Comparative Genomics Toward Understanding Genomic Bases of Evolution and Bio-Diversity : Support Groups

• Project/Area Number: 17018030
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: National Institute of Informatics
• Principal Investigator: FUJIYAMA Asao National Institute of Informatics, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): HORI Hiroshi 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (60116663) ; KISHINO Hirohisa 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (00141987) ; ENDO Hideki 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (30249908) ; ISHIDA Takafumi 東京大学, 大学院・理学系研究科, 准教授 (20184533) ; KUROKI Yoko 理化学研究所, 基幹研究所, 研究員 (10344037) ; TOYODA Atsushi 国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 特任准教授 (10267495) ; KUHARA Satoshi 九州大学, 大学院・農学研究科, 教授 (00153320) ; KASAHARA Masahiro 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 講師 (60376605) ; SUZUKI Yutaka 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
• Project Period (FY): 2005 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥713,700,000 (Direct Cost: ¥713,700,000); Fiscal Year 2009: ¥149,700,000 (Direct Cost: ¥149,700,000); Fiscal Year 2008: ¥142,000,000 (Direct Cost: ¥142,000,000); Fiscal Year 2007: ¥141,300,000 (Direct Cost: ¥141,300,000); Fiscal Year 2006: ¥141,800,000 (Direct Cost: ¥141,800,000); Fiscal Year 2005: ¥138,900,000 (Direct Cost: ¥138,900,000)
• Keywords: ゲノム / 比較ゲノム / ゲノム情報 / 染色体 / マイクロアレイ / ゲノム科学 / 遺伝子 / 遺伝学 / 次世代シークエンシング / ライブラリ / 配列決定 / バイオテクノロジー / ハイスループット解析 / ゲノムライブラリ

Research Abstract

The major objective of this group is to support activities of "Comparative Genomics Toward Understanding Genomic Bases of Evolution and Bio-diversity" research group through DNA sequencing, library construction, library screening, informatics, and etc. We successfully analyzed genomes of amphioxus, for example, and other genomes. We also incorporated massively parallel genome analyzer to support conducting new generation genomics such as environmental genomics of symbiosis.

Research Products

• [Journal Article] The identification and functional implications of human-specific (2009)
  • Author(s): Goto H, Watanabe K, Araragi N, Kageyama R, Tanaka K, Kuroki Y, Toyoda A, Hattori M, Sakaki Y, Fujiyama A, Fukumaki Y, Shibata H.
  • Journal Title: BMC Evol Biol. 9 Pages: 224-224
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] High-resolution analysis of the 5'-end transcriptome using a next generation DNA sequencer (2009)
  • Author(s): S. Hashimoto, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: PLoS ONE 4
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori (2008)
  • Author(s): he International Silkworm Genome Consortium
  • Journal Title: Insect Biochemistry and Molecular Biology 38 Pages: 1036-1045
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The genome of the moss Physcomitrella patens reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants (2008)
  • Author(s): Stefan A. Rensing, Daniel Lang, Andreas D. Zimmer, Astrid Terry, Asaf Salamov, Harris Shapiro, Tomoaki Nishiyama, Pierre-Francois Perroud, Erika Lindquist, Yasuko Kamisugi, Takako Tanahashi,, Keiko Sakakibara, Tomomichi Fujita, Kazuko Oishi, Tadasu Shin-I, Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Shin-ichi Hashimoto, Kazuo Yamaguchi,, Sumio Sugano, Yuji Kohara,, Asao Fujiyama, et al.:
  • Journal Title: Science 319 Pages: 64-69
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype (2008)
  • Author(s): Putnam NH, Butts T, Ferrier DE, Furlong RF, Hellsten U, Kawashima T, Robinson-Rechavi M, Shoguchi E, Terry A, Yu JK, Benito-Gutierrez EL, Dubchak I, Garcia-Fernandez J, Gibson-Brown JJ, Grigoriev IV, Horton AC, de Jong PJ, Jurka J, Kapitonov VV, Kohara Y, Kuroki Y, Lindquist E, Lucas S, Osoegawa K, Pennacchio LA, Salamov AA, Satou Y, Sauka-Spengler T, Schmutz J, Shin-I T, Toyoda A, Bronner-Fraser M, Fujiyama A, Holland LZ, Holland PW, Satoh N, Rokhsar DS
  • Journal Title: Nature 453 Pages: 1064-1071
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype (2008)
  • Author(s): Putnam NH, et.al, including Y. Kuroki and A. Fujiyama
  • Journal Title: Nature 453 Pages: 1064-1071
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Large-scale microfabricated channel plates for high-throughput, fully automated DNA sequencing (2008)
  • Author(s): Kumagai H, et.al., including A. Toyoda
