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Elucidation of the mechanism of transcriptional reactivation at the M/G1 transition by a genome-wide analysis

Research Project

Project/Area Number 16K08248
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Biological pharmacy
Research InstitutionTokyo University of Science

Principal Investigator

Murakami Yasufumi  東京理科大学, 基礎工学部生物工学科, 教授 (90200279)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 柏葉 脩一郎  東京理科大学, 基礎工学部生物工学科, 助教 (40735461)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords転写制御 / Mitotic bookmarking / ゲノムワイド解析 / 細胞周期 / 転写因子 / 遺伝子 / ゲノム / トランスレーショナルリサーチ
Outline of Final Research Achievements

In mammalian cells, transcription is globally suppressed at M phase and is reactivated at G1 phase. Bookmarking factors are involved in this mechanism, but the detail of the mechanism is still unknown. In this study, We widely analyzed the genes which are reactivated at early G1 phase, and analyzed the motifs of transcription factor binding sites at the upstream region of these genes to find new bookmarking factors. We identified a transcription factor GABPA as a new bookmarking factor which binds to chromatin through M phase and regulates transcriptional reactivation at G1 phase.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では、新規 Bookmarking 因子として GABPA を新たに同定した。生物の発生過程において、一つの受精卵が増殖し、また、それぞれの組織で特異的な機能を持った細胞へと分化するためには、細胞周期のM/G1移行期において転写の再活性化が規則正しく行われる必要がある。また、その不備は細胞のがん化へも繋がることから、本研究結果は、細胞の分化を理解する上で重要な発見であるとともに、新たな発がん機構の解明に繋がる可能性がある。

Report

(4 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2019 2018 2017 2016

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (15 results)

  • [Journal Article] Identification of GA-Binding Protein Transcription Factor Alpha Subunit (GABPA) as a Novel Bookmarking Factor2019

    • Author(s)
      Shunya Goto, Masashi Takahashi, Narumi Yasutsune, Sumiki Inayama, Dai Kato, Masashi Fukuoka, Shu-ichiro Kashiwaba, Yasufumi Murakami
    • Journal Title

      Int. J. Mol. Sci.

      Volume: 20 Issue: 5 Pages: 1093-1093

    • DOI

      10.3390/ijms20051093

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      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Onset of deaminase APOBEC3B induction in response to DNA double-strand breaks2018

    • Author(s)
      Shimizu Atsuhiro、Fujimori Haruka、Minakawa Yusuke、Matsuno Yusuke、Hyodo Mai、Murakami Yasufumi、Yoshioka Ken-ichi
    • Journal Title

      Biochemistry and Biophysics Reports

      Volume: 16 Pages: 115-121

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2018.10.010

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Stratification of mouse vaginal epithelium 2. Identification of factors inducing stratification2018

    • Author(s)
      Takashina R, Nakajima T, Umezu T, Murakami Y, Tomooka Y.
    • Journal Title

      Biology of Reproduction

      Volume: 99(4) Issue: 4 Pages: 727-734

    • DOI

      10.1093/biolre/ioy113

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      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A multiplex RNA quantification method to determine the absolute amounts of mRNA without reverse transcription2017

    • Author(s)
      Yokomori Maasa、Gotoh Osamu、Murakami Yasufumi、Fujimoto Kenzo、Suyama Akira
    • Journal Title

      Analytical Biochemistry

      Volume: 539 Pages: 96-103

    • DOI

      10.1016/j.ab.2017.10.006

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      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gamma-irradiated quiescent cells repair directly induced DSBs but accumulate persistent DSBs during subsequent DNA replication2016

    • Author(s)
      Minakawa, Y., Atsumi, Y., Shinohara, A., Murakami, Y., Yoshioka, K.I.
    • Journal Title

      Genes-to-Cells

      Volume: 21 Issue: 7 Pages: 789-797

    • DOI

      10.1111/gtc.12381

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      2016 Research-status Report
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  • [Journal Article] PARG Inhibitors and Functional PARG Inhibition Models2016

    • Author(s)
      Sasaki Y, Hozumi M, Fujimori H, Murakami Y, Koizumi F, Inoue K, Masutani M
    • Journal Title

