Analysis of gene silencing mechanism by bacterial small RNA

• Project/Area Number: 20770137
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Molecular biology
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: MORITA Teppei Nagoya University, 薬学部・薬学科, 助手 (10444366)
• Project Period (FY): 2008 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000); Fiscal Year 2009: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000); Fiscal Year 2008: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
• Keywords: 小分子RNA / mRNA抑制 / 転写後制御 / 大腸菌 / 低分子RNA / 遺伝子発現制御

Research Abstract

SgrS sRNA acts by baseparing with ptsG mRNA, resulting in translation inhibition and degradation of ptsG mRNA. We showed that the base pairing between SgrS and ptsG mRNA is directly responsible for translational silencing mediated by SgrS. We also identified a minimal base-pairing region of SgrS required for translational repression of ptsG mRNA. These results contribute to understanding the molecular mechanism by which Hfq-dependent sRNA act in bacteria.

Research Products

• [Journal Article] A minimal base-pairing region of a bacterial small RNA SgrS required for translation repression of ptsG mRNA (2010)
  • Author(s): 牧貴美香、森田鉄兵、大鷹弘紀、饗場弘二
  • Journal Title: Molecular Microbiology Pages: 782-792
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A minimal base-pairing region of a bacterial small RNA SgrS required for translational repression of ptsG mRNA (2010)
  • Author(s): Maki, K., Morita, T., Otaka, H., Aiba, H.
  • Journal Title: Mol.Microbiol. 76 Pages: 782-792
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The Plasmodium HU homolog, which binds the plastid DNA sequence-independent manner, is essential for the parasite's survival (2009)
  • Author(s): Sasaki N, Hirai M, Maeda K, Yui R, Itoh K, Namiki S, Morita T, Hata M, Murakami-Murofushi K, Matsuoka H, Kita K, Sato S.
  • Journal Title: FEBS lett. 583(9) Pages: 1446-1450
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RNA, but not proteins, is directly responsible for translational silencing by a bacterial Hfq-binding small RNA (2008)
  • Author(s): 牧貴美香、宇野可奈子、森田鉄兵、饗場弘二
  • Journal Title: Proceeding of National Academy of Sciences of the U.S.A. 105(30) Pages: 10332-7
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analyses of mRNA destabilization and translation inhibition mediated by Hfq-binding small RNAs (2008)
  • Author(s): 森田鉄兵、牧貴美香、八木美江子、饗場弘二
  • Journal Title: Methods in Enzymology 447 Pages: 359-78
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RNA, but not proteins, is directly responsible for translational silencing by a bacterial Hfq-banding small RNA (2008)
  • Author(s): Kimika MAKI, Kanako UNO, Teppei MORITA and Hiroji AIBA
  • Journal Title: Proceeding of National Academy of Sciences of the U. S. A. 105(30) Pages: 10332-7
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analyses of mRNA destabilization and translation inhibition mediated by Hfq-binding small RNAs (2008)
  • Author(s): Teppei MORITA, Kimika MAKI, Mieko YAGI and Hiroii AIBA
  • Journal Title: Methods in Enzymology 447 Pages: 359-78
• [Presentation] ptsG mRNAの翻訳抑制に重要なSgrS最小領域の同定 (2009)
  • Author(s): 牧貴美香、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第46回日本細菌学会中部支部会
  • Place of Presentation: 名城大学、名古屋市
  • Year and Date: 2009-10-23
• [Presentation] 大腸菌RNase E/Hfqの結合領域の同定 (2009)
  • Author(s): 池田幸樹、八木美江子、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第46回日本細菌学会中部支部会
  • Place of Presentation: 名城大学、名古屋市
  • Year and Date: 2009-10-23
• [Presentation] ptsG mRNAの翻訳抑制に重要なSgrS最小領域の同定 (2009)
  • Author(s): 牧貴美香、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第46回日本細菌学会中部支部会
  • Place of Presentation: 名城大学(愛知県名古屋市)
