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Elucidation of the cooperative DNA recognition mechanism of transcription factors in brassinosteroid-responsive gene regulation

Research Project

Project/Area Number 21H02114
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 38030:Applied biochemistry-related
Research InstitutionKyoto University (2022-2023)
The University of Tokyo (2021)

Principal Investigator

Miyakawa Takuya  京都大学, 生命科学研究科, 准教授 (50596559)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中野 雄司  京都大学, 生命科学研究科, 教授 (30281653)
光田 展隆  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 副研究部門長 (80450667)
野崎 翔平  筑波大学, 生命環境系, 助教 (20850910)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Keywords植物 / ブラシノステロイド / 転写調節 / 転写因子間相互作用 / 植物ホルモン
Outline of Research at the Start

ブラシノステロイド(BR)は植物の成長と発達の制御において中心的な役割を担う植物ホルモンであり、その生理作用にはBZR転写因子によるBR応答性遺伝子の適切な転写調節が鍵となる。本研究では、BZR転写因子と相互作用し共通の遺伝子プロモーター領域に結合する転写因子に着目し、BZR転写因子が標的遺伝子の転写を活性化するのに必要な塩基配列パターンとその認識機構の解明に取り組む。さらに、他の植物ホルモンの下流で機能する転写因子を中心に、BZR転写因子との相互作用を探索することで、BRと他の植物ホルモンの協調的な生理作用を説明する「転写因子をハブとした遺伝子制御ネットワーク」を捉える。

Outline of Final Research Achievements

The phytohormone brassinosteroid (BR) plays an important role in plant growth and development. BIL1/BZR1, the master transcription factor for BR signaling, has been suggested to regulate transcription of BR-responsive genes in both repression and activation modes. However, the molecular mechanism is still poorly understood. In this study, we show that the binding of BIL1/BZR1 alone to the promoter, through nucleobase recognition by the DNA shape readout mechanism, regulates transcription of BR-responsive genes repressively. We also discovered multiple transcription factors that interact with BIL1/BZR1 and constructed an extended DAP-seq method to analyze their target sequences genome-wide on promoter regions.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究においてBIL1/BZR1が単独で強く結合可能な塩基配列パターンが特徴づけられ、BRシグナル伝達に関連する新規遺伝子の発現調節の推定が可能になった。これにより、抑制型のBR応答性遺伝子の発現を個別に調節し、BRによる植物の成長促進・ストレス耐性効果を高めるプロモーターゲノム編集などへの応用が期待される。また、本研究で同定された転写因子との組み合わせに対して検討を重ねることにより、BR応答性遺伝子の発現調節機構と、BRと他の植物ホルモンの協調的・拮抗的な生理作用が転写因子をハブとしたネットワークとして理解することにつながると期待される。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 5 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] BPG4 regulates chloroplast development and homeostasis by suppressing GLK transcription factors and involving light and brassinosteroid signaling2024

    • Author(s)
      Tachibana Ryo、Abe Susumu、Marugami Momo、Yamagami Ayumi、Akema Rino、Ohashi Takao、Nishida Kaisei、Nosaki Shohei、Miyakawa Takuya、Tanokura Masaru、Kim Jong-Myong、Seki Motoaki、Inaba Takehito、Matsui Minami、Ifuku Kentaro、Kushiro Tetsuo、Asami Tadao、Nakano Takeshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 370-370

    • DOI

      10.1038/s41467-023-44492-5

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] BRZ-INSENSITIVE-LONG HYPOCOTYL8 inhibits kinase-mediated phosphorylation to regulate brassinosteroid signaling2024

    • Author(s)
      Zhana Chagan, Genki Nakata, Shin Suzuki, Ayumi Yamagami, Ryo Tachibana, Surina Surina, Shozo Fujioka, Minami Matsui, Tetsuo Kushiro, Takuya Miyakawa, Tadao Asami, Takeshi Nakano
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: - Issue: 3 Pages: 2389-2405

    • DOI

      10.1093/plphys/kiae191

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] BIL9 Promotes Both Plant Growth via BR Signaling and Drought Stress Resistance by Binding with the Transcription Factor HDG112024

    • Author(s)
      Surina Surina、Yamagami Ayumi、Miyaji Tomoko、Chagan Zhana、Chung KwiMi、Mitsuda Nobutaka、Nishida Kaisei、Tachibana Ryo、Zhu Zhangliang、Miyakawa Takuya、Shinozaki Kazuo、Sakuta Masaaki、Asami Tadao、Nakano Takeshi
    • Journal Title

      Plant And Cell Physiology

      Volume: - Issue: 10 Pages: 1640-1654

    • DOI

      10.1093/pcp/pcae009

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 植物特異的転写因子のDNA形状読み取りによる遺伝子発現制御2024

    • Author(s)
      宮川拓也, 中野雄司
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 62 Pages: 160-162

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enhanced Ca<sup>2+</sup> binding to <scp>EF</scp>‐hands through phosphorylation of conserved serine residues activates <scp>MpRBOHB</scp> and chitin‐triggered <scp>ROS</scp> production2023

    • Author(s)
      Hashimoto Takafumi、Hashimoto Kenji、Shindo Hiroki、Tsuboyama Shoko、Miyakawa Takuya、Tanokura Masaru、Kuchitsu Kazuyuki
    • Journal Title

      Physiologia Plantarum

      Volume: 175 Issue: 6

    • DOI

      10.1111/ppl.14101

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Clock-regulated coactivators selectively control gene expression in response to different temperature stress conditions in Arabidopsis2023

    • Author(s)
      Kidokoro Satoshi、Konoura Izumi、Soma Fumiyuki、Suzuki Takamasa、Miyakawa Takuya、Tanokura Masaru、Shinozaki Kazuo、Yamaguchi-Shinozaki Kazuko
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 120 Issue: 16

