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検索結果: 20件 / 研究者番号: 30346837

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  • 1. 新規テクノロジー開発を見据えた新規Casタンパク質候補の機能解析

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(A)

    審査区分 中区分38:農芸化学およびその関連分野
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    石野 良純 九州大学, 農学研究院, 教授

    研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31完了
    キーワード クリスパー / 生体防御 / ゲノム編集 / ヌクレアーぜ / アーキア / ヌクレアーゼ / CRISPR / メタゲノム / CRISPR-Cas / バクテリア
    研究開始時の研究の概要 CRISPRは保存された30塩基対の配列が一定の間隔をおいて繰り返される独特のDNA領域として発見され、原核生物の獲得免疫機能を担う。その免疫機構を利用して、ゲノムDNAの狙ったところを特異的に切断する「ゲノム編集」技術が開発され、急速に普及している。CRISPRは既知のバクテリアの約半分、アーキア ...
    研究成果の概要 本研究は、代表者が自ら作製した、海水中の微生物メタゲノム配列データベースを利用して、その中からCRISPR用の配列を抽出し、その近辺のタンパクコード遺伝子を探索することによって、新規CRISPR-Cas候補を抽出した。候補となるCRISPR-Cas候補が合計10種類見つかった。それらを順番に解析した ...
    この課題の研究成果物 学会発表 (6件 うち招待講演 6件)   図書 (2件)
  • 2. DNA複製起点の無い超好熱性アーキアの生命維持機構解明

    研究課題

    研究種目

    挑戦的研究(萌芽)

    審査区分 中区分38:農芸化学およびその関連分野
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    石野 良純 九州大学, 農学研究院, 教授

    研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2022-03-31完了
    キーワード アーキア / DNA複製 / 複製起点 / 超好熱菌 / DNA組換え
    研究開始時の研究の概要 本研究主題はoriCやorc1/cdc6遺伝子欠損の超好熱性アーキアのDNAが複製するための分子機構を解明する。太古の地球は高熱嫌気環境であったこと、知られている超好熱性生物のほとんどがアーキアであること、遺伝子の分子進化系統解析から超好熱性アーキアがもっとも生命の起源近くに位置することから、超好熱 ...
    研究成果の概要 進化系統樹の根元に位置するThermococcus kodakarensis ゲノムから、oriC領域とその隣のorc1/cdc6遺伝子をそれぞれ欠失させた変異株を単離し、それらが野生株とほぼ同等に増殖することを示した。精製したOrc1/Cdc6のATPase活性がoriC依存的に抑制されたので、O ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (1件 うち査読あり 1件、オープンアクセス 1件)   学会発表 (2件 うち国際学会 2件、招待講演 2件)
  • 3. クライオ電子顕微鏡によるオカザキソームの機能構造連関の研究

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(C)

    審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    真柳 浩太 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教

    研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31完了
    キーワード 単粒子解析 / 電子顕微鏡 / 超分子複合体 / 立体構造解析 / DNA複製 / オカザキソーム / DNAクランプ / 生物物理 / クライオ電子顕微鏡
    研究成果の概要 ラギング鎖の複製を担うオカザキソームの重要な基本構造の一つであるFEN-PCNA-DNA複合体の構造を明らかにした。次にFENからDNAリガーゼへDNAが受け渡される瞬間の中間状態を捉えることに成功した。また古細菌のゲノム複製酵素であるPolDの2つのサブユニットDP1/DP2の組成及び配置を電子顕 ...
    この課題の研究成果物 国際共同研究 (2件)   雑誌論文 (15件 うち国際共著 5件、査読あり 14件、オープンアクセス 6件)   学会発表 (44件 うち国際学会 11件、招待講演 10件)
  • 4. クランプローダーRFCによるクランプPCNA装てん機構の構造生物学的研究

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(C)

