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Development of a three-tierd ontology framework to realize high-quality knowledge extraction

Research Project

Project/Area Number 15K08845
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Medical and hospital managemen
Research InstitutionNational Institute of Public Health (2018)
Ehime University (2015-2017)

Principal Investigator

Kimura Eizen  国立保健医療科学院, その他部局等, 統括研究官 (20363244)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岡本 和也  京都大学, 医学研究科, 准教授 (60565018)
今井 健  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 准教授 (90401075)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords自然文章解析 / 機械学習 / オントロジー / ターミノロジー / 意味分散表現 / 自然言語処理 / UMLS / Semantic Web
Outline of Final Research Achievements

Acquiring an ability that can infer the causes and symptoms leading to an adverse event is required to discover potential adverse events from medical records. We tried to develop the methods to test the hypothesis that a sentence with distributed representations of words in vectors similar to the vectors calculated from sentences defining adverse events may include adverse events. In order to obtain quality distributed representations of medical terms, we analyzed the contents of electronic medical records. We developed a method for extracting mapping candidates by clustering and detecting outlier of distributed representation of words in vectors to map between UMLS; the ontology defines inter-concept relationships and medical terms. Binding medical terms with the ontology is intended to enable inferring from peripheral concepts without direct concept by back-tracing peripheral concepts from hierarchical relationships of concepts.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

医療記録から潜在的な事象を読み取る能力を獲得することは人工知能が医師の判断能力に近づくために必要なプロセスである。良質な意味分散表現は医療記録の分析から得られること、周辺概念からの推察を実現するためにオントロジーとの連携が重要であること、質の良い意味分散表現の獲得にむけて、表記揺れの収束や異常値の検出等の追加的な処理を加えることの必要性の知見を本研究は示した。

Report

(5 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • 2015 Research-status Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2018 2017 2016 2015

All Journal Article (22 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Open Access: 2 results,  Peer Reviewed: 12 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Considerations of the observational research database utilizing Real World Data2018

    • Author(s)
      木村 映善
    • Journal Title

      Journal of the National Institute of Public Health

      Volume: 67 Issue: 2 Pages: 179-190

    • DOI

      10.20683/jniph.67.2_179

    • NAID

      130007386522

    • ISSN
      1347-6459, 2432-0722
    • Year and Date
      2018-05-31
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    • Open Access
  • [Journal Article] EDC への電子カルテからのデータ取り込みの標準化に関わる取り組み2018

    • Author(s)
      木村 映善, 山本 景一
    • Journal Title

      医療情報学

      Volume: 38(Suppl.) Pages: 40-44

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  • [Journal Article] SS-MIX への FHIR Web サービス実装の試み2018

    • Author(s)
      木村 映善,
    • Journal Title

      医療情報学

      Volume: 38(Suppl.) Pages: 1074-1076

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    • Author(s)
      Eizen Kimura, Keiichi Yamamoto
    • Journal Title

      2018 Joint Summits on Translational Science

      Pages: 523-523

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    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Eizen Kimura, Keiichi Yamamoto. Mapping data items between EDC and EMR using FHIR terminology service2018

    • Author(s)
      Eizen Kimura, Keiichi Yamamoto
    • Journal Title

      2018 Joint Summits on Translational Science

      Pages: 523-523

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      木村 映善, 蒲生 祥子, 石原 謙
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      医療情報学37(Suppl)

      Pages: 1181-5

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      木村 映善, 山本 景一
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      Pages: 159-63

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      木村 映善, 松村 泰志, 三原 直樹, 黒田 知宏, 山下 芳範, 平松 治彦, 真鍋 史朗, 田中 大介, 佐藤 敦, 山倉 直
    • Journal Title

      電子情報通信学会論文誌D 情報・システム

      Volume: J99-D Issue: 5 Pages: 526-538

    • DOI

      10.14923/transinfj.2015AIP0010

    • ISSN
      1880-4535, 1881-0225
    • Year and Date
      2016-05-01
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    • Author(s)
      Eizen KIMURA, Koki HAMADA, Ryo KIKUCHI, Koji CHIDA, Kazuya OKAMOTO, Shirou MANABE, Tomohiko KURODA, Yasushi MATSUMURA, Toshihiro TAKEDA, MIHARA N.
    • Journal Title

      Stud Health Technol Inform.

      Volume: 228 Pages: 152-156

    • NAID

      120006784432

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      Yukio Kurihara, Haku Ishida, Eizen KIMURA, Akira Gochi, Hiroshi Kondoh, Ken-ichiro SHIMAI, Noriaki Nakajima, Takeshi Tanaka, kiyomu Ishikawa, Michihiro Oohara, Takeharu Sonoda, Kohei Takai.
    • Journal Title

      Stud Health Technol Inform.

      Volume: 228 Pages: 412-415

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      濱田 浩気, 木村 映善, 菊池 亮, 千田 浩司, 岡本 和也, 真鍋 史朗, 黒田 知宏, 松村 泰志, 武田 理宏, 三原 直樹.
    • Journal Title

      電子情報通信学会技術研究報告

      Volume: 116 Pages: 111-117

    • NAID

      40020849801

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      栗原 幸男, 石田 博, 木村 映善, 入野 了士
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      医療情報学

      Volume: 36 Pages: 710-712

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      蒲生 祥子, 木村 映善, 石原 謙
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      医療情報学

      Volume: 36 Pages: 846-848

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      栗原 幸男, 石田 博, 木村 映善, 近藤 博史, 島井 健一郎, 田中 武志, 中島 典明
    • Journal Title

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      Volume: 36 Pages: 1086-1088

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      木村 映善, 高月 常光, 崔 ムン相, 張 彰祐, 蒲生 祥子, 石原 謙, 鈴木 英夫
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      医療情報学

      Volume: 36 Pages: 160-161

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  • [Journal Article] 健康診査実施機関における健診データの利活用と匿名化データの外部提供に関する調査研究2016

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      入野 了士, 木村 映善, 石田 博, 栗原 幸男.
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      医療情報学

      Volume: 36 Pages: 1014-1017

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  • [Journal Article] SS-MIX2ベースの地域医療連携システムにおける 患者プロファイル情報統合の課題2016

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      栗原 幸男, 近藤 博史, 入江 真行, 木村 映善, 合地 明, 高井 康平, 原田 正治, 大原 通宏
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      医療情報学

      Volume: 36 Pages: 238-239

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      木村 映善,石原 謙
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      医療情報学

      Volume: 35 Pages: 283-296

    • NAID

      130005244542

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      Eizen Kimura,Ken Ishihara
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      Volume: 210 Pages: 687-691

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    • Author(s)
      Eizen Kimura,Ken Ishihara
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      Studies in Health Technology and Informatics

      Volume: 216 Pages: 955-955

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    • Author(s)
      木村 映善
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      愛媛医学

      Volume: 34 Pages: 197-202

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  • [Journal Article] FHIR Terminology Serviceの実装と評価2015

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      木村 映善,石原 謙
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      医療情報学

      Volume: 35(Suppl.) Pages: 910-911

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  • [Presentation] Stream Computingを医療情報システムに導入する試み.2016

    • Author(s)
      木村 映善, 蒲生 祥子, 石原 謙.
    • Organizer
      第43回日本Mテクノロジー学会大会
    • Place of Presentation
      キャンパスイノベーションセンター東京(東京都港区)
    • Year and Date
      2016-08-26
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      2016 Research-status Report

URL: 

Published: 2015-04-16   Modified: 2020-03-30  

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