Organizing study of ATP energy research project

• Project Area: Water plays a key role in ATP hydrolysis and ATP-driven functions of proteins
• Project/Area Number: 20118001
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Complex systems
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: SUZUKI Makoto 東北大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (60282109)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): MATUBAYASI Nobuyuki 京都大学, 化学研究所, 准教授 (20281107) ; KINOSHITA Masahiro 京都大学, エネルギー理工学研究所, 教授 (90195339) ; SAKURAI Minoru 東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 教授 (50162342) ; 宗行 英朗 中央大学, 理工学部, 教授 (80219865) ; 三本木 至宏 広島大学, 生物圏科学研究所, 准教授 (10222027)
• Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha): TAKAHASHI Takuya 立命館大学, 生命科学部, 教授 (70262102) ; SAMBONGI Yoshihiro 広島大学, 生物圏科学研究科, 教授 (10222027) ; AKIYAMA Ryo 九州大学, 理学研究院, 准教授 (60363347) ; IWAKI Mitsuhiro 大阪大学, 医学系研究科, 助教 (30432503) ; MUNEYUKI Eiro 中央大学, 理工学部, 教授 (80219865)
• Project Period (FY): 2008-11-13 – 2014-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2013)
• Budget Amount: ¥26,910,000 (Direct Cost: ¥20,700,000、Indirect Cost: ¥6,210,000); Fiscal Year 2013: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2012: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000); Fiscal Year 2011: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000); Fiscal Year 2010: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000); Fiscal Year 2009: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000); Fiscal Year 2008: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
• Keywords: 水和とＡＴＰ / 生命エネルギー / エネルギー変換 / 化学力学変換 / 多体効果 / 水和自由エネルギー / 水の並進エントロピー / ハイパーモバイル水 / ATPエネルギー / タンパク質の水和 / ATP加水分解反応 / ATP駆動タンパク質 / 水和エントロピー / 溶媒和 / 自由エネルギー / 水和 / 水のエントロピー / 加水分解自由エネルギー / 化学力学エネルギー変換 / アクトミオシン / F1ATPase / ABCトランスポーター / 水和自由エネルギー変化 / 並進エントロピー

Research Abstract

この新学術領域研究では、水と生体分子の相互作用エネルギーの変化が反応系の全自由エネルギー変化に対する寄与を解析の中心において、すなわち、水を「主役」としてATPのエネルギー論とATP駆動タンパク質によるエネルギー変換メカニズムを追求する研究を遂行した。そのために本総括研究では、、計画研究9名（2008-2012）と公募研究前期（2009-2010）24名、後期（2011-2012）が21名のメンバーがそれぞれの能力を最大限発揮できるよう、メンバー間の情報交流のための領域会議、研究会、国際ワークショップ、国内シンポジウム・国際シンポジウムを開催し、とくに領域内メンバーの実質的共同研究の推進に力をいれ、領域内評価委員のアドバイスを積極的に取り入れつつ運営・推進活動を行ってきた。
2013年度はこれまでの5年間の研究結果をまとめ、成果を一般に公開するため、5月21日公開講座「生命のエネルギー物質ＡＴＰとは何か？」を東京品川の京都大学東京オフィスにて開催した。さらに、新学術領域研究「水を主役としたＡＴＰエネルギー変換」終了公開シンポジウムを平成25年5月22日ＫＫＲホテル東京にて開催した。とくに、量子化学と統計力学によるATP加水分解の自由エネルギー解析、ATPと水の役割からみたABCトランスポーターの機能発現機構、F1-ATPaseモーターによるＡＴＰエネルギー変換、ATP系およびタンパク質系に対する溶媒和効果の全原子自由エネルギー解析、生体系における自己組織化およびATP駆動蛋白質機能発現の統一的理解、ATP駆動タンパク質周りの水の変化とエネルギー論について、本領域研究の顕著な成果として公表した。領域ホームページにも活動内容を公開してきた。
これらの成果をとりまとめて事後評価報告書を作成し審査を受けた。その審査結果は、当初の目標をこえる優れた成果がでたものとしてA+の評価を受けることができた。

Current Status of Research Progress

Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Journal Article] What is “hypermobile” water? :detected in alkali halide, adenosine phosphate and F-actin solutions by high-resolution microwave dielectric spectroscopy (2014)
  • Author(s): Makoto Suzuki
  • Journal Title: Pure and Applied Chemistry Volume: 86 Issue: 2 Pages: 181-189
  • DOI: 10.1515/pac-2014-5024
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Self-assembled microspheres driven by dipole-dipole interactions: UCST type transition in water (2014)
  • Author(s): Nobuyuki Morimoto, Kanna Muramatsu, Tetsuichi Wazawa, Yuichi Inoue and Makoto Suzuki
  • Journal Title: Macromolecular Rapid Communications Volume: 35 Issue: 1 Pages: 103-108
  • DOI: 10.1002/marc.201300798
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Comparative Study on the Properties of Hydration Water of Na- and K-Halide Ions by Raman OH/OD-stretching Spectroscopy and Dielectric Relaxation Data (2014)
  • Author(s): Yuichiro Okazaki, Tetsuo Taniuchi, George Mogami, Nobuyuki Matubayasi and Makoto Suzuki
  • Journal Title: J. Phys. Chem. A Volume: 118 Issue: 16 Pages: 2922-2930
  • DOI: 10.1021/jp412804d
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration Structure of CO2-Absorbed 2-Aminoethanol Studied by Neutron Diffraction with the 14N/15N Isotopic Substitution Method (2014)
  • Author(s): Y. Kameda, H. Deguchi, H. Furukawa, Y. Kubota, Y. Yagi, Y. Imai, N. Yamazaki, N. Watari, T. Hirata, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Phys. Chem. B Volume: 118 Issue: 5 Pages: 1403-1410
  • DOI: 10.1021/jp411780d
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Preferential Solvation: Dividing Surface vs Excess Numbers (2014)
  • Author(s): S. Shimizu and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Phys. Chem. B Volume: 119 Issue: 14 Pages: 3922-3930
  • DOI: 10.1021/jp410567c
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Binding of an RNA aptamer and a partial peptide of a prion protein: crucial importance of water entropy in molecular recognition (2014)
  • Author(s): T. Hayashi, H. Oshima, T. Mashima, T. Nagata, M. Katahira, M. Kinoshita
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 42 Issue: 11 Pages: 6861-6875
  • DOI: 10.1093/nar/gku382
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Octahedral point-charge model and its application to fragmentmolecular orbital calculations of chemical shifts (2014)
  • Author(s): Qi Gao, Satoshi Yokojima, Dmitri G. Fedorov, Kazuo Kitaura, Minoru Sakurai, Shinichiro Nakamura
  • Journal Title: Chem. Phy. Lett. Volume: 593 Pages: 165-173
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2014.01.001
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Unrestricted density functional theory based on the fragment molecular orbital method (2014)
  • Author(s): Hiroya Nakata, Dmitri G. Fedorov, Satoshi Yokojima, Kazuo Kitaura, Minoru Sakurai, and Shinichiro Nakamura
  • Journal Title: J. Chem. Phys. Volume: 140 Issue: 14 Pages: 1441011-11
  • DOI: 10.1063/1.4870261
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Anion-Dependence of Fast Relaxation Component in Na-, K-Halide 2 Solutions at Low Concentrations Measured by High-Resolution 3 Microwave Dielectric Spectroscopy (2013)
  • Author(s): George Mogami, Takashi Miyazaki, Tetsuichi Wazawa, Nobuyuki Matubayasi, and Makoto Suzuki
  • Journal Title: J. Phys. Chem A Volume: 117 Issue: 23 Pages: 4851-4862
  • DOI: 10.1021/jp4012119
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration state change of horse heart cytochrome c corresponding to trifluoroacetic-acid-induced unfolding (2013)
  • Author(s): Yusuke Miyashita, Tetsuichi Wazawa, George Mogami, Satoshi Takahashi, Yoshihiro Sambongi, and Makoto Suzuki
  • Journal Title: Biophysical Journal Volume: 104 Issue: 1 Pages: 163-172
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2012.11.3825
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 1,3-Diethylurea-enhanced Mg-ATPase activity of skeletal muscle myosin with a converse effect on the sliding motility (2013)
  • Author(s): Tetsuichi Wazawa, Shin-ichiro Yasui, Nobuyuki Morimoto, Makoto Suzuki
  • Journal Title: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics Volume: 1834 Issue: 12 Pages: 2620-2629
  • DOI: 10.1016/j.bbapap.2013.08.003
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effects of sugars on the thermal stability of a protein (2013)
  • Author(s): Hiraku Oshima and Masahiro Kinoshita
  • Journal Title: The Journal of Chemical Physics Volume: 138 Issue: 24
  • DOI: 10.1063/1.4811287
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] On the Physics of Multidrug Efflux through a Biomolecular Complex (2013)
  • Author(s): H. Mishima, H. Oshima, S. Yasuda, K. Amano, M Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 139 Issue: 20
  • DOI: 10.1063/1.4832896
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A New Theoretical Approach to Biological Self-Assembly (2013)
  • Author(s): Masahiro Kinoshita
  • Journal Title: Biophysical Reviews Volume: 5 Issue: 2 Pages: 283-293
  • DOI: 10.1007/s12551-012-0072-0
  • NAID: 120005477197
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration state change of horse heart cytochrome c corresponding to trifluoroacetic-acid-induced unfolding (2013)
  • Author(s): Yusuke Miyashita, Tetsuichi Wazawa, George Mogami, Satoshi Takahashi, Yoshihiro Sambongi, and Makoto Suzuki
  • Journal Title: Biophys. J Volume: 104 Pages: 163-172
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A theoretical study of the two binding modes between lysozyme and tri-NAG with an explicit solvent model based on the fragment molecular orbital method (2013)
  • Author(s): T. Ishikawa, R. R. Burri, Y.O. Kamatari, S. Sakuraba, N. Matubayasi, A. Kitao, and K. Kuwata
  • Journal Title: Phys. Chem. Chem. Phys Volume: 15 Pages: 3646-3654
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Interaction-component analysis of the urea effect on amino acid analogs (2013)
  • Author(s): Y. Karino and N. Matubayasi
  • Journal Title: Phys. Chem. Chem. Phys Volume: 15 Pages: 4377-4391
  • NAID: 120005466636
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Solvent Effect on Pathways and Mechanisms for D-Fructose Conversion to 5-Hydroxymethyl-2-furaldehyde : In Situ ^<13>C NMR Study (2013)
  • Author(s): H. Kimura, M. Nakahara, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 117 Pages: 2102-2113
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ffect of heavy hydrogen isotopes on the vibrational line shape for supercritical water through rotational couplings (2013)
  • Author(s): K. Yoshida, N. Matubayasi, Y. Uosaki, and M. Nakahara
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 138
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] High-Energy X-ray Diffraction Study on the Intramolecular Structure of 2-Aminoethanol in the Liquid State (2013)
  • Author(s): Y. Kameda, H. Deguchi, Y. Kubota, H. Furukawa, Y. Yagi, Y. Imai, M. Tatsumi, N. Yamazaki, N. Watari, T. Hirata, N. Matubayasi
  • Journal Title: Bull. Chem. Soc. Japan Volume: 86 Pages: 99-103
  • NAID: 10031143770
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-energy analysis of lysozyme-triNAG binding modes with all-atom molecular dynamics simulation combined with the solution theory in the energy representation (2013)
  • Author(s): K. Takemura, R. R. Burri, T. Ishikawa, T. Ishikura, S. Sakuraba, N. Matubayasi, K. Kuwata, and A. Kitao
  • Journal Title: Chem. Phys. Left Volume: 559 Pages: 94-98
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Entropic release of a big sphere from a cylindrical vessel (2013)
  • Author(s): Hirokazu Mishima, Hiraku oshima, Satoshi Yasuda, Ken-ichi Amano. and Masahiro Kinoshita
  • Journal Title: Chemical Physics Letters 7 Volume: 561-562 Pages: 159-165
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2013.01.045
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Electrochemical Deposition of Platinum within Nanopores on Silicon: Drastic Acceleration Originating from Surface-lnduced Phase Transition (2013)
  • Author(s): K. Fukami, R. Koda, T. Sakka, Y. Ogata, and M. Kinoshita
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 138 Issue: 9
  • DOI: 10.1063/1.4793526
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular Dynamics Simulations of Yeast F1-ATPase Before and After 16-degree Rotation of the Gamma Subunit (2013)
  • Author(s): Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matubayashi, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi
  • Journal Title: The journal of Physical Chemistry B Volume: 117 Issue: 12 Pages: 3298-3307
  • DOI: 10.1021/jp312499u
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A New Theoretical Approach to Biological Self-Assembly (2013)
  • Author(s): M. Kinoshita
  • Journal Title: Biophys. Rev Volume: 5 Issue: 3 Pages: 1-11
  • DOI: 10.1007/s12551-013-0100-8
  • NAID: 120005477197
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The Power Stroke Driven by ATP Binding in CFTR As Studied by by ATP Binding in CFTR As Studied by Molecular Dynamics Simulations (2013)
  • Author(s): T. Furukawa-Hagiya
  • Journal Title: J. Phys. Chem. B Volume: 117 Issue: 1 Pages: 83-93
  • DOI: 10.1021/jp308315w
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Dynamics and structural changes induced by ATP and/or substrate binding in the inward-facing conformation state of P-glycoprotein (2013)
  • Author(s): Y. Watanabe
  • Journal Title: Chem. Phys. Left Volume: 557 Pages: 145-149
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2012.12.040
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural Stability of Proteins in Aqueous and Nonpolar Environments (2013)
  • Author(s): S. Yasuda, H. Oshima, M. Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 137 Issue: 13 Pages: 1-14
  • DOI: 10.1063/1.4755755
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] High-Energy X-ray Diffraction Study on the Intramolecular Structure of 2-Aminoethanol in the Liquid State (2013)
  • Author(s): Y. Kameda, H. Deguchi, Y. Kubota, H. Furukawa, Y. Yagi, Y. Imai, M. Tatsumi, N. Yamazaki, N. Watari, T. Hirata, N. Matubayasi
  • Journal Title: Bull. Chem. Soc. Japan Volume: 86 Issue: 1 Pages: 99-103
  • DOI: 10.1246/bcsj.20120222
  • NAID: 130004153140
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-energy analysis of lysozyme-triNAG binding modes with all-atom molecular dynamics simulation combined with the solution theory in the energy representation (2013)
  • Author(s): K. Takemura, R. R. Burri, T. Ishikawa, T. Ishikura, S. Sakuraba, N. Matubayasi, K. Kuwata, and A. Kitao
  • Journal Title: Chem. Phys. Lett Volume: 559 Pages: 94-98
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2012.12.063
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A theoretical study of the two binding modes between lysozyme and tri-NAG with an explicit solvent model based on the fragment molecular orbital method (2013)
  • Author(s): T. Ishikawa, R. R. Burri, Y. O. Kamatari, S. Sakuraba, N. Matubayasi, A. Kitao, and K. Kuwata
  • Journal Title: Phys. Chem. Chem. Phys Volume: 15 Issue: 10 Pages: 3646-3654
  • DOI: 10.1039/c3cp42761g
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Interaction-component analysis of the urea effect on amino acid analogs (2013)
  • Author(s): Y. Karino and N. Matubayasi
  • Journal Title: Phys. Chem. Chem. Phys Volume: 15 Issue: 12 Pages: 4377-4391
  • DOI: 10.1039/c3cp43346c
  • NAID: 120005466636
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Solvent Effect on Pathways and Mechanisms for D-Fructose Conversion to 5-Hydroxymethyl-2-furaldehyde: In Situ^<13>C NMR Study (2013)
  • Author(s): H. Kimura, M. Nakahara, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Phys. Chem. A Volume: 117 Issue: 10 Pages: 2102-2113
  • DOI: 10.1021/jp312002h
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effect of heavy hydrogen isotopes on the vibrational line shape for supercritical water through rotational couplings (2013)
  • Author(s): K. Yoshida, N. Matubayasi, Y. Uosaki, and M. Nakahara
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 138 Issue: 13 Pages: 134508-134508
  • DOI: 10.1063/1.4798933
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular Dynamics Study of Fast Dielectric Relaxation of Water around a Molecular-Sized Ion (2012)
  • Author(s): Yoji Kubota, Akira Yoshimori, Nobuyuki Matubayasi, Makoto Suzuki, and Ryo Akiyama
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Role of Water in Actin-Myosin Binding and Actin Polymerization: Rotational and Translational Mobility of Water Molecules (2012)
  • Author(s): Makoto Suzuki, Tetsuichi Wazawa, George Mogami, and Takao Kodama
  • Journal Title: J. Phys. Soc Jpn Supplement Volume: 81
  • NAID: 40019408743
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Simple and exact approach to the electronic polarization effect on the solvation free energy: Formulation for QM/MM system and its applications to aqueous solutions (2012)
  • Author(s): H. Takahashi, A. Omi, A. Morita, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 136
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A possible molecular mechanism for the pressure reversal of general anaesthetics: aggregation of halothane in POPC bilayers at high pressure (2012)
  • Author(s): K. M. Tu, N. Matubayasi, K. K. Liang, I. T. Todorov, S. L. Chan, and P.-L. Chau
  • Journal Title: Cham Phys. Lett Volume: 543 Pages: 148-154
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Interaction of naphthalene derivatives with lipid in Overhauser effect and molecular dynamics simulation (2012)
  • Author(s): M. Shintani, Y. Matsuo, S. Sakuraba, and N. Matubayasi
  • Journal Title: Phys. Chem. Chem. Phys Volume: 14 Pages: 14049-14060
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Non-catalytic Hydrothermal Elimination of Terminal D-Glucose Unit from Malto- and Cello-oligosaccharides through Transformation to D-Fructose (2012)
  • Author(s): H. Kimura, M. Nakahara, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Phys. Chem. A Volume: 116 Pages: 10039-10049
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Nuclear magnetic resonance study on rotational dynamics of water and benzene in a series of ionic liquids: Anion and cation effects (2012)
  • Author(s): H. Kimura, Y. Yasaka, M. Nakahara, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137
  • NAID: 120005054548
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Density effect on infrared spectrum for supercritical water in the low- and medium-density region studied by molecular dynamics simulation (2012)
  • Author(s): K. Yoshida, N. Matubayasi, Y. Uosaki, and M. Nakahara
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Evaluation of protein-protein docking model structures using all-atom molecular dynamics simulations combined with the solution theory in the energy representation (2012)
  • Author(s): K. Takemura, H. Guo, S. Sakuraba, N. Matubayasi, and A. Kitao
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-energy analysis of water affinity in polymer studied by atomistic molecular simulation combined with the theory of solutions in the energy representation (2012)
  • Author(s): T. Kawakami, I. Shigemoto, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A scoring function based on solvation thermodynamics for protein structure prediction (2012)
  • Author(s): S. Du
  • Journal Title: BIOPHYSICS Volume: 8 Issue: 0 Pages: 127-138
  • DOI: 10.2142/biophysics.8.127
  • NAID: 130002104520
  • ISSN: 1349-2942
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Full-Quantum chemical calculation of the absorption maximum of bacteriorhodopsin: a comprehensive analysis of the amino acid residues contributing to the opsin shift (2012)
  • Author(s): T. Hayashi
  • Journal Title: BIOPHYSICS Volume: 8 Issue: 0 Pages: 115-125
  • DOI: 10.2142/biophysics.8.115
  • NAID: 130002061587
  • ISSN: 1349-2942
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Application of Hydration Thermodynanlics to the Evaluation of Protein Structures and Protein-Ligand Binding (2012)
  • Author(s): Y. Harano
  • Journal Title: Entropy Volume: 14 Issue: 8 Pages: 1443-1468
  • DOI: 10.3390/e14081443
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Platinum electrodeposition in porous silicon : The influence of surface solvation effects on a chemical reaction in a nanospace (2012)
  • Author(s): Kazuhiro Fukami, Ryo Koda, Tetsuo Sakka,Tomoko Urata,Ken-ichi Amano,Hikaru Takaya,Masaharu Nakamura,Yukio Ogata, and Masahiro Kinoshita
  • Journal Title: Chemical Physics Letters Volume: 542 Pages: 99-105
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2012.05.078
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of Experimentally Determined Native-Structure Models of a Protein Using Energetic and Entropic Components of Free-Energy Function (2012)
  • Author(s): H. Mishima, S. Yasuda, T. Yoshidome, H. Oshima, Y. Harano, M. Ikeguchi, M. Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Physical Chemistry B Volume: 116 Issue: 27 Pages: 7776-7786
  • DOI: 10.1021/jp301541z
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural Characteristics of Yeast F_1-ATPase Before and After 16-degree Rotation of the γ Subunit : Theoretical Analysis Focused on the Water-Enrtopy Effect (2012)
  • Author(s): Takashi Yoshidome, Yuko Ito, Nobuyuki Matubayashi, Mitunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 137 Issue: 3 Pages: 8-8
  • DOI: 10.1063/1.4734298
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Physical Origin of Hydrophobicity Studied in terms of Cold Denaturation of Proteins: Comparison between Water and Simple Fluids (2012)
  • Author(s): T. Yoshidome and M. Kinoshita
  • Journal Title: Phys. Chem. Chem. l Phys Volume: 14 Issue: 42 Pages: 14554-14566
  • DOI: 10.1039/c2cp41738c
  • NAID: 120005323032
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] タンパク質水和理論の新機軸I. 朝倉-大沢理論を越えて (2012)
  • Author(s): 木下正弘,永山國昭
  • Journal Title: 生物物理 Volume: 52 Pages: 203-205
  • NAID: 10030494721
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] タンパク質水和理論の新機軸II. 新理論の応用展開 (2012)
  • Author(s): 木下正弘,永山國昭
  • Journal Title: 生物物理 Volume: 52 Pages: 250-253
  • NAID: 10030877069
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] タンパク質水和理論の新機軸III. 理論的考察 (2012)
  • Author(s): 木下正弘,永山國昭
  • Journal Title: 生物物理 Volume: 52 Pages: 300-303