    研究分野 構造生物化学
    研究機関 山梨大学
    研究代表者

    大山 拓次 山梨大学, 総合研究部, 准教授

    研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31完了
    キーワード DNA複製 / タンパク質DNA複合体 / 結晶構造解析
    研究成果の概要 クランプローダーRFCがATP依存的にクランプPCNAをDNA鎖に装てんする仕組みを原子レベルで解明することを目的とし、(1)重原子同型置換法による構造決定を念頭においた組換え体セレノメチオニン化(Se-Met) PCNAの調製、(2)RFCの高分解能構造決定、(3)RFC-PCNA-DNA複合体の ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (12件 うち査読あり 12件、謝辞記載あり 2件)   学会発表 (3件)   備考 (5件)
  • 5. 極限環境下におけるアーキアの遺伝情報維持機構の解明

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(A)

    研究分野 生物分子化学
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    石野 良純 九州大学, 農学研究院, 教授

    研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31完了
    キーワード 超好熱性アーキア / ゲノム安定性維持 / 遺伝情報 / DNA修復 / RNAプロセシング / 翻訳装置 / 極限環境 / Thermococcales / 生体機能物質 / アーキア / 遺伝情報伝達系 / 極限環境生命
    研究成果の概要 超好熱アーキアから新規酵素を発見しEndoQ、EndoMSと命名した。EndoQは塩基の脱アミノ化、EndoMSはミスマッチ塩基対に対する修復酵素と予想される。これらの発見は、アーキアのDNA修復系理解のBreakthroughである。Pf-EndA、Pf-RtcB、Pf-Archaease、前駆体 ...
    この課題の研究成果物 国際共同研究 (7件)   雑誌論文 (44件 うち国際共著 5件、査読あり 43件、オープンアクセス 15件、謝辞記載あり 34件)   学会発表 (123件 うち国際学会 24件、招待講演 20件)   図書 (10件)   備考 (4件)   産業財産権 (2件)
  • 6. 生体分子構造データのグラフによる統一の試み

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(B)

    研究分野 生命・健康・医療情報学
    研究機関 長浜バイオ大学
    研究代表者

    白井 剛 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授

    研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31完了
    キーワード 生体生命情報学 / 分子機械 / 高分子構造・物性 / アルゴリズム / 生体超分子構造 / 高分子構造・物性 アルゴリズム
    研究成果の概要 生物学データは階層的であり、これにもっとも適したデータ形式はグラフである。この研究では生物学的グラフを比較する方法を研究開発し、低分子構造グラフによる構造-活性相関、タンパク質超分子複合体モデルのグラフベースの構築方法、系統樹(グラフ)の比較による直系群の同定方法などを開発した。タンパク質複合体モデ ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (14件 うち査読あり 13件、オープンアクセス 3件、謝辞記載あり 7件)   学会発表 (19件 うち招待講演 6件)   図書 (5件)   備考 (2件)   産業財産権 (2件 うち外国 1件)
  • 7. 電子顕微鏡による超分子複合体の構造解析用新規ラベル技術の開発

    研究課題

    研究種目

    挑戦的萌芽研究

    研究分野 ナノ材料・ナノバイオサイエンス
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    真柳 浩太 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教

    研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31完了
    キーワード 電子顕微鏡 / ナノバイオ / 可視化 / 生物物理 / 蛋白質 / DNA / 分子標識 / 画像解析
    研究成果の概要 超分子複合体の構造を電子顕微鏡による単粒子解析によって解析し、各構成因子の位置を同定する際、分子標識技術が大変重要となる。本研究課題においては、生物学的に大変に重要な、DNA結合蛋白質から構成される超分子複合体に着目し、特に複合体中のDNA末端の位置を可視化する新規標識の開発を行った。DNAの高次構 ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (1件 うち査読あり 1件)   学会発表 (11件 うち招待講演 3件)
  • 8. クランプによるレプリソームの制御機構の機能構造連関の研究

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(B)

    研究分野 構造生物化学
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    真柳 浩太 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教

    研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31完了
    キーワード 電子顕微鏡 / ナノバイオ / 生体分子 / 可視化 / 生物物理 / 画像解析 / 複合体 / 立体構造 / 単粒子解析 / DNA複製 / クランプ
    研究成果の概要 PCNAはDNAクランプと総称される蛋白質であり、DNAを囲む様にリング状3量体を形成し、様々な複製因子と結合することから、これらの因子をDNA近傍に留めるレプリソームの基盤分子であると考えられている。これらの因子の切り換え機構及び制御機構を調べるため、DNAポリメラーゼ、DNAリガーゼ、フラップエ ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (32件 うち査読あり 30件)   学会発表 (48件 うち国際学会 1件、招待講演 7件)   図書 (4件)   産業財産権 (1件)
  • 9. 超好熱生物の遺伝情報はどのように守られ、伝達されるのか?

