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Supramolecular chemistry in the prebiotic environment

Research Project

Project/Area Number 20K15400
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 37010:Bio-related chemistry
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Kubota Ryou  京都大学, 工学研究科, 講師 (00753146)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywords超分子 / コアセルベート / 液液相分離 / ヒドロゲル / 非平衡散逸系 / 超分子化学 / 自己集合 / 相分離 / ペプチド / 非平衡 / 人工生命
Outline of Research at the Start

本若手研究では、研究代表者が独自に開発した自己集合性小分子からなるコアセルベートを用いて前生命的環境にとって必須な超分子化学反応システムを構築する。これまでにアミノ酸やリボヌクレオチドなどの生体高分子材料の前生命的な合成は実証されているものの、それらの生体高分子への合成過程はほぼ実証されていない。本研究ではこれらの課題を解決するため、人工化学システムで未踏であった生命機能(多成分・非平衡・濃縮反応場)を完全内包した超分子システムの開発に挑戦する。

Outline of Final Research Achievements

In this research, we have developed prebiologically-plausible reactions in coacervates formed from the liquid-liquid phase separation of artificial dipeptide derivatives. We designed synthetic dipeptide derivatives for coacervate formation, which have a phenylalanine successive sequence as a key. The activated amino acids was successfully utilized to promote peptide synthesis inside the coacervate. Furthermore, we developed an artificial system responsive to temporally oscillating stimuli, leading to differentiation of the synthetic coacervates.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

生命の起源を明らかとすることは、科学にとって重要な問題の一つである。本研究では、生命の起源研究で未解明である生体関連高分子の形成メカニズムを明らかにするためのアイデアを提供できると期待される。また時間変動する刺激に応答する人工超分子は今まで開発されていなかった。今後本研究の成果を発展させることで、生命の起源・地球上の生命とは異なる形態の化学生命の開発に寄与できると期待される。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (32 results)

All 2022 2021 2020 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 3 results) Presentation (21 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 6 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] Shape-selective one-step synthesis of branched gold nanoparticles on the crystal surface of redox-active Pd<sup>II</sup>-macrocycles2022

    • Author(s)
      Yamashita Yutaro、Tashiro Shohei、Ishii Yoshiki、Uchihashi Takayuki、Matsushita Nobuyuki、Kubota Ryou、Shionoya Mitsuhiko
    • Journal Title

      Dalton Transactions

      Volume: 51 Issue: 4 Pages: 1318-1324

    • DOI

      10.1039/d1dt03973c

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microscopic Imaging Techniques for Molecular Assemblies: Electron, Atomic Force, and Confocal Microscopies2021

    • Author(s)
      Ryou Kubota, Wataru Tanaka, Itaru Hamachi
    • Journal Title

      Chemical Reviews

      Volume: in press Issue: 22 Pages: 14281-14347

    • DOI

      10.1021/acs.chemrev.0c01334

    • Related Report
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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phototriggered Spatially Controlled Out-of-Equilibrium Patterns of Peptide Nanofibers in a Self-Sorting Double Network Hydrogel2021

    • Author(s)
      Nakamura Keisuke、Tanaka Wataru、Sada Kei、Kubota Ryou、Aoyama Takuma、Urayama Kenji、Hamachi Itaru
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 143 Issue: 46 Pages: 19532-19541

    • DOI

      10.1021/jacs.1c09172

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Face-selective adsorption of a prochiral compound on the chiral pore-surface of metal-macrocycle framework (MMF) directed towards stereoselective reactions2021

    • Author(s)
      Tashiro Shohei, Umeki Tsutomu, Kubota Ryou, Shionoya Mitsuhiko
    • Journal Title

      Faraday Discussions

      Volume: 225 Pages: 197-209

    • DOI

      10.1039/d0fd00019a

    • Related Report
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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Force generation by a propagating wave of supramolecular nanofibers2020

    • Author(s)
      Kubota Ryou、Makuta Masahiro、Suzuki Ryo、Ichikawa Masatoshi、Tanaka Motomu、Hamachi Itaru
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 3541-3541

    • DOI

      10.1038/s41467-020-17394-z

    • NAID

      120006870865

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Protein-responsive protein release of supramolecular/polymer hydrogel composite integrating enzyme activation systems2020

    • Author(s)
      Shigemitsu Hajime、Kubota Ryou、Nakamura Keisuke、Matsuzaki Tomonobu、Minami Saori、Aoyama Takuma、Urayama Kenji、Hamachi Itaru
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 3859-3859

    • DOI

      10.1038/s41467-020-17698-0

    • NAID

      120006876564

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Control of seed formation allows two distinct self-sorting patterns of supramolecular nanofibers2020

    • Author(s)
      Kubota Ryou、Nagao Kazutoshi、Tanaka Wataru、Matsumura Ryotaro、Aoyama Takuma、Urayama Kenji、Hamachi Itaru
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 4100-4100

    • DOI

      10.1038/s41467-020-17984-x

    • NAID

      120006879495

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  • [Presentation] 界面活性剤添加により伸長と収縮を繰り返す超分子ファイバー2022

