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Genomic analysis into the evolution of selfing in a wild Arabidopsis species

Research Project

Project/Area Number 19K06835
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 45040:Ecology and environment-related
Research InstitutionFasmac Co., Ltd. (2021)
The University of Tokyo (2019-2020)

Principal Investigator

Kubota Shosei  株式会社ファスマック, バイオ研究支援事業部, 研究員(移行) (10771701)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywords次世代シーケンサー / 自殖 / ハクサンハタザオ / 自家不和合性 / S遺伝子 / 全ゲノム解析
Outline of Research at the Start

本研究はハクサンハタザオを対象とし、シロイヌナズナから得られた知見と豊富な研究リソースを利用することで自殖の進化を遺伝子変異のレベルから説明する。それだけでなく、シロイヌナズナでは不可能だった、種内における他殖と自殖の直接的な比較をとおし、自殖が進化した適応的背景や集団への進化的影響の評価も行う。したがって本研究は自殖の進化に関して、過去に例のない包括的理解をもたらすことが期待される。

Outline of Final Research Achievements

Arabidopsis halleri is a wild perennial herb closely related to A. thaliana. The plant has long been considered as a self-incompatible, fully outcrossing species. Here, self-compatible selfing populations were identified from crossing experiments. However, genome-wide population genomics has pointed out that selfed seeds do not contribute to population reproduction, probably because of strong inbreeding depression. Furthermore, genome-wide resequencing dataset was used to investigate the genetic mutation underlying the breakdown of self-incompatibility.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

他殖と自殖の進化を扱う研究は、ダーウィンをはじめとして古くから数多くの研究が実施されてきた。本研究は他殖から自殖への進化という、被子植物において一般的な進化傾向のメカニズムとプロセスの包括的理解を目指す研究である。自殖性は育種や農業にも重要な形質であるため、その包括的理解は進化研究の発展のみならず、食料生産分野における新規有用形質の創出や、生産性向上にも貢献することが期待される。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2022 2021 2020

All Presentation (6 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Presentation] F2個体の形質値分布から見るハクサンハタザオの標高間変異2022

    • Author(s)
      吉田直史、森長真一、若宮健、石井悠、久保田渉誠、彦坂幸毅
    • Organizer
      日本生態学会第69回全国大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 浅く広く読んだNGSデータでナメクジの系統関係はヌルりと解決するのか!?2022

    • Author(s)
      佐藤真、久保田渉誠、西山依里、臼井敦子、南雲亜希子、村上博昭、松平崇弘
    • Organizer
      日本生態学会第69回全国大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] アジア大陸ー本州産アカギツネの全ゲノムSNP解析2021

    • Author(s)
      佐藤真、久保田渉誠、南雲亜希子、西山依里、渡辺拓実、山崎裕治、松平崇弘
    • Organizer
      日本哺乳類学会2021年度大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] F2 個体の形質値分布から見るハクサンハタザオ Arabidopsis halleri の標高間変異2021

    • Author(s)
      吉田直史、森長真一、若宮健、石井悠、久保田渉誠、彦坂幸毅
    • Organizer
      東北植物学会第11回大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 全ゲノム分析によるアキノキリンソウ土壌生態型の隔離遺伝子の特定2021

    • Author(s)
      *阪口翔太(京大院・人環), 堀江健二(旭川市北邦野草園), 石川直子(大阪市大・植物園), 重信秀治(基礎生物学研究所), 山口勝司(基礎生物学研究所), 長谷部光泰(基礎生物学研究所), 三木綾乃(京大院・人環), 瀬戸口浩彰(京大院・人環), 永野惇(龍谷大・農), 久保田渉誠(東大院・総合文化), 他
    • Organizer
      日本生態学会第68回大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 植物標本を利用した全ゲノムリシーケンス-過去100年間における適応遺伝子の探索-2020

    • Author(s)
      久保田渉誠
    • Organizer
      日本生態学会第67回大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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