KAKEN — 研究課題をさがす | 研究者番号: 70126118

1. 拡張アンサンブル混合法による蛋白質フォールディング過程の研究

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	生物物理学
研究機関	近畿大学
研究代表者	米澤康滋近畿大学, 先端技術総合研究所, 教授
研究期間 (年度)	2012-04-01 – 2015-03-31完了
キーワード	蛋白質 / 分子シミュレーション / 拡張アンサンブル法 / 蛋白質構造 / 反応座標 / 構造空間探索 / 蛋白質フォールディング / フォールディング / 分子動力学シミュレーション
研究成果の概要	代表的な拡張アンサンブル法であるMETADとMCMDを効率良く融合したハイブリッド法によって蛋白質の複雑な構造空間を探索するアルゴリズムを,研究代表者が独自に開発した分子シミュレーションプログラムに実装した。さらに高速な分子動力学シミュレーションを実現しサンプリング能力を飛躍的に高める長距離相互作用 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (2件うち査読あり 2件) 学会発表 (9件うち招待講演 2件)

2. リゾチームアミロイド線維コアの分子解剖

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	生物物理学
研究機関	近畿大学
研究代表者	橘秀樹近畿大学, 生物理工学部, 教授
研究期間 (年度)	2010 – 2012完了
キーワード	フォールディング / リゾチーム / アミロイド / 線維形成 / ジスルフィド結合 / 疎水コア / シーディング / クロスシーディング
研究概要	リゾチームはアミロイド病の原因となる蛋白質のひとつである。この研究では、ニワトリリゾチームのSS結合欠損体ならびに分子内特定領域のペプチドを用いて、アミロイド線維コアの形成反応を調べた。その結果、正常なフォールディングでのコア形成に関与する領域が、異常なフォールディングによる線維化のコア形成にも関っ ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (6件うち査読あり 6件) 学会発表 (15件)

3. 圧力軸実験を主とするアミロイド形成と解離メカニズムの研究

研究課題

研究種目	特定領域研究
審査区分	理工系
研究機関	近畿大学
研究代表者	赤坂一之近畿大学, 生物理工学部, 教授
研究期間 (年度)	2006 – 2007完了
キーワード	ニワトリリゾチーム / アミロイド線維 / プロトフィブリル形成 / 熱変性 / シード / 部分モル体積変化 / アミロイド線維の成長機構 / SS結合欠損変異 / アミロイド / プロトフィブリル / 圧力解離 / 活性化体積 / 活性化圧縮率 / 水和
研究概要	野生型ニワトリリゾチーム(SS結合を4つもつ4SS体)及びそのモデル系としてSS結合欠損変異体(0SS,1SS)を対象に、アミロイド線維形成に必須のプロトフィブリル形成・解離の機構をCD,AFM,高圧蛍光、高圧NMRを用いて総合的に研究し、また圧力解離等の基本となる、プロトフィブリル形成に伴う蛋白質 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (9件うち査読あり 6件) 学会発表 (6件) 図書 (1件)

4. 蛋白分子内構造制御によるアミロイド線維形成機構の解明

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	生物物理学
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	2005 – 2006完了
キーワード	蛋白質 / アミロイド / ジスルフィド / リゾチーム / 核形成 / ベータシート / H-D交換
研究概要	1.アミロイド様会合体形成の基本過程 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (16件)

5. 圧力軸実験によるアミロイド形成機構の解明

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	構造生物化学
研究機関	近畿大学
研究代表者	赤坂一之近畿大学, 生物理工学部, 教授
研究期間 (年度)	2004 – 2005完了
キーワード	アミロイドプロトフィブリル / ニワトリリゾチーム / 圧力ジャンプNMR / 高圧蛍光 / プロトフィブリルの圧力解離 / 解離の活性化体積 / 変異型トランスサイレチン / トランスサイレチンの熱力学安定 / ニワトリリゾチームのS-S / 圧力によるプロトフィブリルの解 / プロトフィブリル解離の活性化体 / トランスサイレチンの変異型 / 高圧NMR / ニワトリリゾチーム変異体 / 圧力解離 / 原子間顕微鏡 / 活性化体積
研究概要	1.ニワトリリゾチームのS-S欠損変異体は、常温常圧下では3次元立体構造は形成せず、塩存在下で速やかに会合し、数ヶ月の間に安定なプロトフィブリルを形成する。30-2000気圧への圧カジャンプNMR測定から、2000気圧では数日の間にプロトフィブリルがモノマーに解離し、圧力を30気圧に戻すと再び会合が ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (16件)

