Elucidation of the binding mode of DNA repair promoting protein to strand breaks

• Project/Area Number: 19380054
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Applied microbiology
• Research Institution: Japan Atomic Energy Agency
• Principal Investigator: NARUMI Issay Japan Atomic Energy Agency, 量子ビーム応用研究部門, 研究主幹 (90343920)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): KUROKI Ryota 独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究主席 (30391246) ; YURA Kei お茶の水女子大学, 大学院・人間文化創成科学研究科, 教授 (50252226)
• Project Period (FY): 2007 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥20,020,000 (Direct Cost: ¥15,400,000、Indirect Cost: ¥4,620,000); Fiscal Year 2009: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000); Fiscal Year 2008: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000); Fiscal Year 2007: ¥13,910,000 (Direct Cost: ¥10,700,000、Indirect Cost: ¥3,210,000)
• Keywords: 放射線 / 遺伝子 / 微生物 / タンパク質 / DNA修復

Research Abstract

Crystal structure analysis of the Deinococcus radiodurans DNA repair promoting protein PprA was carried out at 1.35 A resolution, and the spatial configuration of amino acids important for DNA binding was elucidated. PprM protein that modulates pprA expression was identified. A novel plasmid vector was developed for Deinococcus.

Research Products

• [Journal Article] Deinococcus aetherius sp.nov., isolated from the stratosphere (2010)
  • Author(s): Yinjie Yang
  • Journal Title: Int.J.Syst.Evol.Microbiol. 60 Pages: 776-779
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Deinococcus aerius sp. nov., isolated from the high atmosphere (2009)
  • Author(s): Yinjie Yang, 伊藤隆、横堀伸一、板橋志保、島田治男、佐藤勝也、大庭寛史、鳴海一成、山岸明彦
  • Journal Title: Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59巻 Pages: 1862-1866
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of PprM: a modulator of the PprI-dependent DNA damage response in Deinococcus radiodurans (2009)
  • Author(s): 大庭寛史、佐藤勝也、Haitham Sghaier、柳沢忠、鳴海一成
  • Journal Title: Extremophiles 13巻 Pages: 471-479
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of versatile shuttle vectors for Deinococcus grandis (2009)
  • Author(s): 佐藤勝也、Zhenli Du、大庭寛史、鳴海一成
  • Journal Title: Plasmid 62巻 Pages: 1-9
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of PprM : a modulator of the PprI-dependent DNA damage response in Deinococcus radiodurans (2009)
  • Author(s): Hirofumi Ohba
  • Journal Title: Extremophiles 13 Pages: 471-479
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of versatile shuttle vectors for Deinococcus grandis (2009)
  • Author(s): Katsuya Satoh
  • Journal Title: Plasmid 62 Pages: 1-9
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Deinococcus aerius sp.nov., isolated from the high atmosphere (2009)
  • Author(s): Yinjie Yang
  • Journal Title: Int.J.Syst.Evol.Microbiol. 59 Pages: 1862-1866
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 生物の放射線耐性を探る (2009)
  • Author(s): 鳴海一成
  • Journal Title: 放射線と産業 123 Pages: 28-33
• [Journal Article] 放射線抵抗性細菌の超放射線耐性の謎に迫る (2008)
  • Author(s): 大庭寛史
  • Journal Title: 放射線と産業 118 Pages: 50-53
• [Journal Article] Problems with the current deinococcal hypothesis: an alternative theory (2007)
  • Author(s): Haitham Sghaier、鳴海一成、佐藤勝也、大庭寛史、三友宏志
  • Journal Title: Theor. Biosci. 126巻 Pages: 43-45
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Phylogenetic and disruption analyses of aspartate kinase of Deinococcus radzodurans (2007)
  • Author(s): Hiromi Nishida
  • Journal Title: Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 71 Pages: 1015-1020
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Problems with the current deinococcal hypothesis:an alternative theory (2007)
  • Author(s): Haitham Sghaier
  • Journal Title: Theory in Biosciences 126 Pages: 43-45
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Chemiluminescence ELISA for the detection of oxidative DNA base damage using anti-8-hydroxy-2'-deoxyguanosine antibody:application to the detection of irradiated foods (2007)
  • Author(s): Masahiro Kikuchi
  • Journal Title: Radioisotopes 56 Pages: 509-517
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 粉々になったゲノムをもとどおりにつなぐ伸長合成依存的な鎖対合モデル (2007)
