| Project/Area Number |
20K21288
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 38:Agricultural chemistry and related fields
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| Research Institution | Osaka Prefecture University |
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Principal Investigator |
Iwata Yuji 大阪府立大学, 生命環境科学研究科, 准教授 (80704965)
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| Project Period (FY) |
2020-07-30 – 2022-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
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| Keywords | tRNAリガーゼ / 2',3'環状リン酸基 / RNAリガーゼ |
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| Outline of Research at the Start |
本研究は、tRNAリガーゼを用いた新たな網羅的RNA断片解析法の確立を目的とする。具体的には、植物や酵母など複数の生物からのtRNAリガーゼのクローニング、大腸菌発現系を用いた精製組み換えタンパク質の調製、様々な反応パラメーターの最適化などにより、5'末端に水酸基、3'末端に2'3'環状リン酸基を持つRNA断片を高効率にクローニングできる反応系を確立する。その後、熱ショックを与えたシロイヌナズナ由来のRNAを用いてRNA断片の網羅的解析を試み、反応系の有効性の実証を試みる。
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| Outline of Final Research Achievements |
This project aimed to clone RNA fragments with 2’,3’-cyclic phosphate at 3’ end generated by plant IRE1, an endoplasmic reticulum membrane-localized kinase/ribonuclease, using Arabidopsis tRNA ligase. By using recombinant Arabidopsis IRE1B, we cloned and sequenced IRE1B-cleaved several RNA fragments and identified features of RNA sequences targeted by IRE1B. We also generated transgenic Arabidopsis plants that can be used to identify target RNA sequences by IRE1 in vivo.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
本研究により得られた成果は、これまで未知だった植物IRE1によるRegulated IRE1 dependent decay（RIDD）の標的となる塩基配列の解明や、小胞体膜上におけるRNA分解制御の全容解明へ向けて大きな前進となる。
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