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(B)

    研究分野 生物分子科学
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    石野 良純 九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授

    研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2014-03-31完了
    キーワード アーキア / DNA複製 / 極限環境生命 / DNA修復 / 超す熱性アーキア / 生体高分子 / レプリソーム / 超好熱性アーキア
    研究概要 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis と Pyrococcus furiosusをモデル生物として、それらのDNA複製、修復関連因子の生化学的、遺伝学的解析を進めた。特に、T. ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (21件 うち査読あり 10件)   学会発表 (62件 うち招待講演 16件)   図書 (8件)   備考 (4件)   産業財産権 (8件 うち外国 4件)
  • 10. レプリソームの構築・再編成及び機能制御機構の構造生物学的研究

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(C)

    研究分野 構造生物化学
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    真柳 浩太 九州大学, 生体防御医学研究所

    研究期間 (年度) 2009 – 2011完了
    キーワード 可視化 / 生物物理 / 電子顕微鏡 / ナノバイオ / 生体分子 / 生態分子
    研究概要 単粒子解析によってDNAの複製を行う超分子複合体レプリソームで中心的役割を担うDNAポリメラーゼ-PCNA-DNA複合体の構造解析を行った。その結果得られた構造はDNAの複製・校正両モードのうち後者の状態に相当することが分かった。また既知のPIPモチーフを介した結合の他に新規の接触部位がポリメラーゼ ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (21件 うち査読あり 21件)   学会発表 (48件)   図書 (2件)
  • 11. 核内ネットワークを制御する天然変性タンパク質の機能発現

    計画研究

    研究種目

    新学術領域研究(研究領域提案型)

    審査区分 生物系
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    石野 良純 九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授

    研究期間 (年度) 2009-07-23 – 2014-03-31完了
    キーワード 天然変性蛋白質 / 核内現象 / 遺伝情報制御 / DNA複製 / 転写 / クロマチン / ヒストン / 分子間相互作用 / DNA修復 / 転写因子 / ヒストンシャペロン / 天然変性タンパク質 / DNA トランスアクション / ヌクレオソーム / スヒトンシャペロン / DNAトランスアクション / DNA複製フォーク / タンパク質相互作用 / 転写制御 / マルチドメインタンパク質
    研究概要 石野計画班はDNA 複製、修復、転写を制御する因子とクロマチンとの関係に焦点を当て、そこに関わる天然変性タンパク質について、構造と機能を詳細に調べてその役割を解明するという共通の目的をもって研究を展開した。実際に解析したタンパク質は、DNA複製と協調した修復機構に関わるhuman Hefとarcha ...
    研究領域 天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (47件 うち査読あり 45件)   学会発表 (144件 うち招待講演 11件)   図書 (8件)   備考 (10件)   産業財産権 (1件 うち外国 1件)
  • 12. 天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現

    総括班

    研究種目

    新学術領域研究(研究領域提案型)

    審査区分 生物系
    研究機関 横浜市立大学
    研究代表者

    佐藤 衛 横浜市立大学, その他の研究科, 教授

    研究期間 (年度) 2009-07-23 – 2014-03-31完了
    キーワード 天然変性タンパク質 / X線小角散乱 / 高速AFM / NMR / 核内タンパク質 / X線小角散乱 / タンパク質のゆらぎ / ダイナミクス / ハブタンパク質 / タンパク質のダイナミクス
    研究概要 当該総括班は、構造生物学、分子生物学、情報生物学の研究者が密接に連携し、天然変性タンパク質の様々な特徴や性質、機能を理論的・実験的に明らかにする計画研究の目的を達成するために、総括班会議、研究代表者分担者連絡会議、領域全体会議を定期的に開催した。また、各計画研究班および公募研究班に対して、それぞれの ...
    研究領域 天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (28件 うち査読あり 24件)   学会発表 (65件 うち招待講演 4件)   図書 (5件)   備考 (7件)
  • 13. アーキア研究による染色体DNA複製装置の機能原理の解明

