• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

HLA-omics-based pharmacogenomics for adverse drug reactions in genome cohort studies

Research Project

Project/Area Number 17K19804
Research Category

Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Society medicine, Nursing, and related fields
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

細道 一善  金沢大学, 医学系, 准教授 (50420948)

Project Period (FY) 2017-06-30 – 2019-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2018: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2017: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
KeywordsHLA / 薬剤副作用 / コホート研究 / ゲノム / 遺伝学 / 免疫学
Outline of Annual Research Achievements

研究期間内に目指すゴールは薬剤副作用予防診断システムの構築である。薬剤副作用についてはSuper-CYP等のデータベースが既に充実しているが、複雑さ故に薬剤副作用の発症メカニズムの解明は、生活環境情報も含めた網羅的な生体分子情報との統合解析(オミックス解析)が必要とされる。この多様な薬剤代謝とその結果としての作用と副作用の理解をNGSと情報解析から解き明かすことを目指す。申請者はこれまでにNGSを用いたHLA領域ならびにHLA遺伝子の解析手法を開発してきた(Hosomichi et al. BMC Genomics 2014, Hosomichi et al. BMC Genomics 2013)。また、そのHLAを中心としたメカニズムの解明にHLA-omicsと命名したHLAの統合解析を提案している(Hosomichi et al. 2015. J Hum Genet)。本申請では強い遺伝要因となるHLA領域におけるゲノム、遺伝子発現、転写調節、エピジェネティクスを網羅的・統合的に解析(HLA-seq)し、これを軸とした薬剤副作用の理解を目指している。すなわち、HLA遺伝子群の動態に加えて、HLAを中心とした免疫系のパスウェイの網羅的なRNA-seq、T細胞受容体(TCR)のレパトアやKIRによるNK細胞の活性(Immuno-seq)ならびにこの免疫系の抗原提示における薬剤代謝関連遺伝子群の関わり(ADME-seq)をRNA-seqにより検証する。さらに、HLA-seqを軸として、Immuno-seqおよびADME-seqを合わせた統合的、包括的な解析(HLA-omics)を実施し、薬剤発症機序の解明を目指すと共に、新規診断マーカーを検索し、HLA-omicsに基づく薬剤副作用予防診断システムを目指した臨床診断のためのデータベース化をすすめる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまでゲノム解析について同意が得られている957名について、HLA遺伝子ならびに非HLA遺伝子(HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DMA、HLA-DMB、HLA-DOA、HLA-DOB、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DRB2、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DRB6、HLA-DRB7、HLA-DRB8、HLA-DRB9、HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-H、HLA-J、HLA-K、HLA-L、HLA-V、MICA、MICB、TAP1およびTAP2)、さらに、ナチュラルキラー細胞(NK細胞)膜上に存在し、HLAをリガンドとしてNK細胞の活性型と抑制型を規定するキラー細胞免疫グロブリン様受容体(KIR)遺伝子(KIR3DL3、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DL3、KIR2DL5B、KIR2DS3、KIR2DP1、KIR2DL1、KIR3DP1、KIR2DL4、KIR3DL1、KIR3DS1、KIR2DL5A、KIR2DS5、KIR2DS1、KIR2DS4およびKIR3DL2) の次世代シーケンサー(NGS)による解析を実施した。

Strategy for Future Research Activity

引き続きNGSを駆使した解析からゲノム多型やメチル化と遺伝子発現の関連、薬剤副作用と関連を精査する。さらに得られた知見をコホートサンプルの情報に追加し、薬剤副作用-遺伝子多型の関連情報を追加、検索可能な形で薬剤副作用データベース構築を目指す。薬剤副作用において何がどう関与しているのか、を解き明かすためのデータセットを構築する。

Report

(1 results)
  • 2017 Research-status Report

Research Products

(18 results)

All 2018 2017

All Journal Article Presentation Book

  • [Journal Article] Paradoxical development of polymyositis-like autoimmunity through augmented expression of autoimmune regulator (AIRE)2018

    • Author(s)
      Nishijima Hitoshi、Kajimoto Tatsuya、Matsuoka Yoshiki、Mouri Yasuhiro、Morimoto Junko、Matsumoto Minoru、Kawano Hiroshi、Nishioka Yasuhiko、Uehara Hisanori、Izumi Keisuke、Tsuneyama Koichi、Okazaki Il-mi、Okazaki Taku、Hosomichi Kazuyoshi、Shiraki Ayako、Shibutani Makoto、Mitsumori Kunitoshi、Matsumoto Mitsuru
    • Journal Title

      J Autoimmun.