    • DOI

      10.1073/pnas.2216183120

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ブラシノステロイド応答遺伝子を発現制御する転写因子のDNA形状認識機構2023

    • Author(s)
      宮川拓也, 中野雄司
    • Journal Title

      バイオサイエンスとインダストリー

      Volume: 81 Pages: 318-320

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      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout2022

    • Author(s)
      Nosaki Shohei、Mitsuda Nobutaka、Sakamoto Shingo、Kusubayashi Kazuki、Yamagami Ayumi、Xu Yuqun、Bui Thi Bao Chau、Terada Tohru、Miura Kenji、Nakano Takeshi、Tanokura Masaru、Miyakawa Takuya
    • Journal Title

      Nature Plants

      Volume: 8(12) Issue: 12 Pages: 1440-1452

    • DOI

      10.1038/s41477-022-01289-6

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gene co-expression network analysis identifies BEH3 as a stabilizer of secondary vascular development in Arabidopsis2021

    • Author(s)
      Furuya Tomoyuki、Saito Masato、Uchimura Haruka、Satake Akiko、Nosaki Shohei、Miyakawa Takuya、Shimadzu Shunji、Yamori Wataru、Tanokura Masaru、Fukuda Hiroo、Kondo Yuki
    • Journal Title

      The Plant Cell

      Volume: 33 Issue: 8 Pages: 2618-2636

    • DOI

      10.1093/plcell/koab151

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      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Different DNA-binding specificities of NLP and NIN transcription factors underlie nitrate-induced control of root nodulation2021

    • Author(s)
      Nishida Hanna、Nosaki Shohei、Suzuki Takamasa、Ito Momoyo、Miyakawa Takuya、Nomoto Mika、Tada Yasuomi、Miura Kenji、Tanokura Masaru、Kawaguchi Masayoshi、Suzaki Takuya
    • Journal Title

      The Plant Cell

      Volume: online published Issue: 7 Pages: 2340-2359

    • DOI

      10.1093/plcell/koab103

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      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 新規ブラシノステロイドシグナル伝達因子BIL7による転写因子制御機構の解明2024

    • Author(s)
      西田快世, 中村佑介, 宮地朋子, 山上あゆみ, 鈴木健裕, 堂前直, 宮川拓也, 松井南, 藤岡昭三, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] ブラシノステロイド新規シグナル伝達因BIL7の発現イネにおける生理機能の解析2024

    • Author(s)
      西本彩乃, 山上あゆみ, 石川典子, 柏原正和, Ganbayar Namuunaa, Bardorj Bujin, 森晶樹, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] ブラシノステロイドシグナル伝達因子BPG4とGLK転写因子による葉緑体制御機構の生化学解析2024

    • Author(s)
      大橋隆生, 立花諒, 山上あゆみ, 宮川拓也, 中野雄司
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 暗所誘導型新規遺伝子BGHsによる黄化芽生えにおける緑化順応制御機構の解析2024

    • Author(s)
      明間莉乃, 立花諒, 山上あゆみ, 田中亮一, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular and structural mechanism underlying the brassinosteroid-responsive transcriptional regulation by the master transcription factor BIL1/BZR12023

    • Author(s)
      Shohei Nosaki, Nobutaka Mitsuda, Shingo Sakamoto, Takeshi Nakano, Masaru Tanokura, Takuya Miyakawa
    • Organizer
      The 24th International Conference on Plant Growth Substances
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      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新規因子BIL7によるBRシグナル伝達促進機構の解析2023

    • Author(s)
      西田快世, 中村佑介, 宮地朋子, 山上あゆみ, 野澤彰, 澤崎達也, 鈴木健裕, 堂前直, 宮川拓也, 松井南, 藤岡昭三, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      植物化学調節学会第58回大会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] ブラシノステロイド新規シグナル伝達因子BIL7の高発現イネにおける種子重量の解析2023

    • Author(s)
      西本彩乃, 山上あゆみ, 石川典子, 柏原正和, Ganbayar Namuunaa, Bardorj Bujin, 森晶樹, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      植物化学調節学会第58回大会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] ブラシノステロイドシグナル伝達因子BPG4とGLK転写因子による葉緑体制御機構の構造生物学的解析2023

    • Author(s)
      大橋隆生, 立花諒, 山上あゆみ, 宮川拓也, 中野雄司
    • Organizer
      植物化学調節学会第58回大会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] ラシノステロイド新規シグナル伝達因子BGHsによる脱黄化時の緑化制御機構の解明2023

    • Author(s)
      明間莉乃, 立花諒, 山上あゆみ, 浅見忠男, 中野雄司
    • Organizer
      植物化学調節学会第58回大会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 植物特異的転写因子のDNA形状認識による転写調節2022

    • Author(s)
      宮川拓也
    • Organizer
      第18回京大植物縦横無尽の会ワークショップ
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ブラシノステロイド応答性の遺伝子抑制にはマスター転写因子のDNA形状認識が必須である2022

    • Author(s)
      野﨑翔平, 光田展隆, 坂本真吾, 山上あゆみ, 徐玉群, Bui Thi Bao Chau, 寺田透, 三浦謙治, 中野雄司, 田之倉優, 宮川拓也
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ブラシノステロイド情報伝達の構造生物学と多階層アプローチへの展望2021

    • Author(s)
      宮川拓也
    • Organizer
      第30回日本バイオイメージング学会学術集会
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Remarks] 植物の成長を促す植物ホルモンの遺伝子発現調節の新しい仕組み

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-12-28

    • Related Report
      2022 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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