Transcriptome analysis of Brassica rapa in response to soil-borne pathogen infection using information gained from Arabidopsis research.

• Project/Area Number: 21780038
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Plant pathology
• Research Institution: 岡山県農林水産総合センター (2011); Research Institute for Biological Science Okayama (2009-2010)
• Principal Investigator: NARUSAKA Mari 岡山県農林水産総合センター, 生物科学研究所, 研究員 (80376847)
• Project Period (FY): 2009 – 2011
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2011)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2011: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2010: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2009: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
• Keywords: マイクロアレイ / 植物 / ストレス / 植物免疫 / 土壌病害 / シグナル伝達 / ハクサイ / 遺伝子発現解析

Research Abstract

To perform comparative sequence and transcriptome analyses between Brassica rapa and Arabidopsis thaliana, we prepared a B. rapa cDNA microarray using cDNA clones. The gene expression during infection with fungal pathogen Plasmodiophora brassicae and treatments with signaling molecules was analyzed using 10 K B. rapa and Arabidopsis cDNA microarrays. The expressed sequence tag(EST) and microarray data provide a valuable resource for functional genomics on the crops.

Research Products

• [Journal Article] Development of full-length cDNAs from Chinese cabbage(Brassica rapa subsp. pekinensis) and identification of marker genes for defence response (2011)
  • Author(s): Abe H., Narusaka Y., Sasaki I., Hatakeyama K., Shin-I S., Narusaka M., Fukami-Kobayashi K., Matsumoto S., Kobayashi M
  • Journal Title: DNA Research Volume: 18 Issue: 4 Pages: 277-289
  • DOI: 10.1093/dnares/dsr018
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] rpoD gene expression as an indicator of bacterial pathogens in host plants (2011)
  • Author(s): Narusaka M., Shiraishi T., Iwabuchi M., Narusaka Y
  • Journal Title: Journal of General Plant Pathology Volume: 77 Issue: 2 Pages: 75-80
  • DOI: 10.1007/s10327-011-0298-x
  • NAID: 10029720700
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The floral inoculating protocol : a simplified Arabidopsis thaliana transformation method modified from floral dipping (2010)
  • Author(s): Narusaka M., Shiraishi T., Iwabuchi M., Narusaka Y
  • Journal Title: Plant Biotechnology Volume: 27 Pages: 349-351
  • NAID: 40017292867
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Monitoring fungal viability and development in plants infected with Colletotrichum higginsianum by quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (2010)
  • Author(s): Narusaka M., Shiraishi T., Iwabuchi M., Narusaka Y
  • Journal Title: Journal of General Plant Pathology Volume: 76 Issue: 1 Pages: 1-6
  • DOI: 10.1007/s10327-009-0211-z
  • NAID: 10029718812
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] プラントアクティベーターを利用したハクサイ炭疽病および黒斑病の防除の可能性 (2010)
  • Author(s): 鳴坂義弘、鳴坂真理
  • Journal Title: 植物防疫 Volume: 3月号, vol.64 Pages: 156-161
  • NAID: 40017015967
• [Journal Article] Monitoring fungal viability and development in plants infected with Colletotrichum higginsianum by quantitative reverse transcription-polymerase chainreaction. (2010)
  • Author(s): Narusaka M.
  • Journal Title: Journal of General Plant Pathology VOL.76 Pages: 1-6
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ABA hypersensitive germination2-1 causes the activation of both abscisic acid and salicylic acid responses in Arabidopsis (2009)
  • Author(s): Nishimura N., Okamoto M., Narusaka M., Yasuda M., Nakashita H., Shinozaki K., Narusaka Y., Hirayama T
  • Journal Title: Plant and Cell Physiology Volume: 50 Issue: 12 Pages: 2112-2122
  • DOI: 10.1093/pcp/pcp146
  • NAID: 10027345088
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A dual resistance gene system prevents infection by three distinct pathogens (2009)
  • Author(s): Narusaka M., Kubo Y., Shiraishi T., Iwabuchi M., Narusaka Y
  • Journal Title: Plant Signaling & Behavior Volume: 4(10) Pages: 954-955
  • NAID: 130006993828
  • URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2801359/?tool=pubmed
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A locus conferring resistance to Colletotrichum higginsianum is shared by four geographically distinct Arabidopsis accessions (2009)
  • Author(s): Birker D., Heidrich K., Takahara H., Narusaka M., Deslandes L., Narusaka Y., Reymond M., Parker JE., O' Connell R
  • Journal Title: The Plant Journal Volume: 60 Issue: 4 Pages: 602-613
  • DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03984.x
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RRS1 and RPS4 provide a dual Resistance-gene system against fungal and bacterial pathogens (2009)
  • Author(s): Narusaka M., Shirasu K., Noutoshi Y., Kubo Y., Shiraishi T., Iwabuchi M., Narusaka Y
  • Journal Title: The Plant Journal Volume: 60 Issue: 2 Pages: 218-226
  • DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03949.x
  • NAID: 130006991284
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Jasmonate-dependent plant defense restricts thrips performance and preference (2009)
  • Author(s): Abe H., Shimoda T., Ohnishi J., Kugimiya S., Narusaka M., Seo S., Narusaka Y., Tsuda S., Kobayashi M
  • Journal Title: BMC Plant Biology Volume: 9(97) Issue: 1 Pages: 1-12
  • DOI: 10.1186/1471-2229-9-97
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RRS1 and RPS4 provide a dual Resistance-gene system against fungal and bacterial pathogens. (2009)
  • Author(s): Narusaka M.