      Volume: 86 Pages: 75-92

    • DOI
      10.1016/j.jaut.2017.09.006
    • NAID
      120006532435
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Immune-Mediated Hematopoietic Failure after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation: A Common Cause of Late Graft Failure in Patients with Complete Donor Chimerism.2018

    • Author(s)
      Maruyama Kana、Aotsuka Nobuyuki、Kumano Yoshihisa、Sato Naoko、Kawashima Naomi、Onda Yoshiyuki、Maruyama Hiroyuki、Katagiri Takamasa、Zaimoku Yoshitaka、Nakagawa Noriharu、Hosomichi Kazuyoshi、Ogawa Seishi、Nakao Shinji
    • Journal Title

      Biol Blood Marrow Transplant

      Volume: 24 Pages: 43-49

    • DOI
      10.1016/j.bbmt.2017.08.018
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Multiple common and rare variants of ABCG2 cause gout.2017

    • Author(s)
      Higashino Toshihide、Takada Tappei、Nakaoka Hirofumi、Toyoda Yu、Stiburkova Blanka、Miyata Hiroshi、Ikebuchi Yuki、Nakashima Hiroshi、Shimizu Seiko、Kawaguchi Makoto、Sakiyama Masayuki、Nakayama Akiyoshi、Akashi Airi、Tanahashi Yuki、Kawamura Yusuke、Nakamura Takahiro、Wakai Kenji、Hosomichi Kazuyoshi 他
    • Journal Title

      RMD Open

      Volume: 3

    • DOI
      10.1136/rmdopen-2017-000464
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Folding of the Cerebral Cortex Requires Cdk5 in Upper-Layer Neurons in Gyrencephalic Mammals.2017

    • Author(s)
      Shinmyo Yohei、Terashita Yukari、Dinh Duong Tung Anh、Horiike Toshihide、Kawasumi Muneo、Hosomichi Kazuyoshi、Tajima Atsushi、Kawasaki Hiroshi
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 20 Pages: 2131-2143

    • DOI
      10.1016/j.celrep.2017.08.024
    • NAID
      120006374153
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of a novel variant of the RET proto-oncogene in a novel family with Hirschsprung's disease.2017

    • Author(s)
      Kawano Takafumi、Hosomichi Kazuyoshi、Inoue Ituro、Shimono Ryuichi、Onishi Shun、Nakame Kazuhiko、Kaji Tatsuru、Matsufuji Hiroshi、Ieiri Satoshi
    • Journal Title

      Pediatr Surg Int.

      Volume: 33 Pages: 1041-1046

    • DOI
      10.1007/s00383-017-4134-z
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] AMBRA1 is involved in T cell receptor-mediated metabolic reprogramming through an ATG7-independent pathway.2017

    • Author(s)
      Akatsuka Hisako、Kuga Shuhei、Masuhara Kaori、Davaadorj Odontuya、Okada Chisa、Iida Yumi、Okada Yoshinori、Fukunishi Nahoko、Suzuki Takahiro、Hosomichi Kazuyoshi、Ohtsuka Masato、Tanaka Masafumi、Inoue Ituro、Kimura Minoru、Sato Takehito
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res Comm.