  • NAID: 10031126107
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular dynamics study of fast dielectric relaxation of water around a molecular-sized ion (2012)
  • Author(s): Y. Kubota, A. Yoshimori, N. Matubayasi, M. Suzuki, and R. Akiyama
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137 Issue: 22
  • DOI: 10.1063/1.4769972
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Role of Water in Actin-Myosin Binding and Actin Polymerization: Rotational and translational Mobility of water Molecules (2012)
  • Author(s): Makoto Suzuki, Teysuichi Wazawa, George Mogami, Takao Kodama
  • Journal Title: J. Phys. Soc. jpn. Volume: 81
  • NAID: 40019408743
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Rotational dynamics of benzene and water in an ionic liquid explored via molecular dynamics simulations and NMR T1 measurements (2012)
  • Author(s): Y.Yasaka, M.L.Klein, M.Nakahara, N.Matubayasi
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 136 Issue: 7
  • DOI: 10.1063/1.3685100
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The effect of pressure on halothane binding to hydrated DMPC bilayers (2012)
  • Author(s): P.-L. Chau, K. M. Tu, K. K. Liang, I. T. Todorov, S. J. Roser, R. Barker, and N. Matubayasi
  • Journal Title: Mol. Phys Volume: 110 Issue: 13 Pages: 1461-1467
  • DOI: 10.1080/00268976.2012.659682
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-Energy and Structural Analysis of Ion Solvation and Contact Ion-Pair Formation of Li^+ with BF_4^- and PF_6^- in Water and Carbonate Solvents (2012)
  • Author(s): M. Takeuchi, N. Matubayasi, Y. Kameda, B. Minofar, S. Ishiguro, and Y. Umebayashi
  • Journal Title: J. Phys. Chem. B Volume: 116 Issue: 22 Pages: 6476-6487
  • DOI: 10.1021/jp3011487
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Simple and exact approach to the electronic polarization effect on the solvation free energy: Formulation for QM/MM system and its applications to aqueous solutions (2012)
  • Author(s): H. Takahashi, A. Omi, A. Morita, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 136 Issue: 21 Pages: 214503-214503
  • DOI: 10.1063/1.4722347
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A possible molecular mechanism for the pressure reversal of general anaesthetics: aggregation of halothane in POPC bilayers at high pressure (2012)
  • Author(s): K. M. Tu, N. Matubayasi, K. K. Liang, I. T. Todorov, S. L. Chan, and P.-L. Chau
  • Journal Title: Chem. Phys. Lett Volume: 542 Pages: 148-154
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2012.06.044
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Interaction of naphthalene derivatives with lipid in membrane studied by 1H-nuclear Overhauser effect and molecular dynamics simulation (2012)
  • Author(s): M. Shintani, Y. Matsuo, S. Sakuraba, and N. Matubayasi
  • Journal Title: Phys. Chem. Chem. Phys Volume: 14 Issue: 40 Pages: 14049-14060
  • DOI: 10.1039/c2cp41984j
  • NAID: 120005312058
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Nuclear magnetic resonance study on rotational dynamics of water and benzene in a series of ionic liquids: Anion and cation effects (2012)
  • Author(s): H. Kimura, Y. Yasaka, M. Nakahara, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137 Issue: 19
  • DOI: 10.1063/1.4766258
  • NAID: 120005054548
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Density effect on infrared spectrum for supercritical water in the low- and medium-density region studied by molecular dynamics simulation (2012)
  • Author(s): K. Yoshida, N. Matubayasi, Y. Uosaki, and M. Nakahara
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137 Issue: 19
  • DOI: 10.1063/1.4767352
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Evaluation of protein-protein docking model structures using all-atom molecular dynamics simulations combined with the solution theory in the energy representation (2012)
  • Author(s): K. Takemura, H. Guo, S. Sakuraba, N. Matubayasi, and A. Kitao
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137 Issue: 21
  • DOI: 10.1063/1.4768901
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Non-catalytic Hydrothermal Elimination of Terminal D-Glucose Unit from Malto- and Cello-oligosaccharides through Transformation to D-Fructose (2012)
  • Author(s): H. Kimura, M. Nakahara, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Phys. Chem. A Volume: 116 Issue: 41 Pages: 10039-10049
  • DOI: 10.1021/jp3034165
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-energy analysis of water affinity in polymer studied by atomistic molecular simulation combined with the theory of solutions in the energy representation (2012)
  • Author(s): T. Kawakami, I. Shigemoto, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Chem. Phys Volume: 137 Issue: 23
  • DOI: 10.1063/1.4770334
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] タンパク質水和理論の新機軸Ⅰ．朝倉－大沢理論を越えて (2012)
  • Author(s): 木下正弘，永山國昭
  • Journal Title: 生物物理 Volume: 52 Pages: 203-205
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] タンパク質水和理論の新機軸Ⅱ．新理論の応用展開 (2012)
  • Author(s): 木下正弘，永山國昭
  • Journal Title: 生物物理 Volume: 52 Pages: 250-253
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] タンパク質水和理論の新機軸Ⅲ。理論的考察 (2012)
  • Author(s): 木下正弘，永山國昭
  • Journal Title: 生物物理 Volume: 52 Pages: 300-303
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Role of Water in Actin-Myosin Binding and Actin Polymerization : Rotational and Translational Mobility of Water Molecules (2012)
  • Author(s): Makoto Suzuki, Tetsuichi Wazawa, George Mogami, Takao Kodama
  • Journal Title: Journal of the Physical Societu of Japan Volume: Supplement(In press)
  • NAID: 40019408743
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-energy analysis of the electron-density fluctuation in the quantum-mechanical/molecular-mechanical simulation combined with the theory of energy representation (2012)
  • Author(s): N.Matubayasi, H.Takahashi
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 136 Issue: 4
  • DOI: 10.1063/1.3677184
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Evaluation of Protein-Ligand Binding Free Energy Focused on its Entropic Components (2012)
  • Author(s): S.Chiba, Y.Harano, R.Roth, M.Kinoshita, M.Sakurai
  • Journal Title: J.Comput.Chem. Volume: 33 Issue: 5 Pages: 550-560
  • DOI: 10.1002/jcc.22891
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Recovery of state-specific potential of molecular motor from single-molecule trajectory (2012)
  • Author(s): Shoichi Toyabe, Hiroshi Ueno, Eiro Muneyuki
  • Journal Title: EPL Volume: 97 Issue: 4 Pages: 40004-40004
  • DOI: 10.1209/0295-5075/97/40004
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hyper-mobility of water around actin filaments revealed using pulse-field gradient spin-echo 1H-NMR and fluorescence spectroscopy (2011)
  • Author(s): Tetsuichi Wazawa, Takashi Sagawa, Tsubasa Ogawa, Nobuyuki Morimoto, Makoto Suzuki
  • Journal Title: Biochem.Biophys.Res.Comm. Volume: 404 Issue: 4 Pages: 985-990
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2010.12.096
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Rotational Mechanism of F_1-ATPase : Crucial Importance of Water-Entropy Effect (2011)
  • Author(s): T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Journal Title: Journal of the American Chemical Society Volume: 133 Issue: 11 Pages: 4030-4039
  • DOI: 10.1021/ja109594y
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys (2011)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, E.Roth, H.Oshima, K.Oda, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Journal Title: Proteins-Structure Function and Bioinformatics Volume: 79 Issue: 7 Pages: 2161-2171
  • DOI: 10.1002/prot.23036
  • NAID: 120005593601
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Morphometric Approach to Thermodynamic Quantities of Solvation of Complex Molecules : Extension to Multicomponent Solvent (2011)
  • Author(s): R.Kodama, R.Roth, Y.Harano, M.Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 135 Issue: 4
  • DOI: 10.1063/1.3617247
  • NAID: 120003338824
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crucial Importance of Water-Entropy Effect for Predicting Hot Spots in Protein-Protein Complexes (2011)
  • Author(s): H.Oshima, S.Yasuda, T.Yoshidome, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Journal Title: Physical Chemistry Chemical Physics Volume: 13 Issue: 36 Pages: 16236-16246
  • DOI: 10.1039/c1cp21597c
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Exploring the reorientation of benzene in an ionic liquid via molecular dynamics : Effect of temperature and solvent effective charge on the slow dynamics (2011)
  • Author(s): Y.Yasaka, M.L.Klein, M.Nakahara, N.Matubayasi
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 134 Issue: 19
  • DOI: 10.1063/1.3592530
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Energetic Origin of Proton Affinity to the Air/Water Interface (2011)
  • Author(s): H.Takahashi, K.Maruyama, Y.Karino, A.Morita, M.Nakano, P.Jungwirth, N.Matubayasi
  • Journal Title: Journal of Physical Chemistry B Volume: 115 Issue: 16 Pages: 4745-4751
  • DOI: 10.1021/jp2015676
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] NMR-NOE and MD Simulation Study on Phospholipid Membranes : Dependence on Membrane Diameter and Multiple Time Scale Dynamics (2011)
  • Author(s): M.Shintani, K.Yoshida, S.Sakuraba, M.Nakahara, N.Matubayasi
  • Journal Title: Journal of Physical Chemistry B Volume: 115 Issue: 29 Pages: 9106-9115
  • DOI: 10.1021/jp204051f
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Distribution-function approach to free energy computation (2011)
  • Author(s): S.Sakuraba, N.Matubayasi
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 134 Issue: 11
  • DOI: 10.1063/1.3637036
  • NAID: 120003437103
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Frequency-Domain Investigation of the Ionic Mobility of Triflate Salts in Tetrahy drofuran (2011)
  • Author(s): T.Yamaguchi, Y.Yamada, T.Matsuoka, S.Koda, Y.Yasaka, N.Matubayasi
  • Journal Title: Journal of Physical Chemistry B Volume: 115 Issue: 43 Pages: 12558-12565
  • DOI: 10.1021/jp208317f
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration structure around CO_2 captured in aqueous amine solutions observed by high energy X-ray scattering (2011)
  • Author(s): H.Deguchi, Y.Kubota, H.Furukawa, Y.Yagi, Y.Imai, M.Tatsumi, N.Yamazaki, N.Watari, T.Hirata, N.Matubayasi, Y.Kameda
  • Journal Title: Int.J.Greenhouse Gas Control Volume: 5 Issue: 6 Pages: 1533-1539
  • DOI: 10.1016/j.ijggc.2011.08.010
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] In Situ Kinetic Study on Hydrothermal Transformation of D-Glucose into 5-Hydroxymethylfurfural through D-Fructose with ^<13>C NMR (2011)
  • Author(s): H.Kimura, M.Nakahara, N.Matubayasi
  • Journal Title: Journal of Physical Chemistry A Volume: 115 Issue: 48 Pages: 14013-14021
  • DOI: 10.1021/jp206355e
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The Young Person&rsquo;s Guide to the Asakura-Oosawa Theory (2011)
  • Author(s): 秋山良
  • Journal Title: Seibutsu Butsuri Volume: 51 Issue: 1 Pages: 036-040
  • DOI: 10.2142/biophys.51.036
  • NAID: 10027414803
  • ISSN: 0582-4052, 1347-4219
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Rotation Mechanism of F1-ATPase : Crucial Importance of the Water Entropy Effect (2011)
  • Author(s): T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Journal Title: J.Am.Chem.Soc. 133 Pages: 4030-4039
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration property of globular proteins : an analysis of solvation free energy by energy representation method (2011)
  • Author(s): Y.Karino, N.Matubayasi
  • Journal Title: J.Chem.Phys. 134 Pages: 41105-41105
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effects of Heme on the Thermal Stability of Mesophilic and Thermophilic Cyochromes c : Comparison between Experimental and Theoretical Results (2011)
  • Author(s): K.Oda, R.Kodama, T.Yoshidome, M.Yamanaka, Y.Sambongi, M.Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 134
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] An Efficient Method for Analyzing Conformational Properties of a Polymer in Solvent (2011)
  • Author(s): K.Amano, H.Oshima, M.Kinoshita
  • Journal Title: Chemical Physics Letters Volume: 504 Pages: 7-12
  • NAID: 120002949761
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Model of Insertion and Release of a Large Solute into and from a Biopolymer Complex (2011)
  • Author(s): K.Amano, M.Kinoshita
  • Journal Title: Chemical Physics Letters Volume: 504 Pages: 221-224
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys (2011)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, R.Roth, H.Oshima, K.Oda, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Journal Title: Proteins-Structure Function and Bioinformatics Volume: (In press)
  • NAID: 120005593601
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration property of globular proteins : An analysis of solvation free energy by energy representation method (2011)
  • Author(s): H.Saito, N.Matubayasi, K.Nishikawa, H.Nagao
  • Journal Title: Chem.Phys.Lett. Volume: 497 Pages: 218-222
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-energy analysis of hydration effect on protein with explicit solvent : Equilibrium fluctuation of cytochrome c (2011)
  • Author(s): Y.Karino, N.Matubayasi
  • Journal Title: J.Chem.Phys.(Communication) Volume: 134
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Energetic Origin of Proton Affinity to the Air/Water Interface (2011)
  • Author(s): H.Takahashi, K.Maruyama, Y.Karino, A.Morita, M.Nakano, P.Jungwirth, N.Matubayasi
  • Journal Title: J.Phys.Chem.B Volume: 115 Pages: 4745-4751
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Exploring the reorientation of benzene in an ionic liquid via molecular dynamics : Effect of temperature and solvent effective charge on the slow dynamics (2011)
  • Author(s): Y.Yasaka, M.L.Klein, M.Nakahara, N.Matubayasi
  • Journal Title: J.Chem.Phys.(Communication) Volume: 134
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Assessment of dynamic properties of water around a monovalent ion : A classical molecular dynamics simulation study (2011)
  • Author(s): Ikuo Kurisaki, Takuya Takahashi
  • Journal Title: Computational and Theoretical Chemistry Volume: 966 Pages: 26-30
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effects of heme on the thermal stability of mesophilic and thermophilic cytochromes c : Comparison between experimental and theoretical results (2011)
  • Author(s): 小田, 三本木, 木下, ほか3名
  • Journal Title: J.Chem.Phys. Volume: 134 Pages: 25101-25101
  • NAID: 120002753569
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Conferment of folding ability to a naturally unfolded apocytochrome c through introduction of hydrophobic amino acid residues (2011)
  • Author(s): 山中, 政成, 三本木
  • Journal Title: Biochemistry Volume: 50 Pages: 2313-2320
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Studies of liquid-solid transitions using a thermodynamic perturbation method with modified weighted density approximation (2011)
  • Author(s): Ayumi Suematsu, et al
  • Journal Title: Journal of physical Society of Japan Volume: 80
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Time Dependent Density Functional Theory Formulated by the Interaction-Site model (2011)
  • Author(s): Akira Yoshimori
  • Journal Title: Journal of physical Society of Japan Volume: 80
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Configurational Entropy and Heat Capacity in Supercooled Liquids (2011)
  • Author(s): Akira Yoshimori, et al
  • Journal Title: Journal of physical Society of Japan Volume: 80(掲載決定)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] End-point calculation of solvation free energy of amino-acid analogs by molecular theories of solution (2010)
  • Author(s): Y.Karino, M.V.Fedorov, N.Matubayasi
  • Journal Title: Chem.Phys.Lett. 496 Pages: 351-351
  • NAID: 120002561295
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Entropic Potential Field Formed for a Linear-Motor Protein near a Filament : Statistical Mechanical Analyses Using Simple Models (2010)
  • Author(s): K.Amano, T.Yoshidome, M.Iwaki, M.Suzuki, M.Kinoshita
  • Journal Title: J.Chem.Phys. 133 Pages: 45103-45103
  • NAID: 120002511239
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration properties of adenosine phosphate series as studied by microwave dielectric spectroscopy (2010)
  • Author(s): G.Mogami, T.Wazawa, N.Morimoto, T.Kodama, M.Suzuki
  • Journal Title: Biophys.Chem. 154 Pages: 1-7
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydration analysis of Pseudomonas aeruginosa cytochrome c551 upon acid unfolding by dielectric relaxation spectroscopy (2010)
  • Author(s): Tetsuichi Wazawa, Takashi Miyazaki, Yoshihiro Samongi, Makoto Suzuki
  • Journal Title: Biophysical Chemistry Volume: 第151巻3号 Pages: 160-169
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effects of Side-Chain Packing on the Formation of Secondary Structures in Protein Folding (2010)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, H.Oshima, R.Kodama, Y.Harano, M.Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 132
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Entropic Insertion of a Big Sphere into a Cylindrical Vessel (2010)
  • Author(s): K.Amano, M.Kinoshita
  • Journal Title: Chemical Physics Letters Volume: 488 Pages: 1-6
  • NAID: 120002191875
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Entropic Potential Field Formed for a Linear-Motor Protein near a Filament : Statistical-Mechanical Analyses Using Simple Models (2010)
  • Author(s): K.Amano, T.Yoshidome, M.Iwaki, M.Suzuki, M.Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 133
  • NAID: 120002511239
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 固体表面近傍における液体の構造 (2010)
  • Author(s): 木下正弘
  • Journal Title: トライボロジスト,特集「固液界面の物理」 Volume: 55 Pages: 229-235
  • NAID: 10026246333
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Controlling the Equilibrium of Formic Acid with Hydrogen and Carbon Dioxide Using Ionic Liquid (2010)
  • Author(s): Y.Yasaka, C.Wakai, N.Matubayasi, M.Nakahara
  • Journal Title: J.Phys.Chem.A Volume: 114 Pages: 3510-3515
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Insights into the Origins of Configurational Stability of Axially Chiral Biaryl Amines with an Intramolecular N-H-N Hydrogen Bond (2010)
  • Author(s): K.Hayashi, N.Matubayasi, C.Jiang, T.Yoshimura, S.Majumdar, T.Sasamori, N.Tokitoh, T.Kawabata
  • Journal Title: J.Org.Chem. Volume: 75 Pages: 5031-5036
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Scaled Polynomial Expression for Self-Diffusion Coefficients for Water, Benzene, and Cyclohexane over a Wide Range of Temperatures and Densities (2010)
  • Author(s): K.Yoshida, N.Matubayasi, Y.Uosaki, M.Nakahara
  • Journal Title: J.Chem.Eng.Data Volume: 55 Pages: 2815-2823
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] End-point calculation of solvation free energy of amino-acid analogs by molecular theories of solution (2010)
  • Author(s): Y.Karino, M.V.Fedorov, N.Matubayasi
  • Journal Title: Chem.Phys.Lett. Volume: 496 Pages: 351-355
  • NAID: 120002561295
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 高温高圧水における有機反応研究の進歩 (2010)
  • Author(s): 中原勝、辻野康夫、八坂能郎、吉田健、魚崎泰弘、若井千尋、松林伸幸
  • Journal Title: 高圧力の科学と技術 Volume: 20 Pages: 40-49
  • NAID: 10026122135
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of a Quantum Chemical Method Combined with a Theory of Solutions--Free-Energy Calculation for Chemical Reactions by Condensed Phase Simulations (2010)
  • Author(s): H.Takahashi, N.Matubayasi, M.Nakano
  • Journal Title: Advances in Quantum Chemistry Volume: 59 Pages: 283-351
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] イオン液体の不純物戦記-水という「pH指示薬」を用いた不純物の検出法 (2010)
  • Author(s): 八坂能郎、中原勝、松林伸幸
  • Journal Title: 化学 Volume: 65(7) Pages: 46-51
• [Journal Article] Fragment-Molecular-Orbital-Based ab initio NMR Chemical-Shift Calculations for large Molecular Systems with a Cutoff Distance (2010)
  • Author(s): Q.Gao, S.Yokojima, D.G.Fedorov, K.Kitaura, M.Sakurai, S.Nakamura
  • Journal Title: J.Chem.Theory Comput. Volume: 6 Pages: 1428-1444
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effects of side-chain packing on the formation of secondary structures in protein folding (2010)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, H.Oshima, R.Kodama, Y.Harano, M.Kinoshita
  • Journal Title: J.Chem.Phys. Volume: 132
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Entropic potential field formed for a linear-motor protein near a filament : Statistical-mechanical analyses using simple models (2010)
  • Author(s): K.Amano, T.Yoshidome, M.Iwaki, M.Suzuki, M.Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 133
  • NAID: 120002511239
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Nonequilibrium Energetics of a Single F_1-ATPase Molecule (2010)
  • Author(s): Toyabe, S., Okamoto, T., Watanabe-Nakayama, T., Taketani, H., Kudo, S., Muneyuki, E.
