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Elucidation of the mechanism of potato common scab resistance by omics analysis.

Research Project

Project/Area Number 17K15213
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Science in genetics and breeding
Research InstitutionNational Agriculture and Food Research Organization

Principal Investigator

ASANO Kenji  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター, 主任研究員 (80547034)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2017: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Keywordsばれいしょ / そうか病 / 病害虫抵抗性 / オミクス解析 / 育種 / 選抜マーカー / バレイショ / 抵抗性 / 遺伝解析 / ジャガイモそうか病 / オミクス
Outline of Final Research Achievements

Genome-wide SNPs was obtained from 20 resistant and 20 susceptible lines to potato common scab, which were selected from the progenies of Yukirasha (Resistant) and Nagasakikogane (Susceptible). Among those genome-wide SNPs, 26 SNPs loci on four chromosomes were correlated with resistance. Analysis of tuber epidermis bacteria diversity showed that the microbial diversity was higher in the resistant strains. Metabolomic analysis of leaves revealed that the content of two metabolites was significantly different between the resistant and susceptible lines.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究でそうか病抵抗性と相関があることを見出したSNPは過去に報告のないものであり、新たな抵抗性遺伝子座である可能性があり学術的に新規性が高い。また、雑種集団から選抜した遺伝的背景の近い系統群において、共生微生物相の多様性とそうか病抵抗性の相関を示した報告はこれまでに無い。同様に地上部の代謝物とそうか病抵抗性の関係を明らかにした報告はなく、これらの結果はそうか病抵抗性機構の解明に新たな知見をもたらす。また、特定したSNPや代謝物はバレイショ育種において、抵抗性個体の効率的選抜に利用できる可能性があり、抵抗性品種の開発を加速化させられる可能性があり社会的にも有用である。

Report

(5 results)
  • 2020 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Research-status Report
  • 2018 Research-status Report
  • 2017 Research-status Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2021 2020 2019 2018 2017

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 1 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Association of Genome-Wide SNP Markers with Resistance to Common Scab of Potato2021

    • Author(s)
      Koizumi Emiko、Igarashi Toshiya、Tsuyama Mutsuo、Ogawa Keiichi、Asano Kenji、Kobayashi Akira、Sanetomo Rena、Hosaka Kazuyoshi
    • Journal Title

      American Journal of Potato Research

      Volume: 98 Issue: 2 Pages: 149-156

    • DOI

      10.1007/s12230-021-09827-2

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] NMRによる農業メタボロミクスの活用と展望?農業現場と分析現場のスムーズな連携に向けて2020

    • Author(s)
      関山 恭代、池田 成志、浅野 賢治、岡崎 和之
    • Journal Title

      日本土壌肥料学雑誌

      Volume: 91 Pages: 272-279

    • NAID

      130007888587

    • Related Report
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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 有機物を活用したジャガイモそうか病防除研究2018

    • Author(s)
      池田 成志、浅野 賢治
    • Journal Title

      土づくりとエコ農業

      Volume: 50 Pages: 5-9

    • Related Report
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  • [Journal Article] 有機物を活用したジャガイモそうか病防除研究2018

    • Author(s)
      池田 成志、浅野 賢治、森 清文
    • Journal Title

      ニューカントリー

      Volume: 776 Pages: 14-16

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  • [Journal Article] ジャガイモそうか病防除のための有機物活用研究2018

    • Author(s)
      池田 成志、浅野 賢治、森 清文
    • Journal Title

      農業ビジネスベジ

      Volume: 23 Pages: 86-90

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    • Author(s)
      浅野賢治
    • Journal Title

      いも類振興情報

      Volume: 133 Pages: 33-34

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      浅野賢治
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    • Invited
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      浅野賢治
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    • Author(s)
      池田成志、浅野賢治、森清文
    • Total Pages
      256
    • Publisher
      農山漁村文化協会
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  • [Book] 農業技術大系 作物編 第5巻 (追録の一部を執筆)2020

    • Author(s)
      浅野賢治
    • Total Pages
      113
    • Publisher
      農山漁村文化協会
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      2020 Annual Research Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2024-01-30  

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