6. アミロイドーシスの高圧予防・治療法の開発

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	構造生物化学
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	2001 – 2003完了
キーワード	リゾチーム / アミロイド / 高圧NMR / プリオン / 励起中間体 / 国際情報交換 / 米国 / アミロイド病 / βラクトグロブリン
研究概要	1.リゾチームのSS結合をすべて欠くOSS変異体は沈降定数17Sでベータシート構造を持つ会合体を形成する。会合が進行すると、週から月のオーダーでアミロイドフィブリルが形成される。この場合、特定の構造が壊れた変性中間体がアミロイドフィブリル形成に必須ではなく、変性状態の単量体がベータシート構造形成と共 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (32件)

7. リゾチームのフォールディングにおける各SS結合の役割

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	1996完了
キーワード	蛋白質 / リゾチーム / フォールディング / ジスルフィド結合
研究概要	1.ニワトリリゾチームの1SS体の4種を用い、各SS結合に関わるCys残基の実効濃度を決定した。ネイティブ溶液条件下での実効濃度はSS3が一番高く、SS1が一番低い。蛋白質の立体構造形成とSS結合形成との共役度合を反映する、ネイテゥヴならびに変性溶液条件下での実効濃度の比は、SS1が最高で、SS4は ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (5件)

8. プロテインキナーゼC-C2ドメインの高次構造・機能解析

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	1994完了
キーワード	PKC / カルシウム
研究概要	昆虫細胞の大量培養およびC2ドメインの産生に際しての、組換えウイルスの最適の感染多重率、発現の経時変化を調べた。蛋白精製に関しては、当初用いていたDEAE celluloseとmonoQの2段のクロマトでは精製度が十分でなく、これらの間にゲル濾過のステップを入れた。これにより1リットルの培養液あたり ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (1件)

9. タンパク質の非天然構造の研究

研究課題

研究種目	一般研究(A)
研究分野	生物物理学
研究機関	神戸大学
研究代表者	赤坂一之神戸大学, 理学部, 教授
研究期間 (年度)	1993 – 1995完了
キーワード	x線溶液散乱 / 円二色性分光 / NMR / 低温変性 / 圧力変性 / 温度ジャンプ / 高圧NMR / メタノール変性 / シトクロームC / サチライシンインヒビター / リゾチーム / リボヌクレアーゼ / X線溶液散乱 / Streptomyces Subtilisin Inhibitor / リボヌクレアーゼA / Cytochrome c / 膜融合ペプチド / タンパク質の構造 / タンパク質の変性 / S-S結合 / 円二色性 / ミオグロビン / SSI / X線小角散乱
研究概要	1。x線溶液散乱等による蛋白質の変性状態の構造(赤坂、今野)

この課題の研究成果物	文献書誌 (31件)

10. リゾチーム1-,2-,3-SS体コレクションの作製と構造・機能解析

研究課題

研究種目	一般研究(C)
研究分野	生体物性学
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	1992 – 1993完了
キーワード	リゾチーム / 蛋白質工学 / ジスルフィド結合 / 再生
研究概要	ニワトリリゾチームの8個のシステイン残基を色々の組み合わせでセリン残基に置換した3-SS体4種(SS結合の欠損に応じて△1、△2、△3、△4と命名)、ならびにアラニン置換体2種(△2Ala、△4Ala)を、人工合成遺伝子の大腸菌内での発現により作製した。封入体中に得られた発現産物は2段階のカラムクロ ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (20件)