  • Journal Title: Phys.Rev.Lett. Volume: 104 Pages: 198103-198103
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Chemo-mechanical coupling in F_1-ATPase revealed by catalytic site occupancy during catalysis (2010)
  • Author(s): Shimo-Kon R, Muneyuki E, Sakai H, Adachi K, Yoshida M, Kinosita K Jr
  • Journal Title: Biophys J. Volume: 98 Pages: 1227-36
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Experimental demonstration of information-to-energy conversion and validation of the generalized Jarzynski equality (2010)
  • Author(s): Toyabe, S., Sagawa, T., Ueda, M., Muneyuki, E., Sano, M
  • Journal Title: Nature Physics Volume: 6 Pages: 988-992
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Observation of DNA pinning at laser focal point on Au surface and its application to single DNA nanowire and cross-wire formation (2010)
  • Author(s): Fujii, S.Kobayashi, K., Kanaizuka.K., Okamoto, T., Toyabe, S., Muneyuki, E., Haga, M.
  • Journal Title: Bioelectrochemistry Volume: 80 Pages: 26-30
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 一見できない面白さ (2010)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Journal Title: 生物物理 50 Pages: 61-61
• [Journal Article] ATPのエネルギーとは何か? (2010)
  • Author(s): 児玉孝雄
  • Journal Title: 生物物理 50 Pages: 94-95
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] アポプラストシアニン折りたたみの熱力学:理論と実験との定量的比較 (2010)
  • Author(s): 吉留崇
  • Journal Title: 生物物理 50 Pages: 90-91
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ストレインセンサーが制御するミオシンVIのブラウン運動整流機構 (2010)
  • Author(s): 岩城光宏
  • Journal Title: 生物物理 50 Pages: 88-89
  • NAID: 10025976295
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 固体面近における液体の構造 (2010)
  • Author(s): 木下正弘
  • Journal Title: トライボロジスト, 特集「固液界面の物理」 (印刷中)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Allosteric model of an ion pump (2010)
  • Author(s): Muneyuki Eiro, Sekimoto Ken
  • Journal Title: Physical Review E 81
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Adsorption of xenon on a protein arising from the translational motion of solvent molecules (2010)
  • Author(s): R.Akiyama, et al
  • Journal Title: Physical Chemistry and Chemical Physics 12 Pages: 3096-3101
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular origin of the negative heat capacity of hydrophilic hydration (2009)
  • Author(s): M.Kinoshita, Yoshidome, K.
  • Journal Title: J.Chem.Phys. 130
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Brownian search-and-catch mechanism for myosin-VI steps (2009)
  • Author(s): M.Iwaki, A.Iwane, T.Shimokawa, R.Cooke, T.Yanagida
  • Journal Title: Nature Chemical Biology 5 Pages: 403-405
  • NAID: 10025976295
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular Origin of the Negative Heat Capacity of Hydrophilic Hydration (2009)
  • Author(s): Masahiro Kinoshita, T.Yoshidome
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics 130
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-Energy Function Based on an All-Atom Model for Proteins (2009)
  • Author(s): T.Yoshidome, K.Oda, Y.Harano, R.Roth, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Journal Title: Proteins-Structure Function and Bioinformatics 77 Pages: 950-961
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A Theoretical Analysis on Characteristics of Protein Structures Induced by Cold Denaturation (2009)
  • Author(s): H.Oshima, T.Yoshidome, K.Amano., M.Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics 131
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Entropic Effect Arising from Complex Solute-Solvent Correlations (2009)
  • Author(s): 吉留崇
  • Journal Title: 物性研究 91 Pages: 716-717
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Free-Energy Analysis of Solvation with the Method of Energy Representation (2009)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Journal Title: Frontiers in Bioscience 14 Pages: 3536-3549
  • NAID: 10025613007
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] エネルギー表示法による溶媒和の自由エネルギー解析 (2009)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Journal Title: 熱測定 36 Pages: 165-172
  • NAID: 10025613007
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Modulation of nucleotide binding to the catalytic sites of thermophilic F_1-ATPase by the a subunit : Implication for the role of the ε subunit in ATP synthesis (2009)
  • Author(s): Yasuno, T., Muneyuki, E., Yoshida, M., Kato-Yamada, Y.
  • Journal Title: Biochem Biophys Res Commun. 390(2) Pages: 230-234
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Three-Dimensional Density Profiles of Small and Medium Spheres near a Pair of Large Spheres : Relevance to Entropic Interaction Induced between Large Spheres (2009)
  • Author(s): Y.Karino, et al
  • Journal Title: Journal of the Physical Society of Japan 78
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Water as an In-situ NMR Indicator for Impurity Acids in Ionic Liquids (2009)
  • Author(s): Y. Yasaka, C. Wakai, N. Matuba yasi, and M. Nakahara
  • Journal Title: Anal. Chem. 81 Pages: 400-407
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A StatisticalMechanical Analysis on the HyperMobile Water around a Large Solute with High Surface Charge Density (2009)
  • Author(s): M. Kinoshita and M. Suzuki
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics 130
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Roles of Translational Motion of Water Molecules in Sustaining Life (2009)
  • Author(s): M. Kinoshita
  • Journal Title: Frontiers in Bioscience 14 Pages: 3419-3454
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Pressure Effects on Structures Formed by the Entropically Driven SelfAssembly : Illustration for Denaturation of Proteins (2009)
  • Author(s): T. Yoshidome, Y. Harano, and M. Kinoshita
  • Journal Title: Physical Review E 79
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Importance of Translational Entropy of Water in Biological SelfAssembly Processes like Protein Folding (2009)
  • Author(s): M. Kinoshita
  • Journal Title: International Journal of Molecular Sciences 10 Pages: 1064-1080
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ThreeDimensional Density Profiles of Small and Medium Spheres ne ar a Pair of Large Spheres : Relevance to Entropic Interaction Induced between the Large Spheres (2009)
  • Author(s): Y. Karino, R. Akiyama, and M . Kinoshita
  • Journal Title: Journal of the Physical Society of Japan 78
  • NAID: 10025959887
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydrophobicity at Low Temperatures and Cold Denaturation of a Protein (2009)
  • Author(s): T. Yoshidome and M. Kinoshita
  • Journal Title: Physical Review E (Rapid Communication) 79
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 溶質近傍におけるハイパーモバイル水に関する理論解析 (2009)
  • Author(s): 木下正弘
  • Journal Title: 表面科学 30 Pages: 157-161
  • NAID: 10024945369
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular Origin of the Negative Heat Capacity of Hydrophilic Hydration (2009)
  • Author(s): Masahiro Kinoshita and T. Yoshidome
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Theoretical Analysis on Thermal Stability of a Protein Focused on the Water Entropy (2009)
  • Author(s): K. Amano, T. Yoshidome, Y. Harano, K. Oda, and M. Kinoshita
  • Journal Title: Chemical Physics Letters (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Effects of trehalose on the swelling behavior of hydrogel-visualization of the preferential hydration of disaccharides- (2009)
  • Author(s): Furuki, T., Ito, T., Asakawa, N., Inoue. Y., Sakurai. M.
  • Journal Title: Chemistry Letters 38 Pages: 264-265
  • NAID: 10025120199
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Biological functions of trehalose as a substitute for water (2009)
  • Author(s): Sakurai, M
  • Journal Title: Water and Biomolecules, Physical Chemistry of Li fe Phenomena (Springer-Verlag) Pages: 219-240
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A Tin Oxide Transparent Electrode Provides the Means for Rapid Timeresolved pH Measurements : Application to Photoinduced Proton Transfer of Bacteriorhodopsin and P roteorhodopsin (2009)
  • Author(s): Tamogami, J., Kikukawa, T., Miyauchi, S., Muneyuki, E., and Kamo, N.
  • Journal Title: Photochemistry and Photobiology) 85 Pages: 578-589
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Measurement of the dielectric relaxation property of water-ion loose co mplex in aqueous solutions of salt at low concentrations (2008)
  • Author(s): Takashi Miyazaki, Tetsuichi Wazawa, George Mogami, Takao Kodama and Makoto Suzuki
  • Journal Title: J. Phys. Chem. A 112 Pages: 10801-10806
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Computation of the free energy change associated with one-electron red uction of coenzyme immersed in water : A novel approach within the fra mework of the quantum mechanical/molecular mechanical method combi ned with the theory of energy representation (2008)
  • Author(s): H. Takahashi, H. Ohno, R. Kishi, M. Nakano, and N. Matubayasi
  • Journal Title: J. Chem. Phys. 129
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Self-diffusion coefficients for water and organic solvents at high-tempera tures along the coexistence curve (2008)
  • Author(s): K. Yoshida, N. Matubayasi, and M. Nakahara
  • Journal Title: J. Phys. Chem. A 129
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular Mechanism of Pressure Denaturation of Proteins (2008)
  • Author(s): Y. Harano, T. Yoshidome, and M. Kinoshita
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics 129
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 蛋白質の水和の熱力学量 : 分子性流体用積分方程式論と形態熱力学的アプローチの統合 (2008)
  • Author(s): 木下正弘
  • Journal Title: アンサンブル 10 Pages: 18-26
• [Presentation] タンパク質の構造ゆらぎと変化に対する相互作用成分解析 (2014)
  • Author(s): 松林 伸幸
  • Organizer: R-GIRO研究プログラム「蛋白質のフォールディングおよびフォールディング病発症機構の解明のための統合研究」セミナー
  • Place of Presentation: 立命館大学、草津
  • Invited
• [Presentation] All-Atom Analysis of Protein Solvation through Combination of Molecular Simulation and Solution Theory (2014)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: CMRI International Symposium 2014
  • Place of Presentation: 東北大学、仙台
  • Invited
• [Presentation] 大規模分子シミュレーションと溶液理論の融合によるソフト分子集合系の自由エネルギー解析 (2014)
  • Author(s): 松林 伸幸
  • Organizer: TCCI 第3回産学連携シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学、名古屋
  • Invited
• [Presentation] Hydration and ATP energetic on Actomyosin (2013)
  • Author(s): 鈴木 誠
  • Organizer: Alpbach Workshop on Molecular Motors 2013
  • Place of Presentation: Alpbach, Austria
  • Year and Date: 2013-03-16
• [Presentation] Effects of nucleotide and cosolvents on the hydration state of myosin subfragment-1 (2013)
  • Author(s): 鈴木 誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」国際シンポジウム
  • Place of Presentation: 仙台秋保 岩沼屋
  • Year and Date: 2013-03-06
  • Invited
• [Presentation] Effects of halide ions on the hydration properties of F-actin, (2013)
  • Author(s): 鈴木 誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」国際シンポジウム
  • Place of Presentation: 仙台秋保 岩沼屋
  • Year and Date: 2013-03-06
  • Invited
• [Presentation] Hypermobile water observed in sulfonates, phosphates solutions and its volume change in protein interactions (2013)
  • Author(s): 鈴木 誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」国際シンポジウム
  • Place of Presentation: 仙台秋保 岩沼屋
  • Year and Date: 2013-03-06
  • Invited
• [Presentation] Anion-dependence of hypermobile water in Na-, K-halide solutions at low concentrations measured by high-resolution microwave dielectric spectroscopy (2013)
  • Author(s): 鈴木 誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」国際シンポジウム
  • Place of Presentation: 仙台秋保 岩沼屋
  • Year and Date: 2013-03-06
  • Invited
• [Presentation] Effects of Sugars on the Thermal Stability of a Protein (2013)
  • Author(s): H. Oshima and M. Kinoshita
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy 2013
  • Place of Presentation: Hotel Iwanumaya, Miyagi, Japan
  • Year and Date: 2013-03-06
• [Presentation] Structural Stability of Proteins in Aqueous and Ninpolar Environments (2013)
  • Author(s): S. Yasuda, H. Oshima, and M. Kinoshita
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy 2013
  • Place of Presentation: Hotel Iwanumaya, Miyagi, Japan
  • Year and Date: 2013-03-06
• [Presentation] Physics of Multidrug Efflux of a Biomolecular Complex (2013)
  • Author(s): H. Mishima, H. Oshima, S. Yasuda, K. Amano
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy 2013
  • Place of Presentation: Hotel Iwanumaya, Miyagi, Japan
  • Year and Date: 2013-03-06
• [Presentation] Molecular Dynamics Simulations of Yeast F1-ATPase before and after 16-degree Rotation of Gamma (2013)
  • Author(s): Y. Ito, T. Yoshidome, N. Matsubayashi, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi
  • Organizer: Biophysical Society 57th Annual Meeting
  • Place of Presentation: Philadelphia, USA
  • Year and Date: 2013-02-02
• [Presentation] エントロピーカによる円筒状容器からの大珠の放出 (2013)
  • Author(s): 三嶋浩和、尾嶋拓、安田賢司、天野健一、木下正弘
  • Organizer: GCOE年次報告会
  • Place of Presentation: 京都大学時計台記念館
  • Year and Date: 2013-01-16
• [Presentation] エントロピー力による円筒状容器からの大珠の放出 (2013)
  • Author(s): 三嶋浩和、尾嶋拓、安田賢司、天野健一、木下正弘
  • Organizer: GCOE年次報告会
  • Place of Presentation: 京都大学時計台記念館
  • Year and Date: 2013-01-16
• [Presentation] 生命系のエネルギー変換を考えるー筋肉を例にー (2013)
  • Author(s): 鈴木 誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水和とＡＴＰ」公開講座「生命のエネルギー物質ATPとは何か？」
  • Place of Presentation: 品川
  • Invited
• [Presentation] ATP駆動タンパク質周りの水の変化とエネルギー論 (2013)
  • Author(s): 鈴木 誠
  • Organizer: 新学術領域研究『水を主役としたATPエネルギー変換』終了了公開シンポジウム
  • Place of Presentation: KKR東京
  • Invited
• [Presentation] Hydration study of adenosine phosphates(ATP) and ATP-driven proteins by dielectric relaxation spectroscopy (2013)
  • Author(s): M. Suzuki, G. Mogami, A. Imao, T. Wazawa, N. Morimoto
  • Organizer: 33rd Int. Conf. of Solution Chemistry
  • Place of Presentation: 京都テルサ、京都
  • Invited
• [Presentation] 水を主役としたＡＴＰエネルギー変換 (2013)
  • Author(s): 鈴木 誠
  • Organizer: 第３回CSJフェスタ
  • Place of Presentation: タワーホール船堀, 東京
  • Invited
• [Presentation] Solution-Chemistry View of Membrane Effect on Functional Molecules in Solution (2013)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: International Workshop "From Soft Matter to Protocell"
  • Place of Presentation: 東北大学、仙台
  • Invited
• [Presentation] 溶液理論によるソフト分子集合系の自由エネルギー解析 (2013)
  • Author(s): 松林 伸幸
  • Organizer: 第36回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 北海道大学、札幌
  • Invited
• [Presentation] All-Atom Analysis of Protein Solvation through Combination of Molecular Simulation and Solution Theory (2013)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: CMSI International Symposium 2013 Satellite Meeting 2013 in Nagoya
  • Place of Presentation: 名古屋都市センター、名古屋
  • Invited
• [Presentation] Free-Energy Analysis of Solvation and Membrane Effects on Protein Configurations (2013)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 3rd International Conference on Molecular Simulation
  • Place of Presentation: Kobe International Conference Center, Kobe
  • Invited
• [Presentation] 拡張型の溶媒和概念に基づくソフト分子集合系の自由エネルギー解析 (2013)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 第59回 ポーラログラフィーおよび電気分析化学討論会
  • Place of Presentation: 石垣市民会館, 石垣
  • Invited
• [Presentation] 溶液理論に基づく脂質膜効果の自由エネルギー解析 (2013)
  • Author(s): 松林 伸幸
  • Organizer: Workshop : CROSSroads of Users and J-PARC 第１０回「生体膜とコロイド研究の最前線」
  • Place of Presentation: いばらき量子ビームセンター、東海
  • Invited
• [Presentation] 分子動力学シミュレーションで探るCFTRにおける変異の影響 (2013)
  • Author(s): 小寺充彦, 萩谷朋佳, 古田忠臣, 相馬義郎, 櫻井実
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 京都国際会館、京都
• [Presentation] ABCトランスポーターのヌクレオチド結合ドメイン二量体化の理論的解析―ATPと水の 役割 (2013)
  • Author(s): 林 智彦, 萩谷 朋佳, 千葉峻太朗, 古田忠臣, 吉田 紀生, 櫻井実
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 京都国際会館、京都
• [Presentation] 自由エネルギー計算によるハロロドプシンの光駆動イオン輸送メカニズムの解析 (2013)
  • Author(s): 田村浩之、千葉峻太朗、古田忠臣、櫻庭俊、松林伸幸、櫻井実
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 京都国際会館、京都
• [Presentation] コンピュータシミュレーションによるABCトランスポーターCFTRのゲーティング機 構の解析 (2013)
  • Author(s): 萩谷朋佳、林智彦、千葉峻太朗、古田忠臣、吉田紀生、相馬義郎、櫻井実
  • Organizer: 第13回蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: とりぎん文化会館、鳥取
• [Presentation] Hydration and ATP energetic on Actonlyosin (2013)
  • Author(s): Makoto Suzuki
  • Organizer: Workshop on Molecular Motors 2013
  • Place of Presentation: Alpbach, Austria
• [Presentation] Effects of halide ions on the hydration properties of F-actin, Effects of nucleotide and cosolvents on the hydration state of myosin subfragment-1, Hypermobile water observed in sulfonates, phosphates solutions and its volume change in protein interactions, Anion-dependence of hypermobile water in Na-, K-halide solutions at low concentrations measured by high-resolution microwave dielectric spectroscopy (2013)
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy 2013
  • Place of Presentation: Sendai
• [Presentation] Effects of Sugars on the Thermal Stability of a Protein (2013)
  • Author(s): H. Oshima and M. Kinoshita
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy 2013
  • Place of Presentation: Sendai
