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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Digital Reaction Design and Selectivity Control Based on Machine Learning of Frontier Orbitals and Transition States

Publicly Offered Research

Project AreaDigitalization-driven Transformative Organic Synthesis (Digi-TOS)
Project/Area Number 22H05337
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

原田 慎吾  千葉大学, 大学院薬学研究院, 講師 (50722691)

Project Period (FY) 2022-06-16 – 2024-03-31
Keywords機械学習 / カルベン / AI / 回帰モデル
Outline of Annual Research Achievements

環境配慮やサステナビリティに対する取り組みが社会的に高い関心を集めている中、有機化学反応も脱金属化の風潮が高まっている。カルベン化学も同様であり、金属フリーなカルベン発生法が注目を集めている。中でもトリスペンタフルオロフェニルボランを用いたカルベン反応はユニークな反応性を示すことから、近年研究が行われている。しかし基質適用性に課題を残し、またホウ素触媒の特性の解明は未だ不十分である。以上の背景を鑑み、我々は研究に着手した。検討の結果、芳香環を有するジアゾアミド化合物にホウ素触媒を作用させることで、カルベン種が発生したと考えられる生成物が得られた。密度汎関数法に基づく理論計算を用いて反応機構を解析したところ、過去に報告例の無いホウ素―カルベン複合体を経由することが示唆された。また、ナフトール類の脱芳香族化反応に反応条件の最適化を検討したが、高い収率は観測されなかった。そこで、機械学習を用いたベイズ最適化(Bayesian Optimization)を検討した。ベイズ最適化とは、目的関数を最小化または最大化するために使用される確率的最適化アルゴリズムの一種であり、上記の検討においては化学収率を従属変数(目的関数)とした。ベイズ最適化では、既知の関数値を使用して、未知の関数の事後分布を推定するベイズの定理を使用して、次に評価する値を選択する。実際に実験的検証を行うと収率が約80%まで向上した。当該最適化手法を有機合成に応用した例は、フロー反応化学、電気反応化学を除けば極めて限定的であったため、本手法の合成化学分野における有用性、適用性を示すことができた。また別の研究プロジェクトとして、機械学習に基づく反応デザインや基質設計を行った。論文化には至っていないものの、1000個以上の回帰モデルを検討することで、決定係数0.8以上を示す回帰モデルの作成に成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

申請者はベイズ最適化に基づく脱芳香族化反応を開発した。また論文化まで行い、プレスリリースされるなど一定の反響があった。さらに遷移状態やフロンティア軌道の構造情報を独立変数、活性化エネルギーや軌道エネルギーを従属変数とする回帰モデルを作成し現在は改善中である。以上を踏まえ、本研究はおおむね順調に進展していると言うことができる。

Strategy for Future Research Activity

本年度の研究においては、前年度のコンセプトを発展・拡張させ、機械学習に立脚した最適な反応溶媒の予測法を開発する。また申請者の研究グループはジアゾ化合物を用いない金属カルベン発生法によるベンゼノイドの化学選択的な脱芳香族化反応を報告した。本手法で得られるCHTはノルカラジエン類(NCD)と平衡で存在することが知られている。共役オレフィン部位とのペリ環状反応を想定した場合、多数の異性体が発生し得る。このようなマルチ選択性の制御は、現代有機化学においても極めて挑戦的な課題である。化学反応はおもにHOMO、LUMOによって支配される、というフロンティア軌道理論が提唱されている。これらの研究背景を鑑み申請者は、化学的反応性を大きく決定づける軌道間相互作用の機械学習を行う。本年度の研究において申請者は、HOMO-LUMO gap(エネルギー差の原理)に加えフロンティア軌道を可視化し、実質的な反応性の評価を検討する。自律的に駆動するコードを使用することで、多様な化合物を解析する。サンプル数が少ないものの、現在の独自DBを用いて、様々な回帰手法でモデル作成を行ったところ、ニューラルネットワークによる回帰分析が最良の決定係数を示した。さらにサンプル数を増やしさらに予測精度を向上させる。将来的にはより一般性のある学習モデル、データベースの作成を基盤に、新奇反応・選択性コントロールを検討する。実験的検証として、実際に反応が進行するか、どの程度の効率・収率・選択性が観測されるかを評価する。最終的な目標は実験データとデジタルデータを機械学習に用いた新規反応の創出の実現である。

  • Research Products

    (18 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Yale University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Yale University
  • [Journal Article] Total Synthesis of (+)-Shearilicine2023

    • Author(s)
      Kim Daria E.、Zhu Yingchuan、Harada Shingo、Aguilar Isaiah、Cuomo Abbigayle E.、Wang Minghao、Newhouse Timothy R.
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 145 Pages: 4394~4399

    • DOI

      10.1021/jacs.2c13584

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mechanistic Investigation on Dearomative Spirocyclization of Arenes with α-Diazoamide under Boron Catalysis2022

