動く単純反復配列(mobileーSSR)による染色体高次構造の進化
| Project/Area Number |
19651083
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
基礎ゲノム科学
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
彦坂 暁 Hiroshima University, 大学院・総合科学研究科, 助教 (30263635)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
河原 明 広島大学, 大学院・総合科学研究科, 教授 (50112157)
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| Project Period (FY) |
2007 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥2,900,000 (Direct Cost: ¥2,900,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
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| Keywords | トランスポゾン / 単純反複配列(SSR) / MITE / mobile-SSR / 染色体高次構造 / 進化 / ツメガエル(Xenopus) / 単純反復配列(SSR) |
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| Research Abstract |
1.単純反復配列(SSR)のRNA(Forward鎖、Reverse鎖、両鎖)を発現するベクターを作製するために、clontech社のpDsRed-Expressベクターにメガヌクレァーゼ(I-Sce I)サイトを組み込み、さらにDsRed遺伝子の上流にゼブラフィッシュ(Danio rerio)由来のヒートショック蛋白質hsp70のプロモータを、下流にニシッメガエル(Xenopus tropicalis)由来のSSR配列(Xstir,XR)をForwardとReverseの両方向に組み込んだ。2.SSRによる遺伝子発現への影響をモニターするためのベクターを作製するために、昨年度に作製したpBluescript II(I-Sce I)ベクターにclontech社のpAcGFP-NucベクターのCMVプロモータ-AcGFP遺伝子領域を組み込み、さらにCMVプロモータの領域上流にSSR配列(Xstir,XR)を組み込んだ。3.mobile-SSRが染色体の進化に与えた影響をバイオインフォマティックス的解析によって調べるために、Ruby言語を用いてmobile-SSRを探索するためのプログラムの改良版を作成し、これを用いてニシツメガエルのゲノムデータからmobile-SSRを網羅的に探した(JGIのデータベースを使用)。さらに、4.各T2-MITEサブファミリー由来のmobile-SSRが、ツメガエルの遺伝子に対してどのような位置(遺伝子のコード領域、非翻訳領域、イントロン領域、5'領域、3'領域)に挿入されているかを調べるためのプログラムをRuby言語を用いて作成し、解析を行った。(JGIのアノテーションデータを使用した。)
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Report
(2 results)
Research Products
(8 results)
