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Could molecular symbiosis by compartmentalization drive evolution of the RNA world?

Research Project

Project/Area Number 19K06579
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionUniversity of Toyama

Principal Investigator

Matsumura Shigeyoshi  富山大学, 学術研究部理学系, 講師 (40619855)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
KeywordsRNAワールド / 実験進化 / リボザイム / 区画化 / マイクロ流体システム / 生命の起源 / 情報と機能の分離
Outline of Research at the Start

進化の原動力は分子の多様性である。生命の起源において、機能性RNAが進化できるほどの分子多様性が自発的に出現しえたのかどうかは、非常に重要かつ未解決の問題である。本研究では、マイクロ流路デバイスにより微小液滴を操作する技術を用いてRNAの実験進化を行い、この問題に切り込む。まず、RNA酵素を細胞様の区画に封入し選択する実験を通して、どのような選択圧があるときにRNA分子の多様性が大きくなるのかを検証する。次いで、その蓄積した多様性の中から、それまでの分子の機能とは異なる別の機能が創発しうるのかどうか、進化実験を行う。

Outline of Final Research Achievements

Experimental evolution of the ribozyme using droplet microfluidics has successfully produced the mutant ribozyme with higher activity beyond the wild type. Then subsequent evolution experiment has been carried out by using the integrated device newly developed, so the highly active mutant was newly obtained. We additionally obtained the novel functional RNA, that is not a ribozyme, which binds the substrate RNA and enhances its fluorescence intensity. This RNA has a very interesting feature, in which the information and function has been separated. The discovery of this RNA will give us hints regarding the RNA world evolution.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

細胞サイズの微小液滴操作技術を用いてリボザイムの人為進化を行う実験系を構築・運用し、実際にリボザイムの活性を大きく向上させることに成功した。特に、統合型マイクロ流体デバイスの実験進化における有用性を示すことができたことは、液滴を用いた新たな進化工学の応用範囲・可能性を大きく広げる意義を含んでいる。また、実験進化の過程で、リボザイムではない、基質RNAに結合してその蛍光を増強する能力をもつ新規なRNAを発見した。この分子種は、情報と機能を分離させている非常に興味深い特徴をもつことも判明した。このようなRNAはこれまでに発見されておらず、RNAワールドの進化に対して極めて重要な知見を与えうる。

Report

(5 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2022 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Presentation (17 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] ESPCI Paris(フランス)

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] ESPCI Paris(フランス)

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      2021 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] ESPCI Paris(フランス)

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      2020 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] ESPCI Paris(フランス)

    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] VSリボザイムの進化実験により得られたリボザイム配列類似型・非切断RNAの機能解析2022

    • Author(s)
      野口 唱、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      日本生化学会北陸支部 第40回大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 擬細胞内RNA実験進化で自発的に生じた遺伝情報と機能の分離2022

    • Author(s)
      寺田 海舟、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第24回 日本進化学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 実験進化中に出現した親リボザイムに配列が類似した機能性RNAの解析2022

    • Author(s)
      野口 唱、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第16回 バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] In quasi-cell evolution of an RNA-cleaving ribozyme using droplet screening integrated devices2022

    • Author(s)
      Shigeyoshi Matsumura, Tomoe Imai, Motochika Ehara, Yuka Nishiyama, Yoshiya Ikawa
    • Organizer
      The 49th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 実験進化により得られた遺伝情報・機能分離型RNAの解析2022

    • Author(s)
      廣田 良稀、寺田 海舟、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      令和4年度 日本化学会近畿支部 北陸地区講演会と研究発表会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 1チップ統合型液滴選別システムを用いたRNA切断リボザイムの擬細胞内実験進化2022

    • Author(s)
      今井 巴絵、荏原 基力、西山 祐夏、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第45回 日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] リボザイムの擬細胞内実験進化で出現した未知の機能性RNAの解析2022

    • Author(s)
      寺田 海舟、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第46回 生命の起源および進化学会 学術講演会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Functional analysis of a novel VS ribozyme variant obtained by experimental evolution2021

    • Author(s)
      今井 巴絵、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第22回 日本RNA学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Analysis of unknown functional RNAs emerging during in droplet ribozyme evolution2021

    • Author(s)
      寺田 海舟、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第22回 日本RNA学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] VSリボザイムの進化実験により得られたリボザイム配列類似型・非切断RNAの機能解析2021

    • Author(s)
      野口 唱、寺田 海舟、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      令和3年度 日本化学会近畿支部 北陸地区講演会と研究発表会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] リボザイムの進化実験中に出現した未知の機能性RNAの解析2021

    • Author(s)
      寺田 海舟、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第44回 日本分子生物学会年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] ポリアミンを用いた核酸増幅反応とリボザイム反応の両立2020

    • Author(s)
      中根 龍、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      日本生化学会北陸支部 第38回大会
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      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 実験進化により得られた活性部位改変型VSリボザイムの評価2020

    • Author(s)
      今井 巴絵、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      令和2年度 日本化学会近畿支部 北陸地区講演会と研究発表会
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      2020 Research-status Report
  • [Presentation] リボザイムの進化実験中に出現した非切断型機能性RNAの解析2020

    • Author(s)
      寺田 海舟、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      令和2年度 日本化学会近畿支部 北陸地区講演会と研究発表会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 統合型デバイスを用いた微小液滴スクリーニングによるリボザイムの実験進化2020

    • Author(s)
      西山 祐夏、荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 微小液滴スクリーニングによる機能性RNAの実験進化2019

    • Author(s)
      荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 微小液滴ハイスループットスクリーニングによるターンオーバー型リボザイムの実験進化2019

    • Author(s)
      荏原 基力、井川 善也、松村 茂祥
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2024-01-30  

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