11. 蛋白質のアミノ末端側からの高次構造形成の解析

研究課題

研究種目	一般研究(C)
研究分野	生体物性学
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	1990 – 1991完了
キーワード	蛋白質 / モジュ-ル / リゾチ-ム / 再生 / folding / 構造形成
研究概要	1.新しい直接発現ベクタ-、ATGーTAG vector、を開発し、ニワトリリゾチ-ムのモジュ-ル結合体1+2+3+4+5(M1-5と略記)、M1ー4、M1ー3、M2ー5、M2ー4の大腸菌での発現を行った。M1ー2ならびにM1の融合蛋白質としての発現はできなかった.2.発現非誘導時の抑制は、mini ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (14件)

12. プロテインキナ-ゼCの特異的分子種発現細胞の構築・応用と選択的制御剤の開発研究

研究課題

研究種目	試験研究(B)
研究分野	医化学一般
研究機関	神戸大学
研究代表者	深見泰夫神戸大学, 遺伝子実験施設, 助教授
研究期間 (年度)	1990 – 1991完了
キーワード	プロテンキナ-ゼC / 蛋白質リン酸化反応 / 生理活性物質 / 情報受容機構 / cDNA / 発現細胞系 / プロテインキナ-ゼC / 蛋白質リン酸化酵素 / 触媒機能
研究概要	本研究では、プロテインキナ-ゼC(PKC)ファミリ-に焦点をあて、以下の諸点の試験的解析を行なうことを目的とした。1.PKCの分子種特異的活性調節物質の開発。2.分子種特異的活性調節物質のPKCの特異的分子種発現細胞への応用。3.上記細胞系を用いた受容応答機構の解析。 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (35件)

13. DNAシ-ケンサ-による塩基配列決定の高速化

研究課題

研究種目	試験研究(B)
研究分野	分子遺伝学・分子生理学
研究機関	神戸大学
研究代表者	磯野克己神戸大学, 理学部, 教授
研究期間 (年度)	1989 – 1990完了
キーワード	塩基配列決定 / 整列フロ-ン / ミニトランスポゾン / PCR増幅 / DNAシ-ケンサ- / 整列クロ-ン / 反応の自動化 / 大量デ-タの処理
研究概要	本研究は現在の分子生物学の分野で最も基本的な方法として用いられているDNAの塩基配列決定の方法を改良し、長大な領域の塩基配列決定を高速で行なうようにするための基礎を築こうとなるものである。DNAの塩基配列決定に際してもっとも時間と労力のかかるのは、(a)対象とするDNA断片の細分化、(b)配列決定の ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (55件)

14. 大腸菌ゲノムの一次構造の解析

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	神戸大学
研究代表者	磯野克己神戸大学, 理学部, 教授
研究期間 (年度)	1989完了
キーワード	整列クローンバンク / 塩基配列決定 / DNAシーケンサー / コンピュータープログラム / 大腸菌データベース
研究概要	大腸菌ゲノム構造の全体像を解明するためには、(1)実験データを効率よく得るための方法・技術を開発すること、及び、(2)データの収録・整理・統合などを効率よく行なうこと、が必要である。(1)の目的のためには、大腸菌の全ゲノムを網羅したいわゆる「整列クローンバンク」から、個々のクローンを取り出して塩基配 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (21件)

15. プロテインキナ-ゼCの特異的分子種発現細胞系の構築及びその選択的抑制剤の開発研究

研究課題

研究種目	試験研究
研究分野	病態医化学
研究機関	神戸大学
研究代表者	荻田浩司 (1989) 神戸大学, 医学部, 助手吉川潮 (1988) 神戸大学, 医学部, 講師
研究期間 (年度)	1988 – 1989完了
キーワード	PKC / PDBu結合能 / calpain / down regulation / Ca^<2+>応答性 / 脂肪酸 / アルコ-ルリン脂質 / tamoxifen / Protein Kinase C / 血小板 / LTP(長期増強) / T cell / synaptosome / DiC_8 / TPA / 細胞増殖 / プロテインキナーゼC / 発現細胞 / NIH3T3細胞 / 生理活性物質 / 受容伝達機構
研究概要	(1)プロテインキナ-ゼC分子多種多様性 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (97件)

