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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Development of the cell-free synthesis system of membrane proteins for integration into society

Publicly Offered Research

Project AreaBottom-up creation of cell-free molecular systems: surpassing nature
Project/Area Number 22H05392
Research InstitutionIwate University

Principal Investigator

西山 賢一  岩手大学, 農学部, 教授 (80291334)

Project Period (FY) 2022-06-16 – 2024-03-31
Keywordsタンパク質膜挿入 / タンパク質膜透過 / 糖脂質 / MPIase
Outline of Annual Research Achievements

膜タンパク質は多くの生命活動のプログラムに必須の役割を果たしているうえ、市販の薬剤の半数以上は膜タンパク質を標的にしたものである。そのため、汎用的セル・フリー膜タンパク質合成システムが開発できれば、膜タンパク質の構造や機能に関する理解が進み、新規薬剤開発も容易になる。我々は、細胞における反応を忠実に再現したタンパク質膜挿入の再構成系を構築し、膜挿入に必須の糖脂質MPIaseを同定した。さらに、生体膜に化学物質に対する耐性度や物理的強度を与える糖脂質BPFも同定し、BPFがMPIaseに類似した構造をもつことを示した。MPIaseの構造と機能の関係を明らかにするため、MPIaseの部分化学合成標品mini-MPIaseやその誘導体を調製し、これらが膜挿入活性や膜保護活性を有していることを明らかにした。
社会実装可能で汎用的な膜挿入システムの構築のため、本年度は、糖鎖ユニットの繰り返しが2個と3個の化学合成mini-MPIase標品を調製し、膜挿入活性を測定した。その結果、糖鎖長が2個、3個と伸びるにつれ膜挿入活性が上昇することが判明した。さらに、YidCとの協働作用は繰り返しが2個、3個と伸びるにつれ顕著となった。また、MPIaseがもつ特徴的な官能基を修飾した変異型mini-MPIaseを調製し、膜挿入活性や膜保護活性を調べた。その結果、ピロリン酸は基質膜タンパク質の可溶化に必須であること、GlcNAcのアセチル基は膜挿入に重要である一方、膜保護活性には阻害的に作用することが判明した。
再構成膜挿入システムが真核生物の膜タンパク質にも適用できることを示すため、ラット小胞体タンパク質Cytochrome b5、酵母ミトコンドリア外膜タンパク質Tom5、植物チラコイドタンパク質PspWの膜挿入活性を調べたところ、これらはMPIaseに依存して膜挿入した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

令和4年度中に大腸菌内膜BPFの論文報告を予定していたが、大腸菌外膜にも異なるBPFが存在することが明らかになったため、両BPFについてまとめて論文報告することに方針変更し、報告が遅れたものの、その他の計画については順調に進展しているため。

Strategy for Future Research Activity

BPFの論文発表を急ぎ、汎用的で社会実装可能な膜挿入システムの開発について計画通り進める。

  • Research Products

    (19 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (13 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural Requirements of a Glycolipid MPIase for Membrane Protein Integration2023

    • Author(s)
      Fujikawa Kohki、Han Youjung、Osawa Tsukiho、Mori Shoko、Nomura Kaoru、Muramoto Maki、Nishiyama Ken‐ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      Chemistry-A European Journal

      Volume: 29 Pages: e202300437

    • DOI

      10.1002/chem.202300437

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Intermolecular Interactions between a Membrane Protein and a Glycolipid Essential for Membrane Protein Integration2022

    • Author(s)
      Mori Shoko、Nomura Kaoru、Fujikawa Kohki、Osawa Tsukiho、Shionyu Masafumi、Yoda Takao、Shirai Tsuyoshi、Tsuda Shugo、Yoshizawa-Kumagaye Kumiko、Masuda Shun、Nishio Hideki、Yoshiya Taku、Suzuki Sonomi、Muramoto Maki、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      ACS Chemical Biology

