| Budget Amount *help |
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2020: ¥8,190,000 (Direct Cost: ¥6,300,000、Indirect Cost: ¥1,890,000)
|
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度までの実験で,B(b)遺伝子の候補領域を約263 Kbpまで狭めることができた. 新たに10品種のC. annuumを用いた解析を行い, B(b)遺伝子領域の特定を行った. C. annuumの‘伏見甘長’ , ‘昌介’ , ‘山科’ , ‘伊勢ピーマン’ , ‘三重みどり’ , ‘園研甘長’ , ‘石井みどり’ , ‘ちぐさ’ , ‘魁’ , ‘タカガミネ’を用いた. これら10品種がaabb型かaaBB型か遺伝子型を推定した.これら10品種の葉からDNAを抽出し, PromethIONシークエンサー（Oxford Nanopore Technologies）を用いたロングリードシーケンスによるターゲットシーケンスを行った. ターゲットシーケンスによって得られたリードを‘タカノツメ’のリファレンスであるCan1.2（Shirasawa et al. 2023）にマッピングし, vcfを作成した. さらにRNA-seqとGO enrichment解析を行った.
C. annuumのaaBB型5品種とaabb型5品種のターゲットシーケンスリードを用いたvcfの結果から, aaBB型とaabb型で配列が異なる領域（SNPが存在する領域）が大きく分けて3か所確認できた. これらの領域で座止個体と正常個体間で一貫してSNPがある遺伝子18個を確認できた. また, 3か所の領域のうち,B(b)遺伝子の候補領域である240,819,374-241,082,673 bp（263,299 bp）と重なる領域があった. このことから, 第1節で推定したB(b)遺伝子の領域が正しい可能性が高いと考えられる.GO enrichment解析の結果, 本研究で扱っている座止反応の原因として, 自己免疫反応が関わっていることが示唆された
|