16. 超らせん応力による鋳型DNA構造変化と転写開始活性

研究課題

研究種目	一般研究(B)
研究分野	生体物性学
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	1988 – 1989完了
キーワード	DNA / 超らせん / プロモ-タ- / 転写 / プロモーター
研究概要	原核生物においてプロモ-タ-領域内のRNAポリメラ-ゼ認識部位である-35、-10配列が明らかにされているが、各プロモ-タ-の強さを決めている分子的機構ならびに生体内での鋳型構造である超らせん形成に伴う強度変化の分子的機構は明らかでない。この研究では、まず、大腸菌ラクト-スプロモ-タ-の野生型ならび ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (9件)

17. 局所ホモロジー探索による蛋白質の構造・機能ドメイン解析

研究課題

研究種目	一般研究(C)
研究分野	分子遺伝学・分子生理学
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	1987完了
キーワード	蛋白質構造 / 相同性解析 / データベース / 機能予測
研究概要	一次構造のみ, あるいはそれに加えて主な機能のみが知られている蛋白質について, その未知の構造や機能を知るため, 従来の相同性解析手法を改良して,より微視的かつ包括的なものにした.

この課題の研究成果物	文献書誌 (1件)

18. モジュール構造対応ペプチドの発現ならびに構造と機能

研究課題

研究種目	特定研究
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	1987完了
キーワード	蛋白質部品 / 遺伝子特定断片 / 発現ベクター / エキソヌクレアーゼ
研究概要	蛋白質の構造と機能を, 遺伝子工学の手法により実用的になったアミノ酸置換の影響を通して探ろうとする研究が多いが, モジュール構造のような, 2次構造と3次構造の中間に位置し, 蛋白質の構造・機能の単位と思われるものに着目した研究は非常に少ない. この研究では, 蛋白質の「部品」構造に対応すると思われ ...

19. モジュール構造対応ペプチドの発現ならびに構造と機能

研究課題

研究種目	特定研究
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大, 国立大学(その他), 助手
研究期間 (年度)	1986完了
キーワード	リゾチーム / モジュール / 蛋白質工学 / 直接発現ベクター / 蛋白質構造形成
研究概要	1.モジュールあるいはその複合体に対応する遺伝子断片の発現をリンカー等由来の外来性アミノ酸配列を含まずに直接発現できるベクターを二種類開発した('ATG-TAG直接発現ベクター';pHT6ならびにpHT8)。pHT6ではATGGATCC部位でのBamHI切断そしてS1処理により,一方pHT8ではCC ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (1件)

20. 蛋白質モジュール対応ペプチドの構造と機能

研究課題

研究種目	一般研究(B)
研究分野	広領域
研究機関	神戸大学
研究代表者	橘秀樹神戸大, 国立大学(その他), 助手
研究期間 (年度)	1985 – 1986完了
キーワード	リゾチーム / 蛋白質工学 / 発現ベクター / 蛋白質のモジュール / エクソン / 蛋白質の構造形成
研究概要	1.モジュールに対応する遺伝子部分あるいはその複合体の発現を、外部のリンカー等に由来する余分のアミノ酸配列を含まず、直接発現できるようなベクターを二種類開発し、'ATG-TAG'ベクターと名付けた。これは、BamH【I】部位に隣接して、あるいはNco【I】部位内に開始コドンATGを、一方、Tth【I ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (8件)

研究期間 (開始年度)

