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Elucidation of selective control mechanism of insulin signaling pathway in skeletal muscle

Research Project

Project/Area Number 16K19028
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field General medical chemistry
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology (2017-2018)
The University of Tokyo (2016)

Principal Investigator

KUNIDA Katsuyuki  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教 (40709888)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Keywords骨格筋 / インスリンシグナル伝達 / システム生物学 / 情報工学 / ライブセルイメージング / 画像解析 / シグナル伝達 / バイオテクノロジー
Outline of Final Research Achievements

In this study, we developed the image analysis system that automatically extracts and quantifies the differentiated skeletal muscle region from live-cell imaging data using skeletal muscle in which the fluorescent biosensor is stably expressed. We quantified the response diversity of S6K activity (this molecule regulates protein synthesis) per single tube when stimulated with multiple insulin concentrations (Inoue et al, Cell Struct Funct, 2018). Furthermore, we also calculate the channel capacity (maximum mutual information) between insulin and S6K activity as a quantitative index to evaluate response diversity, and evaluate the information transmission efficiency of the insulin signaling pathway from the viewpoint of information theory (in preparation).

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究で開発を行った分化骨格筋領域を自動的に抽出・定量化する画像解析システムは、骨格筋を用いた様々なライブセルイメージングデータに適用可能であり、手法としての汎用性は非常に高い。また情報工学の解析方法を用いたシグナル分子の応答多様性の定量化は、新規の細胞間変動のシステム特性の知見であり、システム生物学の研究成果としての学術的意義は高い。本研究対象のインスリンシグナル伝達経路は、糖尿病などの生活習慣病と深い関わりがあり、その動作原理の解明は新薬開発の加速や生活習慣病の予防・治療ヘの貢献が期待できる。

Report

(4 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2019 2018 2017 2016

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Automatic Quantitative Segmentation of Myotubes Reveals Single-cell Dynamics of S6 Kinase Activation2018

    • Author(s)
      Inoue Haruki、Kunida Katsuyuki、Matsuda Naoki、Hoshino Daisuke、Wada Takumi、Imamura Hiromi、Noji Hiroyuki、Kuroda Shinya
    • Journal Title

      Cell Structure and Function

      Volume: 43 Issue: 2 Pages: 153-169

    • DOI

      10.1247/csf.18012

    • NAID

      130007472951

    • ISSN
      0386-7196, 1347-3700
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] System identification of signaling dependent gene expression with different time-scale data2017

    • Author(s)
      Tsuchiya Takaho、Fujii Masashi、Matsuda Naoki、Kunida Katsuyuki、Uda Shinsuke、Kubota Hiroyuki、Konishi Katsumi、Kuroda Shinya
    • Journal Title

      PLoS Computational Biology

      Volume: 13 Issue: 12 Pages: e1005913-e1005913

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1005913

    • NAID

      120006555357

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] System Identification Approach to Data-driven Modelling of Signal-transduction in Cellular System2017

    • Author(s)
      小西 克巳、藤井 雅史、国田 勝行、宇田 新介、黒田 真也
    • Journal Title

      SYSTEMS, CONTROL AND INFORMATION

      Volume: 61 Issue: 7 Pages: 259-264

    • DOI

      10.11509/isciesci.61.7_259

    • NAID

      130006309065

    • ISSN
      0916-1600, 2424-1806
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Journal Article] Microfluidic Cell Culture System for Cell Signaling Measurement2017

    • Author(s)
      木下 晴之、前川 敏郎、国田 勝行、黒田 真也、藤井 輝夫
    • Journal Title

      SYSTEMS, CONTROL AND INFORMATION

      Volume: 61 Issue: 7 Pages: 253-258

    • DOI

      10.11509/isciesci.61.7_253

    • NAID

      130006309064

    • ISSN
      0916-1600, 2424-1806
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Journal Article] Selective control of up-regulated and down-regulated genes by temporal patterns and doses of insulin2016

    • Author(s)
      Takanori Sano,* Kentaro Kawata, * Satoshi Ohno,* Katsuyuki Yugi, Hiroaki Kakuda, Hiroyuki Kubota, Shinsuke Uda, Masashi Fujii, Katsuyuki Kunida, Daisuke Hoshino, Atsushi Hatano, Yuki Ito,1 Miharu Sato, Yutaka Suzuki, Shinya Kuroda†
    • Journal Title

      Science Signaling

      Volume: 9 Issue: 455

    • DOI

      10.1126/scisignal.aaf3739

    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Robustness of MEK-ERK Dynamics and Origins of Cell-to-Cell Variability in MAPK Signaling2016

