Analysis of the novel quorum-sensing mechanism observed in thermo-tolerant evolution process

• Project/Area Number: 20570225
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Evolutionary biology
• Research Institution: Toho University
• Principal Investigator: KISHIMOTO Toshihiko Toho University, 理学部, 准教授 (90339200)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): WATANABE Soichiro 東邦大学, 理学部, 准教授 (10287550)
• Project Period (FY): 2008 – 2010
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2010)
• Budget Amount: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000); Fiscal Year 2010: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2009: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2008: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
• Keywords: 大腸菌 / 耐熱進化 / クオラムセンシング / 相互作用

Research Abstract

Intercellular interaction observed in thermo-tolerant evolution process of E. coli was quorum sensing like growth regulation. This interaction was mainly driven by lactic acid as quorumon. This interaction appeared strongly in early phase in 45 degree adaptation and decreased evolution time-dependently.

Research Products

• [Journal Article] Transition from positive to neutral in mutation fixation along with continuing rising fitness in thermal adaptive evolution (2010)
  • Author(s): T. Kishimoto, L. Iijima, M. Tatsumi, N. Ono, A. Oyake, T. Hashimoto, M. Matsuo, M. Okubo, S. Suzuki, K. Mori, A. Kashiwagi, C. Furusawa, Bei-Wen Ying, T. Yomo
  • Journal Title: PLoS Genetics 6
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Preparation and reaction of uracil substituted cyclen and cyclam : formation of tricyclic guanidinium and dihydroimidazolium salts (2010)
  • Author(s): S. Watanabe, A. Komori, M. Saito, A. Uchida
  • Journal Title: Tetrahedron 66 Pages: 1196-1201
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transition from positive to neutral in mutation fixation along with continuing rising fitness in thermal adaptive evolution (2010)
  • Author(s): T.Kishimoto, L.Iijima, M.Tatsumi, N.Ono, A.Oyake, T.Hashimoto, M.Matsuo, Me Okubo, S.Suzuki, K Mori, A.Kashiwagi, C.Furusawa, Bei-Wen Ying, T.Yomo
  • Journal Title: PLoS Genetics Volume: 6
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Preparation and reaction of uracil substituted cyclen and cyclam : formation of tricyclic guanidinium and dihydroimidazolium salts (2010)
  • Author(s): Soichiro Watanabe, Ayako Komori, Masayuki Saito, Akira Uchida
  • Journal Title: Tetrahedron 66 Pages: 1196-1201
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystal structure of a chaperone complex that contributes to the assembly of yeast 20S Proteasome. (2008)
  • Author(s): H. Yashiroda, T. Mizushima, K. Okamoto, T. Kameyama, H. Hayashi, T. Kishimoto, S. Niwa, M. Kasahara, E. Kurimoto, E. Sakata, K. Takagi, A. Suzuki, Y. Hirano, S. Murata, K. Kato, T. Yamane, K. Tanaka
  • Journal Title: Nature structural & molecular biology 15 Pages: 228-236
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Synthesis of fluorescent alkyl lactoside derivatives (2008)