  • Journal Title: Electrophoresi 23 Pages: 4723-4732
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genome of an endosymbiont coupling N2 fixation to cellulolysis within protist cells in termite gut (2008)
  • Author(s): Hongoh Y, et.al., including A. Toyoda
  • Journal Title: Science 322 Pages: 1108-1109
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete genome of the uncultured Termite Group 1 bacteria in a single host protist cell (2008)
  • Author(s): Hongoh Y, et.al., including A. Toyoda
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci U S A 105 Pages: 5555-5560
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori (2008)
  • Author(s): The International Silkworm Genome Consortium including A. Fujiyama and Y. Suzuki
  • Journal Title: Insect Biochemistry and Molecular Biology 38 Pages: 1036-1045
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] BAC library construction and BAC end sequencing of five Drosophila species : the comparative map with the D. melanogaster genome (2008)
  • Author(s): K. Murakami, et.al., including A. Fujiyama, A. Toyoda and Y. Kuroki
  • Journal Title: Genes & Genetic Systems 83 Pages: 245-256
  • NAID: 10024396228
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Opalin, a transmembrane sialylglycoprotein located in the CNS myelin paranodal loop membrane (2008)
  • Author(s): F. yoshikawa, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: J Biol Chem 283 Pages: 20830-20840
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Massive transcriptional start site analysis of human genes in hypoxia cells (2008)
  • Author(s): K. Tsuchihara, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: Nucleic Acids Res Feb 22
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transcriptome analysis and identification of regulators for long-term plasticity in Aplysia kurodai (2008)
  • Author(s): YS. Lee, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: Proc Natl Aced Sci USA 105 Pages: 18602-18607
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice : comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs (2008)
  • Author(s): J. Takeda, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: Nucleic Acids Res 36 Pages: 6386-6395
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Expressed sequence tags from cynomolgus monkey (Macaca fascicularis) liver : A systematic identification of drug-metabolizing enzymes (2008)
  • Author(s): Y. Uno, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: FEBS Lett. 582 Pages: 351-358
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Large-scale analysis of Macaca fascicularis transcripts and inference of genetic divergence between M. fascicularis and M. mulatta (2008)
  • Author(s): N. Osada, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: BMC Genomics 9 Pages: 90-90
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution (2007)
  • Author(s): Kasahara M, et. al. including Fujiyama, To yoda and Kuroki
  • Journal Title: Nature 447 Pages: 714-719
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Duplicate Abd-B class genes in medaka hoxAa and hoxAb clusters exhibit differential expression patterns in pectoral fin buds" (2007)
  • Author(s): Takamatsu N, Kurosawa G, Tanaka M, Takahashi M, Inokuma R, Kanamori A, Hori H
  • Journal Title: Develop. Genes Evol. 217 Pages: 263-273
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The DNA sequence of medaka chromosome LG22. (2007)
  • Author(s): Sasaki T
  • Journal Title: Genomics 89 Pages: 124-133
• [Journal Article] Human chromosome 11 DNA sequence and analysis including novel gene identification (2006)
  • Author(s): Todd Taylor
  • Journal Title: Nature 440 Pages: 497-500
• [Journal Article] Incorporating gene-specific variation when inferring and evaluating optimal evolutionary tree topologies from multilocus sequence data. (2006)
  • Author(s): Seo, T.-K.
  • Journal Title: Proc. Natl. Acad. Sci U. S. A. 102 Pages: 4436-4441
• [Journal Article] Recursive gene selection based on maximum margin criterion : a comparison with SVM-RFE (2006)
  • Author(s): 著者 Niijima, S.
  • Journal Title: BMC Bioinformatics 7 Pages: 543-543
• [Journal Article] The genome size evolution of medaka (Oryzias latipes) and fugu (Takifugu rubripes)
  • Author(s): Imai S, Sasaki T, Shimizu A, Asakawa S, Hori H, Shimizu N
  • Journal Title: Genes Genet. Syst.