  • Journal Title: The Plant Journal VOL.60 Pages: 218-226
  • NAID: 130006991284
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A locus conferring resistance to Colletotrichum higginsianum is shared by fourgeographically distinct Arabidopsis accessions. (2009)
  • Author(s): Birker D.
  • Journal Title: The Plant Journal VOL.60 Pages: 602-613
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A dual resistance gene system prevents infection by three distinct pathogens. (2009)
  • Author(s): Narusaka M.
  • Journal Title: Plant Signaling & Behavior VOL.4 Pages: 954-955
  • NAID: 130006993828
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Jasmonate-dependent plant defense restricts thrips performance and preference. (2009)
  • Author(s): Abe H.
  • Journal Title: BMC Plant Biology VOL.9 Pages: 97-108
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Simplified Arabidopsis thaliana Transformation : Floral Inoculating Method (2012)
  • Author(s): Narusaka, Y.
  • Organizer: 第53回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2012-03-18
• [Presentation] A dual Resistance-protein system confers resistance against fungal and bacterial pathogens in transgenic crops (2012)
  • Author(s): Narusaka, M.
  • Organizer: 第53回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2012-03-16
• [Presentation] Analysis of Structure and Function of RPS4 and RRS1 Proteins (2012)
  • Author(s): Narusaka, Y.
  • Organizer: 第53回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2012-03-16
• [Presentation] シロイヌナズナのキチン認識におけるLysM型受容体の役割 (2012)
  • Author(s): 新屋友規,元山記子,早船真広,神谷光太,谷本匠,鳴坂真理,鳴坂義弘,賀来華江,渋谷直人
  • Organizer: 第53回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 京都
• [Presentation] Floral inoculation法によるシロイヌナズナ簡易形質転換法の開発 (2012)
  • Author(s): 山崎識知,鳴坂真理,岩渕雅樹,鳴坂義弘
  • Organizer: 第53回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 京都
• [Presentation] デュアル抵抗性蛋白質システムによる病原体認識機構の解明:RPS4とRRS1遺伝子の作物への導入 (2012)
  • Author(s): 鳴坂真理,白須賢,久保康之,白石友紀,畠山勝徳,平井正良,河本晃一,江面浩,高野義孝,岩渕雅樹,鳴坂義弘
  • Organizer: 第53回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 京都
• [Presentation] デュアル抵抗性蛋白質システムによる病原体認識機構の解明:RPS4とRRS1蛋白質の構造と機能の解明 (2012)
  • Author(s): 鳴坂義弘,鳴坂真理,白須賢,高野義孝,白石友紀,岩渕雅樹
  • Organizer: 第53回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 京都
• [Presentation] シロイヌナズナゲノム情報を用いたハクサイcDNAリソース整備とデータベース開発 (2011)
  • Author(s): 安部洋,佐々木一誠,畠山勝徳,鳴坂真理,田村卓郎,深海-小林薫,鳴坂義弘,小林正智
  • Organizer: 日本育種学会平成23年度秋季大会
  • Place of Presentation: 福井
  • Year and Date: 2011-09-23
• [Presentation] シロイヌナズナゲノム情報を用いたハクサイcDNAリソース整備とデータベース開発 (2011)
  • Author(s): 安部洋
  • Organizer: 日本育種学会平成23年度秋季大会
  • Place of Presentation: 福井県吉田郡
  • Year and Date: 2011-09-23
• [Presentation] シロイヌナズナ簡易形質転換法の開発 (2011)
  • Author(s): 鳴坂義弘
  • Organizer: 第52回日本植物生理学会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 2011-03-22