    • Author(s)
      Ito Tsubasa、Harada Shingo、Homma Haruka、Okabe Ayaka、Nemoto Tetsuhiro
    • Journal Title

      ACS Catalysis

      Volume: 13 Pages: 147~157

    • DOI

      10.1021/acscatal.2c04504

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Merging Chemo- and Biocatalysis to Facilitate the Syntheses of Complex Natural Products: Enantioselective Construction of an <i>N</i>-Bridged [3.3.1] Ring System in Indole Terpenoids2022

    • Author(s)
      Hashimoto Yoshinori、Harada Shingo、Kato Ryosuke、Ikeda Kotaro、Nonnhoff Jannis、Gr?ger Harald、Nemoto Tetsuhiro
    • Journal Title

      ACS Catalysis

      Volume: 12 Pages: 14990~14998

    • DOI

      10.1021/acscatal.2c04076

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 安定な分子構造の直接的変換に基づく含窒素ヘテロ環の包括的合成2023

    • Author(s)
      原田慎吾
    • Organizer
      日本化学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Diazo-free Generation of Chiral Ag-Carbene and its Synthetic Application2023

    • Author(s)
      Shingo Harada
    • Organizer
      The 3rd CRI-CGI-Chiba Symposium in Chemistry
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ホウ素触媒を用いた遷移金属フリーな脱芳香族的スピロ環化反応の開発2023

    • Author(s)
      伊藤翼、原田慎吾、本間榛花、岡部彩香、根本哲宏
    • Organizer
      日本薬学会 第143年会
  • [Presentation] ビスインドールアルカロイドDragmacidin Eの主要骨格構築に向けた合成研究2023

    • Author(s)
      髙橋紀亜、崔東一、丸岡花香、Nastke Alina、Groger Harald、 原田慎吾、根本哲宏
    • Organizer
      日本薬学会 第143年会
  • [Presentation] 酵素反応の可視化によるバイオ触媒スクリーニングを活用したモノテルペノイドインドール類の網羅的な合成法開発2023

    • Author(s)
      池田晃太朗、橋本佳典、加藤崚佑、Jannis Nonnhoff、Harald Groger、原田慎吾、根本哲宏
    • Organizer
      日本薬学会 第143年会
  • [Presentation] Silver(I)/Rhodium(II) Catalyzed Enantioselective Indole N-H Insertion Reaction2023

    • Author(s)
      Mizuki Takamura, Shumpei Hirose, Shingo Harada, Tetsuhiro Nemoto
    • Organizer
      The 3rd CRI-CGI-Chiba Symposium in Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cycloaddition reactions with cycloheptatriene/norcaradiene and dienophiles2023

    • Author(s)
      Haruki Kanda, Hiroki Takenaka, Tsubasa Ito, Shingo Harada, Tetsuhiro Nemoto
    • Organizer
      The 3rd CRI-CGI-Chiba Symposium in Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Metal-free Chemoselective Dearomatization of Diverse Arenes Using Borane Catalyst2023

    • Author(s)
      Tsubasa Ito, Shingo Harada, Haruka Homma, Ayaka Okabe, Tetsuhiro Nemoto
    • Organizer
      The 3rd CRI-CGI-Chiba Symposium in Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Asymmetric Dearomatization of Nonactivated Arenes based on Diazo-free Generation of Chiral Metal-Carbene2022

    • Author(s)
      Shingo Harada
    • Organizer
      The 15th International Conference on Cutting-Edge Organic Chemistry in Asia (ICCEOCA-15)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] インドールアルカロイド群の多様性指向型合成法の開発2022

    • Author(s)
      橋本佳典、池田晃太朗、加藤崚佑、Jannis Nonnhoff、Harald Groger、原田慎吾、根本哲宏
    • Organizer
      第48回反応と合成の進歩シンポジウム
  • [Presentation] C-H挿入反応とアミド挿入反応における化学選択性発現機構の理論的解明2022

    • Author(s)
      古谷典、池田晃太朗、原田慎吾、根本哲宏
    • Organizer
      第48回反応と合成の進歩シンポジウム
  • [Presentation] シクロヘプタトリエン/ノルカラジエンと親ジエン体による環化付加型反応の開発2022

    • Author(s)
      神田治樹、竹中浩貴、伊藤翼、原田慎吾、根本哲宏
    • Organizer
      第48回反応と合成の進歩シンポジウム
  • [Presentation] 細菌内抗菌薬の視覚化に向けた蛍光部位を有するシプロフロキサシンの合成2022

    • Author(s)
      岡部彩華、原田慎吾、高屋明子、根本哲宏
    • Organizer
      第48回反応と合成の進歩シンポジウム
  • [Remarks] 千葉大学大学院薬学研究院薬化学研究室HP

    • URL

      https://www.p.chiba-u.jp/lab/yakka/publications.html

URL: 

Published: 2023-12-25  

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