• [Presentation] Effects of Sugars on the Thermal Stability of a Protein (2013)
  • Author(s): H. Oshima and M. Kinoshita
  • Organizer: Biophysical Society 57th Annual Meeting
  • Place of Presentation: Philadelphia, USA
• [Presentation] Molecular Dynamics Simulations of Yeast F1-ATPase before and after 16-degree Rotation of Gamma Subunit (2013)
  • Author(s): Y. Ito, T. Yoshidome, N. Matsubayashi, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi
  • Organizer: Biophysical Society 57th Annual Meeting
  • Place of Presentation: Philadelphia, USA
• [Presentation] シャペロニンの中央になぜ蛋白質が入るのか (2012)
  • Author(s): 原諒平、天野健一、木下正弘、吉森明
  • Organizer: 第118回日本物理学会九州支部例会
  • Place of Presentation: 琉球大学
  • Year and Date: 2012-12-08
• [Presentation] 溶媒の効果を含めた溶質のダイナミクス：シャペロニンへの蛋白質の挿入過程 (2012)
  • Author(s): 原諒平、天野健一、木下正弘、吉森明
  • Organizer: 第24回分子シュミレーション研究会
  • Place of Presentation: 九州大学西新プラザ
  • Year and Date: 2012-11-26
• [Presentation] マイクロ波誘電緩和分光法による有機・無機イオンおよびタンパク質の水和特性 (2012)
  • Author(s): 鈴木 誠
  • Organizer: 日本分光学会テラヘルツ分光部会シンポジウム「テラヘルツ分光法の最先端Ⅵ～ここまできたテラヘルツ時間領域分光～」
  • Place of Presentation: 筑波
  • Year and Date: 2012-10-26
  • Invited
• [Presentation] シャぺロニンに対する蛋白質挿入のダイナミクス (2012)
  • Author(s): 原諒平、天野健一、木下正弘、吉森明
  • Organizer: 第2回ソフトマター研究会
  • Place of Presentation: 九州大学西新プラザ
  • Year and Date: 2012-09-24
• [Presentation] Molecular Dynamics Simulations on Structural Characteristics of Yeast F1-ATPase before and after (2012)
  • Author(s): Y. Ito, T. Yoshidome, N. Matsubayashi, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi
  • Organizer: 第50回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2012-09-23
• [Presentation] ATP-binding induced conformational change in CFTR as studied by MD simulation (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第50回生物物理学会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2012-09-22
• [Presentation] Structual Stability of Proteins in Aqueous and Nonpolar Environments (2012)
  • Author(s): S. Yasuda, H. Oshima and M. Kinoshita,
  • Organizer: 第50回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2012-09-22
• [Presentation] Dynamics and structural changes of ABCB1 transporter induced by binding of substrates and inhibitors (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第50回生物物理学会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2012-09-22
• [Presentation] 溶液中で狭い空間に溶質が入るときの経路 (2012)
  • Author(s): 原諒平、天野健一、木下正弘、吉森明
  • Organizer: 2012年度日本物理学会秋季大会
  • Place of Presentation: 、横浜国立大学
  • Year and Date: 2012-09-18
• [Presentation] 蛋白質複合体におけるホットスポットの理論的予測 (2012)
  • Author(s): 尾嶋拓、安田賢司 吉留崇、池口満徳、木下正弘
  • Organizer: 合同公開シンポジウム「ゆらぎと水－生命のエネルギーと機能の
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス
  • Year and Date: 2012-09-14
• [Presentation] 分子機械の機能発現機構に対する横断的描像 (2012)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 合同公開シンポジウム「ゆらぎと水－生命のエネルギーと機能の分子機構を探る」（招待講演）
  • Place of Presentation: 、大阪ガーデンパレス
  • Year and Date: 2012-09-14
  • Invited
• [Presentation] 水及び非水環境におけるタンパク質の立体構造安定性 (2012)
  • Author(s): 安田賢司、尾嶋拓、木下正弘
  • Organizer: 第52回生物物理若手の会 夏の学校
  • Place of Presentation: 支笏湖温泉
  • Year and Date: 2012-08-31
• [Presentation] A Solvent Effect on Insertion Path of a Solute Particle into a Cylindrical Vessel (2012)
  • Author(s): R. Hara, K. Amano, M. Kinoshita, A. Yoshimori
  • Organizer: 6-th Mini-Symposium on Liquid
  • Place of Presentation: 九州大学箱崎
  • Year and Date: 2012-06-23
• [Presentation] ABCトランスポーターのヌクレオチド結合ドメインへのATPの結合エネルギーの計算 (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
  • Year and Date: 2012-06-20
• [Presentation] ER法によるハロロドプシンの塩素イオン取り込み機構の解明 (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
  • Year and Date: 2012-06-20
• [Presentation] Extended Concept of Solvation toward Unified Understandings of Molecular Binding in weakly Ordered Systems (2012)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems
  • Place of Presentation: 名古屋大学 東山キャンパスESホール
  • Year and Date: 2012-05-10
  • Invited
• [Presentation] シャペロニンの蛋白質折り畳み援助機能に関する基礎解析 (2012)
  • Author(s): 天野健一, 尾嶋拓, 木下正弘
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第6回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: ニチイ学館,神戸ポートアイランドセンター
  • Year and Date: 2012-03-06
• [Presentation] 実験で得られた蛋白質天然構造モデルのキャラクタリゼーション (2012)
  • Author(s): 三嶋浩和, 安田哲司, 吉留崇, 尾嶋拓, 原野雄一, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第6回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: ニチイ学館,神戸ポートアイランドセンター
  • Year and Date: 2012-03-06
• [Presentation] A Novel Rotation Mechanism of F_1-ATPase Based on the Water-Entropy Effect (2012)
  • Author(s): T.Yoshidome, Y.Ito, N.Matubayasi, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: Biophysical Society 56th Annual Meeting
  • Place of Presentation: San Diego Convention Center, USA
  • Year and Date: 2012-02-27
• [Presentation] Prediction of Hot Spots in Protein-Protein Complexes Focused on Water Entropy (2012)
  • Author(s): S.Yasuda, H.Oshima, T.Yoshidome, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: 京都大学グローバルCOEプログラム「地球温暖化時代のエネルギー科学拠点」平成23年度年次報告会
  • Place of Presentation: 京都大学
  • Year and Date: 2012-01-30
• [Presentation] ermodを用いた凝縮系の自由エネルギー計算 (2012)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第2回次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア説明会
  • Place of Presentation: 学士会館(東京)(招待)
  • Year and Date: 2012-01-26
• [Presentation] 溶媒の効果を含めた溶質のダイナミクス:シャペロニンへの蛋白質の挿入過程 (2012)
  • Author(s): 原諒平、天野健一、木下正弘、吉森明
  • Organizer: 第24回分子シュミレーション研究会
  • Place of Presentation: 九州大学西新プラザ
• [Presentation] 溶質が狭い空間に入るダイナミクスにおける溶媒のエントロピー効果 (2012)
  • Author(s): 原諒平、天野健一、木下正弘、吉森明
  • Organizer: 第35回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 早稲田大学西早稲田キャンパス
• [Presentation] マイクロ波誘電緩和分光法による有機・無機イオンおよびタンパク質の水和特性 (2012)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 日本分光学会テラヘルツ分光部会シンポジウム「テラヘルツ分光法の最先端VI～ここまできたテラヘルツ時間領域分光～」
  • Place of Presentation: 筑波大学
• [Presentation] Full-quantum chemical calculations of the absorption maxima of retinal proteins (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第50回生物物理学会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] ynamics and structural changes of ABCBl transporter induced by binding of substrates and inhibitors (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第50回生物物理学会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] The chrolide ion uptake mechanism in pharaonis halorhodopsin as studied by the energy representation method (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第50回生物物理学会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] Calculation of the binding free energy of ATP to the nucleotide binding domain of an ABC Transporter (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第50回生物物理学会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] シャベロニンに対する蛋白質挿入のダイナミクス (2012)
  • Author(s): 原諒平、天野健一、木下正弘、吉森明
  • Organizer: 第2回ソフトマター研究会
  • Place of Presentation: 九州大学西新プラザ
• [Presentation] Entropic Release of a Big Sphere from a Cylindrical Vessel (2012)
  • Author(s): H. Mishima, H. Oshima, S. Yasuda, K. Amano, and M. Kinoshita
  • Organizer: 日本生物物理学会第50回年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] Molecular Dynamics Simulations on Structural Characteristics of Yeast F1-ATPase before and after 16-degree Rotation of Gamma Subunit (2012)
  • Author(s): Y. Ito, T. Yoshidome, N. Matsubayashi, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi
  • Organizer: 第50回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] Effects of Sugars on the Thermal Stability of Proteins (2012)
  • Author(s): H. Oshima, K. Amano, M. Kinoshita
  • Organizer: 第50回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] Structual Stability of Proteins in Aqueous and Nonpolar Environments (2012)
  • Author(s): S. Yasuda, H. Oshima and M. Kinoshita
  • Organizer: 第50回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
• [Presentation] 溶液中で狭い空間に溶質が入るときの経路 (2012)
  • Author(s): 原諒平、天野健一、木下正弘、吉森明
  • Organizer: 2012年度日本物理学会秋季大会
  • Place of Presentation: 横浜国立大学
• [Presentation] 蛋白質複合体におけるホットスポットの理論的予測 (2012)
  • Author(s): 尾嶋拓、安田賢司 吉留崇、池口満徳、木下正弘
  • Organizer: 合同公開シンポジウム「ゆらぎと水-生命のエネルギーと機能の、分子機構を探る」
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス
• [Presentation] 分子機械の機能発現機構に対する横断的描像 (2012)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 合同公開シンポジウム「ゆらぎと水-生命のエネルギーと機能の分子機構を探る」
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス
• [Presentation] 水及び非水環境におけるタンパク質の立体構造安定性 (2012)
  • Author(s): 安田賢司、尾嶋拓、木下正弘
  • Organizer: 第52回生物物理若手の会 夏の学校
  • Place of Presentation: 支笏湖温泉
• [Presentation] BCトランスポーターのヌクレオチド結合ドメインへのATPの結合エネルギーの計算 (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
• [Presentation] 分子動力学シミュレーションによるABCトランスポーターMsbAにおけるカップリング・ヘリックス変異の構造的影響 (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
• [Presentation] ABCトランスポーターCFTRチャネルのATP加水分解駆動ゲーティング機構の解析 (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
• [Presentation] MM-PB/SA法によるタンパク質リガンド間結合自由エネルギー計算の再現性向上を目指して (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
• [Presentation] MDシミュレーションによるCFTRタンパク質のATP結合誘導NBD二量体化の解析 (2012)
  • Author(s): 櫻井実
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
• [Presentation] A Solvent Effect on Insertion Path of a Solute Particle into a Cylindrical Vessel (2012)
  • Author(s): R. Hara, K. Amano, M. Kinoshita, A. Yoshimori
  • Organizer: 6-th Mini-Symposium on Liquid
  • Place of Presentation: Fukuoka
  • Invited
• [Presentation] アクチン重合におけるハイパーモバイル水の役割について考える (2012)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 2012年生体運動研究合同班会議
  • Place of Presentation: 筑波大学
• [Presentation] ATP加水分解およびATP駆動タンパク質のエネルギー・水和状態相関解析 (2012)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 仙台秋保岩沼屋
• [Presentation] アクチンの重合による水和状態の変化およびF-アクチン周りバイパーモバイル水の生成エンタル (2012)
  • Author(s): 今尾麻人、岡崎裕一郎、和沢鉄一、最上譲二、森本展行、鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 仙台秋保岩沼屋
• [Presentation] アクチンの重合・脱重合における熱(DSC,ITC)測定 (2012)
  • Author(s): 阿部智彦、安居慎一郎、和沢鉄一、最上譲二、森本展行、鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 仙台秋保岩沼屋
• [Presentation] ミオシンS1のATPase活性およびヌクレオチド結合熱におよぼす尿素および尿素誘導体の効果 (2012)
  • Author(s): 安居慎一郎、阿部智彦、和沢鉄一、最上譲二、鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 仙台秋保岩沼屋
• [Presentation] 尿素および尿素誘導体水溶液の誘電緩和特性の温度依存性 (2012)
  • Author(s): 小野祐貴、和沢鉄一、最上譲二、森本展行、鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 仙台秋保岩沼屋
• [Presentation] アクチンおよびミオシンS1の水和状態に及ぼす尿素および尿素誘導体の効果 (2012)
  • Author(s): 中川卓哉、石田誠宜、安居慎一郎、和沢鉄一、最上譲二、鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 仙台秋保岩沼屋
• [Presentation] カルボン酸の水和におよぼすアルキル基の効果 (2012)
  • Author(s): 王楊天、最上譲二、和沢鉄一、森本展行、鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 仙台秋保岩沼屋
• [Presentation] アクチンフィラメントの重合による周りの水の物性変化と熱の出入り (2012)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 「水和とATP」サテライトミーティング"蛋白質折り畳みの理解に向けた一分子基礎科学を目指して"
  • Place of Presentation: 仙台作並一の坊
• [Presentation] 蛍光スペクトルで観るアクチンフィラメント周りの水のハイパーモビリティ (2012)
  • Author(s): 和沢鉄一
  • Organizer: 「水和とATP」サテライトミーティング"蛋白質折り畳みの理解に向けた一分子基礎科学を目指して"
  • Place of Presentation: 仙台作並一の坊
• [Presentation] 誘電緩和スペクトルの緩和成分解析からわかること (2012)
  • Author(s): 最上譲二
  • Organizer: 「水和とATP」サテライトミーティング"蛋白質折り畳みの理解に向けた一分子基礎科学を目指して"
  • Place of Presentation: 仙台作並一の坊
• [Presentation] 埋もれた界面の理論的研究:固体表面近傍における液体の構造について (2012)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 2012年(平成24年)春季第59回応用物理学関係連合講演会,シンポジウム「中性子・X線のコラボレーションによる薄膜・多層膜の埋もれた界面の解析の新しい展開
  • Place of Presentation: 早稲田大学早稲田キャンパス(招待)
• [Presentation] γ-サブユニットの16度回転前後におけるイーストF_1-ATPaseの構造特性:水のエントロピー効果に焦点をあてた理論解析 (2012)
  • Author(s): 吉留崇, 伊藤祐子, 松林伸幸, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋,仙台
• [Presentation] シャペロニンの蛋白質折り畳み援助機能に関する基礎解析 (2012)
  • Author(s): 天野健一, 尾嶋拓, 木下正弘
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋,仙台
• [Presentation] 蛋白質複合体におけるホットスポットの理論的予測 (2012)
  • Author(s): 尾嶋拓, 安田賢司, 吉留崇, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋,仙台
• [Presentation] 粒子が狭い空間に入るときの溶媒の効果 (2012)
  • Author(s): 原諒平, 天野健一, 木下正弘, 吉森明
  • Organizer: 日本物理学会第67回年次大会
  • Place of Presentation: 関西学院大学
• [Presentation] ポリモルフから生起する分子集団機能 (2012)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: HPCI戦略プログラム分野2「新物質・エネルギー創成」第2回計算物質科学イニシアティブ(CMSI)研究会
  • Place of Presentation: 東北大学金属材料研究所(仙台)
• [Presentation] エネルギー分布関数を用いた自由エネルギーの厳密計算 (2012)
  • Author(s): 櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: HPCI戦略プログラム分野2「新物質・エネルギー創成」第2回計算物質科学イニシアティブ(CMSI)研究会
  • Place of Presentation: 東北大学金属材料研究所(仙台)
• [Presentation] Free-Energy Analysis of Solvation in the Energetic Perspective (2012)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: The International Conference on Statistical Mechanics of Liquids : From Water to Biomolecules
  • Place of Presentation: 自然科学研究機構岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)(招待)
• [Presentation] Extended Concept of Solvation toward Unified Treatment of Molecular Binding in Weakly Ordered Systems (2012)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: The 2nd AICS (Advanced Institute for Computational Science) International Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN Advanced Institute for Computational Science(神戸)(招待)
• [Presentation] Free-energy analysis of urea effect on protein (2012)
  • Author(s): Yasuhito Karino, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: The 2nd AICS (Advanced Institute for Computational Science) International Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN Advanced Institute for Computational Science(神戸)
• [Presentation] エネルギー表示法を用いた自由エネルギー計算:プログラム開発と適用事例 (2012)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発公開シンポジウム
  • Place of Presentation: ニチイ学館神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)(招待)
• [Presentation] アミノ酸アナログ及びcytochrome cに対する尿素効果の自由エネルギー解析 (2012)
  • Author(s): 狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発公開シンポジウム
  • Place of Presentation: ニチイ学館神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
• [Presentation] エネルギー分布関数を用いた自由エネルギーの厳密計算 (2012)
  • Author(s): 櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発公開シンポジウム
  • Place of Presentation: ニチイ学館神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
• [Presentation] F1モータータンパク質βサブユニットの水和自由エネルギー計算と解析 (2012)
  • Author(s): 浴本亨、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発公開シンポジウム
  • Place of Presentation: ニチイ学館神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
• [Presentation] 2-アミノエタノール(MEA)水溶液のカーバメート生成反応の自由エネルギー計算 (2012)
  • Author(s): 窪田善之、古川博敏、櫻庭俊、狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発公開シンポジウム
  • Place of Presentation: ニチイ学館神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
• [Presentation] 分子動力学計算によるCO2化学吸収液の解析 (2012)
  • Author(s): 古川博敏、窪田善之、狩野康人、櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発公開シンポジウム
  • Place of Presentation: ニチイ学館神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
• [Presentation] 自由エネルギー計算を活用した高分子電解質の物質透過性の研究 (2012)
  • Author(s): 川上智教、茂本勇、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発公開シンポジウム
  • Place of Presentation: ニチイ学館神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
• [Presentation] Free-energy analysis of ATP hydrolysis (2012)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 科学研究費補助金新学術領域研究「水を主役としたATPエネルキー変換」第4回全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台市太白区秋保)(招待)
• [Presentation] Free-energy analysis of cosolvent effect on cytochrome c (2012)
  • Author(s): Yasuhito Karino, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 科学研究費補助金新学術領域研究「水を主役としたATPエネルキー変換」第4回全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台市太白区秋保)
• [Presentation] Solvation free-energy analysis of F1-motor protein (2012)
  • Author(s): Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 科学研究費補助金新学術領域研究「水を主役としたATPエネルキー変換」第4回全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台市太白区秋保)
• [Presentation] Free-energy analysis of cosolvent effects of urea and its derivative on a mino-acid analogs (2012)
  • Author(s): Kai-min Tu, Yasuhito Karino, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 科学研究費補助金新学術領域研究「水を主役としたATPエネルキー変換」第4回全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台市太白区秋保)
• [Presentation] The chloride ion uptake mechanism in halorhodopsin as studied by the energy representation (2012)
  • Author(s): Hiroyuki Tamura, Shuntaro Chiba, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi, Minoru Sakurai
  • Organizer: 科学研究費補助金新学術領域研究「水を主役としたATPエネルキー変換」第4回全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台市太白区秋保)
• [Presentation] Structural Characteristics of Yeast F1-ATPase before and after 16° Rotation of the Gamma Subunit : Theoretical Analysis Focued on Water Entropy Effect (2012)
  • Author(s): Takashi Yoshidome, Yuko Ito, Nobuyuki Matubayasi, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita
  • Organizer: 科学研究費補助金新学術領域研究「水を主役としたATPエネルキー変換」第4回全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台市太白区秋保)
• [Presentation] Dielectric Relaxation of Water around a Spherical Solute (2012)
  • Author(s): Yoji Kubota, Akira Yoshimori, Nobuyuki Matubayasi, Makoto Suzuki, Ryo Akiyama
  • Organizer: 科学研究費補助金新学術領域研究「水を主役としたATPエネルキー変換」第4回全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台市太白区秋保)