• [Presentation] デュアルR-遺伝子による病原体認識機構:RPS4とRRS1遺伝子の作物への導入 (2011)
  • Author(s): 鳴坂真理
  • Organizer: 第52回日本植物生理学会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 2011-03-21
• [Presentation] デュアルR遺伝子システムの発見と分子育種への応用技術開発 (2011)
  • Author(s): 鳴坂真理,鳴坂義弘
  • Organizer: シンポジウム「植物機能の包括的理解を目指して」
  • Place of Presentation: 倉敷
  • Year and Date: 2011-02-28
• [Presentation] デュアルR-遺伝子システムの発見と分子育種への応用技術開発 (2011)
  • Author(s): 鳴坂真理
  • Organizer: シンポジウム「植物機能の包括的理解を目指して」
  • Place of Presentation: 倉敷(招待講演)
  • Year and Date: 2011-02-28
• [Presentation] The floral inoculating protocol : a simplified Arabidopsis thaliana transformation method modified from floral dipping (2011)
  • Author(s): Yamasaki, S., Narusaka, M., Shiraishi, T., Iwabuchi, M., Narusaka, Y
  • Organizer: 第34回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
• [Presentation] A dual Resistance-gene system confers resistance against fungal and bacterial pathogens in transgenic Brassica rapa (2011)
  • Author(s): Narusaka, M., Shirasu, K., Kubo, Y., Shiraishi, T., Hatakeyama, K., Hirai, T., Kawamoto, K., Ezura, H., Mukaihara, T., Iwabuchi, M., Narusaka, Y
  • Organizer: 第34回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
• [Presentation] RRS1 and RPS4 provide a dual Resistance-gene system against fungal and bacterial pathogens (2011)
  • Author(s): Narusaka, Y., Narusaka, M., Shirasu, K., Kubo, Y., Shiraishi, T., Iwabuchi, M
  • Organizer: 第34回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
• [Presentation] デュアルR-遺伝子による病原体認識機構:RPS4とRRS1遺伝子の作物への導入 (2011)
  • Author(s): 鳴坂真理,白須賢,久保康之,白石友紀,畠山勝徳,平井正良, Seung Won Kang,河本晃一,江面浩,岩渕雅樹,鳴坂義弘
  • Organizer: 第52回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 仙台
• [Presentation] シロイヌナズナ簡易形質転換法の開発 (2011)
  • Author(s): 鳴坂義弘,鳴坂真理,白石友紀,岩渕雅樹
  • Organizer: 第52回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 仙台
• [Presentation] シロイヌナズナゲノム情報を用いたハクサイcDNAリソース整備とデータベース開発 (2010)
  • Author(s): 安部洋,佐々木一誠,畠山勝徳,鳴坂真理,田村卓郎,深海-小林薫,鳴坂義弘,小林正智
  • Organizer: 日本育種学会平成22年度秋季大会
  • Place of Presentation: 秋田
  • Year and Date: 2010-09-24
• [Presentation] 新説デュアル抵抗性遺伝子システムによる病原体認識機構～2つの抵抗性蛋白質による3種の病原体の攻撃の認識～ (2010)
  • Author(s): 鳴坂真理
  • Organizer: 筑波大学遺伝子実験センター形質転換植物デザイン研究拠点研究セミナー(2)
  • Place of Presentation: つくば(招待講演)
  • Year and Date: 2010-07-16
• [Presentation] Development of Full-length cDNAs from Brassica rapa and expression analyses of Brassica immune responses (2010)
  • Author(s): Abe H., Sasaki I., Narusaka M., Hatakeyama K., Tamura T., Fukami-Kobayashi K., Narusaka Y., Kobayashi M
  • Organizer: 21st International Conference on Arabidopsis Research
  • Place of Presentation: Arabidopsis Research
  • Year and Date: 2010-06-08
• [Presentation] Development of Full-length cDNAs from Brassica rapa and expression analyses of Brassica immune responses (2010)
  • Author(s): ABE H.
