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Evolutionary simulation of gene regulatory networks based on comprehensive transcriptome and mutation analysis.

Research Project

Project/Area Number 21700324
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Bioinformatics/Life informatics
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

ONO Naoaki  Osaka University, 大学院・情報科学研究科, 特任准教授 (60395118)

Project Period (FY) 2009 – 2010
Project Status Completed (Fiscal Year 2010)
Budget Amount *help
¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Fiscal Year 2010: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2009: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Keywordsマイクロアレイ / 遺伝子 / 発現制御 / モデル化 / 数理生物学 / 遺伝子発現解析 / DNAマイクロアレイ / 実験室進化 / 変異解析
Research Abstract

Based on expression profiles of Escherichia coli stains which were evolved under an ethanol stress condition in laboratory, we sequenced the whole genomes and expression profiles. Though there were no common mutations, we observed a bias of expression changes shared by the adapted strains. We modeled the dynamics of gene regulatory networks to simulate their adaptation, and we evaluated the effect of changes in global regulatory genes.

Report

(3 results)
  • 2010 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2009 Annual Research Report
  • Research Products

    (36 results)

All 2011 2010 2009

All Journal Article (13 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (23 results)

  • [Journal Article] Transcriptome analysis of parallel-evolved Escherichia coli strains under ethanol stress2011

    • Author(s)
      Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 11 Pages: 579-579

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      Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu.
    • Journal Title

      BMC Genomics Vol.11

      Pages: 579-579

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    • Journal Title

      PLoS Genet Vol.6, No.10

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      Chikara Furusawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Tomoharu Agata, Hiroshi Shimizu, Tetsuya Yomo
    • Journal Title

      Bioinfromatics Vol.25, No.1

      Pages: 36-41

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    • Journal Title

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    • NAID

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      Pages: 141-164

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      2009-09-24
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      玉岡邦康, 堀之内貴明, 古澤力, 平沢敬, 小野直亮, 鈴木真吾, 四方哲也, 清水浩
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      生物工学若手研究者の集い夏のセミナー2009
    • Place of Presentation
      コミュニティ嵯峨野
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Published: 2009-04-01   Modified: 2016-04-21  

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