• [Presentation] Molecular Dynamics Simulation on Structural Characteristics of Yeast F1-ATPase before and after 16 degree Rotation of Gamma Subunit (2012)
  • Author(s): Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matubayasi, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi
  • Organizer: 科学研究費補助金新学術領域研究「水を主役としたATPエネルキー変換」第4回全体会議
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台市太白区秋保)
• [Presentation] 分子動力学計算による2-アミノエタノール水溶液中でのカーバメート生成反応 (2012)
  • Author(s): 窪田善之、古川博敏、狩野康人、櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 電気化学会第79回大会
  • Place of Presentation: アクトシティ浜松(浜松市中区板屋町111-1)
• [Presentation] イオン系の溶質-溶媒相互作用～どれだけ溶け、いかに動くか～ (2011)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 新・元素戦略:触媒・電池研究会
  • Place of Presentation: 京都大学福井謙一記念研究センター(招待)
  • Year and Date: 2011-12-27
• [Presentation] アクチンの周りの水の回転・並進運動性と局所粘度 (2011)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 平成23年度「筋生理の集い」
  • Place of Presentation: 東京慈恵医科大学
  • Year and Date: 2011-12-17
• [Presentation] 生命現象発現における水分子並進移動の役割 (2011)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 新世代研究所第6回合同研究会
  • Place of Presentation: 明治大学紫紺館(招待)
  • Year and Date: 2011-11-29
• [Presentation] 分子認識などの生命現象における水の並進エントロピーの重要性 (2011)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 日本学術振興会回折構造生物第169委員会第36回研究会
  • Place of Presentation: ゆうぽうと,東京都品川区(招待)
  • Year and Date: 2011-10-04
• [Presentation] ミトコンドリア外膜タンパク質Tom20-プレ配列ペプチド複合体の分子動力学計算 (2011)
  • Author(s): 小室靖明, 森貴治, 宗行英朗, 齊藤貴士, 神田大輔, 杉田有治
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大姫路書写キャンパス
  • Year and Date: 2011-09-18
• [Presentation] pH dependency of photoelectric current of bacteriorhodopsin absorbed on Lumirror membrane (2011)
  • Author(s): 宮崎師夫, 島谷部祥一, 上野博史, 宗行英朗
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大姫路書写キャンパス
  • Year and Date: 2011-09-18
• [Presentation] 低pH条件下におけるプロテオロドプシンの速いプロトン放出について (2011)
  • Author(s): 田母神淳, 菊川峰志, 下野和実, 奈良敏文, 宗行英朗, 加茂直樹
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大姫路書写キャンパス
  • Year and Date: 2011-09-17
• [Presentation] Overview of studies on ATP-driven proteins and asymmetry, Symposium "Asymmetry produced by water and ATP" (2011)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学
  • Year and Date: 2011-09-16
• [Presentation] アクチンフィラメントの一方向的な構造変化:ミオシン力発生機構への関与の可能性 (2011)
  • Author(s): 鈴木誠(上田太郎)
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学(招待)
  • Year and Date: 2011-09-16
• [Presentation] A Theoretical Analysis on Water-Entropy Change in Yeast F_1-ATPase during 16 Degrees Rotation of Gamma Subunit (2011)
  • Author(s): 吉留崇, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学
  • Year and Date: 2011-09-16
• [Presentation] Crucial Importance of Water-Entropy Effect for Predicting Hot Spots in Protein-Protein Complexes (2011)
  • Author(s): 尾嶋拓, 安田賢司, 吉留崇, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学
  • Year and Date: 2011-09-16
• [Presentation] 分子モーターの1分子非平衡熱力学 (2011)
  • Author(s): 鳥谷部祥一, 上野博史, 宗行英朗
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大姫路書写キャンパス
  • Year and Date: 2011-09-16
• [Presentation] 表面プラズモン共鳴を引き起こす金微粒子を用いた蛍光ヌクレオチドとF1-ATPaseの回転の同時観察 (2011)
  • Author(s): 上野博史, 鳥谷部祥一, 宗行英朗
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大姫路書写キャンパス
  • Year and Date: 2011-09-16
• [Presentation] F1-ATPaseの触媒部位に対するヌクレオチド結合の温度依存性 (2011)
  • Author(s): 菊池洋輔, 中裕佑, 小酒部秀光, 宗行英朗
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大姫路書写キャンパス
  • Year and Date: 2011-09-16
• [Presentation] On the Physical Mechanism of Rotation of F_1-ATPase : Crucial Importance of the Water Entropy Effect (2011)
  • Author(s): T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: 8th Liquid Matter Conference
  • Place of Presentation: Universitat Wien, Austria
  • Year and Date: 2011-09-09
• [Presentation] Theoretical Analysis for Hot Spots in Protein-Protein Complexes : Critical Importance of Water Entropy (2011)
  • Author(s): H.Oshima, S.Yasuda, T.Yoshidome, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: 8th Liquid Matter Conference
  • Place of Presentation: Universitat Wien, Austria
  • Year and Date: 2011-09-09
• [Presentation] Effects of Side-Chain Packing on the Formation of Secondary Structures in Protein Folding (2011)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, H.Oshima, R.Kodama, Y.Harano, M.Kinoshita
  • Organizer: 8th Liquid Matter Conference
  • Place of Presentation: Universitat Wien, Austria
  • Year and Date: 2011-09-09
• [Presentation] ATP加水分解過程におけるタンパク質表面の水の状態の変化ウム「蛋白質/水界面の熱力学とATPエネルギー」 (2011)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 第63回コロイドおよび界面化学討論会
  • Place of Presentation: 京都(招待)
  • Year and Date: 2011-09-07
• [Presentation] Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys (2011)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, R.Roth, H.Oshima, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: The Third International Symposium of Kyoto University GCOE of Energy Science
  • Place of Presentation: Ajou University, Korea
  • Year and Date: 2011-08-19
• [Presentation] ATP加水分解およびATP駆動タンパク質のエネルギー・水和状態相関解析 (2011)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」の領域研究の活動として、全体会議後期(2011-2012)研究計画
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス
  • Year and Date: 2011-08-11
• [Presentation] Hyper-mobility of water around actin filaments revealed using pulse-field gradient spin-echo 1H NMR and fluorescence spectroscopy (2011)
  • Author(s): Tetsuichi Wazawa, Takashi Sagawa, Tsubasa Ogawa, Nobuyuki Morimoto, Takao Kodama, Makoto Suzuki
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」の領域研究の活動として、全体会議後期(2011-2012)研究計画
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス
  • Year and Date: 2011-08-11
• [Presentation] ATP-駆動蛋白質の機能発現における水とATPの役割 (2011)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期研究成果報告会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2011-08-09
• [Presentation] Rotation Mechanism of F_1-ATPase : Crucial Importance of Water-Entropy Effect (2011)
  • Author(s): 吉留崇, 伊藤祐子, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期研究成果報告会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2011-08-09
• [Presentation] 「疎水性」の本当の物理起源:その温度依存性を通しての考察 (2011)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 第56回低温生物工学会大会セミナー
  • Place of Presentation: いわて県民情報交流センター(招待)
  • Year and Date: 2011-07-07
• [Presentation] Importance of Water Entropy in Rotation Mechanism of F_1-ATPase (2011)
  • Author(s): T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: 5th Mini-Symposium on Liquids
  • Place of Presentation: Okayama University, Japan(招待)
  • Year and Date: 2011-06-25
• [Presentation] Actin polymerization induces hyper-mobility of surrounding water molecules (2011)
  • Author(s): Tetsuichi Wazawa, Takashi Sagawa, Tsubasa Ogawa, Nobuyuki Morimoto, Makoto Suzuki
  • Organizer: 日本生物物理学会東北支部講演会
  • Place of Presentation: 東北大学片平キャンパス
  • Year and Date: 2011-06-17
• [Presentation] 溶媒中におけるポリマーの立体構造特性を解析するための効率的な方法 (2011)
  • Author(s): 天野健一, 尾嶋拓, 木下正弘
  • Organizer: 日本生物物理学会,第3回中国四国支部学会
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2011-05-14
• [Presentation] 筒状容器における大球溶質の挿入と放出:単純化モデルを用いたシャペロニンGroELに関する理論解析 (2011)
  • Author(s): 天野健一, 木下正弘
  • Organizer: 日本生物物理学会,第3回中国四国支部学会
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2011-05-14
• [Presentation] Attractive interaction between like-charged macromolecules in an electrolyte solution and motion of amoeba (2011)
  • Author(s): Ryo Akiyama
  • Organizer: Department Seminar, Virginia Commonwealth University
  • Place of Presentation: Richmond, Virginia, USA(招待)
  • Year and Date: 2011-03-31
• [Presentation] 1分子トラジェクトリから分子モーターのポテンシャルを推定する (2011)
  • Author(s): 鳥谷部祥一, 上野博史, 宗行英朗
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2011-03-26
• [Presentation] 好熱菌シトクロムcの安定性・構造・生合成 (2011)
  • Author(s): 井上, 山中, 三本木
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2011-03-26
• [Presentation] 大きな粒子が多成分溶媒系から受ける抵抗の理論 (2011)
  • Author(s): 中村有花
  • Organizer: 日本物理学会第66回年次大会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2011-03-26
• [Presentation] MDで探る水溶液中の溶質分子の感じる誘電率 (2011)
  • Author(s): 久保田陽二
  • Organizer: 日本物理学会第66回年次大会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2011-03-26
• [Presentation] 溶媒和モーターにおける化学反応の仕事への変換 (2011)
  • Author(s): 徳永健
  • Organizer: 日本物理学会第66回年次大会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2011-03-26
• [Presentation] Co-solvent effect on actomyosin motility revealed by single molecule measurements (2011)
  • Author(s): Mitsuhiro Iwaki
  • Organizer: Workshop on "Hydration and ATP energy" 2011
  • Place of Presentation: Akiu, Sendai
  • Year and Date: 2011-03-16
• [Presentation] Observation and control of mechanical process in skeletal myosin steps (2011)
  • Author(s): M.Iwaki, A.Iwane, T.Yanagida
  • Organizer: Workshop on "Hydration and ATP energy" 2011
  • Place of Presentation: Akiu, Sendai
  • Year and Date: 2011-03-16
• [Presentation] Structural dynamics and Brownian search-and-catch of Myosin-V (2011)
  • Author(s): K.Fujita, A.Iwane, T.Yanagida, M.Iwaki
  • Organizer: Workshop on "Hydration and ATP energy" 2011
  • Place of Presentation: Akiu, Sendai
  • Year and Date: 2011-03-16
• [Presentation] 拡張型の溶媒和概念に基づく膜・不均一系の機能解析 (2011)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 生物物理若手の会京都支部セミナー「様々な角度からの膜の研究」
  • Place of Presentation: 京都大学理学部セミナーハウス(京都市左京区)(招待講演)
  • Year and Date: 2011-03-12
• [Presentation] Arabidpsis thaliana Myosin XI is a processive motor with a broad stepsize (2011)
  • Author(s): T. Morikawa, K.Ito, A.Kimura, K.Ikezaki, T.Komori, K.Fujita, M.Iwaki, T.Yanagida
  • Organizer: Biophysical Society 55^<th> Annual Meeting
  • Place of Presentation: Baltimore, Maryland, USA
  • Year and Date: 2011-03-05
• [Presentation] Visualization and clarifying the mechanical properties of the myosin V Brownian search with optical tweezers (2011)
  • Author(s): K.Fujita, M.Iwaki, A.Iwane, T.Yanagida
  • Organizer: Biophysical Society 55^<th> Annual Meeting
  • Place of Presentation: Baltimore, Maryland, USA
  • Year and Date: 2011-03-05
• [Presentation] Observation of mechanical process for myosin II by a dark-field microscopy combined with an optical trap (2011)
  • Author(s): Mitsuhiro Iwaki, A.Iwane, T.Yanagida
  • Organizer: Biophysical Society 55^<th> Annual Meeting
  • Place of Presentation: Baltimore, Maryland, USA
  • Year and Date: 2011-03-05
• [Presentation] Hydration Behaviour of Aqueous Solutions of urea and some of Its derivatives (2011)
  • Author(s): Batnasan Altansukh, George Mogami, Tetsuichi Wazawa, Makoto Suzuki
  • Organizer: Academic society : Annual meeting of Global COE Program Materials Integration
  • Place of Presentation: Lecture Hall, IMR, Tohoku University(poster)
  • Year and Date: 2011-03-01
• [Presentation] 大きな溶質の生体高分子複合体への挿入およびそれからの放出 (2011)
  • Author(s): 木下正弘, 天野健一
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発,第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 甲南大学
  • Year and Date: 2011-02-23
• [Presentation] An Efficient Method for Analyzing Conformational Properties of a Polymer in Solvent (2011)
  • Author(s): K.Amano, H.Oshima, M.Kinoshita
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発,第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 甲南大学
  • Year and Date: 2011-02-23
• [Presentation] Brownian search-and-catch mechanism for myosin VI steps (2011)
  • Author(s): M.Iwaki, A.Iwane, T.Shimokawa, R.Cooke, T.Yanagida
  • Organizer: Gordon Research Conferences -Stochastic Physics in Biology-
  • Place of Presentation: Ventura, CA, USA
  • Year and Date: 2011-01-23
• [Presentation] Strong attraction between like-charged biomolecules immersed in electrolyte solution and motion of amoeba (2011)
  • Author(s): Ryo Akiyama
  • Organizer: The 2011 Berkeley Mini Statistical Mechanics Meeting
  • Place of Presentation: California University Berkeley, USA
  • Year and Date: 2011-01-14
• [Presentation] ミオシンVの歩行中におけるレバーアームの揺らぎ (2011)
  • Author(s): 藤田恵介、岩城光宏、岩根敦子、柳田敏雄
  • Organizer: 生体運動研究合同班会議プログラム
  • Place of Presentation: 大阪市立大学・杉本キャンパス
  • Year and Date: 2011-01-08
• [Presentation] 同符号コロイド粒子間引力のリエントラントな振る舞いとアクチン様蛋白質のトレッドミル型分子モーターの仮説 (2011)
  • Author(s): 秋山良
  • Organizer: 第6回LSWシンポジウム
  • Place of Presentation: 北海道大学
  • Year and Date: 2011-01-07
• [Presentation] MD and QM calculations to reproduce water dynamics around several solute molecules (2011)
  • Author(s): 高橋卓也
  • Organizer: 物性研・CMSI・次世代ナノ情報合同研究会
  • Place of Presentation: 東京大学・柏キャンパス(千葉)
  • Year and Date: 2011-01-05
• [Presentation] ポリ(アミドアミン)デンドリマの水和状態解析 (2011)
  • Author(s): 森本展行、小川翼、最上譲二、鈴木誠
  • Organizer: 第60回高分子学会年次大会
  • Place of Presentation: 大阪
• [Presentation] 誘電緩和分光法による水和測定の分解能の向上と信頼性の検証 (2011)
  • Author(s): George Mogami, Tetsuichi Wazawa, Makoto Suzuki
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学
• [Presentation] Effects of Urea and Its Derivatives on the Water Dynamics as studied by microwave dielectric relaxation Spectroscopy (2011)
  • Author(s): Batnasan Altansukh, Tetsuichi Wazawa, George Mogami, Nobuyuki Morimoto, Makoto Suzuki
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学
• [Presentation] ADPとミオシンS1の結合熱に及ぼす尿素とその誘導体の影響 (2011)
  • Author(s): Tomohiko Abe, Altansukh Batnasan, Shin-ichiro Yasui, George Mogami, Makoto Suzuki
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学
• [Presentation] Hyper-mobility of water around actin filaments studied by pulse-field gradient spin-echo 1H NMR and fluorescence spectroscopy (2011)
  • Author(s): Tetsuichi Wazawa, Takashi Sagawa, Tsubasa Ogawa, Nobuyuki Morimoto, Takao Kodama, Makoto Suzuki
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学
• [Presentation] 尿素及び尿素誘導体のミオシンATP加水分解活性に及ぼす効果 (2011)
  • Author(s): 安居慎一郎, 和沢鉄一, Batnasan Altansukh, 石田誠宜, 中川卓哉, 鈴木誠
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学
• [Presentation] Local viscosity decrease of water surrounding actin upon pplymerization detected by dielectric relaxation, PFGSE-NMR, and fluorescence anisotropy measurements (2011)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: The 5th international mini-symposium on liquids
  • Place of Presentation: 岡山大学創立50周年記念館(招待)
• [Presentation] Proton diffusion coeffcient of actin solution measured by PFG-SE H NMR (2011)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」の領域研究の活動として、前期(2008-2010)研究成果報告会
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス
• [Presentation] ATP加水分解過程における蛋白質表面の水の状態の変化 (2011)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 第63回コロイドおよび界面化学討論会「タンパク質/水界面の熱力学とATPエネルギー」シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学百周年時計台記念館(招待)
• [Presentation] Hydration Properties of Adenosine Phosphate Series as Studied by Microwave Dielectric Spectroscopy (2011)
  • Author(s): George Mogami, Tetsuichi Wazawa, Nobuyuki Morimoto, Takao Kodama, Makoto Suzuki
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス
• [Presentation] Hydration properties of urea, thiourea and alkylurea derivatives as studied by microwave dielectric relaxation Spectroscopy (2011)
  • Author(s): Batnasan Altansukh, George Mogami, Tetsuichi Wazawa, Nobuyuki Morimoto, Makoto Suzuki
  • Organizer: Grant-in-Aid for Scientific Researcher on Innovative Area : Hydration and ATP Energy
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(poster)
• [Presentation] 精密誘電分光測定によるポリ(ビニルホスホン酸)の水和構造解析 (2011)
  • Author(s): 佐々木優, 丹野則彦, 最上譲二, 和沢鉄一, 森本展行
  • Organizer: 第60回高分子討論会
  • Place of Presentation: 岡山大学
• [Presentation] Roles of Water and ATP in Functioning of ATP-Driven Proteins (2011)
  • Author(s): M.Kinoshita
  • Organizer: The 7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics (ISTCP-VII)
  • Place of Presentation: Waseda University, Tokyo, Japan(招待)
• [Presentation] ATP駆動蛋白質の機能発現における水とATPの共同効果 (2011)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 日本生物物理学会第49回年会シンポジウム「水とATPがつくる非対称性」
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学(招待)
• [Presentation] 実験で得られた蛋白質天然構造モデルのキャラクタリゼーション (2011)
  • Author(s): 三嶋浩和, 安田哲司, 吉留崇, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 第34回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学ES総合館ESホール
• [Presentation] Hydration Effect on Functional, Self-Organizing Systems in Aqueous Solution (2011)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: International Conference on Computational Science (ICCS) 2011
  • Place of Presentation: Nanyang Executive Centre, Nanyang Technological University (Singapore)(招待)
• [Presentation] 溶媒和自由エネルギーを用いた蛋白質-蛋白質ドッキング複合体の評価 (2011)
  • Author(s): 竹村和浩、Guo Hao、桜庭俊、松林伸幸、北尾彰朗
  • Organizer: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポパーク(大阪府吹田市千里万博公園)
• [Presentation] Free-energy Analysis of urea effect on amino-acid analogs and proteins (2011)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: Telluride Science Research Center workshop "The Physics, Chemistry, and Biology of Ions and Osmolytes in Solution
  • Place of Presentation: Telluride Science Research Center (Telluride, CO, USA)(招待)
• [Presentation] All-atom analysis of solvent effect on ATP and related systems (2011)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会および後期(2011-2012)研究計画全体会議
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] Free-energy analysis of cosolvent effect on amino-acid analogs and protein (2011)