      Volume: 17 Pages: 609~618

    • DOI

      10.1021/acschembio.1c00882

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Role of a bacterial glycolipid in Sec-independent membrane protein insertion2022

    • Author(s)
      Nomura Kaoru、Mori Shoko、Fujikawa Kohki、Osawa Tsukiho、Tsuda Shugo、Yoshizawa-Kumagaye Kumiko、Masuda Shun、Nishio Hideki、Yoshiya Taku、Yoda Takao、Shionyu Masafumi、Shirai Tsuyoshi、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 12231

    • DOI

      10.1038/s41598-022-16304-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Interaction between glycolipid MPIase and proteinaceous factors during protein integration into the cytoplasmic membrane of E. coli2022

    • Author(s)
      Nishikawa Hanako、Sawasato Katsuhiro、Mori Shoko、Fujikawa Kohki、Nomura Kaoru、Shimamoto Keiko、Nishiyama Ken-Ichi
    • Journal Title

      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 9 Pages: 986602

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.986602

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A bacterial glycolipid essential for membrane protein integration2022

    • Author(s)
      Fujikawa Kohki、Mori Shoko、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      Advances in Carbohydrate Chemistry and Biochemistry

      Volume: 81 Pages: 95~129

    • DOI

      10.1016/bs.accb.2022.09.005

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ヒト細胞を用いた真核生物のタンパク質膜挿入因子 MPIaseホモログの探索2023

    • Author(s)
      日景 瑠那、Wiriyasemkul Pattama、永森收志、西山賢一
    • Organizer
      第8回 デザイン生命工学研究会
  • [Presentation] 大腸菌生体膜由来の生体膜保護物質の同定とその構造機能解析2022

    • Author(s)
      古谷萩、沢里克宏、森祥子、藤川絋樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] 社会実装を目指した汎用的セル・フリー膜タンパク質合成システムの開発2022

    • Author(s)
      西山 賢一
    • Organizer
      「生物を凌駕する無細胞分子システムのボトムアップ構築学」第2回領域会議
  • [Presentation] MPIase生合成酵素の探索2022

    • Author(s)
      澁谷まゆ、Han Youjung、大澤月穂、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 大腸菌生体膜由来の膜保護物質の同定と構造機能解析2022

    • Author(s)
      古谷萩、沢里克宏、森祥子、藤川絋樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 生体膜保護物質(BPF)の同定・構造機能解析2022

    • Author(s)
      渡会未夢、古谷萩、Wiriyasemkul Pattama、永森收志、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 膜タンパク質の膜挿入と複合体形成におけるMPIase の機能2022

    • Author(s)
      山本波知、西川華子、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] タンパク質の膜挿入反応を触媒する糖脂質MPIaseの構造・機能解析2022

    • Author(s)
      Han Youjung、藤川 紘樹、大澤 月穂、村本 真規、島本 啓子、西山 賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 膜挿入基質タンパク質GFP-Tom5の精製2022

    • Author(s)
      木村 樹南、森 祥子、藤川 紘樹、島本 啓子、西山 賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 真核生物のMPIase(Membrane protein integrase)ホモログの探索2022

    • Author(s)
      日景 瑠那、Wiriyasemkul Pattama 、永森收志、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] TAT(Twin-Arginine Translocation )膜透過反応の分子機構解析2022

    • Author(s)
      西川華子、西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
  • [Presentation] 膜タンパク質のバイオジェネシスに関与する糖脂質MPIaseの構造と機能2022

    • Author(s)
      西山賢一
    • Organizer
      第3回細胞形成研究会
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質の膜挿入反応を触媒する糖脂質MPIaseの構造・機能解析2022

    • Author(s)
      Han Youjung、藤川 紘樹、大澤 月穂、村本 真規、島本 啓子、西山 賢一
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Remarks] 岩手大学農学部・応用生物化学科・分子生物学研究室

    • URL

      http://news7a1.atm.iwate-u.ac.jp/~sec/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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