Establishing a Risk Prediction Method for Primary Open Angle Glaucoma Using Next Generation Sequencer and Analysis on Non-synonymous Valiant
| Project/Area Number |
21H02687
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
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| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
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Principal Investigator |
田代 啓 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10263097)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
池田 陽子 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員講師 (00433243)
木下 茂 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30116024)
外園 千恵 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30216585)
森 和彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員教授 (40252001)
上野 盛夫 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (40426531)
中野 正和 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (70381944)
吉井 健悟 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (90388471)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
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| Keywords | 緑内障 / 発症リスク / GWAS / NGS / 分子標的 |
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| Outline of Research at the Start |
緑内障は点眼薬治療により視野欠損進行を抑制する介入が可能なため、介入を決断するための低侵襲な血液検査による発症リスク予測法開発が切望されているが、その実用化に最適なプラットフォームは不明である。また、既存薬と分子標的が異なる点眼薬の開発も切望されている。本研究では、成功した全ゲノム解析(GWAS)で同定した緑内障発症ゲノム予測マーカーバリアント候補群から実際に使用するバリアント群を確定するとともに、緑内障発症ゲノム予測のプラットフォームとして次世代シーケンサー(NGS)の利用に必要なステップの構築とその優位性と欠点の評価を行い、緑内障発症における分子機序を解明する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
緑内障は点眼薬治療により視野欠損進行を抑制する介入が可能なため、介入を決断するための低侵襲な血液検査による発症リスク予測法開発が切望されているが、血液検査の実用化に最適なプラットフォームは不明である。また、既存薬と分子標的が異なる点眼薬の開発も切望されている。本研究では、以下のように倫理面に配慮して研究を実行した。緑内障症例群および対照群由来の臨床情報とゲノム情報を取り扱うので、関連する倫理と法令を遵守しながら研究を実行した。また、国際共同研究においては、各国各施設での倫理委員会の承認とインフォームドコンセントの下に検体を収集し、ジェノタイプデータの取得とその解析を実施した。
アレイを用いる全ゲノム解析(GWAS)で同定した緑内障発症ゲノム予測マーカーバリアント候補群から実際に使用するバリアント群を確定するための研究を実施した。広義POAGの検出力向上のために、9番染色体と1番染色体上の変異を、XFS/XFGの検出力向上のために15番染色体上の2変異と3番染色体上の変異の寄与を、PACG(閉塞隅角緑内障)の検出力向上のために7箇所の変異を詳細に検討した。
XFS/XFG症例群とPACG閉塞隅角緑内障について次世代シーケンサ(NGS)によりゲノム上の全エキソン（エキソーム）データを取得し、相関解析（エキソーム解析）を実施した。その結果、予測プログラム（Polyphen-2）でタンパク質の立体構造に重篤な影響を与えると推定された稀なバリアントのうち、XFS/XFG症例群に特有なバリアントが既報のLOXL1からだけでなくシトクロムP450に属するCYP39A1からも新規に同定され、閉塞隅角緑内障群には翻訳語修飾酵素遺伝子群に同定された。
発症リスク予測法で用いるプラットフォームとして、DNAアレイ取得データもNGS取得データもリスク予測に使用できる精度があることが判明した。
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| Research Progress Status |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(3 results)
Research Products
(14 results)
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[Journal Article] Detection of novel and recurrent conjoined genes in non-Hodgkin B-cell lymphoma2021
Author(s)
Matsumoto Y, Tsukamoto T, Chinen Y, Shimura Y, Sasaki N, Nagoshi H, Sato R, Adachi H, Nakano M, Horiike S, Kuroda J, Taki T, Tashiro K, Taniwaki M.
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Journal Title
Journal of Clinical and Experimental Hematopathology
Volume: 61
Issue: 2
Pages: 71-77
DOI
NAID
ISSN
1346-4280, 1880-9952
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Peer Reviewed
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[Presentation] Age-related changes in optic disc morphology over a 10-year period in normal subjects.2022
Author(s)
Ikeda Y, Mori K, Yoshii K, Ueno M, Maruyama Y, Nakano M, Sato R, Omi N, Imai K, Yamamoto Y, Mieno H, Tokuda Y, Tashiro K, Sotozono C, Kinoshita S.
Organizer
American Academy of Ophthalmology
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Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Yoshii K, Nakano M, Maruyama Y, Imai K, Omi N, Mieno Y, Sato R, Tashiro K, Kinoshita S, Sotozono C.
Organizer
Annual Meeting of the Association for Research in Vision and Ophthalmology
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