  • Author(s): S. Watanabe
  • Journal Title: Carbohydr.Res. 343 Pages: 2325-2328
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Synthesis of fluorescent alkyl lactoside derivatives (2008)
  • Author(s): S. Watanabe
  • Journal Title: Carbohydr. Res. 343 Pages: 2325-2328
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 大腸菌高温適応過程で機能する相互作用分子の探索 (2011)
  • Author(s): 大野浩平、岸本利彦、四方哲也、渡邊総一郎
  • Organizer: 日本化学会第91春季年会
  • Place of Presentation: 講演予稿集
  • Year and Date: 2011-03-11
• [Presentation] ペプチドヘリックスの配向を決定するためのクロスリンカー色素の合成と評価 (2011)
  • Author(s): 上村康裕、田林沙織、山口祥一、田原太平、細井晴子、渡邊総一郎
  • Organizer: 日本化学会第91春季年会
  • Place of Presentation: 講演予稿集
  • Year and Date: 2011-03-11
• [Presentation] rat GATF-Cの基質候補物質の合成と酵素活性解析による機能解析 (2011)
  • Author(s): 鈴木文仁、渡邊総一郎、岸本利彦
  • Organizer: 日本化学会第91春季年会
  • Place of Presentation: 講演予稿集
  • Year and Date: 2011-03-11
• [Presentation] 軸配位子Metを含むループ領域の構造変化がシトクロムcの機能と熱安定性に与える影響 (2011)
  • Author(s): 伊豆本幸恵、渡邊総一郎、三上真一、太虎林、長友重紀、山本泰彦
  • Organizer: 日本化学会第91春季年会
  • Place of Presentation: 講演予稿集
  • Year and Date: 2011-03-11
• [Presentation] 大腸菌高温適応過程で機能する相互作用分子の探索 (2011)
  • Author(s): 大野浩平、岸本利彦、四方哲也、渡邊総一郎
  • Organizer: 日本化学会 第91春季年会
  • Place of Presentation: (講演予稿集)
• [Presentation] ペプチドヘリックスの配向を決定するためのクロスリンカー色素の合成と評価 (2011)
  • Author(s): 上村康裕、田林沙織、山口祥一、田原太平、細井晴子、渡邊総一郎
  • Organizer: 日本化学会 第91春季年会
  • Place of Presentation: (講演予稿集)
• [Presentation] 高温適応進化における大腸菌の発現パターンの再編 (2010)
  • Author(s): 北原和樹, 岸本利彦, 小野直亮, 古澤力, 鈴木真吾, インベイウェン, 四方哲也
  • Organizer: BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会)
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • Year and Date: 2010-12-09
• [Presentation] Construction of high temperature genetic engineering system for thermo-tolerant E. coli. BMB2010 (2010)
  • Author(s): T. Kishimoto, S. Shimada, A. Oyake, T. Hashimoto, T. Yomo
  • Organizer: 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2010-12-07
• [Presentation] 複数系列の大腸菌の高温適応進化過程におけるゲノム変異解析,BMB2010 (2010)
  • Author(s): 飯島玲生,小宅綾菜,橋本智美,金子冬郎,鈴木真吾,岸本利彦,應〓文,四方哲也
  • Organizer: 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2010-12-07
• [Presentation] 複数系列の大腸菌の高温適応進化過程におけるゲノム変異解析 (2010)
  • Author(s): 飯島玲生, 小宅綾菜, 橋本智美, 金子冬郎, 鈴木真吾, 岸本利彦, 應〓文, 四方哲也
  • Organizer: BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会)
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • Year and Date: 2010-12-07
• [Presentation] Construction of high temperature genetic engineering system for thermo-tolerant E.coli. (2010)
  • Author(s): Toshihiko Kishimoto, Saeko Shimada, Ayana Oyake, Tomomi Hashimoto, Tetsuya Yomo.
  • Organizer: BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会)
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • Year and Date: 2010-12-07
• [Presentation] 大腸菌の耐熱進化における細胞内状態の最適化-細胞内DNA、RNA、タンパク質の適応変化 (2010)
  • Author(s): 應〓文、北原和樹、飯島玲生、小野直亮、鈴木真吾、古澤力、岸本利彦、四方哲也
  • Organizer: 細胞を創る研究会3.0
  • Place of Presentation: 東京大学生産技術研究所(東京都)
  • Year and Date: 2010-11-12
• [Presentation] ヘテロダイン電子和周波発生分光法を用いたタンパク質トポロジー決定法の開発 (2010)