  • NAID: 10024394027
• [Presentation] ヒトとチンパンジーの個人ゲノム解読、生物多様性国際会議「霊長類のゲノム多様性研究」 (2010)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: 京都大学霊長類研究所主催
  • Place of Presentation: 犬山国際観光センター、犬山市
• [Presentation] 超高速シーケンシングが拓く個人ゲノム解読の時代 (2009)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: 日本臨床化学会北海道支部総会
  • Place of Presentation: 札幌市
  • Year and Date: 2009-12-19
• [Presentation] 次世代シーケンシングがもたらす比較ゲノム研究の進展 (2009)
  • Author(s): 藤山秋佐夫, 豊田敦, 黒木陽子
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会
  • Place of Presentation: 横浜国際会議場、横浜市
  • Year and Date: 2009-12-10
• [Presentation] 次世代シーケンサによるゲノム解読 (2009)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第54回大会
  • Place of Presentation: グランドプリンスホテル高輪、東京都
  • Year and Date: 2009-09-25
• [Presentation] 超大規模シーケンシングが開く新しい生物学への扉 (2009)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: イルミナGAセミナー
  • Place of Presentation: 東京フォーラム、東京都
  • Year and Date: 2009-07-07
• [Presentation] 超大規模配列決定がもたらす生命研究へのインパクト (2009)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: 日本分子生物物学会春期シンポジウム
  • Place of Presentation: 宮崎国際会議場、宮崎市
  • Year and Date: 2009-05-12
• [Presentation] 超大規模配列決定がもたらす生命研究へのインパクト (2009)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: 日本分子生物物学会春期シンポジウム
  • Place of Presentation: 宮崎国際会議場(宮崎市)
  • Year and Date: 2009-05-12
• [Presentation] 超高速シークエンスシステムを用いたゲノム解析 (2009)
  • Author(s): 豊田敦
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2009-03-29
• [Presentation] 次世代シークエンシングシステムとゲノム解析 (2009)
  • Author(s): 豊田敦
  • Organizer: かずさDNA研究所ワークショップ「遺伝的多様性に基づく有用遺伝子座の探索」
  • Place of Presentation: かずさDNA研究所(木更津)〈千葉〉
  • Year and Date: 2009-03-25
• [Presentation] ゲノム解析が明らかにしたシロアリ腸内原生生物細胞内共生細菌の空中窒素固定能 (2009)
  • Author(s): 本郷裕一、Vineet K. Sharma、Tulika Prakash、榊佳之、豊田敦、服部正平、大熊盛也
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-03-05
• [Presentation] 超並列型シーケンサが与えるインパクト (2008)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: 日本分子生物学会年会シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場・神戸市
  • Year and Date: 2008-12-11
• [Presentation] Short Readシーケンサーによるゲノム解析 (2008)
  • Author(s): 豊田敦
  • Organizer: 第3回バイオインフォマティクス研究者と医学研究者の交流会
  • Place of Presentation: 柏(千葉)
  • Year and Date: 2008-11-22
• [Presentation] The gene expression networks of Clostridium perfringens strain 13 from gene expression profiles (2008)
  • Author(s): Hirakawa H, Ohno M, Furuichi E, Otani K, Shimizu T, Kuhara S.
  • Organizer: ECCB'08 European Conference on Computational Biology
  • Place of Presentation: Cagliari, Sardinia, Italy
  • Year and Date: 2008-09-25
• [Presentation] Complete genome of the uncultured "Termite Group 1" bacteria in a single host protist cell (2008)
  • Author(s): Y. Hongoh, V. K. Sharma, T. Prakash, A. Toyoda, M. Hattori, M. Ohkuma
  • Organizer: The 12th International Symposium on Microbial Ecology (ISME12)
  • Place of Presentation: Cairns, Australia
  • Year and Date: 2008-08-17
• [Presentation] 次世代シークエンスシステムを用いたゲノム解析 (2008)
  • Author(s): 豊田敦
  • Organizer: 特定領域研究「比較ゲノム」情報系研究会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2008-06-13
• [Presentation] ゲノムが教えてくれる生物のすがた (2008)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: 日本分子生物物学会春期シンポジウム市民講演会
  • Place of Presentation: 慶應婦ラサホテル札幌・札幌市
  • Year and Date: 2008-05-25
• [Presentation] Computer system design for efficient data-driven discovery using next-generation sequencers (2008)
  • Author(s): Masahiro Kasahara and Shinichi Morishita
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
• [Presentation] Comprehensive analyses of Y chromosomes toward understanding of the male-specific genome functions (2008)