    • Author(s)
      Filippi, S., Barnes, C. P., Kirk, P. D. W., Kudo, T., Kunida, K., McMahon, S. S., Tsuchiya, T., Wada, T., Kuroda, S., and Stumpf, M. P. H.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 15 Issue: 11 Pages: 2524-2535

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2016.05.024

    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Information transmission of insulin signal transduction based on live-cell sensing and information theoretic approach2019

    • Author(s)
      国田 勝行
    • Organizer
      定量生物学の会第9回年会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Frequency Response of Intracellular Signal Transduction Based on Live-Cell Active Sensing and Nonlinear System Identification2019

    • Author(s)
      Katsuyuki Kunida
    • Organizer
      BDR symposium 2019
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Information transmission of insulin signal transduction based on live-cell sensing and information theoretic approach2018

    • Author(s)
      国田 勝行
    • Organizer
      第70回日本細胞生物学会年会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Frequency Response of Intracellular Signal Transduction Based on Live-Cell Active Sensing and Nonlinear System Identification2018

    • Author(s)
      Katsuyuki Kunida
    • Organizer
      SICE Annual Conference 2018
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      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] システム制御工学からみた定量生物学への期待と展望2018

    • Author(s)
      国田勝行
    • Organizer
      定量生物学の発展と展開
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] ライブセル能動計測と情報理論に基づく骨格筋インスリンシグナル伝達経路の情報伝送2017

    • Author(s)
      国田勝行, 宇田新介, 藤井雅史、星野太佑, 和田卓巳, 前川敏郎, 木下晴之, 藤井輝夫, 黒田真也
    • Organizer
      第5回骨格筋研究会
    • Place of Presentation
      東京大学駒場キャンパス(東京都目黒区)
    • Year and Date
      2017-03-03
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] ライブセル能動計測と情報理論に基づくインスリンシグナル伝達経路の情報伝送2017

    • Author(s)
      国田勝行, 宇田新介, 藤井雅史, 星野太佑, 和田卓巳, 黒田真也
    • Organizer
      定量生物学の会
    • Place of Presentation
      基礎生物学研究所(愛知県岡崎市)
    • Year and Date
      2017-01-07
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 骨格筋におけるインスリン代謝・シグナル伝達経路のシステム生物学2017

    • Author(s)
      国田勝行
    • Organizer
      DM(Diabetes Mellitus)フォーラム
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] マイクロ流体デバイス入力制御系によるカルシウムシグナリングのシングルセル解析2017

    • Author(s)
      国田勝行
    • Organizer
      第60回自動制御連合講演会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 電気刺激時C2C12筋管細胞における ミトコンドリアATPのダイナミクスとその応答特性2017

    • Author(s)
      松田直樹
    • Organizer
      第69回日本細胞生物学会大会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] データ同化とライブセル能動計測による細胞システムのオンライン制御に向けての試み2016

    • Author(s)
      国田勝行, 黒田真也
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2016-11-30
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] データ同化とライブセル能動計測による細胞システムのオンライン制御に向けての試み2016

    • Author(s)
      国田勝行, 黒田真也
    • Organizer
      第59回自動制御連合講演会
    • Place of Presentation
      北九州国際会議場(福岡県北九州市)
    • Year and Date
      2016-11-09
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 定量的ライブセルイメージングと情報理論に基づくインスリンシグナル伝達経路の情報伝送2016

    • Author(s)
      国田勝行, 宇田新介, 藤井雅史, 和田卓巳, 黒田真也
    • Organizer
      理論と実験2016
    • Place of Presentation
      広島大学(広島県東広島市)
    • Year and Date
      2016-10-06
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 骨格筋におけるインスリン代謝・シグナル伝達経路のオンライン制御に向けての試み2016

    • Author(s)
      国田勝行
    • Organizer
      第8回分子骨格筋代謝研究会
    • Place of Presentation
      京都大学(京都府京都市)
    • Year and Date
      2016-07-30
    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] データ同化とライブセル能動計測による細胞システムのオンライン制御に向けての試み2016

    • Author(s)
      国田勝行, 黒田真也
    • Organizer
      CREST「生命動態の理解のための基盤技術の創出」研究領域主催 第6回数理デザイン道場
    • Place of Presentation
      東レ(株)総合研修センター(静岡県三島市)
    • Year and Date
      2016-06-13
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 画像処理装置、画像処理方法、及びプログラム2017

    • Inventor(s)
      黒田真也 井上晴幾 国田勝行
    • Industrial Property Rights Holder
      東京大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2017
    • Related Report
      2017 Research-status Report

URL: 

Published: 2016-04-21   Modified: 2020-03-30  

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