  • Author(s): Yasuhito Karino, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会および後期(2011-2012)研究計画全体会議
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] All-atom analysis of ATP hydrolysis free energy (2011)
  • Author(s): Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会および後期(2011-2012)研究計画全体会議
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] Free-energy computation and analysis of beta subunit of F1-ATPase in water (2011)
  • Author(s): Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会および後期(2011-2012)研究計画全体会議
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] Free-energy analysis of osmolyte effects of urea and its derivative on a mino-acid analogs (2011)
  • Author(s): Kai-min Tu, Yasuhito Karino, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会および後期(2011-2012)研究計画全体会議
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] 均一および不均一混合溶媒効果の自由エネルギー解析 (2011)
  • Author(s): 松林伸幸、篠田渉、Acep PURQON、狩野康人、櫻庭俊、〓楷旻
  • Organizer: 計算分子科学研究拠点第2回研究会
  • Place of Presentation: 理化学研究所計算科学研究機構(神戸市中央区港島南町7-1-26)(招待)
• [Presentation] Extended Concept of Solvation toward Unified Analysis of Molecular Binding in Weakly Ordered Systems (2011)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: The Seventh Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics (ISTCP-VII)
  • Place of Presentation: 早稲田大学(新宿区西早稲田1-6-1)(招待)
• [Presentation] 自由エネルギー計算で見るタンパク質に対する共溶媒効果 (2011)
  • Author(s): 狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 第63回コロイドおよび界面化学討論会
  • Place of Presentation: 京都大学吉田キャンパス(京都市左京区)
• [Presentation] Molecular study of hydration over a wide range of thermodynamic conditions (2011)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: International Association for the Properties of Water and Steam, 2011 Annual Meeting
  • Place of Presentation: Plzen, Czech Republic(招待)
• [Presentation] Summary and Near-Future Perspective of the Symposium "Asymmetry Produced by Water and ATP" (2011)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学・姫路書写キャンパス(姫路市書写2167)(招待)
• [Presentation] Cosolvent effect on the stability of cytochrome c (2011)
  • Author(s): Yasuhito Karino, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学・姫路書写キャンパス(姫路市書写2167)
• [Presentation] Solvation Free Energy of Complex : a potential tool for improving scoring function in protein-protein docking (2011)
  • Author(s): Kazuhiro Takemura, Hao Guo, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大学・姫路書写キャンパス(姫路市書写2167)
• [Presentation] エネルギー表示溶液理論と分子シミュレーションの融合による機能性分子集合系の自由エネルギー解析 (2011)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 社団法人新化学技術推進協会2011高分子シミュレーション技術セミナー
  • Place of Presentation: ホテルラフォーレ強羅(神奈川県箱根町強羅)(招待)
• [Presentation] グルコース水熱反応の速度論的解析 (2011)
  • Author(s): 木村浩、中原勝、松林伸幸
  • Organizer: 第52回高圧討論会
  • Place of Presentation: 沖縄キリスト教学院(沖縄県中頭郡西原町字翁長777番地)
• [Presentation] cytochrome cに対する尿素効果の自由エネルギー解析 (2011)
  • Author(s): 狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 第34回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学ES総合館ESホール(名古屋市千種区不老町)
• [Presentation] NMR-NOE測定とMDによる脂質膜中の小分子の相互作用とダイナミクス解析 (2011)
  • Author(s): 新谷恵、松尾勇志、櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 第34回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学ES総合館ESホール(名古屋市千種区不老町)
• [Presentation] In situ NMRを用いたグルコース水熱反応の機構および速度論的解析 (2011)
  • Author(s): 木村浩、中原勝、松林伸幸
  • Organizer: 第34回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学ES総合館ESホール(名古屋市千種区不老町)
• [Presentation] アミノ酸アナログに対する尿素およびそのアルキル化物の共溶媒効果の自由エネルギー解析 (2011)
  • Author(s): 〓楷旻、狩野康人、櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 第34回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学ES総合館ESホール(名古屋市千種区不老町)
• [Presentation] 脂質膜中に取り込まれたナフタレン誘導体の溶液1H-NMR測定 (2011)
  • Author(s): 松尾勇志、新谷恵、松林伸幸
  • Organizer: 第34回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学ES総合館ESホール(名古屋市千種区不老町)
• [Presentation] エネルギー表示法による2-アミノエタノール(MEA)水溶液中でのCO2の反応性の解析 (2011)
  • Author(s): 窪田善之、櫻庭俊、狩野康人、古川博敏、松林伸幸
  • Organizer: 第34回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学ES総合館ESホール(名古屋市千種区不老町)
• [Presentation] 分子動力学計算によるアルカノールアミン水溶液の解析 (2011)
  • Author(s): 古川博敏、窪田善之、狩野康人、櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 第34回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学ES総合館ESホール(名古屋市千種区不老町)
• [Presentation] イオン液体を構成するカチオン、アニオンと二酸化炭素の相互作用:ab initio分子軌道法による解析 (2011)
  • Author(s): 都築誠二、篠田渉、藤井健太、竹内宗孝、牧野貴至、金久保光央、亀田恭男、松林伸幸、梅林泰宏
  • Organizer: 第34回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学ES総合館ESホール(名古屋市千種区不老町)
• [Presentation] 溶液NMR-NOE測定とMD計算を用いた脂質膜中の小分子の相互作用解析 (2011)
  • Author(s): 新谷恵、松尾勇志、櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 膜シンポジウム2011
  • Place of Presentation: 健康文化村カルチャーリゾートフェストーネ(沖縄県宜野湾市真志喜3丁目28番1号)
• [Presentation] 脂質膜中に取り込まれたナフタレン誘導体の溶液NMR観測 (2011)
  • Author(s): 松尾勇志、新谷恵、松林伸幸
  • Organizer: 膜シンポジウム2011
  • Place of Presentation: 健康文化村カルチャーリゾートフェストーネ(沖縄県宜野湾市真志喜3丁目28番1号)
• [Presentation] 拡張型の溶媒和概念に基づくソフト分子集団の自由エネルギー解析 (2011)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 東北大学グローバルCOEプログラム「分子系高次構造体化学国際教育研究拠点」グローバルCOEプログラムシンポジウム2011
  • Place of Presentation: 東北大学片平さくらホール(招待)
• [Presentation] 溶媒和自由エネルギー計算を用いたアミノ酸アナログおよびcytochrome cへの尿素効果に関する研究 (2011)
  • Author(s): 狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 第25回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(大岡山西9号館デジタル多目的ホール・メディアホール)
• [Presentation] エネルギー分布関数を用いた自由エネルギーの厳密計算 (2011)
  • Author(s): 櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 第25回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(大岡山西9号館デジタル多目的ホール・メディアホール)
• [Presentation] F1モータータンパク質の水和自由エネルギー解析 (2011)
  • Author(s): 浴本亨、松林伸幸
  • Organizer: 第25回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(大岡山西9号館デジタル多目的ホール・メディアホール)
• [Presentation] 全原子分子シミュレーションによる尿素およびその誘導体とアミノ酸アナログの相互作用の自由エネルギー解析 (2011)
  • Author(s): 〓楷旻、狩野康人、櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 第25回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(大岡山西9号館デジタル多目的ホール・メディアホール)
• [Presentation] 2-アミノエタノール水溶液中でのカーバメート生成反応の分子動力学的解析 (2011)
  • Author(s): 窪田善之、櫻庭俊、狩野康人、古川博敏、松林伸幸
  • Organizer: 第25回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(大岡山西9号館デジタル多目的ホール・メディアホール)
• [Presentation] CO2化学吸収液の分子動力学計算による解析 (2011)
  • Author(s): 古川博敏、窪田善之、狩野康人、櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 第25回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(大岡山西9号館デジタル多目的ホール・メディアホール)
• [Presentation] 自由エネルギー計算による機能性分離膜の物質透過性の研究 (2011)
  • Author(s): 川上智教、北畑雅弘、茂本勇、松林伸幸
  • Organizer: 第25回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(大岡山西9号館デジタル多目的ホール・メディアホール)
• [Presentation] コンピューターシミュレーションから探るABCトランスポーターの動的構造とATP加水分解の関係 (2011)
  • Author(s): 田中翔, 櫻井実
  • Organizer: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポパーク(吹田)
• [Presentation] 分子動力学シミュレーションによるフォトトロピンの光活性化機構の研究 (2011)
  • Author(s): 武田英之, 直原一徳, 徳富哲, 櫻井実
  • Organizer: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポパーク(吹田)
• [Presentation] ATP結合およびATP加水分解により誘起されるABCトランスポーターの構造とダイナミクス変化 (2011)
  • Author(s): 櫻井実、萩谷朋佳、渡辺百合香、古田忠臣
  • Organizer: 生理学研究所研究会「作動中の膜機能分子の姿を捉える-静止画から動画へ-」
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター
• [Presentation] Unidirectional structure changes of ABC transporters driven by binding of ATP and its hydrolysis (2011)
  • Author(s): M.Sakurai
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大姫路書写キャンパス(招待)
• [Presentation] A state essential for priming ATP-hydrolysis in gating cycle an ABC transporter CFTR channel (2011)
  • Author(s): Y.-C.Yu, T.Furukawa-Hagiya, M.Yasui, T.-C.Hwang, M.Sakurai, Y.Sohma
  • Organizer: 第49回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 兵庫県立大姫路書写キャンパス
• [Presentation] ATP-binding induced conformational change in CFTR of the inward-facing state using a simulation study (2011)
  • Author(s): T.Hagiya, T.Furuta, Y.Sohma, M.Sakurai
  • Organizer: 第34回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
• [Presentation] アクチン周りの水の運動性、ATPエネルギーとのかかわり (2011)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 生体運動班会議2011
  • Place of Presentation: 大阪市立大学・杉本キャンパス
• [Presentation] マイクロ波誘電緩和分光により明らかになったATP周りのHyper-mobile water (2011)
  • Author(s): 最上譲二, 和沢鉄一, 森本展行, 児玉孝雄, 鈴木誠
  • Organizer: 2011年生体運動研究合同班会議
  • Place of Presentation: 大阪市立大学杉本キャンパス
• [Presentation] ポリモルフから生起する分子集団機能 (2011)
  • Author(s): 松林伸幸、櫻庭俊
  • Organizer: 物性研・CMSI・次世代ナノ情報合同研究会「計算物質科学の課題と展望」
  • Place of Presentation: 東京大学物性研究所(千葉県柏市)(招待講演)
• [Presentation] 分子動力学計算による高分子電解質ゲルの物質透過性の研究 (2011)
  • Author(s): 川上智教、茂本勇、松林伸幸
  • Organizer: 物性研・CMSI・次世代ナノ情報合同研究会「計算物質科学の課題と展望」
  • Place of Presentation: 東京大学物性研究所(千葉県柏市)
• [Presentation] Energetics of ATP Hydrolysis in cell, solution and vacuum and on protein (2011)
  • Author(s): 児玉孝雄、松林伸幸、木森義孝
  • Organizer: 2011年生体運動研究合同班会議
  • Place of Presentation: 大阪市立大学杉本キャンパス(大阪市住吉区杉本3-3-138)
• [Presentation] 分子シミュレーションと溶液理論の融合によるソフト分子集団の自由エネルギー解析 (2011)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 計算分子科学研究拠点第1回研究会
  • Place of Presentation: 自然科学研究機構岡崎コンファレンスセンター(招待講演)
• [Presentation] ermodの開発状況と環境調和型化学過程への適用事例 (2011)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 甲南大学ポートアイランドキャンパス7階セミナーホール(神戸市中央区)(招待講演)
• [Presentation] Free-Energy Analysis of Protein-Membrane Interaction : Preferred Configuration of Transmembrane Protein and Roles of Lipid and Water (2011)
  • Author(s): Acep PURQON、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 甲南大学ポートアイランドキャンパス7階セミナーホール(神戸市中央区)
• [Presentation] cytochrome cの構造変化に対するエネルギー解析 (2011)
  • Author(s): 狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 甲南大学ポートアイランドキャンパス7階セミナーホール(神戸市中央区)
• [Presentation] 独立部分空間分析を用いたタンパク質運動の解析 (2011)
  • Author(s): 桜庭俊、松林伸幸、城地保昌、北尾彰朗
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 甲南大学ポートアイランドキャンパス7階セミナーホール(神戸市中央区)
• [Presentation] 2-アミノエタノール(MEA)水溶液の分子動力学的解析 (2011)
  • Author(s): 窪田善之、古川博敏、狩野康人、桜庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 甲南大学ポートアイランドキャンパス7階セミナーホール(神戸市中央区)
• [Presentation] 自由エネルギー計算を活用した高分子電解質の物質透過性の研究 (2011)
  • Author(s): 川上智教、茂本勇、松林伸幸
  • Organizer: 文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 甲南大学ポートアイランドキャンパス7階セミナーホール(神戸市中央区)
• [Presentation] 脂質膜の曲率がダイナミクスに及ぼす効果:溶液NMR-NOE測定と大規模MDによる研究 (2011)
  • Author(s): 新谷恵、吉田健、櫻庭俊、中原勝、松林伸幸
  • Organizer: 日本化学会第91春季年会
  • Place of Presentation: 神奈川大学横浜キャンパス
• [Presentation] グルコースの水熱反応の機構と速度論解析 (2011)
  • Author(s): 木村浩、中原勝、松林伸幸
  • Organizer: 日本化学会第91春季年会
  • Place of Presentation: 神奈川大学横浜キャンパス
• [Presentation] 溶液NMRによる脂質二分子膜中のドラッグ分子の相互作用位置およびダイナミクスの検討 (2011)
  • Author(s): 松尾勇志、新谷恵、松林伸幸
  • Organizer: 日本化学会第91春季年会
  • Place of Presentation: 神奈川大学横浜キャンパス
• [Presentation] 不斉軸に直結した中心金属を持つビナフチル化合物の合成と物性 (2011)
  • Author(s): 林一広, 中島裕美子, 小澤文哉, 松林伸幸、笹森貴裕、時任宣博、川端猛夫
  • Organizer: 日本薬学会第131年会
  • Place of Presentation: ツインメッセ静岡(静岡市)
• [Presentation] All-atom analysis of solvent effect on ATP and related systems (2011)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] Free-energy analysis of cosolvent effect on amino-acid analogs and protein (2011)
  • Author(s): 狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] All-atom analysis of ATP hydrolysis free energy (2011)
  • Author(s): 櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] Free-energy computation and analysis of beta subunit of F1-ATPase in water (2011)
  • Author(s): 浴本亨、松林伸幸
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] Free-energy analysis of osmolyte effects of urea and its derivative on amino-acid analogs (2011)
  • Author(s): TU Kai-min、狩野康人、櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会
  • Place of Presentation: 大阪ガーデンパレス(大阪市淀川区西宮原)
• [Presentation] 同符号マクロイオン間相互作用の計算と生体内での役割 (2011)
  • Author(s): 秋山良
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発、第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 甲南大学
• [Presentation] Crucial Importance of Translational Entropy of Water in Rotation Mechanism of F_1-ATPase (2010)
  • Author(s): T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: Pacifichem 2010, Topic Area-Physical, Theoretical & Computational, "New Experimental and Computational Probes of Water in Biological Systems (#130)"
  • Place of Presentation: Honolulu, Hawaii, USA
  • Year and Date: 2010-12-19
• [Presentation] Statistical Thermodynamics for Cold Denaturation of Proteins (2010)
  • Author(s): H.Oshima, T.Yoshidome, K.Amano, M.Kinoshita
  • Organizer: Pacifichem 2010, Topic Area-Physical, Theoretical & Computational, "New Experimental and Computational Probes of Water in Biological Systems (#130)"
  • Place of Presentation: Honolulu, Hawaii, USA
  • Year and Date: 2010-12-19
• [Presentation] Insertion and Release of a Big Sphere into and from a Cylindrical Vessel (2010)
  • Author(s): K.Amano, M.Kinoshita
  • Organizer: Pacifichem 2010, Topic Area-Physical, Theoretical & Computational, "New Experimental and Computational Probes of Water in Biological Systems (#130)"
  • Place of Presentation: Honolulu, Hawaii, USA
  • Year and Date: 2010-12-19
• [Presentation] Effects of Heme on the Thermal Stability of Four Cytochromes c : Theoretical Analyses (2010)
  • Author(s): R.Kodama, T.Yoshidome, M.Yamanaka, Y.Sambongi, M.Kinoshita
  • Organizer: Pacifichem 2010, Topic Area-Physical, Theoretical & Computational, "New Experimental and Computational Probes of Water in Biological Systems (#130)"
  • Place of Presentation: Honolulu, Hawaii, USA
  • Year and Date: 2010-12-19
• [Presentation] Effects of Side-Chain Packing on the Formation of Secondary Structures in Protein Folding (2010)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, H.Oshima, R.Kodama, Y.Harano, M.Kinoshita
  • Organizer: Pacifichem 2010, Topic Area-Physical, Theoretical & Computational, "New Experimental and Computational Probes of Water in Biological Systems (#130)"
  • Place of Presentation: Honolulu, Hawaii, USA
  • Year and Date: 2010-12-19
• [Presentation] Reentrant behavior of attraction between like-charged colloidal particle immersed in electrolyte solution and related phenomena in biological systems (2010)
  • Author(s): Ryo Akiyama
  • Organizer: PACIFICHEM2010
  • Place of Presentation: Honolulu, Hawaii, USA
  • Year and Date: 2010-12-19
• [Presentation] NMRと計算化学の融合によるナノ不均一溶液系の動的構造の解明 (2010)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 第33回JEOL NMRユーザーズミーティング
  • Place of Presentation: メルパルク京都(招待講演)
  • Year and Date: 2010-12-02
• [Presentation] 誘電緩和分光法によるイオン・高分子電解質・タンパク質の水和ダイナミックス (2010)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 理研シンポジウム動的水和構造と分子過程IV
  • Place of Presentation: 独立行政法人理化学研究所鈴木梅太郎記念ホール(招待講演)
  • Year and Date: 2010-12-01
• [Presentation] Effects of Heme on the Thermal Stability of Cytochromes c : Comparison between Experimental and Theoretical Results (2010)
  • Author(s): R.Kodama, T.Yoshidome, M.Yamanaka, Y.Sambongi, M.Kinoshita
  • Organizer: International Symposium of Advanced Energy Science
  • Place of Presentation: Obaku Plaza, Kyoto University, Uji, Japan
  • Year and Date: 2010-11-18
• [Presentation] Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys (2010)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, R.Roth, H.Oshima, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: International Symposium of Advanced Energy Science
  • Place of Presentation: Obaku Plaza, Kyoto University, Uji, Japan
  • Year and Date: 2010-11-18
• [Presentation] Recent Progress in JST/SSF Exchange Program (2010)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: Meeting of JST-SSF/Vinnova Cooperative Programme on "Multidisciplinary BIO"
  • Place of Presentation: 京都大学化学研究所
  • Year and Date: 2010-11-02
• [Presentation] Observation of mechanical process for myosin II by a dark-field microscopy combined with an optical trap (2010)
  • Author(s): Mitsuhiro Iwaki, A.Iwane, T.Yanagida
  • Organizer: RIKEN QBiC Kick-off meeting
  • Place of Presentation: OLABB, Osaka
  • Year and Date: 2010-10-26
• [Presentation] Visualization and clarifying the mechanical properties of the myosin V Brownian search with optical tweezers (2010)
  • Author(s): K.Fujita, M.Iwaki, A.Iwane, T.Yanagida
  • Organizer: RIKEN QBiC Kick-off meeting
  • Place of Presentation: OLABB, Osaka
  • Year and Date: 2010-10-26
• [Presentation] バイオ分子間相互作用形態研究における情報的粗視化モデリング (2010)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: CREST「バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング」チームミーティング
  • Place of Presentation: 京都大学東京オフィス
  • Year and Date: 2010-10-07
• [Presentation] 無機物と微生物の相互関係に関する研究 (2010)
  • Author(s): 若井
  • Organizer: 日本農芸化学会中四国支部大会第28回講演会
  • Place of Presentation: 香川(招待講演)
  • Year and Date: 2010-09-24
• [Presentation] イオン周りの溶媒の速い回転緩和 (2010)
  • Author(s): 植松勇一郎
  • Organizer: 日本物理学会2010年秋季大会
  • Place of Presentation: 大阪府立大学
  • Year and Date: 2010-09-24
• [Presentation] F_1-ATPaseの回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性 (2010)
  • Author(s): 吉留崇, 伊藤祐子, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 日本物理学会平成22年度秋季大会(物性関係)
  • Place of Presentation: 大阪府立大学
  • Year and Date: 2010-09-23
• [Presentation] Information-heat engine as a model system of molecular motors (2010)
  • Author(s): Toyabe, S., Sagawa, T., Ueda, M., Muneyuki, E., Sano, M.