  • Author(s): Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Shouji Tatsumoto, Yoshiyuki Sakaki and Asao Fujiyama
  • Organizer: 2008 Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on the Biology of Genomes
  • Place of Presentation: Cold Spring Harbor, USA
• [Presentation] Effect of hyper-parallel sequencers on comparative genomics (2008)
  • Author(s): Asao Fujiyama, Atsushi Toyoda, Yoko Kuroki, Tadasu Shin-I, Yuji Kohara
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
• [Presentation] 緑藻クラミドモナスの完全長cDNA配列解析とゲ (2008)
  • Author(s): 久保雄昭, 山野隆志, 佐竹知也, 鈴木穣, 菅野純夫, 藤山秋佐夫, 黒木陽子, 小原雄治, 新井理, 伊藤武彦, 福澤秀哉
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
• [Presentation] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : II. 動物の初期進化における遺伝子多様化 (2008)
  • Author(s): 岩部直之, 隈啓一, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 佐々木剛, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
• [Presentation] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : I. ゲノム (2008)
  • Author(s): 隈啓一, 岩部直之, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
• [Presentation] オキゴンドウMHC領域のゲノム配列決定と比較ゲノム解析 (2008)
  • Author(s): 渡辺舞, 細道一善, 野口英樹, 黒木陽子, 豊田敦, 田中彰, 猪子英俊, 藤山秋佐夫, 椎名隆
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
• [Presentation] Comparative analysis of glutamate receptor gene family between human and chimpanzee (2008)
  • Author(s): Hiroki Shibata, Hiroki Goto, Kazunori Watanabe, Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Masahira Hattori, Yoshiyuki Sakaki, Asao Fujiyama, Yasuyuki Fukumaki
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
• [Presentation] ヒトとチンパンジーの比較ゲノム研究から見えること (2007)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: 27回日本医学会総会
  • Place of Presentation: 阪国際会議場・大阪市
  • Year and Date: 2007-04-06
• [Presentation] (2006)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Organizer: 日本分子生物学会2006フォーラム
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場、名古屋市
• [Book] 実験医学(ヒトとチンパンジーの比較からゲノム機能を解明する(特集 ゲノム機能の進化), 27) (2009)
  • Author(s): 黒木陽子、藤山秋佐夫
  • Publisher: 羊土社
• [Book] 医学のための細胞生物学(永田和弘、塩田浩平編, 第21章 ゲノムと遺伝子解析) (2009)
  • Author(s): 黒木陽子、藤山秋佐夫(分担執筆)
  • Publisher: 南山堂
• [Book] 研究をささえるモデル生物-実験室いきものガイド(霊長類がわかる) (2009)
  • Author(s): 藤山秋佐夫(分担執筆)
  • Publisher: 化学同人
• [Book] 遺伝(DNAシーケンシング、特集「国立遺伝学研究所60年の歩みを映して」, 63) (2009)
  • Author(s): 小原雄治、藤山秋佐夫
• [Book] 蛋白質核酸酵素(ゲノム再配列決定をいかに行うか<特集 次世代高速シ^クエンサーの応用と情報解析>, 54) (2009)
  • Author(s): 豊田敦、藤山秋佐夫
• [Book] 実験医学(辻省次編, 次世代シークエンサーによるゲノム解読と今後の動向、実験医学増刊「疾患遺伝子の探索と超高速シークエンス-パーソナルゲノム時代の疾患解明と治療戦略, 27) (2009)
  • Author(s): 豊田敦、藤山秋佐夫
• [Book] 霊長類がわかる、「研究をささえるモデル生物-実験室いきものガイド」 (2009)
  • Author(s): 藤山秋佐夫
  • Total Pages: 8
  • Publisher: 化学同人
• [Book] 細胞工学別冊(監修 藤山 秋佐夫, ヒトと霊長類の比較ゲノム:近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴、比較ゲノム学から読み解く生命システム) (2007)
  • Author(s): 黒木陽子, 野口英樹, 豊田敦, 藤山秋佐夫
  • Publisher: 秀潤社
• [Book] 実験医学(ヒトへの進化のゲノム基盤、ヒト・霊長類の比較ゲノム解析, 25) (2007)
  • Author(s): 渡邉 日出海、藤山 秋佐夫
• [Book] 情報通信ジャーナル(生命の秘密に挑戦するゲノムインフォマティクス～人間とチンパンジーの違いを読み解く, 24) (2006)
  • Author(s): 藤山 秋佐夫
• [Book] 実験動物ニュース(霊長類の比較ゲノム学, 55) (2006)
  • Author(s): 藤山 秋佐夫
• [Book] 蛋白質核酸酵素(ヒトゲノム配列決定の内容と意義、ヒトとチンパンジーの比較ゲノム, 50) (2005)
  • Author(s): 黒木 陽子, 野口 英樹, 豊田 敦, 藤山 秋佐夫
• [Book] 細胞工学(ヒトと霊長類の比較ゲノム:近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴, 24) (2005)
  • Author(s): 黒木 陽子, 野口 英樹, 豊田 敦, 藤山 秋佐夫
• [Book] 丸善ライブラリー(バイオ・情報の最前線, 371) (2005)
  • Author(s): 藤山 秋佐夫, 根岸 正光, 高野 明彦, 安達 淳
• [Book] 遺伝(ヒトーチンプY染色体の常染色体よりも早い進化male-driven evolutionの可能性, 別冊No20)
  • Author(s): 黒木陽子、藤山秋佐夫
  • Publisher: 裳華房
• [Remarks]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/
• [Remarks]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/
• [Remarks]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/