Overseas joint research to develop the base of Paleoproteomics
| Project/Area Number |
20KK0166
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| Research Category |
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 45:Biology at organismal to population levels and anthropology, and related fields
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
海部 陽介 東京大学, 総合研究博物館, 教授 (20280521)
澤藤 りかい 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 日本学術振興会特別研究員(CPD) (50814612)
澤藤 匠 (蔦谷匠) 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 助教 (80758813)
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| Project Period (FY) |
2020-10-27 – 2023-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥18,720,000 (Direct Cost: ¥14,400,000、Indirect Cost: ¥4,320,000)
Fiscal Year 2022: ¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2021: ¥8,060,000 (Direct Cost: ¥6,200,000、Indirect Cost: ¥1,860,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
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| Keywords | 古代プロテオミクス / 人類進化 / 海底遺跡 / 台湾 / プロテオミクス / 古人骨 / 化石 / 古環境 |
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| Outline of Research at the Start |
太田（代表）の研究室を古代プロテオミクス研究の日本における拠点とすることを目指す。本研究は、古代プロテオミクス解析の開発者であるコペンハーゲン大学のエンリコ・カペリニ准教授とこの分野の第1人者であるフリド・ウエルカーとの共同研究として進める。古代サンプルを扱う際には、現生サンプルには無い特別のケアが必要である。本研究では、これまでにこうした特別なケアを学んできた精鋭2名の若手研究者と太田（代表）が一定期間コペンハーゲン大学におもむき研究活動を実施する。こうして日本国内に古代プロテオミクス技術を移転し、日本が古代プロテオミクスの研究分野で国際的な存在感を発揮する土台を作る。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、日本国内に古代プロテオミクス技術を移転し、日本が古代プロテオミクスの研究分野で国際的な存在感を発揮する土台を作ることである。若手研究者（澤藤りかい、蔦谷匠）の2名が2021年9月に古代プロテオミクス解析の開発者であるコペンハーゲン大学のエンリコ・カペリニ准教授とこの分野の第1人者であるフリド・ウエルカーがラボを構えるデンマークのコペンハーゲン大学へ渡航した。蔦谷匠はウエルカー博士化石試料からのタンパク質抽出とその解析法、アミノ酸配列の再構築と、そのデータにもとづく系統解析の基礎の研修を受けた。澤藤りかいは、プロテオミクスのデータ解析、化石から得られたタンパク質のアミノ酸配列の再構築、そのデータにもとづく系統解析について研修を受けた。分析対象とする試料としては、澎湖水道の海底遺跡から出土した動物化石をもちいる。この遺跡からは、多様な分類群の化石が出土しているが、まず最初にハイエナ科および長鼻目の化石（計8サンプル）を用いてテストを開始した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
COVID-19の影響により、2名の若手研究者のデンマークへの渡航が半年以上、遅れた。このため、両名により一定の進捗を得られた段階で、代表者・太田が渡航する予定であったが、これが未だかなっていない。こうした、不測の事態にも関わらず、2名の若手研究者は確実に古代プロテオミクス技術を修得し、試料の分析も進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
澎湖水道の海底遺跡からは、多様な生物の化石が発見されている。これらのうち、分析する分類群の選定は、参照アミノ酸配列あるいは参照ゲノム配列の有無により、優先順位を付けて進める。化石試料は初め5-100mgと幅をもたせた重量で実施する。おそらく10-50mgあれば十分である。2022年7月には、少なくとも研究分担者の海部陽介が欧州を訪問し、澤藤りかいと蔦谷匠から研究の進捗状況の報告を受け、今後の研究の進め方について打ち合わせをする予定である。
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Report
(2 results)
Research Products
(20 results)
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[Journal Article] Genetic variation of olfactory receptor gene family in a Japanese population2022
Author(s)
Akhtar, M. S., Ashino, R., Oota, H., Ishida, H., Niimura, Y., Touhara, K., Melin, A. D. and Kawamura, S.
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Journal Title
Anthropological Science
Volume: 130
Issue: 2
Pages: 93-106
DOI
NAID
ISSN
0918-7960, 1348-8570
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Exploring correlations in genetic and cultural variation across language families in Northeast Asia.2021
Author(s)
H. Matsumaea*, P. Ranacher*, P. E. Savage*, D. E. Blasig, T. E. Curriej, K. Kognebuchi, N. Nishidal, T. Sato, H. Tanabe, A. Tajima, S. Browno, M. Stoneking, K. K. Shimizua, H. Oota*, and B. Bickel*
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Journal Title
Science Advances
Volume: 7(34)
Issue: 34
Pages: 9223-9223
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] An analysis of the demographic history of the risk allele R4810K in RNF213 of moyamoya disease.2021
Author(s)
K. Koganebuchi, K. Sato, K. Fujii, T. Kumabe, K. Haneji, T. Toma, H. Ishida, K. Joh, H. Soejima, S. Mano, M. Ogawa, H. Oota
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Journal Title
Annals of Human Genetics
Volume: 1-12
Issue: 5
Pages: 1-12
DOI
NAID
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Book] 人間の本質にせまる科学2021
Author(s)
井原 泰雄、梅﨑 昌裕、米田 穣
Total Pages
296
Publisher
東京大学出版会
ISBN
4130622285
Related Report
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