが判明し、汚染物質を除去できないことからMOF結晶のAFM観察は断念した。そこで、水中でも結晶が安定なピラーアレーン結晶表面での測定を試み、いくつかの結晶で結晶格子像を得ることができ、さらにステップ端面での分子の脱離と再結合などの興味深いダイナミクスを観察できた(A01 生越Gとの共同研究)。
*高速AFMのソフトクリスタルへの応用
領域内外の研究グループとの共同研究により高速AFM技術を様々なソフトクリスタル材料に応用した。当初目的としていたMMF結晶表面での金微粒子の成長過程のリアルタイム観察については成功し、論文としてまとめた。領域内共同研究として、ポルフィリン誘導体による超分子螺旋集合体の形成と融解過程の観察 (A02 杉安Gとの共同研究)や有機分子により触媒される金微粒子の成長過程の観察(A01 楽Gとの共同研究)に成功した。また、低分子ゲル化剤として機能するUrea-C13のゲル化初期過程の高速AFM観察を行ったところ、Urea-C13はグラファイト基板で単分子鎖膜を速やかに形成したあとに、単分子鎖が数本集合した中間ファイバーを経て、さらに太いバンドルファイバーを形成することがわかった。太いバンドルファイバーがゲルの直接的な構成要素であり、平均速度0.05 nm/sで非常に遅い速度で伸長と停止を繰り返しながら成長することがわかった。また、この伸長と停止を伴う成長様式をファイバー端面への分子の結合とバンドルによる安定化によって説明できることが数理モデルにより明らかにした(A03 山中Gとの共同研究)。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2022 2021

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 6 results) Presentation (3 results) (of which Invited: 3 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Shape-selective one-step synthesis of branched gold nanoparticles on the crystal surface of redox-active PdII-macrocycles2022

    • Author(s)
      Yutaro Yamashita, Shohei Tashiro, Yoshiki Ishii,Takayuki Uchihashi, Nobuyuki Matsushita, Ryou Kubota, and Mitsuhiko Shionoya
    • Journal Title

      Dalton Transactions

      Volume: 51 Pages: 1318-1324

    • DOI

      10.1039/D1DT03973C

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein Needles Designed to Self-Assemble through Needle Tip Engineering2022

    • Author(s)
      Kosuke Kikuchi, Tatsuya Fukuyama, Takayuki Uchihashi, Tadaomi Furuta, Yusuke T. Maeda, and Takafumi Ueno
    • Journal Title

      Small

      Volume: 18 Pages: 2106401

    • DOI

      10.1002/smll.202106401

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative Visualization of the Interaction between Complement Component C1 and Immunoglobulin G: The Effect of CH1 Domain Deletion2022

    • Author(s)
      Saeko Yanaka, Shigetaka Nishiguchi, Rina Yogo, Hiroki Watanabe, Jiana Shen, Hirokazu Yagi, Takayuki Uchihashi, and Koichi Kato
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences,

      Volume: 23 Pages: 2090

    • DOI

      10.3390/ijms23042090

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] JRAB/MICAL-L2 undergoes liqu-liquid phase separation to form tubular recycling endosomes2021

    • Author(s)
      Ayuko Sakane, Taka-aki Yano, Takayuki Uchihashi, Kazuki Horikawa, Yusuke Hara, Issei Imoto, Shusaku Kurisu, Hiroshi Yamada, Kohji Takei and Takuya Sasaki
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: 551

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02080-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reconstruction of Three-Dimensional Conformations of Bacterial ClpB from High-Speed Atomic-Force-Microscopy Images2021

    • Author(s)
      Bhaskar Dasgupta, Osamu Miyashita, Takayuki Uchihashi and Florence Tama
    • Journal Title

      Frontiers in in Molecular Biosciences: Biological Modeling and Simulation

      Volume: 8 Pages: 704274

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.704274

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Tardigrade Secretory-Abundant Heat-Soluble Protein Has a Flexible β-Barrel Structure in Solution and Keeps This Structure in Dehydration2021

    • Author(s)
      Kazuhisa Miyazawa, Satoru G. Itoh, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Saeko Yanaka, Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, Kazuharu Arakawa, and Hisashi Okumura
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 125 Pages: 9145_9154

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c04850.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deformation of microtubules regulates translocation dynamics of kinesin2021

    • Author(s)
      Syeda Ruvaiya Nasrin, Christian Ganser, Seiji Nishikawa, Arif MD. Rashedul Kabir, Kazuki Sada, Takefumi Yamashita, Mitsunori Keguchi, Takayuki Uchihashi, Henry Hess, and Akira Kakugo
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Pages: eabf2211

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf2211

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Desiccation-induced fibrous condensation of CAHS protein from an anhydrobiotic tardigrade2021

    • Author(s)
      Yagi-Utsumi Maho、Aoki Kazuhiro、Watanabe Hiroki、Song Chihong、Nishimura Seiji、Satoh Tadashi、Yanaka Saeko、Ganser Christian、Tanaka Sae、Schnapka Vincent、Goh Ean Wai、Furutani Yuji、Murata Kazuyoshi、Uchihashi Takayuki、Arakawa Kazuharu、Kato Koichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 21328

    • DOI

      10.1038/s41598-021-00724-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Construction of ferritin hydrogels utilizing subunit_subunit interactions2021

    • Author(s)
      Masaru Yamanaka, Tsuyoshi Mashima, Michio Ogihara, Mei Okamoto, Takayuki Uchihashi, and Shun Hirota
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 16 Pages: e0259052

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0259052

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular Origin of the Anomalous pH Effect in Blue Proteorhodopsin2021

    • Author(s)
      Mizuki Sumikawa, Rei Abe-Yoshizumi, Takayuki Uchihashi, and Hideki Kandori
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 12 Pages: 12225-12229

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c03355

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で可視化する生体/人工分子の一分子ダイナミクス2022

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      明治薬科大学大学院フロンティアシンポジウム: 生命への架け橋
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で撮影するタンパク質の機能動態2021

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第21回 日本蛋白質科学会年会: WS5. 高速分子動画:タンパク質の構造機能相関研究の最先端
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMによる高分子ゲル微粒子の構造物性動態イメージング2021

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第70回高分子討論会: S6. ソフトマテリアルイメージングの最前線
    • Invited
  • [Book] 図説 表面分析ハンドブック2021

    • Author(s)
      日本表面真空学会
    • Total Pages
      576
    • Publisher
      朝倉書店
    • ISBN
      978-4-254-20170-3

URL: 

Published: 2022-12-28  

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