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Tracing of transmission routes of tuberculosis using geographical information of patients and genetic analysis of clinical isolates

Research Project

Project/Area Number 17H04136
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Hygiene and public health
Research InstitutionNagasaki University

Principal Investigator

WADA Takayuki  長崎大学, 熱帯医学研究所, 准教授 (70332450)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤原 直哉  東北大学, 情報科学研究科, 准教授 (00637449)
中谷 友樹  東北大学, 環境科学研究科, 教授 (20298722)
山本 香織  地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主任研究員 (70649011)
竹内 昌平  長崎県立大学, 看護栄養学部, 講師 (80432988)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥16,380,000 (Direct Cost: ¥12,600,000、Indirect Cost: ¥3,780,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2018: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Fiscal Year 2017: ¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000)
Keywords分子疫学 / 感染症 / 結核 / ゲノミクス / 地理学 / 地理情報解析
Outline of Final Research Achievements

In order to investigate the transmission of tuberculosis infection, molecular epidemiology, in which genes of clinical strains isolated from patients are compared, is widely used. In this study, we visualized the correlation between spread of pathogens estimated from genetic analysis of the strain and spatial diffusion estimated from the spatial relationship (distance between residences) of the patients. Moreover, from people-flow data based on person-trip survey, we estimated, visualized, and compared how people are in contact with other people resident in surrounding areas. As a result, strong geographic anisotropy was monitored in the amount of contact of people that can be the background of epidemic of infection in a society.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

人から人へと伝播拡散していく病原体がどのような経緯で広がっているのかを調べるには、実際にその現象を追いかけて実証していく必要がある。その手法の一つが病原体の遺伝子比較、患者情報に基づく疫学解析となる。これらは病原体を網羅的に集めること、患者情報を適切に扱うことが不可欠であり、国内の調査研究としては結核が唯一可能性のある研究対象となっている。ここに患者地理情報や社会活動に伴う人の流れ情報をこうした研究に取り入れることにより、病原体の伝播経路把握という公衆衛生の発展だけでなく、将来的な感染症の脅威に向けた社会実装を下支えする研究基盤を提供できる可能性がある。

Report

(4 results)
  • 2019 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2020 2019 2018 2017

All Journal Article (3 results) (of which Open Access: 2 results,  Peer Reviewed: 1 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Effects of infection control policies on the final size2020

    • Author(s)
      藤原直哉、翁長朝功、和田崇之、合原一幸
    • Journal Title

      SEISAN KENKYU

      Volume: 72 Issue: 2 Pages: 141-143

    • DOI

      10.11188/seisankenkyu.72.141

    • NAID

      130007827139

    • ISSN
      0037-105X, 1881-2058
    • Year and Date
      2020-03-01
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] ゲノム科学の奔流と結核分子疫学2019

    • Author(s)
      和田崇之
    • Journal Title

      複十字

      Volume: 388 Pages: 20-21

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] Longitudinal genotyping surveillance of Mycobacterium tuberculosis in an area with high tuberculosis incidence shows high transmission rate of the modern Beijing subfamily in Japan2018

    • Author(s)
      Yamamoto K, Takeuchi S, Seto J, Shimouchi A, Komukai J, Hase A, Nakamura H, Umeda K, Hirai Y, Matsumoto K, Ogasawara J, Wada T, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Infection, Genetics and Evolution

      Volume: S1567-1348(18) Pages: 30714-30717

    • DOI

      10.1016/j.meegid.2018.09.014

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 結核患者のゲノム変異上の近さと地理的近接性の関連 -大阪市病原体情報を用いた解析-2020

    • Author(s)
      中谷友樹,山本香織,竹内昌平,瀬戸順次,翁長朝功,藤原直哉,和田崇之
    • Organizer
      日本疫学会第30回学術総会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノム科学の進展がもたらす結核対策への恩恵とわが国の状況2019

    • Author(s)
      和田崇之
    • Organizer
      第94回日本結核病学会総会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 抗酸菌の遺伝子解析と分子疫学2019

    • Author(s)
      和田崇之
    • Organizer
      第94回日本結核病学会総会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 病原体遺伝子情報を用いた結核の空間疫学2019

    • Author(s)
      中谷友樹,和田崇之
    • Organizer
      2019年度日本数理生物学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ヒトの接触行動と人口構成から求めた基本再生産数と人口密度の関連について2019

    • Author(s)
      竹内昌平
    • Organizer
      第84回日本健康学会総会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 結核分子疫学を用いたあいりん地域における結核の感染・伝播に関する検討2019

    • Author(s)
      山本香織,下内昭,笠井幸,小向潤,松本健二,吉田英樹,和田崇之
    • Organizer
      第78回日本公衆衛生学会総会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 大阪市における結核発生状況の地域差2018

    • Author(s)
      山本香織, 和田崇之,小向潤, 清水直子,青木理恵, 長谷篤,松本健二, 吉田英樹, 山本太郎.
    • Organizer
      第93回日本結核病学会総会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 大阪市における社会経済的指標を用いた結核状況の地域差2018

    • Author(s)
      山本香織, 中谷友樹, 竹内昌平, 小向 潤, 青木理恵, 松本健二, 吉田英樹, 山本太郎, 和田崇之.
    • Organizer
      第77回日本公衆衛生学会総会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] ネットワーク科学・情報科学による人流解析の可能性2018

    • Author(s)
      藤原直哉.
    • Organizer
      人文地理学会大会・第64回都市圏研究部会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 大阪市あいりん地域における結核の感染伝播状況(2006-2015)2017

    • Author(s)
      山本香織、和田崇之、小向潤、宇田瑛子、清水直子、松本健二、下内 昭、山本太郎
    • Organizer
      第76回日本公衆衛生学会総会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2021-02-19  

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