Exploring novel genes causing epilepsy by next-generation sequencing analysis
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19K17307
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 52050:Embryonic medicine and pediatrics-related
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| Research Institution | Aichi Medical University (2020-2023)
Yokohama City University (2019) |
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Principal Investigator |
東 慶輝 愛知医科大学, 医学部, 講師 (60628593)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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| Keywords | てんかん症候群 / 次世代シークエンス解析 |
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| Outline of Research at the Start |
小児期発症のてんかんでは年齢依存性に発症する一連のてんかん症候群が知られている。治療抵抗性の発作と精神運動発達遅滞を合併するてんかん性脳症について、遺伝学的な検索が現在も行われているが、既報遺伝子の検索では変異を同定できない症例も多く、未知の遺伝子を病因とする発症メカニズムの存在が推測される。当研究では、次世代シークエンサーなどの先進的な手法で新規てんかん遺伝子を探索することを目的とする。候補遺伝子については分子生物学的手法を用いた実験を行い、病原性の証明および発症メカニズムを明らかにすることで、難治とされるてんかん症候群において、新規の治療法につながる結果を得ることを目指している。
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| Outline of Annual Research Achievements |
当研究では、発達性およびてんかん性脳症（DEE:Developmental and epileptic encephalopathy）と呼ばれる疾患群を中心とする、小児期発症の年齢依存性かつ治療抵抗性のてんかん症候群の症例を対象として、次世代シークエンサーを用いた遺伝学的解析手法の一つである全エクソーム解析を行ってきた。あらかじめ構築された解析パイプラインを用い、コールされたエクソンおよびその近傍の変異を病原性予測ツールを用いた評価、頻度データベースによるフィルタリング、過去に報告されている原因遺伝子および変異を収集したデータベースとの比較を行い、提供された臨床情報とともに、病原性を有する可能性がある変異の同定を試みた。シークエンス解析と同時に、xHMMプログラムを用いた染色体構造・量的異常の解析を行った。
2019年度以降に国内および海外の医療機関から送付された約100検体について、遺伝学的解析を担当した。このうちおよそ4割超の症例については、発症の原因と考えられた変異の候補を同定した。また、この解析の結果に関連して、日本国内の学術集会で発表、および学術論文への投稿を行った。また、病原性が不明な新規候補遺伝子については、研究機関内での同様の症例の集積、およびオンラインのgene match programに登録し、他施設からの登録がマッチングした際には今後も共同研究を行う予定である。
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Report
(5 results)
Research Products
(8 results)
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[Journal Article] Hemizygous FLNA variant in West syndrome without periventricular nodular heterotopia2020
Author(s)
Hiromoto Y, Azuma Y, Suzuki Y, Hoshina M, Uchiyama Y, Mitsuhashi S, Miyatake S, Mizuguchi T, Takata A, Miyake N, Kato M, Matsumoto N.
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Journal Title
Hum Genome Var
Volume: 7
Issue: 1
Pages: 43-43
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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