• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Development of a novel diagnostic method for viral infections based on digital bioanalysis

Research Project

Project/Area Number 21H04645
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Medium-sized Section 28:Nano/micro science and related fields
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

Watanabe Rikiya  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (30540108)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 野田 岳志  京都大学, 医生物学研究所, 教授 (00422410)
西増 弘志  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (00467044)
武内 寛明  東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 教授 (20451867)
Project Period (FY) 2021-04-05 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥42,250,000 (Direct Cost: ¥32,500,000、Indirect Cost: ¥9,750,000)
Fiscal Year 2023: ¥13,000,000 (Direct Cost: ¥10,000,000、Indirect Cost: ¥3,000,000)
Fiscal Year 2022: ¥13,000,000 (Direct Cost: ¥10,000,000、Indirect Cost: ¥3,000,000)
Fiscal Year 2021: ¥16,250,000 (Direct Cost: ¥12,500,000、Indirect Cost: ¥3,750,000)
KeywordsCRISPR-Cas / bioMEMS / デジタルリキッドバイオプシー / 非増幅遺伝子検査 / 非増幅核酸検出 / デジタルバイオ計測 / 非増幅核酸検査 / 1分子生物物理学 / 1分子計測 / デジタルバイオロジー
Outline of Research at the Start

本提案課題では、申請者らが自主開発した世界最高峰のデジタル検出技術を基盤とし、ウイルス由来のRNA等を1分子単位で高感度・高精度・短時間に解析できる革新的なマイクロチップ技術を迅速に確立する。更に、理工医に跨る異分野連携を加速させることで検出系を発展・最適化し、大量の検体を並列かつ多元的に自動解析できる技術基盤へと昇華させるとともに、ウイルスを亜型レベルで解析可能な新規感染診断法の実現を目指す。当該技術は、種々の感染性ウイルスだけでなく、疾患バイオマーカーの検出などにも活用できるため、本研究が成功した暁には、生物学・薬学・医学に跨る波及効果は極めて大きいものと考えられる。

Outline of Final Research Achievements

With the recent experience of the COVID-19 pandemic, there is an urgent need to establish a versatile testing platform for infectious diseases. In this study, we developed an amplification-free genetic test called 'SATORI' that can identify and detect pathogen-derived genes at the single-molecule level with unprecedented speed. Furthermore, we have expanded the capabilities of SATORI with innovations such as Direct-SATORI, which enables the direct detection of pathogen genes from samples. We also developed a compact testing device for SATORI, facilitating point-of-care testing in clinical settings. These achievements not only advance basic research, but also lay the groundwork for the practical application of SATORI, representing significant scientific and societal progress.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本課題が注目する感染症遺伝子検査であるが、現在の主流である遺伝子増幅検査は、SARS-CoV-2などの感染症の確定診断に資する一方、検査結果が患者に届くまでに数時間から数日を要することで、感染拡大や経済活動の制約などの問題を内包している。本課題で開発されたSATORI法は世界最速の遺伝子検査法であり、超高感度・多項目・迅速診断に基づいた感染予防・経済活動の円滑化への貢献とともに、次世代の感染症診断に資する遺伝子検査法となることが強く期待され、その学術的・社会的な意義は極めて高いと言える。

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Comments on the Screening Results   Annual Research Report
  • Research Products

    (35 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 4 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 27 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Purification/Amplification-Free RNA Detection Platform for Rapid and Multiplex Diagnosis of Plant Viral Infections2023

    • Author(s)
      Ueda, T., *Shinoda, H., Makino, A., Yoshimura, M., Iida, T., & *Watanabe, R.
    • Journal Title

      Analytical Chemistry

      Volume: 95 Issue: 25 Pages: 9680-9686

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.3c01691

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] SATORI: Amplification-free digital RNA detection method for the diagnosis of viral infections2023

    • Author(s)
      Iida, T., Shinoda, H., & *Watanabe, R.
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 20 Issue: 3 Pages: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0031