  • Author(s): 細井晴子、山口祥一、田林沙織、双木泰斗、上村康裕、渡邊総一郎、清水啓史、田原太平
  • Organizer: 第4回分子科学討論会
  • Place of Presentation: 大阪大学豊中キャンパス(大阪府)
  • Year and Date: 2010-09-14
• [Presentation] 長期実験室内進化からみた大腸菌の変異と発現の変遷 (2010)
  • Author(s): 應〓文、北原和樹、飯島玲生、小野直亮、鈴木真吾、古澤力、岸本利彦、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] 高温適応進化における大腸菌の発現プロフィールのスナップショット (2010)
  • Author(s): 北原和樹、岸本利彦、小野直亮、古澤力、鈴木真吾、應〓文、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] 複数系列の大腸菌の高温適応進化過程におけるゲノム変異解析 (2010)
  • Author(s): 飯島玲生、小宅綾菜、橋本智美、金子冬朗、鈴木真吾、岸本利彦、應〓文、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] 大腸菌の耐熱進化時に見られる相互作用の解析 (2010)
  • Author(s): 小宅綾菜、岸本利彦、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] 大腸菌高温適応時にみられる細胞挙動の解析 (2010)
  • Author(s): 橋本智美、小宅綾菜、岸本利彦、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] 長期実験室内進化からみた大腸菌の変異と発現の変遷 (2010)
  • Author(s): 應〓文、北原和樹、飯島玲生、小野直亮、古澤力、鈴木真吾、岸本利彦、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] 高温適応進化における大腸菌の発現プロフィールのスナップショット (2010)
  • Author(s): 北原和樹、岸本利彦、小野直亮、古澤力、鈴木真吾、應〓文、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] 複数系列の大腸菌の高温適応進化過程におけるゲノム変異解析 (2010)
  • Author(s): 飯島玲生、小宅綾菜、橋本智美、金子冬朗、鈴木真吾、岸本利彦、應文、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] 大腸菌の耐熱進化時に見られる相互作用の解析 (2010)
  • Author(s): 小宅綾菜、岸本利彦、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] 大腸菌高温適応時にみられる細胞挙動の解析 (2010)
  • Author(s): 橋本智美、小宅綾菜、岸本利彦、四方哲也
  • Organizer: 第12回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
  • Year and Date: 2010-08-03
• [Presentation] ペプチドヘリックスの配向を調べるための新しい架橋型色素の合成と性質 (2010)
  • Author(s): 上村康裕・山下めぐみ・山口祥一・田原太平・細井晴子・渡邊総一郎
  • Organizer: 日本化学会第90春季年会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2010-03-28
• [Presentation] DNA-タンパク相互作用検出を目指した新しい架橋剤の合成と性質 (2010)
  • Author(s): 山内翔偉・山岸英明・豊島拓也・柳内圭子・長谷川貴士・柳内和幸・渡邊総一郎
  • Organizer: 日本化学会第90春季年会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2010-03-28
• [Presentation] Laboratory evolution of thermal adaptive Escherichia coli (2010)
  • Author(s): 飯島玲生, 應〓文, 小野直亮, 鈴木真吾, 岸本利彦, 辰巳誠, 森光太郎, 古澤力, 四方哲也
  • Organizer: 定量生物学の会 第2回年会
  • Place of Presentation: 大阪大学コンベンションセンター、銀杏会館
• [Presentation] Preparation and reactions of uracil -substituted azamacrocycles (2009)
  • Author(s): S. Watanabe, A. Komori, M. Saito, A. Uchida
  • Organizer: International Symposium on Multifunctional Organic Materials and Devices
  • Place of Presentation: Funabashi, Japan
  • Year and Date: 2009-12-11
• [Presentation] Synthesis of a new cross-linker to detect DNA-protein interaction (2009)
  • Author(s): T. Toyoshima, K. Yanai, T. Hasegawa, K. Yanai, S. Watanabe
  • Organizer: ymposium on Multifunctional Organic Materials and Devices
  • Place of Presentation: Funabashi, Japan
  • Year and Date: 2009-12-11
• [Presentation] Preparation and reactions of uracil-substituted azamacrocycles (2009)
  • Author(s): Soichiro Watanabe, Ayako Komori, Masayuki Saito, Akira Uchida
  • Organizer: International Symposium on Multifunctional Organic Materials and Devices
  • Place of Presentation: Funabashi, Japan
  • Year and Date: 2009-12-11