  • Organizer: 21st International Conference on Arabidopsis Research
  • Place of Presentation: Yokohama (Japan)
  • Year and Date: 2010-06-08
• [Presentation] デュアルR-遺伝子システムの発見と将来展望 (2010)
  • Author(s): 鳴坂真理
  • Organizer: 岡山植物病理セミナー
  • Place of Presentation: 岡山(招待講演)
  • Year and Date: 2010-05-22
• [Presentation] デュアルR-遺伝子システムによる病原菌認識機構の解明 (2010)
  • Author(s): 鳴坂真理,白須賢,久保康之,豊田和広,白石友紀,岩渕雅樹,鳴坂義弘
  • Organizer: 平成22年度日本植物病理学会大会
  • Place of Presentation: 京都
• [Presentation] 定量RT-PCR法による病原菌の簡易定量および生物活性評価法の開発 (2010)
  • Author(s): 鳴坂義弘,鳴坂真理,白石友紀,岩渕雅樹
  • Organizer: 平成22年度日本植物病理学会大会
  • Place of Presentation: 京都
• [Presentation] シロイヌナズナゲノム情報を用いたハクサイcDNAリソース整備とデータベース開発 (2010)
  • Author(s): 安部洋,佐々木一誠,畠山勝徳,鳴坂真理,深海-小林薫,鳴坂義弘,小林正智
  • Organizer: 第229回日本作物学会講演会
• [Presentation] 難防除微小害虫の食害に対するシロイヌナズナの防御応答 (2010)
  • Author(s): 安部洋,下田武志,立石剣,大西純,釘宮聡一,鳴坂真理,瀬尾茂美,鳴坂義弘,津田新哉,小林正智
  • Organizer: 第51回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 熊本
• [Presentation] Analysis of suppressor mutants of a PARN deficient mutant, ABA hypersensitive germination2-1 (2010)
  • Author(s): Hirayama T., Ushiyama S., Narusaka M., Nakashita H., Narusaka Y., Hayashi S
  • Organizer: 第51回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 熊本
• [Presentation] 新説デュアルR-遺伝子システムによる病原体認識機構:RPS4とRRS1による異なる3種の病原体の認識 (2010)
  • Author(s): 鳴坂真理,白須賢,久保康之,白石友紀,岩渕雅樹,鳴坂義弘
  • Organizer: 第51回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 熊本
• [Presentation] 新説デュアルR-遺伝子システムによる病原体認識機構:2つのR蛋白質による3種の病原体の攻撃の認識 (2010)
  • Author(s): 鳴坂義弘,鳴坂真理,白須賢,能年義輝,白石友紀,久保康之,岩渕雅樹
  • Organizer: 第51回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 熊本
• [Presentation] 新説デュアルR-遺伝子システムによる病原体認識機構:RPS4とRRS1による異なる3種の病原体の認識 (2010)
  • Author(s): 鳴坂真理
  • Organizer: 第51回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 熊本大学(熊本)
• [Presentation] 新説デュアルR-遺伝子システムによる病原体認識機構:2つのR蛋白質による3種の病原体の攻撃の認識 (2010)
  • Author(s): 鳴坂義弘
  • Organizer: 第51回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 熊本大学(熊本)
• [Presentation] 新説デュアルR-遺伝子システムによる病原体認識機構:RPS4とRRS1による異なる3種の病原体の認識 (2009)
  • Author(s): 鳴坂真理,白須賢,能年義輝,久保康之,白石友紀,岩渕雅樹,鳴坂義弘
  • Organizer: 第26回岡山植物病理セミナー
  • Place of Presentation: 倉敷
  • Year and Date: 2009-12-19
• [Presentation] 新説デュアルR-遺伝子システムによる病原体認識機構:RPS4とRRS1による異なる3種の病原体の認識 (2009)
  • Author(s): 鳴坂真理
  • Organizer: 第26回岡山植物病理セミナー
  • Place of Presentation: 岡山大学(倉敷)
  • Year and Date: 2009-12-19
• [Book] Methods to Transfer Foreign Genes to Plants, In Transgenic Plants-Advances and Limitations (2012)
  • Author(s): Narusaka Y., Narusaka M., Yamasaki S., Iwabuchi M
  • Total Pages: 478
  • Publisher: InTech
• [Book] Transgenic Plants (2012)
  • Author(s): Narusaka Y.
  • Total Pages: 478
  • Publisher: InTech
• [Remarks]
  • URL: http://www.kibi.ne.jp/.narusaka/index.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.kibi.ne.jp/~narusaka/index.html
• [Patent(Industrial Property Rights)] 複数の病害に対して抵抗性を示す植物及びその作出法 (2009)
  • Inventor(s): 鳴坂義弘、鳴坂真理、白須賢
  • Industrial Property Rights Holder: 岡山県、理化学研究所
  • Filing Date: 2009-07-29
  • Overseas
• [Patent(Industrial Property Rights)] 複数の病害に対して抵抗性を示す植物及びその作出法 (2009)
  • Inventor(s): 鳴坂義弘、鳴坂真理、白須賢
  • Industrial Property Rights Holder: 岡山県、理化学研究所
  • Filing Date: 2009-07-29