Comprehensive enhancer analysis and molecular pathogenesis of leukemia using our novel technology
| Project/Area Number |
18H03992
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
Murakawa Yasuhiro 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50765469)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高折 晃史 京都大学, 医学研究科, 教授 (20324626)
白川 康太郎 京都大学, 医学研究科, 助教 (80728270)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2020)
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| Budget Amount *help |
¥44,720,000 (Direct Cost: ¥34,400,000、Indirect Cost: ¥10,320,000)
Fiscal Year 2020: ¥12,870,000 (Direct Cost: ¥9,900,000、Indirect Cost: ¥2,970,000)
Fiscal Year 2019: ¥12,870,000 (Direct Cost: ¥9,900,000、Indirect Cost: ¥2,970,000)
Fiscal Year 2018: ¥18,980,000 (Direct Cost: ¥14,600,000、Indirect Cost: ¥4,380,000)
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| Keywords | 白血病 / エンハンサー / ゲノム解析技術 / バイオマーカー / 転写ネットワーク / NET-CAGE / 造血器悪性腫瘍 / ヒトゲノム科学 / ノンコーディングゲノム・RNA / 次世代シークエンシング / バイオインフォマティクス / ゲノム科学 / 遺伝子発現制御 / 次世代シークエンサー / 造血器腫瘍 / NET-CAGE法 / 腫瘍 / ゲノム解析 |
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| Outline of Final Research Achievements |
Leukemia is an intractable hematologic tumor that presents with a wide variety of clinical and cellular features. Epigenetic abnormalities are important in leukemia. In particular, transcriptional regulation of genes by enhancers determines the identity of leukemic cells. Activated enhancers can be identified with high resolution by detecting eRNAs synthesized from enhancers by next-generation sequencing. In this project, we developed a novel technology for ultra-sensitive and comprehensive detection of eRNAs and applied it to around 100 hematopoietic malignancy specimens to identify leukemia enhancer transcription programs. By integrating clinical and genomic data, RNA expression information, and epigenetic information, we identified novel therapeutic targets and biomarkers.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
白血病は若年者から高齢者まで幅広い年齢層に発症する難治性の血液の腫瘍である。しかしながら、その分子メカニズムはほとんどわかっていなかった。腫瘍細胞の状態の決定に肝になるエンハンサー（遺伝子の発現スイッチとして働く）を超高感度に同定できる新しいゲノム解析技術を開発した。これにより、白血病細胞の詳細な分子状態の理解につながり、大規模な患者検体を用いた解析により、新しいバイオマーカーや創薬標的の候補を多数取得することに成功した。これにより、白血病の根源的な分子メカニズムの解明のみならず、新規治療法の創出に資する成果をあげることができた。
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Report
(4 results)
Research Products
(20 results)
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[Journal Article] APOBEC3B is preferentially expressed at the G2/M phase of cell cycle2021
Author(s)
Hirabayashi Shigeki、Shirakawa Kotaro、Horisawa Yoshihito、Matsumoto Tadahiko、Matsui Hiroyuki、Yamazaki Hiroyuki、Sarca Anamaria Daniela、Kazuma Yasuhiro、Nomura Ryosuke、Konishi Yoshinobu、Takeuchi Suguru、Stanford Emani、Kawaji Hideya、Murakawa Yasuhiro、Takaori-Kondo Akifumi
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Journal Title
Biochemical and Biophysical Research Communications
Volume: 546
Pages: 178-184
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Codon bias confers stability to human mRNAs2019
Author(s)
Hia Fabian、Yang Sheng Fan、Shichino Yuichi、Yoshinaga Masanori、Murakawa Yasuhiro、Vandenbon Alexis、Fukao Akira、Fujiwara Toshinobu、Landthaler Markus、Natsume Tohru、Adachi Shungo、Iwasaki Shintaro、Takeuchi Osamu
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Journal Title
EMBO reports
Volume: 20
Issue: 11
DOI
NAID
Related Report
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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