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The genetic dissection of inbreeding depression revealed by genomic and animal insurance data

Research Project

Project/Area Number 19K15968
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 42010:Animal production science-related
Research InstitutionAnicom Specialty Medical Institute Inc

Principal Investigator

Yuki Matsumoto  アニコム先進医療研究所株式会社(研究開発課), 研究開発課, 研究員 (40831384)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2020: ¥130,000 (Direct Cost: ¥100,000、Indirect Cost: ¥30,000)
Fiscal Year 2019: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Keywordsイヌ / 遺伝子 / 近交弱勢 / ゲノム / 近親交配
Outline of Research at the Start

近交弱勢は遺伝的に近い個体から生まれた子の死亡リスクが上昇したり、生殖能力が低下する現象である。この現象の遺伝的な理解は、ウシやブタなどの畜産分野での生産性の向上や、個体数が減少した希少動物の保護に有用であるが、その機構については遺伝子のレベルではほとんどわかっていない。本研究では、弊社グループ企業であるアニコム損害保険株式会社が独自にもつ2,000万件を超えるイヌの医療情報データと、数百個体規模のゲノム解析を用いることで、近交弱勢に関わる遺伝子を探索する。

Outline of Final Research Achievements

This study aimed to identify genetic variants that specifically affect inbreeding depression using medical insurance claims data, genome-wide analysis, and gene function prediction models for diseases in dogs. Using insurance claims data over a period of more than 10 years and information on five representative diseases (gastrointestinal, skin, musculoskeletal, urological, and ophthalmological diseases), we found a trend toward lower levels of inbreeding in the group with skin disease than in the control group in toy poodles. Although the original purpose of the study on inbreeding depression was not achieved, no clear disease-related inbreeding depression was found in dogs, and outbreeding depression, not so popular phenomena, was revealed for skin diseases in toy poodles.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

イヌにおいて、近親交配の程度が低い個体が、高い個体よりも適応度が低くなるという異系交配弱勢は、あまり知られていない現象である。本研究成果は、トイプードルの皮膚疾患という限られた疾患ではあるが、異系交配が皮膚疾患のリスクを高める可能性を示した。今後、イヌにおける異系交配弱勢の分子メカニズムを明らかにしていくことで、より適切な繁殖計画の策定やその実施による疾患リスクの低減に繋がる可能性がある。

Report

(3 results)
  • 2020 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (4 results)

All 2021 2020 2019

All Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Presentation] シバイヌの参照ゲノム配列CanFam_JSB1.0の構築2021

    • Author(s)
      松本悠貴、石原玄基
    • Organizer
      第128回日本畜産学会大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 医療保険情報・ゲノム情報解析によるイヌの椎間板ヘルニアに関連する遺伝子の探索2020

    • Author(s)
      松本悠貴、ルアムランスリーナパット、荒堀みのり、卯川尚史、大橋健、石原玄基
    • Organizer
      第163回日本獣医学会学術集会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Integrating Genome-Wide Association Study and Animal Insurance Data to Identify Genetic Region Associated with Skin Problem in Dogs2020

    • Author(s)
      Yuki Matsumoto, Napat Ruamrungsri, Genki Ishihara
    • Organizer
      Plant and Animal Genome XXVIII
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 大規模保険情報・ゲノム情報解析によるイヌの疾患関連遺伝子の探索2019

    • Author(s)
      松本悠貴
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第64回大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2022-01-27  

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