  • Year and Date: 2009-10-23
• [Presentation] 大腸菌RNase E/Hfqの結合領域の同定 (2009)
  • Author(s): 池田幸樹、八木美江子、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第46回日本細菌学会中部支部会
  • Place of Presentation: 名城大学(愛知県名古屋市)
  • Year and Date: 2009-10-23
• [Presentation] 遺伝子発現抑制機能におけるSgrS3'末端領域の役割 (2009)
  • Author(s): 大鷹弘紀、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第11回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ、新潟市
  • Year and Date: 2009-07-28
• [Presentation] 合成RNAによるptsG mRNAの翻訳抑制 (2009)
  • Author(s): 牧貴美香、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第11回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ、新潟市
  • Year and Date: 2009-07-27
• [Presentation] sRNAによるポリシストロニックなmRNAの発現抑制の解析 (2009)
  • Author(s): 石川博一、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第11回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ、新潟市
  • Year and Date: 2009-07-27
• [Presentation] 大腸菌RNase E/Hfqの結合領域の同定 (2009)
  • Author(s): 池田幸樹、八木美江子、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第11回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ、新潟市
  • Year and Date: 2009-07-27
• [Presentation] 合成RNAによるptsG mRNAの翻訳抑制 (2009)
  • Author(s): 牧貴美香、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第11回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
  • Year and Date: 2009-07-27
• [Presentation] 遺伝子発現抑制機能におけるSgrS3'末端領域の役割 (2009)
  • Author(s): 大鷹弘紀、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第11回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
  • Year and Date: 2009-07-27
• [Presentation] sRNAによるポリシストロニックなmRNAの発現抑制の解析 (2009)
  • Author(s): 石川博一、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第11回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
  • Year and Date: 2009-07-27
• [Presentation] 大腸菌RNase E/Hfqの結合領域の同定 (2009)
  • Author(s): 池田幸樹、八木美江子、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第11回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
  • Year and Date: 2009-07-27
• [Presentation] 遺伝子発現抑制機能におけるSgrS3'末端領域の重要性の解析 (2009)
  • Author(s): 大鷹弘紀、森田鉄兵、本間道夫、饗場弘二
  • Organizer: 第6回21世紀大腸菌研究会
  • Place of Presentation: KKRホテル熱海、熱海市
  • Year and Date: 2009-06-12
• [Presentation] sRNAによるポリシストロニックなmRNAの発現抑制の解析 (2009)
  • Author(s): 石川博一、森田鉄兵、本間道夫、饗場弘二
  • Organizer: 第6回21世紀大腸菌研究会
  • Place of Presentation: KKRホテル熱海、熱海市
  • Year and Date: 2009-06-12
• [Presentation] 遺伝子発現抑制機能におけるSgrS3'末端領域の重要性の解析 (2009)
  • Author(s): 大鷹弘紀、森田鉄兵、本間道夫、饗場弘二
  • Organizer: 第6回21世紀大腸菌研究会
  • Place of Presentation: KKRホテル熱海
  • Year and Date: 2009-06-11
• [Presentation] sRNAによるポリシストロニックなmRNAの発現抑制の解析 (2009)
  • Author(s): 石川博一、森田鉄兵、本間道夫、饗場弘二
  • Organizer: 第6回21世紀大腸菌研究会
  • Place of Presentation: KKRホテル熱海
  • Year and Date: 2009-06-11
• [Presentation] Heterogenety of RNA degradosome of Escherichia coli: RNase E forms several distinct complexes with partner proteins. (2008)
  • Author(s): 池田幸樹、八木美江子、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: JSPS-DST Asian Academic Seminar
  • Place of Presentation: Bangalore、India
  • Year and Date: 2008-12-28
• [Presentation] アミノ酸枯渇時のリボソーム停滞によるmRNAの切断とトランス翻訳 (2008)
  • Author(s): 李霞、八木美江子、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第10回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター、札幌市
  • Year and Date: 2008-07-25
• [Presentation] バクテリアにおけるHfq/sRNAによる翻訳阻害はタンパク質ではなくsRNAが直接の要因である (2008)
  • Author(s): 牧貴美香、宇野可奈子、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第10回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター、札幌市
  • Year and Date: 2008-07-23
• [Presentation] 大腸菌small RNAによる標的mRNAの分解機構とその役割 (2008)
  • Author(s): 池田幸樹、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2008
  • Place of Presentation: 関西セミナーハウス、京都
  • Year and Date: 2008-06-04