      Volume: 491 Pages: 1098-1104

    • DOI
      10.1016/j.bbrc.2017.08.019
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] RXRB is a MHC-encoded susceptibility gene associated with anti-topoisomerase I antibody-positive systemic sclerosis2017

    • Author(s)
      Oka Akira、Asano Yoshihide、Hasegawa Minoru、Fujimoto Manabu、Kawaguchi Yasushi、Takahashi Hiroki、Goto Daisuke、Endo Hirahito、Jinnin Masatoshi、Mano Shuhei、Hosomichi Kazuyoshi、Mabuchi Tomotaka、Ueda Mahoko Takahashi、Nakagawa So、 SBahram Seiamak、Takehara Kazuhiko、Sato Shinichi、Ihn Hironobu
    • Journal Title

      J Invest Dermatol

      Volume: 137 Pages: 1878-1886

    • DOI
      10.1016/j.jid.2017.04.028
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Comprehensive genetic exploration of selective tooth agenesis of mandibular incisors by exome sequencing.2017

    • Author(s)
      Yamaguchi T, Hosomichi K, Yano K, Kim YI, Nakaoka H, Kimura R, Otsuka H, Nonaka N, Haga S, Takahashi M, Shirota T, Kikkawa Y, Yamada A, Kamijo R, Park SB, Nakamura M, Maki K, Inoue I.
    • Journal Title

      Human Genom Variation

      Volume: 印刷中 Pages: 1005-1005

    • DOI
      10.1038/hgv.2017.5
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Identification of an HLA class I allele closely involved in the autoantigen presentation in acquired aplastic anemia.2017

    • Author(s)
      Zaimoku Y, Takamatsu H, Hosomichi K, Ozawa T, Nakagawa N, Imi T, Maruyama H, Katagiri T, Kishi H, Tajima A, Muraguchi A, Kashiwase K, Nakao S
    • Journal Title

      Blood.

      Volume: 印刷中 Pages: 2908-2916

    • DOI
      10.1182/blood-2016-11-752378
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Rapid and cost effective high-throughput sequencing for identification of germline mutation of BRCA1 and BRCA22017

    • Author(s)
      Ahmadloo S, Nakaoka H, Hayano T, Hosomichi K, You H, Utsuno E, Sangai T, Nishimura M, Matsushita K, Hata A, Nomura F, Inoue I.
    • Journal Title

      J Hum Genet

      Volume: 印刷中 Pages: 561-567

    • DOI
      10.1038/jhg.2017.5
    • NAID
      40021210379
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] HLAシークエンシングによるゲノム医科学研究2017

    • Author(s)
      細道一善
    • Journal Title

      炎症と免疫

      Volume: 25 Pages: 1878-1886

    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] ゲノム解析技術の革新と医学・医療へのインパクト ~次世代シーケンサーによるHLA遺伝子解析と可能性~2017

    • Author(s)
      細道一善
    • Organizer
      第8回あきた免疫・移植・感染症研究会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] HLAおよびKIR 遺伝子のシークエンシング2017

    • Author(s)
      細道一善
    • Organizer
      日本人類遺伝学会 第62回大会 シンポジウム18
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 多検体のDNAサンプル処理に適したライブラリー調製キットは?2017

    • Author(s)
      細道一善
    • Organizer
      NGS現場の会 第5回研究会 スポンサードセッション
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] NGSによるHLA/KIRタイピングの現状と展望2017

    • Author(s)
      細道一善
    • Organizer
      第1回関東HLA研究会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] ロングPCR-Nextera-MiniSeqで始めるお手軽シーケンス2017

    • Author(s)
      細道一善
    • Organizer
      イルミナiSchool プロフェッショナル
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Sequence Capture法によるKIRハプロタイプ構造決定と日本人におけるその多様性2017

    • Author(s)
      細道一善、井ノ上逸朗、田嶋敦、中岡博文、椎名隆、東史啓、猪子英俊、屋部登志雄、森島泰雄
    • Organizer
      第26回日本組織適合性学会大会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Book] 遺伝/ゲノム看護2018

    • Author(s)
      有森直子、溝口満子、井ノ上逸朗、青木美紀子、井本逸勢、小笹由香、大川恵、須坂洋子、西垣昌和、野間口千香穂、藤田みどり、細道一善、御手洗幸子、武藤香織、森藤香奈子、森屋宏美、木根麻美加、森智里
    • Total Pages
      260
    • Publisher
      医歯薬出版
    • Related Report
      2017 Research-status Report

URL: 

Published: 2017-07-21   Modified: 2018-12-17  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi