Exploring novel genes causing epilepsy by next-generation sequencing analysis
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19K17307
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 52050:Embryonic medicine and pediatrics-related
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| Research Institution | Aichi Medical University (2020-2022)
Yokohama City University (2019) |
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Principal Investigator |
東 慶輝 愛知医科大学, 医学部, 講師 (60628593)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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| Keywords | てんかん症候群 / 次世代シークエンス解析 |
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| Outline of Research at the Start |
小児期発症のてんかんでは年齢依存性に発症する一連のてんかん症候群が知られている。治療抵抗性の発作と精神運動発達遅滞を合併するてんかん性脳症について、遺伝学的な検索が現在も行われているが、既報遺伝子の検索では変異を同定できない症例も多く、未知の遺伝子を病因とする発症メカニズムの存在が推測される。当研究では、次世代シークエンサーなどの先進的な手法で新規てんかん遺伝子を探索することを目的とする。候補遺伝子については分子生物学的手法を用いた実験を行い、病原性の証明および発症メカニズムを明らかにすることで、難治とされるてんかん症候群において、新規の治療法につながる結果を得ることを目指している。
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| Outline of Annual Research Achievements |
当研究では、発達性およびてんかん性脳症（DEE:Developmental and epileptic encephalopathy）の一群など、小児期の発症を中心とする年齢依存性かつ治療抵
抗性のてんかん症候群の症例について、次世代シークエンサーを用いた解析手法の一つである全エクソーム解析を行った。あらかじめ構築された解析パイプライ
ンを用い、コールされたエクソンおよびその近傍の変異を病原性予測ツールを用いた評価、頻度データベースによるフィルタリング、過去に報告されている原因
遺伝子および変異を収集したデータベースとの比較を行い、病原性を有する可能性がある変異の同定を試みた。同時にxHMMプログラムを用いた染色体構造・量的
異常の解析を行った。
2019年度以降に国内および海外の医療機関から当研究室に送付された約100検体について解析を担当し、現在2例について論文報告の準備を進めている。病原性が不明な新規候補遺伝子については、研究機関内での同様の症例の集積、およびオンラインのgene match programに登録を行い、他施設との共同研究を進めている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
検体の募集および解析を行い、変異の確認および病原性の解析についての実験が進行している。
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| Strategy for Future Research Activity |
全エクソーム解析の結果を踏まえて、実験および各種報告を引き続き進めていく。現在までの解析で候補変異の同定に至らなかった症例においては、ロングリードシークエンスなど新たに開発されつつある手法で探索を検討する。
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Report
(4 results)
Research Products
(3 results)
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[Journal Article] Hemizygous FLNA variant in West syndrome without periventricular nodular heterotopia2020
Author(s)
Hiromoto Y, Azuma Y, Suzuki Y, Hoshina M, Uchiyama Y, Mitsuhashi S, Miyatake S, Mizuguchi T, Takata A, Miyake N, Kato M, Matsumoto N.
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Journal Title
Hum Genome Var
Volume: 7
Issue: 1
Pages: 43-43
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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