  • Author(s): 鳴海 一成
  • Journal Title: 蛋白質核酸酵素 52 Pages: 68-69
• [Journal Article] 放射線抵抗性細菌からの有用バイオ試薬の創製 (2007)
  • Author(s): 鳴海 一成
  • Journal Title: 放射線と産業 114 Pages: 28-32
• [Journal Article] 放射線抵抗性細菌のDNA修復機構の研究 (2007)
  • Author(s): 鳴海 一成
  • Journal Title: 放影協ニュース 52 Pages: 7-8
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌における新規遺伝子操作系の開発 (2010)
  • Author(s): 鳴海一成
  • Organizer: 日本原子力研究開発機構生命科学シンポジウム2010
  • Place of Presentation: 東京都、新生ホール
  • Year and Date: 2010-03-16
• [Presentation] Efficient DNA repair in Deinococcus radiodurans (2009)
  • Author(s): Issay Narumi
  • Organizer: The 10th anniversary edition of Tunisia-Japan Symposium on Science, Society & Technology (TJASSST10)
  • Place of Presentation: Hammamet, Tunisia
  • Year and Date: 2009-11-12
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌における新規遺伝子操作系の開発 (2009)
  • Author(s): 佐藤勝也
  • Organizer: 第10回極限環境微生物学会
  • Place of Presentation: 東京都、明治大学駿河台キャンパス
  • Year and Date: 2009-10-28
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌由来DNA修復促進蛋白質PprAの構造機構解析 (2009)
  • Author(s): 山田貢、安達基泰、佐藤勝也、玉田太郎、由良敬、黒木良太、鳴海一成
  • Organizer: 第82回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2009-10-23
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌由来DNA修復促進蛋白質PprAの構造機構解析 (2009)
  • Author(s): 山田貢
  • Organizer: 第82回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 神戸市、神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2009-10-23
• [Presentation] Capture and space exposure experiments of microorganisms on the ISS orbit proposed in "TANPOPO" mission (2009)
  • Author(s): Shin-ichi Yokobori
  • Organizer: The 9th European Workshop on Astrobiology (EANA'09)
  • Place of Presentation: Brussels, Belgium
  • Year and Date: 2009-10-13
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌のプラスミドを用いた新規遺伝子操作系の開発 (2009)
  • Author(s): 佐藤勝也
  • Organizer: 第4回高崎量子応用研究シンポジウム
  • Place of Presentation: 高崎市、高崎シティギャラリー
  • Year and Date: 2009-10-09
• [Presentation] Capture of microorganisms in space proposed in ISS "TAMPOPO" missi on : Fluorescent microscopic detection of microorganisms captured by aerogel (2009)
  • Author(s): 杉野朋弘
  • Organizer: 日本宇宙生物科学会第23回大会
  • Place of Presentation: つくば市、JAXA筑波宇宙センター
  • Year and Date: 2009-10-03
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌の生存戦略(招待講演) (2009)
  • Author(s): 鳴海一成
  • Organizer: 第48回ガンマーフィールドシンポジウム
  • Place of Presentation: 水戸市、三の丸ホテル
  • Year and Date: 2009-07-16
• [Presentation] たんぽぽ:有機物・微生物の宇宙曝露と宇宙塵・微生物の捕集」における微生物宇宙曝露実験 (2009)
  • Author(s): 横堀伸一
  • Organizer: 日本地球惑星科学連合2009年大会
  • Place of Presentation: 千葉市、幕張メッセ
  • Year and Date: 2009-05-21
• [Presentation] 有機物・微生物の宇宙曝露と宇宙塵・微生物の捕集実験(たんぽぽ):微生物の宇宙での生存可能性の検討 (2009)
  • Author(s): 横堀伸一
  • Organizer: 第34回生命の起源および進化学会学術講演会
  • Place of Presentation: 熊取町、大阪府
  • Year and Date: 2009-03-17
• [Presentation] プロテオーム解析による新規DNA修復関連タンパク質の同定 (2008)
  • Author(s): 大庭寛史
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 神戸市
  • Year and Date: 2008-12-10
• [Presentation] Double-strand break repair in Deinococcus radiodurans (2008)
  • Author(s): 鳴海一成
  • Organizer: 中国浙江大学動物科学学院セミナー
  • Place of Presentation: 杭州市、中国
  • Year and Date: 2008-11-11
• [Presentation] 生きた細胞の軟X線顕微鏡による観察の試み (2008)
  • Author(s): 竹本邦子
  • Organizer: 第17回日本バイオイメージング学会学術集会
  • Place of Presentation: 千葉市
  • Year and Date: 2008-10-30
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌デイノコッカス・ラジオデュランスの放射線応答機構に関与する新規タンパク質の発見 (2008)
  • Author(s): 大庭寛史
  • Organizer: 第3回高崎量子応用研究シンポジウム
  • Place of Presentation: 高崎市
  • Year and Date: 2008-10-10
• [Presentation] Three-dimensional architecture of the Deinococcus radiodurans PprA protein (2008)
  • Author(s): 鳴海一成、佐藤勝也、大庭寛史、由良敬、岩崎憲治
  • Organizer: The 7th International conference on Extremophiles (Extremophiles 2008)
  • Place of Presentation: ケープタウン、南アフリカ
  • Year and Date: 2008-09-09
• [Presentation] Three-dimensional architecture of the Deinococcus radio durans PprA protein (2008)
  • Author(s): Issay Narumi
  • Organizer: The 7th International conference on Extremophiles (Extremophiles 2008)
  • Place of Presentation: Cape Town, South Africa