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(B)

    研究分野 生物分子科学
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    石野 良純 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授

    研究期間 (年度) 2008 – 2010完了
    キーワード DNA replication / 超好熱性アーキア / DNA複製 / DNA修復 / 生体高分子 / レプリソーム / アーキア / 超好熱菌 / 分子メカニズム / 分子間相互作用 / 複製装置 / 高次複合体 / 分子認識機構 / 複製フォーク / 遺伝子破壊 / 複製装置複合体
    研究概要 Thermococcus kodakaraensisの3種のmcm遺伝子、および2種のpcna遺伝子および産物の機能解析を進めた。2種のmcm遺伝子と1種のpcna遺伝子の破壊株の作製に成功した。それぞれ一種ずつの遺伝子は破壊株が得られず、生存に必須であることが推定された。発現させた2種のMcmはど ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (27件 うち査読あり 25件)   学会発表 (78件)   図書 (3件)
  • 14. DNA複製における不連続合成装置複合体形成と再編

    研究課題

    研究種目

    特定領域研究

    審査区分 生物系
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    石野 良純 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授

    研究期間 (年度) 2006 – 2007完了
    キーワード DNA 複製装置 / アーキア / 超好熱菌 / DNA ポリメラーゼ / DNA リガーゼ / 結晶構造解析 / 電子顕微鏡觀察 / 複合体再編 / DNA複製 / 組換え修復 / レプリソーム複合体
    研究概要 昨年度にP.furiosus由来のDNAリガーゼ(PfuLig)の結晶構造を決定して、本酵素のDNA結合反応に必要な構造的要素を提唱した。PfuLigはin vitroにおいてはP.furiosus細胞中のような高塩濃度環境下では活性を示さないが、PCNAとの結合により反応が促進されることを実証し、 ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (12件 うち査読あり 6件)   学会発表 (20件)   産業財産権 (1件)
  • 15. 複製フォーク複合体の構築、維持、変換の研究

    研究課題

    研究種目

    特定領域研究

    審査区分 生物系
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    釣本 敏樹 九州大学, 理学研究院, 教授

    研究期間 (年度) 2005 – 2009完了
    キーワード 複製フォーク / 複製装置 / DNA損傷 / 染色体 / クランプ / ATPase / 複製装署 / 複製フオーク / DNA 損傷
    研究概要 DNA複製にともなって染色体構造の基盤が構築される。その中心的役割を持つ複製フォーク複合体の構築原理、機能動態の解明をヒト細胞および古細菌(アーキア)を材料にして行った。その結果、ヒト細胞の複製クランプPCNA、そのローダー因子RFC、およびそれらのパラログ複合体の相互作用因子を同定し、複製と染色体 ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (69件 うち査読あり 22件)   学会発表 (82件)   図書 (22件)   備考 (2件)   産業財産権 (2件)
  • 16. DNA複製装置レプリソーム超複合体の再編による機能変換

    研究課題

    研究種目

    特定領域研究

    審査区分 生物系
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    石野 良純 九州大学, 大学院農学研究院, 教授

    研究期間 (年度) 2005完了
    キーワード DNA複製 / 組換え修復 / アーキア / 超好熱菌 / レプリソーム複合体
    研究概要 DNA複製はフォーク構造DNAと蛋白質複合体から構成されるレプリソームと呼ばれる超分子複合体が正しく機能することによって進行する。我々はこのレプリソーム構成蛋白質因子間の相互作用様式を理解することを目的として、複合体としての構造解析を進めた。蛋白質の構造解析技術が急速に進歩したとは言え、複製の進行に ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (13件)
  • 17. 深海熱水環境からの超好熱古細菌ゲノム資源の大規模収集とその産業技術への応用

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(A)