1. 拡張アンサンブル混合法による蛋白質フォールディング過程の研究 研究課題

米澤 康滋 近畿大学, 先端技術総合研究所, 教授

2. リゾチームアミロイド線維コアの分子解剖 研究課題

橘 秀樹 近畿大学, 生物理工学部, 教授

3. 圧力軸実験を主とするアミロイド形成と解離メカニズムの研究 研究課題

赤坂 一之 近畿大学, 生物理工学部, 教授

4. 蛋白分子内構造制御によるアミロイド線維形成機構の解明 研究課題

橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授

5. 圧力軸実験によるアミロイド形成機構の解明 研究課題

赤坂 一之 近畿大学, 生物理工学部, 教授

6. アミロイドーシスの高圧予防・治療法の開発 研究課題

橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授

7. リゾチームのフォールディングにおける各SS結合の役割 研究課題

橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授

8. プロテインキナーゼC-C2ドメインの高次構造・機能解析 研究課題

橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授

9. タンパク質の非天然構造の研究 研究課題

赤坂 一之 神戸大学, 理学部, 教授

10. リゾチーム1-,2-,3-SS体コレクションの作製と構造・機能解析 研究課題

橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授

11. 蛋白質のアミノ末端側からの高次構造形成の解析 研究課題

橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授

12. プロテインキナ-ゼCの特異的分子種発現細胞の構築・応用と選択的制御剤の開発研究 研究課題

深見 泰夫 神戸大学, 遺伝子実験施設, 助教授

13. DNAシ-ケンサ-による塩基配列決定の高速化 研究課題

磯野 克己 神戸大学, 理学部, 教授

14. 大腸菌ゲノムの一次構造の解析 研究課題

磯野 克己 神戸大学, 理学部, 教授

15. プロテインキナ-ゼCの特異的分子種発現細胞系の構築及びその選択的抑制剤の開発研究 研究課題

荻田 浩司 (1989) 神戸大学, 医学部, 助手 吉川 潮 (1988) 神戸大学, 医学部, 講師

16. 超らせん応力による鋳型DNA構造変化と転写開始活性 研究課題

橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授

17. 局所ホモロジー探索による蛋白質の構造・機能ドメイン解析 研究課題

橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授

18. モジュール構造対応ペプチドの発現ならびに構造と機能 研究課題

橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授

19. モジュール構造対応ペプチドの発現ならびに構造と機能 研究課題

橘 秀樹 神戸大, 国立大学(その他), 助手

20. 蛋白質モジュール対応ペプチドの構造と機能 研究課題

橘 秀樹 神戸大, 国立大学(その他), 助手

1. 拡張アンサンブル混合法による蛋白質フォールディング過程の研究

研究課題

米澤康滋近畿大学, 先端技術総合研究所, 教授

2. リゾチームアミロイド線維コアの分子解剖

研究課題

橘秀樹近畿大学, 生物理工学部, 教授

3. 圧力軸実験を主とするアミロイド形成と解離メカニズムの研究

研究課題

赤坂一之近畿大学, 生物理工学部, 教授

4. 蛋白分子内構造制御によるアミロイド線維形成機構の解明

研究課題

橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授

5. 圧力軸実験によるアミロイド形成機構の解明

研究課題

赤坂一之近畿大学, 生物理工学部, 教授

6. アミロイドーシスの高圧予防・治療法の開発

研究課題

橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授

7. リゾチームのフォールディングにおける各SS結合の役割

研究課題

橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授

8. プロテインキナーゼC-C2ドメインの高次構造・機能解析

研究課題

橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授

9. タンパク質の非天然構造の研究

研究課題

赤坂一之神戸大学, 理学部, 教授

10. リゾチーム1-,2-,3-SS体コレクションの作製と構造・機能解析

研究課題

橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授

11. 蛋白質のアミノ末端側からの高次構造形成の解析

研究課題

橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授

12. プロテインキナ-ゼCの特異的分子種発現細胞の構築・応用と選択的制御剤の開発研究

研究課題

深見泰夫神戸大学, 遺伝子実験施設, 助教授

13. DNAシ-ケンサ-による塩基配列決定の高速化

研究課題

磯野克己神戸大学, 理学部, 教授

14. 大腸菌ゲノムの一次構造の解析

研究課題

磯野克己神戸大学, 理学部, 教授

15. プロテインキナ-ゼCの特異的分子種発現細胞系の構築及びその選択的抑制剤の開発研究

研究課題

荻田浩司 (1989) 神戸大学, 医学部, 助手
吉川潮 (1988) 神戸大学, 医学部, 講師

16. 超らせん応力による鋳型DNA構造変化と転写開始活性

研究課題

橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授

17. 局所ホモロジー探索による蛋白質の構造・機能ドメイン解析

研究課題

橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授

18. モジュール構造対応ペプチドの発現ならびに構造と機能

研究課題

橘秀樹神戸大学, 理学部, 助教授

19. モジュール構造対応ペプチドの発現ならびに構造と機能

研究課題

橘秀樹神戸大, 国立大学(その他), 助手

20. 蛋白質モジュール対応ペプチドの構造と機能

研究課題

橘秀樹神戸大, 国立大学(その他), 助手