  • Year and Date: 2008-09-09
• [Presentation] Functional characterization of a novel modulator for radiation response mechanism in Deinococcus radiodurans (2008)
  • Author(s): Hirofumi Ohba
  • Organizer: The 7th International conference on Extremophiles (Extremophiles 2008)
  • Place of Presentation: Cape Town, South Africa
  • Year and Date: 2008-09-09
• [Presentation] Role of RecF in radiation-induced DNA double-strand breaks repair pathway in Deinococcus radiodurans (2008)
  • Author(s): Katsuya Satoh
  • Organizer: The 7th International conference on Extremophiles (Extremophiles 2008)
  • Place of Presentation: Cape Town, South Africa
  • Year and Date: 2008-09-09
• [Presentation] First X-ray imaging of Deinococcus radiodurans (2008)
  • Author(s): Kuniko Takemoto
  • Organizer: The 9th International Conference on X-Ray Microscopy (XRM2008)
  • Place of Presentation: Zurich, Switzerland
  • Year and Date: 2008-07-25
• [Presentation] 微生物の放射線耐性研究とその応用 (2008)
  • Author(s): 鳴海一成
  • Organizer: 若狭湾エネルギー研究センター加速器将来計画に関するワークショップ
  • Place of Presentation: 敦賀市
  • Year and Date: 2008-07-12
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌のDNA修復機構の研究 (2008)
  • Author(s): 鳴海一成
  • Organizer: 放射線照射利用促進協議会平成20年度第1回大会
  • Place of Presentation: 大阪市
  • Year and Date: 2008-06-06
• [Presentation] DNA修復機構解明に向けたタンパク質構造機能解析 (2008)
  • Author(s): 鳴海 一成
  • Organizer: 日本原子力研究開発機構生命科学シンポジウム2008
  • Place of Presentation: 東京都
  • Year and Date: 2008-03-13
• [Presentation] DNA修復促進タンパク質PprAの構造と機能の推定 (2008)
  • Author(s): 由良 敬
  • Organizer: 日本原子力研究開発機構生命科学シンポジウム2008
  • Place of Presentation: 東京都
  • Year and Date: 2008-03-13
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌デイノコッカス由来の新規なDNA修復促進蛋白質PprAのDNAとの相互作用解析 (2007)
  • Author(s): 安達基泰、玉田太郎、佐藤勝也、由良敬、鳴海一成、黒木良太
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会第80回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-13
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌デイノコッカス・ラジオデュランスLexA2蛋白質は放射線抵抗性を抑制する (2007)
  • Author(s): 佐藤 勝也
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会第80回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 横浜市
  • Year and Date: 2007-12-13
• [Presentation] PprM:a homolog of cold shock protein in Deinococcus radiodurans (2007)
  • Author(s): 大庭 寛史
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会第80回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 横浜市
  • Year and Date: 2007-12-13
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌デイノコッカス由来の新規なDNA修復促進蛋白質PprAのDNAとの相互作用解析 (2007)
  • Author(s): 安達 基泰
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会第80回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 横浜市
  • Year and Date: 2007-12-11
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌における組換え修復の分子メカニズム (2007)
  • Author(s): 佐藤 勝也
  • Organizer: 第8回極限環境微生物学会年会
  • Place of Presentation: 博多市
  • Year and Date: 2007-11-30
• [Presentation] 放射線抵抗性細菌の遺伝子発現調節因子の機能的特性 (2007)
  • Author(s): 大庭 寛史
  • Organizer: 第8回極限環境微生物学会年会
  • Place of Presentation: 博多市
  • Year and Date: 2007-11-29
• [Presentation] Genomic islands and radiation fitness through global conventional and unconventional methods applied to Delnococcus and Pvrococcus genera (2007)
  • Author(s): Haitham Sghaier
  • Organizer: Kantaoui Forum TJASSST'07
  • Place of Presentation: Souse,Tunisia
  • Year and Date: 2007-10-30
• [Presentation] 微生物の放射線耐性研究とイオンビーム育種 (2007)
  • Author(s): 鳴海 一成
  • Organizer: 第4回イオンビーム育種研究会
  • Place of Presentation: 水戸市
  • Year and Date: 2007-07-13
• [Book] 放射線抵抗性細菌、微生物の辞典 (2008)
  • Author(s): 鳴海一成
  • Publisher: 朝倉書店
• [Book] 微生物の辞典(「放射線抵抗性細菌」の章を担当) (2008)
  • Author(s): 鳴海一成(共著)
  • Publisher: 朝倉書店
• [Remarks]
  • URL: http://www.taka.jaea.go.jp/rab_div/grr/index_j.html
• [Remarks]
  • URL: http://yayoi.kansai.jaea.go.jp/biou/index.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.taka.jaea.go.jp/rab_div/grr/index_j.html
• [Remarks] http://www.taka.jaea.go.jp/rab_div/grr/index_j.html
  • URL: http://yayoi.kansai.jaea.go.jp/biou/index.html
• [Remarks]
  • URL: http://yayoi.kansai.jaea.go.jp/biou/index.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.taka.jaea.go.jp/rab_div/grr/index_j.html