    研究分野 水産化学
    研究機関 京都大学
    研究代表者

    左子 芳彦 京都大学, 農学研究科, 教授

    研究期間 (年度) 2004 – 2007完了
    キーワード 深海熱水環境 / 超好熱菌 / 古細菌 / ゲノム / 遺伝子資源 / 耐熱性酵素 / ヒドロゲナーゼ / エンドヌクレアーゼ / など / ヌクレアーゼ / 深海熱水孔 / ホーミングエンドヌクレアーゼ / ホーミングエンドヌクレアー / 海底熱水口 / 有用ゲノム資源 / メタゲノム解析 / 環境バイオテクノロジー / 知的財産権
    研究概要 (1)沖縄トラフに位置する伊平屋北深海熱水孔(深度1000m, 310℃)における微生物の分布・生態調査をDNAクローン解析法と分離法を用いて行なった。とりわけこれまで存在が推測されていたが分離培養が不可能であった微生物について、水素と二酸化炭素を気相に用いた独立栄養性の培地を用いて多くの新規微生物 ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (22件 うち査読あり 5件)   学会発表 (3件)   図書 (5件)
  • 18. DNA複製装置複合体(レプリソーム)の全体像を探る

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(B)

    研究分野 生物分子科学
    研究機関 九州大学
    研究代表者

    石野 良純 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授

    研究期間 (年度) 2003 – 2005完了
    キーワード 複製装置 / 超分子複合体 / タンパク質の構造と機能 / 複製起点 / DNAポリメラーゼ / DNA複製 / DNA修復 / アーキア / 複製フォーク / 耐熱性 / ヘリカーゼ / ヌクレアーゼ / 超好熱菌 / ツーハイブリッド / タンパク質相互利用 / Pyrococus
    研究概要 DNA複製はフォーク構造DNAと蛋白質複合体から構成されるレプリソームと呼ばれる超分子複合体が正しく機能することによって進行する。レプリソームが時々刻々と再編を繰り返し、正しく染色体DNAを複製していく分子機構を正確に理解することを日的として本研究を進めている。我々の研究の特徴は、原核生物でありなが ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (33件)   文献書誌 (5件)
  • 19. 組換えと複製におけるHolliday構造の形成と解離の機構

    研究課題

    研究種目

    特定領域研究

    審査区分 生物系
    研究機関 大阪大学
    研究代表者

    品川 日出夫 大阪大学, 微生物病研究所, 招へい教授

    研究期間 (年度) 2001 – 2005完了
    キーワード 遺伝学 / 組換え / 複製 / 癌 / 放射線 / 相同的DNA組換え / Holliday構造 / RuvABC / 出芽酵母 / DNA組換え / 分裂酵母 / MGS1遺伝子 / RAD6-RAD18
    研究概要 DNA組換え及び組換え修復の前期過程は大分明らかになった。原核生物では組換え後期過程でHolliday組換え中間体の分離機構の解明は大分進んだ。本研究では大腸菌でRuvABCタンパク質によるHolliday構造の解離の機構を徹底的に分子・原子のレベルで解析すると共に、未だ不明な真核生物での組換え中間 ...
    この課題の研究成果物 雑誌論文 (72件)   産業財産権 (1件)   文献書誌 (18件)
  • 20. 海洋熱水環境からの次世代型好熱菌の分離とスーパー触媒機能の開発

    研究課題

    研究種目

    基盤研究(B)

    研究分野 水産化学
    研究機関 京都大学
    研究代表者

    左子 芳彦 京都大学, 農学研究科, 助教授

    研究期間 (年度) 2000 – 2002完了
    キーワード 超好熱菌 / 海底熱水孔 / 古細菌 / 耐熱酵素 / ホーミングエンドヌクレアーゼ / 水素細菌 / イントロン / プロテアーゼ / 好熱遺伝子群 / 好気性超好熱菌 / 分子系統解析
    研究概要 本研究は海洋熱水環境からバイオテクノロジーに有用な新規超好熱菌を分離し、その好熱遺伝子群の持つ触媒機能の開発を目指している。3年間の研究概要を下記にまとめる。 ...
    この課題の研究成果物 文献書誌 (28件)

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