      Current Protein & Peptide Science

      Volume: 17 Issue: 7 Pages: 641-653

    • DOI

      10.2174/1389203717666160419145130

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      2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] マウス温度感受性変異株 tsFT50 細胞の温度感受性を示す原因遺伝子の同定2018

    • Author(s)
      石井 沙耶香, 柏葉 脩一郎, 村上 康文
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA二重鎖切断に伴うデアミネースAPOBEC3Bの安定化2018

    • Author(s)
      清水 敦拡, 藤森 遥, 皆川 祐輔, 松野 悠介, 兵頭 舞, 村上 康文, 吉岡 研一
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 放射線によって生じる複製ストレスはゲノム不安定性とARF/p53依存的な機能の欠損をもたらす2018

    • Author(s)
      兵頭 舞, 松野 悠介, 村上 康文, 鳥越 秀峰, 吉岡 研一
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] GABPAとヒストンアセチル化は早期G1期遺伝子に対してBookmarking因子として機能する2017

    • Author(s)
      後藤 峻也、高橋 将史、安恒 徳美、稲山 純生、柏葉 脩一郎、村上 康文
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      2017年度生命科学系学会合同同年次大会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] Bookmarking候補転写因子の分裂期クロマチンへの結合能の評価2017

    • Author(s)
      高橋 将史、後藤 峻也、安恒 徳美、稲山 純生、柏葉 脩一郎、村上 康文
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同同年次大会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 誘導型PARG K.D.システムを用いたPARG機能阻害条件下における合成致死性遺伝子の同定2017

    • Author(s)
      佐々木 由香、藤森 浩彰、穂積 美幸、村上 康文、小泉 史明、井上 謙吾、益谷 美都子
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同同年次大会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 損傷乗り越え複製における hINO80 および UCH37 の機能解析2017

    • Author(s)
      浅尾 麻由、遠山 一文、木戸 まい子、助乘 崇紘、加藤 大、柏葉 脩一郎、村上 康文
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同同年次大会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 大腸がんで高発現する膜タンパク質S3の機能解析2017

    • Author(s)
      小林 真子、古矢 裕梨、山崎 萌香、山根 小幸、加藤 大、柏葉 脩一郎、村上 康文
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同同年次大会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] APOBEC3Gの発現抑制による放射線増感検証と作用機序の解析2017

    • Author(s)
      小野寺 貴恵、菊原 颯太、藤森 浩彰、佐々木 由香、今道 祥二、村上 康文、益谷 美都子
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同同年次大会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 静止状態の細胞は、ガンマ線で直接生じた二重鎖切断DNAは修復するが、次のDNA複製の間に修復し難い二重鎖切断DNAを蓄積する2016

    • Author(s)
      皆川祐輔、熱海悠子、篠原彰、村上康文、吉岡研一
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] GABPAは早期G1期における転写の再活性化を促進する2016

    • Author(s)
      後藤 峻也、中里 浩章、高橋 将史、安恒 徳美、藪崎 名保恵、柏葉 脩一郎、村上 康文
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] SP1 は GABPA と協調的に早期 G1 期における転写再活性化を促進し、分裂期における細胞周期進行に関与している2016

    • Author(s)
      中里 浩章、後藤 峻也、高橋 将史、安恒 徳美、加藤 大、柏葉 脩一郎、村上 康文
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 早期G1期遺伝子上流領域に存在するユニークなDNA配列の機能解析2016

    • Author(s)
      高橋 将史、村上 康文、柏葉 脩一郎、後藤 峻也、中里 浩章、安恒 徳美、藪崎 名保恵
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] Stra6は大腸がんの肝転移を抑制する2016

    • Author(s)
      高橋賢太、酒井宏晃、佐藤愛、大畑広和、塩川大介、村上康文、岡本康司
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] Gamma-irradiated quiescent cells repair directly induced DSBs but accumulated persistent DSBs during subsequent DNA replication2016

    • Author(s)
      皆川 祐輔、熱海 悠子、篠原 彰、村上 康文、吉岡 研一
    • Organizer
      第89回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2016-09-25
    • Related Report
      2016 Research-status Report

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Published: 2016-04-21   Modified: 2020-03-30  

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