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Molecular basis for biosynthetic and degradation systems for tRNA sulfur-modified bases

Research Project

Project/Area Number 21H02436
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 43030:Functional biochemistry-related
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

Shigi Naoki  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 副ラボ長 (20392623)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 堀谷 正樹  佐賀大学, 農学部, 准教授 (80532134)
竹内 恒  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (20581284)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥14,170,000 (Direct Cost: ¥10,900,000、Indirect Cost: ¥3,270,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
KeywordstRNA / 転写後修飾 / 修飾塩基 / 硫黄 / 活性化硫黄 / 無酸素実験 / NMR / 硫黄修飾塩基 / 硫黄代謝 / 硫黄転移酵素
Outline of Research at the Start

本研究では、生存に不可欠な生体分子の硫黄修飾、特にRNAの硫黄修飾塩基について、その生合成と分解の分子基盤を生化学・酵素学の立場から解明する。硫黄運搬タンパク質とRNA硫黄転移酵素が適切な順序で動的に働くことで初めて実現される「硫黄転移反応」について、反応速度解析と構造分光学解析 (電子常磁性共鳴EPR法/核磁気共鳴NMR法など) からそのメカニズムを解明する。また、分解やリサイクル機構の解析などから、生体内で硫黄化合物の恒常性がどう保たれるか解析する。以上により硫黄修飾の代謝を支える共通基盤原理の理解と生物学的意義を解明する。

Outline of Final Research Achievements

We elucidated the molecular basis of the metabolic mechanisms of sulfur modification of sulfur-modified bases of RNA, which are essential for survival. We analyzed the mechanism of the "sulfur transfer reaction" which is realized only when sulfur-transfer proteins and RNA sulfur transferases work dynamically in an appropriate sequence, by analyzing the reaction kinetics and structural spectroscopic analysis using experimental equipment under anoxia, and proposed a common fundamental principle underlying these reaction mechanism.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

硫黄RNA修飾の代謝を支える酵素反応機構の共通基盤原理と生物学的意義についての理解を深化させた。今後本成果を発展させ、生物間での差異を詳細に解明し応用展開を進める基盤を構築した。将来的には、硫黄修飾異常が関与するミトコンドリア病、糖尿病、がん等の疾病の治療法の開発や、結核菌やマラリア原虫といった病原微生物等に特異的に作用する抗生剤の創出に資することによって、喫緊の社会課題である健康長寿社会の実現を目指す。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] A selective and sensitive detection system for 4-thiouridine modification in RNA2022

    • Author(s)
      Sugio Yuzuru、Yamagami Ryota、Shigi Naoki、Hori Hiroyuki
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 29 Issue: 2 Pages: 241-251

    • DOI

      10.1261/rna.079445.122

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biosynthesis and Degradation of Sulfur Modifications in tRNAs2021

    • Author(s)
      Shigi Naoki
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Issue: 21 Pages: 11937-11937

    • DOI

      10.3390/ijms222111937

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] tRNA 硫黄化酵素の酸素感受性の反応機構とその環境適応進化2024

    • Author(s)
      鴫 直樹
    • Organizer
      遺伝研研究会「エピトランスクリプトーム制御の分子機構と生理機能」
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] tRNA 硫黄修飾塩基の生合成機構に見出した酸素感受性の反応機構とその環境適応進化2024

    • Author(s)
      鴫 直樹
    • Organizer
      日本農芸化学会2024年度大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Discovery and characterization of oxygen-sensitive RNA-sulfurtransferases in Thermus thermophilus and its implication for the evolution of RNA modification enzymes2023

    • Author(s)
      Shigi Naoki
    • Organizer
      International Workshop on "Neotechnologies for ThermusQ initiative"
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌由来tRNA硫黄修飾関連タンパク質TusEによる硫黄運搬の構造機構の溶液NMR解析2023

    • Author(s)
      徳永 裕二、鴫 直樹、竹内 恒
    • Organizer
      第96回 日本生化学会大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌由来tRNA硫黄修飾関連タンパク質TusEによる硫黄運搬の構造機構の溶液NMR解析2022

    • Author(s)
      徳永 裕二、鴫 直樹、嶋田 一夫、竹内 恒
    • Organizer
      第95回 日本生化学会大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Biosynthesis and Functions of Sulfur Modifications of Transfer RNA2022

    • Author(s)
      Shigi Naoki
    • Organizer
      30th Tokyo RNA Club
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 酸素感受性の [4Fe-4S] クラスターを有するtRNA硫黄化酵素の機能解析とその環境適応進化機構2021

    • Author(s)
      鴫 直樹、堀谷正樹、宮内 健常、鈴木 勉、姫野 美沙緒
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Book] 極限環境微生物の先端科学と社会実装最前線(第3編第3章第4節)2023

    • Author(s)
      鴫 直樹
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860438487
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Remarks] 所属機関 産総研CBBD-OIL HP

    • URL

      https://unit.aist.go.jp/cbbd-oil/

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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