  • Organizer: 日本生物物理学会第48回年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス
  • Year and Date: 2010-09-22
• [Presentation] ヌクレオチドとF1-ATPaseとの結合の熱力学パラメータの測定Thermodynamic parameters of nucleotide binding to the catalytic sites of F1-ATPase revealed by fluorescence measurement (2010)
  • Author(s): Kikuchi, Y., Naka, Y., Osakabe, H., Toyabe, S., Ueno, H., Muneyuki, E.
  • Organizer: 日本生物物理学会第48回年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス
  • Year and Date: 2010-09-22
• [Presentation] F1-ATPaseのβサブユニット(Y341W)単体へのヌクレオチド結合の温度依存性Temperature dependence of nucleotide binding to β subunit of F1-ATPase revealed by fluorescence measurement (2010)
  • Author(s): Naka, Y, Osakabe, H., Masaike, T., Okamoto, T., Muneyuki, E.
  • Organizer: 日本生物物理学会第48回年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス
  • Year and Date: 2010-09-22
• [Presentation] 2mMATPのDMSO存在下におけるF1-ATPaseのステップ運動Stepwise rotation of F1-ATPase at 2 mM ATP in the presence of DMSO (2010)
  • Author(s): Nishizuka, K.,Toyabe, S., Okamoto, T., Muneyuki, E.
  • Organizer: 日本生物物理学会第48回年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス
  • Year and Date: 2010-09-22
• [Presentation] Reproduction of dynamics of water around an ion by refining water model (2010)
  • Author(s): 栗崎以久男, 高橋卓也
  • Organizer: 日本生物物理学会第48回年会
  • Place of Presentation: 東北大学(宮城)
  • Year and Date: 2010-09-21
• [Presentation] Calculations of dynamics of water around biomolecules and ions (2010)
  • Author(s): 高橋卓也, 栗崎以久男
  • Organizer: 日本生物物理学会第48回年会
  • Place of Presentation: 東北大学(宮城)
  • Year and Date: 2010-09-21
• [Presentation] ミトコンドリア外膜タンパク質Tom20-プレ配列複合体の分子動力学計算Molecular dynamics simulation of outer mitochondrial protein Tom20-presequence complex (2010)
  • Author(s): Komuro, Y., Mori, T., Muneyuki, M., Saito, T., Kohda, D., Sugita, Y.
  • Organizer: 日本生物物理学会第48回年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス
  • Year and Date: 2010-09-21
• [Presentation] Crucial Importance of Translational Entropy of Water in Rotation Mechanism of F_1-ATPase (2010)
  • Author(s): T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • Place of Presentation: Tohoku University, Sendai, Japan
  • Year and Date: 2010-09-20
• [Presentation] Theoretical Prediction of Hot Spots in Protein-Protein Complexes (2010)
  • Author(s): H.Oshima, S.Yasuda, T.Yoshidome, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • Place of Presentation: Tohoku University, Sendai, Japan
  • Year and Date: 2010-09-20
• [Presentation] Import and Export of a Solute Using Solvation Effects : A Study on Chaperonin GroEL (2010)
  • Author(s): K.Amano, M.Kinoshita
  • Organizer: The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • Place of Presentation: Tohoku University, Sendai, Japan
  • Year and Date: 2010-09-20
• [Presentation] Effects of Heme on the Thermal Stability of Cytochromes c : Comparison between Experimental and Theoretical Results (2010)
  • Author(s): R.Kodama, T.Yoshidome, M.Yamanaka, Y.Sambongi, M.Kinoshita
  • Organizer: The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • Place of Presentation: Tohoku University, Sendai, Japan
  • Year and Date: 2010-09-20
• [Presentation] Development of a Free-Energy Function toward Predicting the Native Structure of a Protein (2010)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, R.Roth, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • Place of Presentation: Tohoku University, Sendai, Japan
  • Year and Date: 2010-09-20
• [Presentation] Refinement of Modeled Protein Structure by Replica-Exchange Molecular Dynamics and Hydration Entropy Based Scoring Function (2010)
  • Author(s): S.Du, Y.Harano, M.Sakurai, M.Kinoshita
  • Organizer: The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • Place of Presentation: Tohoku University, Sendai, Japan
  • Year and Date: 2010-09-20
• [Presentation] Observation of mechanical process for myosin II by a dark-field microscopy combined with and optical trap (2010)
  • Author(s): M.Iwaki, A.Iwane, T.Yanagida
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス
  • Year and Date: 2010-09-20
• [Presentation] Visualization and clarifying the mechanical properties of the myosin V Brownian search with optical tweezers (2010)
  • Author(s): K.Fujita, M.Iwaki, A.Iwane, T.Yanagida
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス
  • Year and Date: 2010-09-20
• [Presentation] ハイブリッドF1-ATPaseの角度解析によって見出されたもう一つのサブ-サブステップ回転Angle distribution analysis of hybrid F1-ATPase indicates another sub-substep rotation between two catalytic dwells (2010)
  • Author(s): Ariga, T., Muneyuki, E., Yoshida, M.
  • Organizer: 日本生物物理学会第48回年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス
  • Year and Date: 2010-09-20
• [Presentation] Effect of salts on ATP hydrolysis activity of extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica (2010)
  • Author(s): 若井, 三本木, ほか1名
  • Organizer: International Society of Extremophiles, 8^<th> International Congress of Extremophiles
  • Place of Presentation: リスボン、ポルトガル
  • Year and Date: 2010-09-14
• [Presentation] 溶液内のナノ不均一構造の自由エネルギー解析 (2010)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 新化学発展協会先端化学技術部会コンピュータケミストリ分科会講演会
  • Place of Presentation: ハーモニーホール(東京都千代田区内神田)(招待講演)
  • Year and Date: 2010-09-01
• [Presentation] Import and Export of a Solute Using Solvation Effects : A Study on Chaperonin GroEL (2010)
  • Author(s): K.Amano, M.Kinoshita
  • Organizer: The 2nd GCOE International Symposium (ZERO-CARBON ENERGY Kyoto 2010)
  • Place of Presentation: Obaku Plaza, Kyoto University, Uji, Japan
  • Year and Date: 2010-08-19
• [Presentation] Effects of Heme on the Thermal Stability of Mesophilic and Thermophylic Cytochromes c : Comparison between Experimental and Theoretical Results (2010)
  • Author(s): R.Kodama, T.Yoshidome, M.Yamanaka, Y.Sambongi, M.Kinoshita
  • Organizer: The 2nd GCOE International Symposium (ZERO-CARBON ENERGY Kyoto 2010)
  • Place of Presentation: Obaku Plaza, Kyoto University, Uji, Japan
  • Year and Date: 2010-08-19
• [Presentation] Development of a Free-Energy Function toward Predicting the Native Structure of a Protein (2010)
  • Author(s): S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, R.Roth, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
  • Organizer: The 2nd GCOE International Symposium (ZERO-CARBON ENERGY Kyoto 2010)
  • Place of Presentation: Obaku Plaza, Kyoto University, Uji, Japan
  • Year and Date: 2010-08-19
• [Presentation] Physical Picture of Cold Denaturation of Proteins (2010)
  • Author(s): T.Yoshidome, H.Oshima, K.Amano, M.Kinoshita
  • Organizer: International Symposium on Non-Equilibrium Soft Matter 2010
  • Place of Presentation: Naraken Sinkoukaido, Japan
  • Year and Date: 2010-08-18
• [Presentation] 電子雲が作る共有結合とイオン雲が作る"共有結合" (2010)
  • Author(s): 秋山良
  • Organizer: 九重分光学関連夏季セミナー
  • Place of Presentation: 九州地区九重共同研修所
  • Year and Date: 2010-07-30
• [Presentation] Free-energy analysis of functional, self-organizing systems in solution (2010)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 理研セミナー
  • Place of Presentation: 理化学研究所基幹研究所(埼玉県和光市)(招待講演)
  • Year and Date: 2010-07-28
• [Presentation] ATP hydrolysis activity under extremely high salt concentration (2010)
  • Author(s): 若井, 三本木, ほか1名
  • Organizer: Asian and Oceania Conference on Transcription
  • Place of Presentation: 沖縄
  • Year and Date: 2010-06-30
• [Presentation] Free-energy analysis of the hydration effect on cytochrome c (2010)
  • Author(s): Yasuhito Karino, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 4th Mini-Symposium on Liquids
  • Place of Presentation: 九州大学21世紀交流プラザ
  • Year and Date: 2010-06-26
• [Presentation] Effect of salts on ATP hydrolysis activity of extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica (2010)
  • Author(s): 若井, 三本木
  • Organizer: 4^<th> mini-symposium on liquid
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2010-06-26
• [Presentation] F_1-ATPaseの回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性 (2010)
  • Author(s): 吉留崇, 伊藤祐子, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 革新的ナノバイオ第5回班会議
  • Place of Presentation: 学習院大学
  • Year and Date: 2010-06-25
• [Presentation] Hydration measurement of salt ions, polyelectrolytes, and proteins in diluteb solutions by high resolution dielectric relaxation spectroscopy (2010)
  • Author(s): Makoto Suzuki
  • Organizer: TRILATERAL SCIENTIFIC SEMINER ON "Solvation in Complex Liquids : Bridging Length Scales by Theory and Experiment"
  • Place of Presentation: Max Planck Institute, Leipzig, Germany(招待講演)
  • Year and Date: 2010-06-24
• [Presentation] 生体分子と、その周囲の水のダイナミクスと分極電荷の計算 (2010)
  • Author(s): 高橋卓也
  • Organizer: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道)
  • Year and Date: 2010-06-17
• [Presentation] 高度好塩性アーキア由来塩依存性ATP加水分解活性に対するアニオンおよびカチオンの影響 (2010)
  • Author(s): 若井, 三本木, ほか1名
  • Organizer: 日本農芸化学会中四国支部第27回講演会
  • Place of Presentation: 広島
  • Year and Date: 2010-06-05
• [Presentation] エネルギー表示法によるナノ不均一溶液系の自由エネルギー解析 (2010)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 九州大学理学研究院第11回物理教室談話会
  • Place of Presentation: 九州大学理学研究院(招待講演)
  • Year and Date: 2010-05-25
• [Presentation] 電解質溶液中の同符号マクロイオン間実効引力に見られるリエントラントなふるまい (2010)
  • Author(s): 秋山良
  • Organizer: 第13回理論化学討論会
  • Place of Presentation: 北海道大学
  • Year and Date: 2010-05-23
• [Presentation] エネルギー表示法による溶液系の自由エネルギー解析 (2010)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: (社)近畿化学協会コンピュータ化学部会第78回例会
  • Place of Presentation: 大阪科学技術センター(招待講演)
  • Year and Date: 2010-05-21
• [Presentation] Brownian search-and-catch mechanism for actomyosin (2010)
  • Author(s): Mitsuhiro Iwaki
  • Organizer: International Symposium on Single molecule Nano Detection and Its Application to life science
  • Place of Presentation: Awaji Yumebutai International conference center(招待講演)
  • Year and Date: 2010-04-17
• [Presentation] 電解質溶液中の同符号荷電コロイド粒子間相互作用にみられるリエントラントな挙動:HNC-OZ方程式の解 (2010)
  • Author(s): 秋山良
  • Organizer: 日本物理学会第65回年次大会
  • Place of Presentation: 岡山大学
  • Year and Date: 2010-03-22
• [Presentation] Counterion condensation and strong attraction between like-charged macroions immersed in an electrolyte solution (2010)
  • Author(s): 秋山良, et al
  • Organizer: International Symposium Fifty Years of Biophysics Research at Nagoya University
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2010-03-13
• [Presentation] Hydration study on nucleotides and actomyosin (2010)
  • Author(s): Makoto Suzuki
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台)
  • Year and Date: 2010-03-10
• [Presentation] ATP hydrolysis in extremophilic microorganisms (2010)
  • Author(s): Yoshihiro Sambongi
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台)
  • Year and Date: 2010-03-10
• [Presentation] Crucial Importance of Translational Entropy of Water in Biological Systems (2010)
  • Author(s): M.Kinoshita
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy
  • Place of Presentation: Iwanumaya, Sendai, Japan
  • Year and Date: 2010-03-09
• [Presentation] Strong attraction between like-charged macromolecules immersed in electrolyte solution and the behavior of counter charged ions (2010)
  • Author(s): 秋山良, et al
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台)
  • Year and Date: 2010-03-09
• [Presentation] Outline of the research project : ATP-energy conversion based upon the molecular understanding of hydration (2010)
  • Author(s): Makoto Suzuki
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy
  • Place of Presentation: 岩沼屋(仙台)
  • Year and Date: 2010-03-08
• [Presentation] OZ-HNC方程式を用いた同符号荷電コロイド粒子間実効相互作用の理論的研究 (2010)
  • Author(s): 秋山良, 他
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーション ソフトウェアの研究開発:第4回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2010-03-04
• [Presentation] Strong attraction between two like-charged colloidal particles in electrolyte solution (2010)
  • Author(s): 秋山良
  • Organizer: The 2010 Berkeley Mini Statistical Mechanics Meeting
  • Place of Presentation: Univ.of California Berkeley, CA, USA
  • Year and Date: 2010-01-08
• [Presentation] Free-Energy Analysis of Biomolecular Solvation in the Energetic Perspective (2010)
  • Author(s): N.Matubayasi
  • Organizer: Gordon Research Conference on Water and Aqueous Solutions
  • Place of Presentation: Holderness, USA
• [Presentation] Hydration measurement of salt ions, polyelectrolytes, and proteins in dilute solutions by high resolution dielectric relaxation spectroscopy (2010)
  • Author(s): M.Suzuki
  • Organizer: TRILATERAL SCIENTIFIC SEMINER ON Solvation in Complex Liquids : Bridging Length Scales by Theory and Experiment
  • Place of Presentation: MaxPlanckInstitute, Leipzig, Germany
• [Presentation] Brief review and the present understanding of ATP hydrolysis energy (2010)
  • Author(s): M.Sakurai
  • Organizer: International Symposium on Hydration and ATP Energy
  • Place of Presentation: Sendai
• [Presentation] Dielectric relaxation spectroscopy analysis of hydration of polyelectrolytes and proteins (2010)
  • Author(s): M.Suzuki
  • Organizer: WORKSHOP SOLVATION OF BIOACTIVE COMPOUNDS
  • Place of Presentation: Max Planck Institute, Leipzig, Germany
• [Presentation] ATP加水分解エネルギーについての最近の理解 (2010)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 第36回生体エネルギー研究会・特定領域研究「革新的ナノバイオ」合同シンポジウム
  • Place of Presentation: 大阪府吹田市山田丘2-2大阪大学銀杏会館
• [Presentation] Actin Polymerization Induces Hyper-mobility of Surrounding Water Molecules (2010)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: Actin, the Cytoskeleton, and the Nucleus.
