Gene expression profiling of Lotus japanicus to various rhizotoxic stressors for constructing microarray database

• Project/Area Number: 19380042
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Plant nutrition/Soil science
• Research Institution: Gifu University
• Principal Investigator: KOYAMA Hiroyuki Gifu University, 応用生物科学部, 教授 (90234921)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): SAKURAI Nozomu かずさDNA研究所, ゲノムバイテク研究室, 研究員 (30392286) ; YAMAMOTO Yoshiharu 岐阜大学, 応用生物科学部, 准教授 (50301784)
• Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha): WASAKI Jun 広島大学, 生物圏科学研究科, 准教授 (00374728)
• Project Period (FY): 2007 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥18,720,000 (Direct Cost: ¥14,400,000、Indirect Cost: ¥4,320,000); Fiscal Year 2009: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000); Fiscal Year 2008: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000); Fiscal Year 2007: ¥8,840,000 (Direct Cost: ¥6,800,000、Indirect Cost: ¥2,040,000)
• Keywords: ミヤコグサ / マイクロアレイ / ストレス誘導遺伝子 / 土壌障害 / アノテーション / データベース / 系統解析

Research Abstract

ダイズ等の作物の生産性を高めるための一つの解決策は、環境から受けるストレスに対する耐性を向上させることです。そのためには、どのような耐性機構が働いているか、遺伝子レベルで突き止めることが重要です。この研究では、マメ科のモデル植物がストレスに応答してどのような遺伝子を発現させているか、悪い土壌環境から受けるストレスを中心にDNAチップを使って解析しました。データは一般公開を目的としています。

Research Products

• [Journal Article] Transcriptomic profiling of major carbon and amino acid metabolism in the roots of Arabidopsis thaliana treated with various rhizotoxic ions (2010)
  • Author(s): Zhao, CR, Sawaki, Y,, Sakurai N., Sshibata, D, Koyama, H
  • Journal Title: Soil Sci. Plant Nutr. 56 Pages: 150-162
  • NAID: 110008144308
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transcriptomic profiling of major carbon and amino acid metabolism in the roots of Arabidopsis thaliana treated with various rhizotoxic ions (2010)
  • Author(s): ZHAO, CR SAWAKI, Y., SAKURAI, N., SHIBATA D, KOYAMA, H
  • Journal Title: Soil Science and Plant Nutrition 56 Pages: 150-162
  • NAID: 110008144308
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Comparative transcriptomic characterization of aluminum, sodium chloride, cadmium and copper rhizotoxicities in Arabidopsis thaliana (2009)
  • Author(s): Zhao C-R, Ikka, T., Sawaki Y, Kobayashi Y, Suzuki1 Y, Hibino T, Sato S, Sakurai N, Shibata D, Koyama H
  • Journal Title: BMC Plant Biol. 9 Pages: 31-31
  • NAID: 120006340803
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Comparative transcriptomic characterization of aluminum, sodium chloride, cadmium and copper rhizotoxicities in Arabidopsis thaliana (2009)
  • Author(s): Zhao, CR, 他
  • Journal Title: BMC Plant Biology 9 Pages: 32-32
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Natural variation of Arabidopsis thaliana reveals that aluminum resistance and proton resistance are controlled by different genetic factors. (2007)
  • Author(s): Ikka T, Kobayashi Y, Iuchi S, Sakurai N, Shibata D, Kobayashi M, Koyama H
  • Journal Title: Theol. Appl. Genet 115 Pages: 709-719
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Natural variation of Arabidopsis thaliana reveals that aluminum resistance and proton resistance are controlled by different genetic factors. (2007)
  • Author(s): Takashi lkka, 他
  • Journal Title: Theoretical Applied Genetics 115 Pages: 709-719
  • Peer Reviewed
• [Presentation] ミヤコグサにおけるイオンストレス応答遺伝子の比較トランスクリプトーム解析 (2009)
  • Author(s): 澤木克旦, 趙成日, 一家崇志, 櫻井望, 柴田大輔, 小山博之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会年会
  • Place of Presentation: (京都
  • Year and Date: 2009-09-16
• [Presentation] トランスクリプトームによるシロイヌナズナ根圏イオンストレス応答遺伝子の解析 (2009)
  • Author(s): 趙成日, 澤木宣忠, 一家崇志, 小林佑理子, 小山博之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会年会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2009-09-16
• [Presentation] 窒素、リン酸、カリウム、イオウ欠乏ミヤコグサにおける遺伝子発現変動の解析 (2009)
  • Author(s): 和崎淳, 信濃卓郎, 小山博之
  • Organizer: 本土壌肥料学会年会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2009-09-16
• [Book] Omics and Plant Abiotic Stress Tolerance (2010)
  • Author(s): Yamamoto, YY, Koyama, H.
  • Publisher: Bentham Science Publishers(in press)