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Novel techniques to investigate function-related dynamics of membrane proteins

Research Project

Project/Area Number 20K21473
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 47:Pharmaceutical sciences and related fields
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Kofuku Yutaka  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (80737940)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords核磁気共鳴法 / 膜タンパク質 / 安定同位体標識 / シグナル伝達 / 薬学 / 生物物理 / 蛋白質
Outline of Research at the Start

膜タンパク質は創薬標的の約半数を占めることから、細胞において膜タンパク質が実際に機能する状態を解析対象とし、その動的構造を描写することは重要である。本研究では、タンパク質の動的構造をとらえる核磁気共鳴(NMR)法を用いて、多様な創薬標的膜タンパク質の機能解明を目指す。そのために、解析におけるボトルネックとなっている膜タンパク質の安定同位体標識の方法を新規に開発する。従来の創薬開発では、標的に高い親和性で結合する化合物を創製する戦略が主流であったが、本研究は、望ましい活性を有する化合物を設計するという、新規創薬戦略につながる。

Outline of Final Research Achievements

Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy is a powerful tool to investigate the function-related dynamics of membrane proteins. However, NMR analyses of membrane proteins are still challenging, because methods for observations of NMR signals of large proteins expressed in a mammalian expression system are limited. Here, we developed a method to incorporate 13C-labeled methyl groups in highly deuterated proteins expressed in mammalian expression systems. The developed method enabled the NMR ananlyses of pharmaceutically important membrane proteins with high sensitivities.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本手法を、様々な創薬標的膜タンパク質に適用することで、NMR法を用いた動的構造解析が飛躍的に進展し、膜タンパク質の動作する様を精緻に描写することが可能になる。従来の創薬研究では、静的な高分解能構造にもとづき、標的タンパク質に高い親和性で結合する化合物の創製が主流であった。一方、NMR法を用いた動的構造解析が進展すれば、動的構造にもとづき、望ましい活性を有する化合物を戦略的に設計するなど、新たな創薬戦略が期待できる。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Activation mechanism of the μ-opioid receptor by an allosteric modulator.2022

    • Author(s)
      Kaneko S, Imai S, Asao N, Kofuku Y, Ueda T, Shimada I.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.

      Volume: 119 Issue: 16

    • DOI

      10.1073/pnas.2121918119

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Function-Related Dynamics in Multi-Spanning Helical Membrane Proteins Revealed by Solution NMR2021

    • Author(s)
      Takeuchi Koh、Kofuku Yutaka、Imai Shunsuke、Ueda Takumi、Tokunaga Yuji、Toyama Yuki、Shiraishi Yutaro、Shimada Ichio
    • Journal Title

      Membranes

      Volume: 11 Issue: 8 Pages: 604-604

    • DOI

      10.3390/membranes11080604

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biphasic activation of β-arrestin 1 upon interaction with a GPCR revealed by methyl-TROSY NMR2021

    • Author(s)
      Shiraishi Yutaro、Kofuku Yutaka、Ueda Takumi、Pandey Shubhi、Dwivedi-Agnihotri Hemlata、Shukla Arun K.、Shimada Ichio
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 7158-7158

    • DOI

      10.1038/s41467-021-27482-3

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] GPCRのNMR・ESR解析2021

    • Author(s)
      幸福 裕、今井 駿輔、上田 卓見、嶋田 一夫
    • Journal Title

      細胞

      Volume: 53 Pages: 280-284

    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 昆虫細胞発現系におけるアラニン選択標識法の開発2022

    • Author(s)
      幸福裕,横溝智貴,今井駿輔,白石勇太郎,五十嵐俊介,山口秀幸,水越利巳,鈴木榮一郎,嶋田一夫
    • Organizer
      第61回NMR討論会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ミューオピオイド受容体のアロステリックモジュレーターによる活性化機構の解明2022

    • Author(s)
      金子舜,今井駿輔,浅尾信央,幸福裕,上田卓見,嶋田一夫
    • Organizer
      第61回NMR討論会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] アデノシンA2A受容体とリガンドの滞在時間を規定する構造基盤の解明2022

    • Author(s)
      上田卓見,土田知輝,栗田政稔,水村拓也,今井駿輔,白石勇太郎,幸福裕,竹内恒,嶋田一夫
    • Organizer
      第61回NMR討論会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 昆虫細胞-バキュロウイルス発現系での安定同位体標識と膜タンパク質のNMR解析への応用2021

    • Author(s)
      幸福 裕
    • Organizer
      蛋白研セミナー 基礎から学ぶ最新NMR解析法 第3回ワークショップ
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 動的構造平衡に基づいたμオピオイド受容体の活性化機構の解明2021

    • Author(s)
      金子 舜、今井 駿輔、浅尾 信央、幸福 裕、上田 卓見、嶋田 一夫
    • Organizer
      日本薬学会第141年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Remarks] 東京大学大学院薬学系研究科生命物理化学教室ホームページ

    • URL

      https://biophys.f.u-tokyo.ac.jp/

    • Related Report
      2022 Annual Research Report 2021 Research-status Report
  • [Remarks] 東京大学大学院薬学系研究科生命物理化学教室ホームページ

    • URL

      http://ishimada.f.u-tokyo.ac.jp/public_html/index_j.html

    • Related Report
      2020 Research-status Report

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Published: 2020-08-03   Modified: 2024-01-30  

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