  • Place of Presentation: シンガポール国立大学(NUS),Singapore
• [Presentation] Free-Energy Analysis of Solvation in the Energetic Perspective (2010)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: Trilateral Scientific Seminar "Solvation in Complex Liquids : Bridging Length Scales by Theory and Experiment"
  • Place of Presentation: Leipzig, Germany(招待講演)
• [Presentation] Free-Energy Analysis of Nano-Organized Systems in Solution (2010)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 21st IUPAC International Conference on Chemical Thermodynamics
  • Place of Presentation: Tsukuba International Congress Center(つくば)(招待講演)
• [Presentation] Free-Energy Analysis of the Hydration Effect on Cytochrome c (2010)
  • Author(s): Yasuhito Karino, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 21st IUPAC International Conference on Chemical Thermodynamics
  • Place of Presentation: Tsukuba International Congress Center(つくば)(招待講演)
• [Presentation] Free-Energy Analysis of Biomolecular Solvation in the Energetic Perspective (2010)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: Gordon Research Conference on Water & Aqueous Solutions
  • Place of Presentation: Holderness School, Holderness, NH, USA(招待講演)
• [Presentation] エネルギー表示法による溶媒和効果の自由エネルギー解析 (2010)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Organizer: 水和ナノ構造研究会第1回研究会
  • Place of Presentation: KKR稲取(静岡県賀茂郡)(招待講演)
• [Presentation] Structure and Energetics of Hydration for Functional Molecules in Solution (2010)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス(招待講演)
• [Presentation] Free-energy analysis of hydration effect on structural stability of cyochrome c (2010)
  • Author(s): Yasuhito Karino, Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大学川内キャンパス
• [Presentation] 異常な軸性不斉安定性を持つ水素結合性ビナフチル型分子のラセミ化挙動 (2010)
  • Author(s): 林一広、松林伸幸、Jiang Changsheng、吉村智之、椿一典、川端猛夫
  • Organizer: 第40回複素環化学討論会
  • Place of Presentation: 仙台市民会館
• [Presentation] 分子動力学法による超臨界水中の並進拡散に対する相互作用の異方性の影響の解析 (2010)
  • Author(s): 吉田健、中原勝、松林伸幸、魚崎泰弘
  • Organizer: 第51回高圧討論会
  • Place of Presentation: 仙台市戦災復興記念館
• [Presentation] 二酸化炭素を吸収したアミン水溶液のX線解析 (2010)
  • Author(s): 出口博史、窪田善之、古川博敏、八木靖幸、三谷育子、今井義博、辰巳雅彦、山崎紀子、亘紀子、平田琢也、松林伸幸、亀田恭男
  • Organizer: 第2回SPring-8合同コンファレンス
  • Place of Presentation: 東京ステーションコンファレンス
• [Presentation] 超臨界水中の自己拡散に対する水素結合の異方性の影響の動的溶媒和殼モデルによる解析 (2010)
  • Author(s): 吉田健、中原勝、松林伸幸、魚崎泰弘
  • Organizer: 第33回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学百周年時計台記念館
• [Presentation] cytochrome cに対する水和効果の自由エネルギー解析 (2010)
  • Author(s): 狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 第33回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学百周年時計台記念館
• [Presentation] 溶液NMRと大規模MDによる異なる曲率の脂質膜の分子間相互作用とダイナミクスの研究 (2010)
  • Author(s): 新谷恵、吉田健、櫻庭俊、中原勝、松林伸幸
  • Organizer: 第33回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学百周年時計台記念館
• [Presentation] グルコースの水熱反応の機構と速度論解析 (2010)
  • Author(s): 木村浩、中原勝、松林伸幸
  • Organizer: 第33回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学百周年時計台記念館
• [Presentation] 分子動力学計算による2-アミノエタノール(MEA)水溶液の微視的解析 (2010)
  • Author(s): 窪田善之、狩野康人、桜庭俊、古川博敏、松林伸幸
  • Organizer: 第33回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学百周年時計台記念館
• [Presentation] アニソールの超臨界水反応および熱分解反応に関するNMRによる研究 (2010)
  • Author(s): 辻野康夫、松林伸幸、中原勝
  • Organizer: 第33回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学百周年時計台記念館
• [Presentation] 1-ブチルー3-メチルイミダソリウムビス(トリフルオロスルホニル)アミドイオン液体へのC02の溶解-溶媒和自由エネルギー計算と溶媒和構造- (2010)
  • Author(s): 梅林泰宏、吉井未生、金久保光央、亀田恭男、藤井健太、竹内宗孝、狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 第33回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学百周年時計台記念館
• [Presentation] 曲率の異なる脂質膜の分子間相互作用とダイナミクス:NMR-NOE測定と大規模MDによる研究 (2010)
  • Author(s): 新谷恵、吉田健、櫻庭俊、中原勝、松林伸幸
  • Organizer: 膜シンポジウム2010
  • Place of Presentation: 京都大学薬学部記念講堂
• [Presentation] cytochrome cの構造変化に対する水和効果の自由エネルギー解析 (2010)
  • Author(s): 狩野康人、松林伸幸
  • Organizer: 第24回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 福井県県民ホール
• [Presentation] 独立部分空間分析によるBiotin Carboxylaseの解析 (2010)
  • Author(s): 櫻庭俊、松林伸幸
  • Organizer: 第24回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 福井県県民ホール
• [Presentation] 2-アミノエタノール(MEA)水溶液の分子動力学的解析 (2010)
  • Author(s): 窪田善之、狩野康人、桜庭俊、古川博敏、松林伸幸
  • Organizer: 第24回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 福井県県民ホール
• [Presentation] 分子動力学計算による高分子電解質ゲルの物質透過性の研究 (2010)
  • Author(s): 川上智教、茂本勇、松林伸幸
  • Organizer: 第24回分子シミュレーション討論会
  • Place of Presentation: 福井県県民ホール
• [Presentation] Free-energy analysis of nano-organized systems in aqueous solution (2010)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: Pacifichem 2010
  • Place of Presentation: Honolulu, Hawaii, USA
• [Presentation] マウスABCB1トランスポーターのInward-facing構造からの分子動力学シミュレーション (2010)
  • Author(s): 渡辺百合香、足立健太郎、櫻井実
  • Organizer: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 札幌
• [Presentation] MDシミュレーションによるABCC7(CFTR)のクロライドイオン透過機構の解析 (2010)
  • Author(s): 打田和香、古川-萩谷朋佳、足立健太郎、相馬義郎、櫻井実
  • Organizer: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 札幌
• [Presentation] Application of the Scoring Function Based on Solvation Free Energy to Protein Structure Prediction (2010)
  • Author(s): S.Du, Y.Harano, M.Sakurai, M.Kinoshita
  • Organizer: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 札幌
• [Presentation] Conformational change of mouse ABC transporter ABCB1 from an inward-facing conformation as studied by molecular dynamics simulation (2010)
  • Author(s): Y.Watanabe, D.Sato, M.Sakurai
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大
• [Presentation] MD simulation study on the atomic-level structure of ABCC7 (CFTR) (2010)
  • Author(s): W.Uchida, T.Hagiya, D.Satoh, Y.Sohma, M.Sakurai
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大
• [Presentation] Refinement of Modeled Protein Structure by Replica Exchange Molecular Dynamics and Hydration Entropy based Scoring Function (2010)
  • Author(s): S.Du, Y.Harano, M.Sakurai, M.Kinoshita
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大
• [Presentation] Theoretical study on the absorption maxima of retinal proteins and GFPs (2010)
  • Author(s): A.Mtauura, T.Hayashi, H.Sato, A.Takahashi, M.Sakurai
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大
• [Presentation] Fragment molecular orbital calculation of the absorption maxima of bacteriorhodopsin and pharaonis phoborhodopsin (2010)
  • Author(s): T.Hayashi, N.Taguchi, Y.Mochizuki, M.Sakurai
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大
• [Presentation] Molecular Dynamics study on the mechanical difference in the LOV2-kinase domain interaction between photo1 and photo2 (2010)
  • Author(s): H.Takeda, K.Zikihara, S.Tokutomi, M.Sakurai
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大
• [Presentation] Theoretical studies for biomolecular behavior in a liquid state from the view point of molecular crowding (2010)
  • Author(s): Y.Harano
  • Organizer: 第48回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 東北大
• [Presentation] Theoretical study on the absorption maxima of retinal proteins and GFPs (2010)
  • Author(s): T.Hayashi, A.Mtauura, H.Sato, A.Takahashi, M.Sakurai
  • Organizer: Pacifichem 2010 Congress
  • Place of Presentation: ホノルル,USA
• [Presentation] A novel method for evaluating protein-ligand binding affinity based on thermodynamics : focusing on entropy (2010)
  • Author(s): S.Chiba, Y.Harano, M.Kinoshita, M.Sakurai
  • Organizer: Pacifichem 2010 Congress
  • Place of Presentation: ホノルル,USA
• [Presentation] Reentrant behavior of effective attraction between like-charged macroions immersed in electrolyte solution (2010)
  • Author(s): Ryo Akiyama
  • Organizer: 11^<th> Granada Seminar
  • Place of Presentation: La Herradura, Granada, Spain
• [Presentation] High rotational mobility of water around polyelectrolytes and actin filaments interacting with myosin and its thermodynamic meanings (2010)
  • Author(s): Makoto Suzuki
  • Organizer: Workshop on Solvation of Bioactive Compounds : Bridging theory, Computation and Experiment
  • Place of Presentation: Leipzig, Germany
• [Presentation] Free energy analysis of functional, self-organizing systems in solution (2010)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: Workshop on Solvation of Bioactive Compounds : Bridging theory, Computation and Experiment
  • Place of Presentation: Leipzig, Germany
• [Presentation] 蛋白質低温変性の分子機構 (2009)
  • Author(s): 吉留崇
  • Organizer: 物性理論セミナー
  • Place of Presentation: 九州大学大学院理学研究院物理部門
  • Year and Date: 2009-11-27
• [Presentation] 対称な電解質中の同符号のマクロイオン間の強い引力相互作用 (2009)
  • Author(s): 秋山良
  • Organizer: 第32回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ(新潟)
  • Year and Date: 2009-11-18
• [Presentation] ATPのエネルギー論 (2009)
  • Author(s): 秋山良
  • Organizer: 信定グループ グループ・セミナー
  • Place of Presentation: 分子科学研究所
  • Year and Date: 2009-09-11
• [Presentation] Importance of Translational Entropy of Water in Biological Self-Assembly (2009)
  • Author(s): M.Kinoshita
  • Organizer: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
  • Place of Presentation: Sanjo Conference Hall, The University of Tokyo, Japan
  • Year and Date: 2009-07-15
• [Presentation] Hydrophobicity at Low Temperatures and Cold Denaturation of a Protein (2009)
  • Author(s): 吉留崇, 木下正弘
  • Organizer: 3rd Mini-Symposium on Liquids
  • Place of Presentation: 岡山大学
  • Year and Date: 2009-06-20
• [Presentation] Theoretical Study of Solvent Effects on Crowding Problem in Cytoplasm (2009)
  • Author(s): 秋山良, et al
  • Organizer: The 19th Joint Seminar of Busan Branch of the Korean Chemical Society and the Kyushu Branch of the Chemical Society of Japan
  • Place of Presentation: BEXCOコンベンションセンター、釜山、韓国
  • Year and Date: 2009-05-29
• [Presentation] 低温における疎水性と蛋白質の低温変性 (2009)
  • Author(s): 吉留崇, 木下正弘
  • Organizer: 日本物理学会第64回年次大会
  • Place of Presentation: 立教学院
  • Year and Date: 2009-03-30
• [Presentation] 全原子モデルに基づいた蛋白質用の自由エネルギー関数 (2009)
  • Author(s): 木下正弘, 吉留崇, 安田賢司, 原野雄一, Roland Roth, 杉田有冶, 池口満徳
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第3回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2009-03-05
• [Presentation] アポプラストシアニン折りたたみの熱力学 : 理論と実験との定量的比較 (2009)
  • Author(s): 吉留崇, 木下正弘, 廣田俊, 馬殿直樹, 寺嶋正秀
  • Organizer: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第3回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター
  • Year and Date: 2009-03-05
• [Presentation] AO3班研究紹介と本領域における横断的実験研究 (2009)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」H20-24第1回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 中央大学駿河台記念館
  • Year and Date: 2009-01-22
• [Presentation] AO2班研究紹介と本領域における横断的理論研究 (2009)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」H20-24第1回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 中央大学駿河台記念館
  • Year and Date: 2009-01-22
• [Presentation] Importance of Translational Entropy of Water in Biological Self-Assembly (2009)
  • Author(s): M.Kinoshita
  • Organizer: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function, Sanjo Conference Hall
  • Place of Presentation: The University of Tokyo, Japan
• [Presentation] Free-Energy Analysis of Solvation in the Energetic Perspective (2009)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] Free-Energy Analysis of Solvation in the Energetic Perspective (2009)
  • Author(s): Nobuyuki Matubayasi
  • Organizer: Mini-symposium on computation of interactions in biological systems
  • Place of Presentation: Nove Hrady(Czech)
• [Presentation] Micro-mechanical model of muscle contraction (2009)
  • Author(s): L.Marcucci, T.Shimokawa, M.Iwaki, T.Yanagida
  • Organizer: International Workshop on Single molecule spectroscopy and ultra sensitive analysis in the life sciences
  • Place of Presentation: Berlin, Berlin-Adlershof, Germany
• [Presentation] ATPエネルギー論2 : 誘電分散測定法によるATP水和状態の解析 (2008)
  • Author(s): 鈴木誠、最上譲二、児玉孝雄
  • Organizer: 筋生理の集い
  • Place of Presentation: 慈恵医大・高木会館
  • Year and Date: 2008-12-13
• [Presentation] 蛋白質の折り畳みと変性のメカニズムに関する統計熱力学的研究 (2008)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 公開講演会・最新化学談話シリーズ
  • Place of Presentation: 九州大学理学部化学教室
  • Year and Date: 2008-12-10
• [Presentation] 溶質近傍のハイパーモバイル水に関する理論解析 (2008)
  • Author(s): 木下正弘, 鈴木誠
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2008-12-05
• [Presentation] リガンドータンパク質問の結合自由エネルギーに対するマルチフィジックス的計算手法の比較および評価 (2008)
  • Author(s): 千葉峻太郎, 野村淳磨, 原野雄一, 木下正弘, 櫻井実
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2008-12-04
• [Presentation] モータータンパクの相互作用における水和状態の変化 (2008)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会シンポジウム「水を主役とした化学力学エネルギー変換論-ATPから運動へ-」
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] Hydration change in ATP hydrolysis system as measured by dielectric s pectroscopy (2008)
  • Author(s): G.Mogami, T.Kodama, M. Suzuki
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] アクトミオシンのような大規模系に対応可能な計算法はあるか? (2008)
  • Author(s): 木下正弘
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会シンポジウム「水を主役とした化学力学エネルギー変換論-Arpから運動へ-」
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] アポプラストシアニン折りたたみの熱力学 : 理論と実験との定量的比較 (2008)
  • Author(s): 吉留崇, 木下正弘, 廣田俊, 馬殿直樹, 寺嶋正秀
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] タンパク質の立体構造予測に向けた新規スコア関数 (2008)
  • Author(s): 原野雄一, 吉留崇, Roland Roth, 杉田有治, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] 天然構造を特徴づける蛋白質内水素結合パラメータ (2008)
  • Author(s): 小田晃司, 原野雄一, 吉留崇, 杉田有治, 池口満徳, 木下正弘
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] 水のエントロピーに注目したタンパク質の熱安定性解析 (2008)
  • Author(s): 天野健一, 吉留崇, 原野雄一, 木下正弘
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] ハイパーモバイル水を形成する高分子水溶液におけるプロトン拡散係数 (2008)
  • Author(s): 小川翼、宮崎崇、鈴木誠
  • Organizer: 第31回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 近畿大学(東大阪)
  • Year and Date: 2008-11-13
• [Presentation] 誘電緩和スペクトル測定による荷電高分子ポリマーの水和特性解析 (2008)
  • Author(s): 丹野則彦、宮崎崇、鈴木誠
  • Organizer: 第31回溶液化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 近畿大学(東大阪)
  • Year and Date: 2008-11-12
• [Book] 巨大分子系の計算化学超大型計算機時代の理論化学の新展開11章超臨界水と脂質膜 (2012)
  • Author(s): 松林伸幸
  • Total Pages: 201
  • Publisher: 化学同人
• [Book] アクチュエータ研究開発の最前線第2編第3章第5節 (2011)
  • Author(s): 鈴木誠
  • Total Pages: 576
  • Publisher: エヌ・ティー・エス
• [Book] Advances in Quantum Chemistry(Development of a Quantum Chemical Method Combined with a Theory of Solutions-Free-Energy Calculation for Chemical Reactions by Condensed Phase Simulations)(vol 59) (2010)
  • Author(s): H.Takahashi, N.Matubayasi, M.Nakano
  • Publisher: Academic Press
• [Book] 日本化学会・コロイドおよび界面化学部会35周年記念出版,「現代界面コロイド科学の事典-シャンプーから宇宙まで-」,10章6節 (2010)
  • Author(s): 木下正弘
  • Publisher: 丸善
• [Book] Annual Report of Osaka University-Academic Achievement-2009-2010 (2010)
  • Author(s): Mitsuhiro Iwaki(共著)
  • Publisher: 大阪大学出版会
• [Book] Advances in Quantum Chemistry(Development of a Quantum Chemical Method Combined with a Theory of Solutions-Free-Energy Calculation for Chemical Reactions by Condensed Phase Simulations) (2010)
  • Author(s): H.Takahashi, N.Matubayasi, M.Nakano
• [Book] 現代界面コロイド科学の事典-シャンプーから宇宙まで-(10章6節) (2010)
  • Author(s): 木下正弘
  • Publisher: 丸善, 日本化学会・コロイドおよび界面化学部会35周年記念出版
• [Book] International Symposium on Hydration and ATP Energy(Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Area "Hydration and ATP Energy" Organizing Committee) (2010)
  • Author(s): Makoto Suzuki, et al.(Ed.)
• [Book] Frontiers in Bioscience(Free-Energy Analysis of Solvation with the Method of Energy Representation)(14) (2009)
  • Author(s): N.Matubayasi
  • Publisher: Frontiers in Bioscience, Inc.
• [Book] Theoretical Studies on Roles of Water in Biological Systems(Roles of Translational Motion of Water Molecules in Sustaining Life, Frontiers in Bioscience)(M.Kinoshita.ed.)(14) (2009)
  • Author(s): M.Kinoshita
  • Publisher: Special Issue
• [Remarks] 水を主役としたＡＴＰエネルギー変換
  • URL: http://www.material.tohoku.ac.jp/atpwater/index.htm
• [Remarks] 水を主役としたATPエネルギー変i換
• [Remarks] 公開講座「生命のエネルギー物質ATPとは何か?」 2013/5/21、京都大学東京オフィス
  • URL: http://www.nlaterial.tohoku.ac.jp/atpwater/index.htm
• [Remarks] 日本生物物理学会東北支部・新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」共催セミナー、2013/3/5、東北大学
• [Remarks] 公開シンポジウム「ゆらぎと水一生命のエネルギーと機能の分子機構を探る」、2012-9-14-15、大坂ガーデンパレス
• [Remarks] 「水とATPがつくる非対称性」日本生物物理学会第49回年会シンポジウム、2011/9/16、兵庫県立大学
• [Remarks] 「ATPエネルギーの分子論」日本生物物理学会第48回シンポジウム、2010/9/20-22、仙台
• [Remarks] 「国際公開シンポジウム International Sympozium On Hydraton and ATP Energy」、2010/3/8-10,仙台
• [Remarks] サイエンス・カフェ「筋肉はなぜ動く?」2010/1/29、仙台メディアテイク
• [Remarks] International Mini-Workshop on "Hydration and ATP", 2009/7/11、京都
• [Remarks] 新学術領域研究第1回公開シンポジウム、2009/1/22、中央大学
• [Remarks] 水を主役としたATPエネルギー変換
• [Remarks]
  • URL: http://www.material.tohoku.ac.jp/atpwater/index.htm
• [Remarks]
  • URL: http://www.material.tohoku.ac.jp/atpwater/index.htm
• [Remarks]
  • URL: http://www.material.tohoku.ac.jp/atpwater/index.htm
• [Remarks]
  • URL: http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/~yoeki/ATP/
• [Patent(Industrial Property Rights)] 周波数領域蛍光測定装置 (2014)
  • Inventor(s): 和沢鉄一、鈴木 誠
  • Industrial Property Rights Holder: 和沢鉄一、鈴木 誠
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: 2014-001292
  • Filing Date: 2014-01-08
• [Patent(Industrial Property Rights)] 周波数領域蛍光測定装置 (2013)
  • Inventor(s): 和沢鉄一、鈴木 誠
  • Industrial Property Rights Holder: 和沢鉄一、鈴木 誠
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: 2013-192544
  • Filing Date: 2013-09-18