    • Author(s)
      鳥越 祥吾、窪田 亮、長尾 和俊、浜地 格
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
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  • [Presentation] 液液相分離を示すジペプチド型超分子(2): 時間パターンに依存した応答挙動2022

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      窪田 亮、浜地 格
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
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  • [Presentation] 液液相分離を示すジペプチド型超分子(1): 分子設計と特性2022

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      廣井 太郎、窪田 亮、浜地 格
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      日本化学会 第102春季年会
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  • [Presentation] Imaging and Function of Self-sorted Supramolecular Double-networkHydrogels2022

    • Author(s)
      Ryou Kubota
    • Organizer
      The 3rd CSLT-CSJ Joint Symposium 2022
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 生命から着想した超分子化学:多成分系と非平衡散逸系2021

    • Author(s)
      窪田 亮
    • Organizer
      第6回有機若手ワークショップ
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    • Invited
  • [Presentation] Self-sorting型超分子ゲルにおける光駆動非平衡パターン形成2021

    • Author(s)
      中村 圭佑、田中 航、佐田 圭、窪田 亮、浜地 格
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
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  • [Presentation] 超分子ダブルネットワークヒドロゲルにおける光駆動非平衡パターニング2021

    • Author(s)
      窪田 亮、中村 圭佑、田中 航、佐田 圭、浜地 格
    • Organizer
      第70回高分子討論会
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  • [Presentation] 共焦点顕微鏡による超分子・高分子複合ゲルのネットワーク構造のその場観察と分類2021

    • Author(s)
      佐田 圭、中村 圭佑、 窪田 亮、浜地 格
    • Organizer
      第70回高分子討論会
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  • [Presentation] 自己集合性ペプチド担時型高分子ヒドロゲルのpH応答と共焦点顕微鏡観察2021

    • Author(s)
      浜中 佑也、鳥越 祥吾、窪田 亮、浜地 格
    • Organizer
      第70回高分子討論会
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  • [Presentation] 刺激応答性超分子ファイバーによるCell-inspired非平衡パターニング2021

    • Author(s)
      窪田 亮
    • Organizer
      第5回ABC-InFO講演会
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    • Invited
  • [Presentation] Force generation by a propagating wave of artificial tripeptide-based fibrous assemblies2021

    • Author(s)
      Ryou Kubota, Masahiro Makuta, Ryo Suzuki, Masatoshi Ichikawa, Motomu Tanaka, Itaru Hamachi
    • Organizer
      International symposium of macrocyclic and supramolecular chemistry 2021
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Visualization and Functional Development of Cell-inspired Supramolecular Materials2021

    • Author(s)
      Ryou Kubota
    • Organizer
      日本化学会 第101春季年会
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    • Invited
  • [Presentation] Multiscale imaging reveals four distinct hierarchical networks in supramolecular/polymer hydrogel composites2021

    • Author(s)
      Keisuke Nakamura, Ryou Kubota, Kei Sada, Takuma Aoyama, Kenji Urayama, Itaru Hamachi
    • Organizer
      日本化学会 第101春季年会
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  • [Presentation] 動的共有結合を用いた超分子Self-sortingネットワークの構造制御2021

    • Author(s)
      長尾 和俊、窪田 亮、田中 航、松村 亮太朗、青山 拓磨、浦山 健治、浜地 格
    • Organizer
      日本化学会 第101春季年会
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  • [Presentation] Photo-induced spatial control of out-of-equilibrium network pattern of peptide nanofibers in a supramolecular double network hydrogel2021

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      Wataru Tanaka, Ryou Kybota, Itaru Hamachi
    • Organizer
      日本化学会 第101春季年会
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  • [Presentation] 超分子錯体化学を基盤とした細胞機能の模倣と制御2021

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      窪田 亮
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      分子研研究会, "錯体化学から始まる学術展開の可能性"
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  • [Presentation] 超分子ファイバーの核形成制御によるSelf-sorting構造の作り分け2020

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      長尾 和俊、窪田 亮、田中 航、青山 拓磨、浦山 健治、浜地 格
    • Organizer
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  • [Presentation] 超分子・高分子複合ゲル: 共焦点観察によるネットワーク構造の分類とレオロジー特性2020

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      中村 圭佑、窪田 亮、佐田 圭、青山 拓磨、浦山 健治、浜地 格
    • Organizer
      第69回高分子討論会
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  • [Presentation] ペプチド型超分子からなるコアセルベートの形成と特性2020

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      服部 善行、窪田 亮、浜地 格
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      第14回バイオ関連化学シンポジウム
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  • [Presentation] 細胞から着想を得た直交性超分子ポリマーの共焦点観察と機能2020

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      窪田 亮
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      CEMS Topical Meeting Online 超分子ポリマーの進化形
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  • [Presentation] Adaptive Self-sorted Supramolecular Double-network Hydrogels2020

    • Author(s)
      Ryou Kubota, Hajime Shigemitsu, Wataru Tanaka, Takahiro Fujisaku, Itaru Hamachi
    • Organizer
      Virtual Symposium Systems Chemistry
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      http://www.sbchem.kyoto-u.ac.jp/hamachi-lab/index.php?hamachi-lab

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Published: 2020-04-28   Modified: 2023-01-30  

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