• [Presentation] Synthesis of a new cross-linker to detect DNA-protein interaction (2009)
  • Author(s): 豊島拓也, 柳内圭子, 長谷川貴士, 柳内和幸, 渡邊総一郎
  • Organizer: International Symposium on Multifunctional Organic Materials and Devices
  • Place of Presentation: Funabashi, Japan
  • Year and Date: 2009-12-11
• [Presentation] DNA-タンパク相互作用検出のための新しいクロスリンガーの合成 (2009)
  • Author(s): 豊島拓也, 青木淳一, 平本隆祐, 谷口圭子, 柳内和幸, 渡邊総一郎
  • Organizer: 日本化学会第89春季年会
  • Place of Presentation: 日大船橋キャンパス
  • Year and Date: 2009-03-27
• [Presentation] 腸菌の実験室内での高温適応進化 (2009)
  • Author(s): 飯島玲生、インベイウェン、鈴木真吾、岸本利彦、小野直亮、古澤力、四方哲也
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
• [Presentation] 耐熱進化させた大腸菌のトランスクリプトーム解析 (2009)
  • Author(s): 北原和樹、インベイウェン、小野直亮、鈴木真吾、岸本利彦、古澤力、四方哲也
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
• [Presentation] 大腸菌高温適応進化過程における細胞間相互作用の増殖速度への影響 (2009)
  • Author(s): 小宅綾菜、橋本智美、青柳美穂、岸本利彦、四方哲也
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
• [Presentation] Genome-wide mutation analysis of the thermostable bacteria from experimental evolution. (2009)
  • Author(s): Iijima L., Ying BW, Ono N., Suzuki S., Mori K., Tatsumi M., Kishimoto T., Furusawa C., Yomo
  • Organizer: International Symposium on Complex System Biology
  • Place of Presentation: The University of Tokyo, Japan
• [Presentation] Transcriptome analysis of thermal adaptive Escherichia coli (2009)
  • Author(s): Kitahara K., Ying B-W., Ono N., Suzuki S., Kishimoto T., Furusawa C., Yomo T.
  • Organizer: The 8th International Workshop on Advanced Genomics
  • Place of Presentation: National Center of Sciences, Tokyo
• [Presentation] Genome-wide mutation analysis of the thermostable bacteria from experimental evolution (2009)
  • Author(s): 飯島玲生, 應〓文, 小野直亮, 鈴木真吾, 森光太郎, 辰巳誠, 岸本利彦, 古澤力, 四方哲也
  • Organizer: International Symposium on Complex System Biology
  • Place of Presentation: The University of Tokyo, Japan
• [Presentation] Genome-wide analysis of thermal adaptive Escherichia coli from laboratory evolution (2009)
  • Author(s): インベイウェン, 北原和樹, 飯島玲王, 小野直亮, 鈴木真吾, 岸本利彦, 古澤力, 四方哲也
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
• [Presentation] 大腸菌の実験室内での高温適応進化 (2009)
  • Author(s): 飯島玲生, インベイウェン, 鈴木真吾, 岸本利彦, 小野直亮, 古澤力, 四方哲也
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
• [Presentation] Laboratory evolution of thermal adaptive Escherichia coli (2009)
  • Author(s): 飯島玲生, 應〓文, 小野直亮, 鈴木真吾, 岸本利彦, 辰巳誠, 森光太郎, 古澤力, 四方哲也
  • Organizer: 「細胞を創る」研究会2.0
  • Place of Presentation: 東京大学鉄門記念講堂
• [Presentation] 実験室内進化させた高温適応大腸菌のゲノムワイド解析 (2009)
  • Author(s): 應〓文, 北原和樹, 飯島玲生, 小野直亮, 鈴木真吾, 岸本利彦, 古澤力, 四方哲也
  • Organizer: 第11回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 北海道大学
• [Presentation] 耐熱性を進化させた大腸菌のゲノム変異の解析 (2009)
  • Author(s): 飯島玲生, 應〓文, 小野直亮, 鈴木真吾, 森光太郎, 辰巳誠, 岸本利彦, 古澤力, 四方哲也
  • Organizer: 第11回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 北海道大学
• [Presentation] 大腸菌を使った耐熱化実験進化系の中で出現した相互作用を中心とした現象の解析 (2008)
  • Author(s): 岸本利彦、四方哲也
  • Organizer: 日本進化学会第10回大会
  • Place of Presentation: 東大駒場キャンパス
  • Year and Date: 2008-08-23