    • ISSN
      2189-4779
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Toward versatile digital bioanalysis2023

    • Author(s)
      Ando, J. & *Watanabe, R.
    • Journal Title

      Biomicrofluidics

      Volume: 17 Issue: 6 Pages: 061303-061303

    • DOI

      10.1063/5.0174727

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Compact wide-field femtoliter-chamber imaging system for high-speed and accurate digital bioanalysis2023

    • Author(s)
      Iida, T., Ando, J., Shinoda, H., Makino, A., Yoshimura, M., Murai, K., Mori, M., Takaeuchi, H., Noda, T., Nishimasu, H., & *Watanabe, R.
    • Journal Title

      Lab on a Chip

      Volume: 23 Issue: 4 Pages: 684-691

    • DOI

      10.1039/d2lc00741j

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Automated amplification-free digital RNA detection platform for rapid and sensitive SARS-CoV-2 diagnosis2022

    • Author(s)
      Shinoda Hajime、Iida Tatsuya、Makino Asami、Yoshimura Mami、Ishikawa Junichiro、Ando Jun、Murai Kazue、Sugiyama Katsumi、Muramoto Yukiko、Nakano Masahiro、Kiga Kotaro、Cui Longzhu、Nureki Osamu、Takeuchi Hiroaki、Noda Takeshi、Nishimasu Hiroshi、Watanabe Rikiya
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 473-473

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03433-6

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Amplification-free RNA detection with CRISPR?Cas132021

    • Author(s)
      Shinoda Hajime、Taguchi Yuya、Nakagawa Ryoya、Makino Asami、Okazaki Sae、Nakano Masahiro、Muramoto Yukiko、Takahashi Chiharu、Takahashi Ikuko、Ando Jun、Noda Takeshi、Nureki Osamu、Nishimasu Hiroshi、Watanabe Rikiya
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Issue: 1 Pages: 476-476

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02001-8

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 工学技術を用いた1分子生物物理学研究とその応用2023

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      異分野融合研究セミナーiSeminar
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 生物学と工学のハザマから:1分子生物物理学研究とその応用2023

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      新学術領域「全能性プログラム:デコーディングからデザインへ」講演会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 生物学と工学の合作:新型コロナウイルスの世界最速検出法の開発2023

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      理研軽金属科学講演会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 1分子定量法に基づいたウイルス遺伝子の全自動迅速検出装置の開発2023

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      日本化学会第103回春季年会 CIPセッション「感染症を診断・予防するヘルスケアテクノロジー」
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 1分子定量法に基づいたウイルス遺伝子の全自動迅速検出装置の開発2022

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      理研シンポジウム 第10回「光量子工学研究」
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 1分子定量法に基づいた新型コロナウイルス感染症の全自動迅速診断装置の開発2022

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      AMED タンパク質研究シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 工学技術を用いた1分子生物物理学研究とその応用2022

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      大阪大学蛋白質研究所フロンティアセミナー
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 1分子定量法に基づいたウイルス遺伝子の全自動迅速検出装置の開発2022

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      日本細胞外小胞学会第9回学術集会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Automated amplification-free digital RNA detection platform for SARS-CoV-2 diagnosis2022

    • Author(s)
      Rikiya Watanabe
    • Organizer
      The 8th RIKEN-KI-SciLifeLab Symposium
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 1分子定量法に基づいたウイルス遺伝子の全自動迅速検出装置の開発2022

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      細胞を創る研究会15.0
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 新型コロナウイルスの全自動迅速検出装置の開発2022

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      JST CREST/さきがけ横断シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule analysis of bio-molecules and its applications2022

    • Author(s)
      Rikiya Watanabe
    • Organizer
      日本生物物理学会第58回年会 シンポジウム「マルチファセット・プロテインズへの生物物理アプローチ」
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 1分子定量法に基づいたウイルス感染症の全自動迅速診断装置の開発2022

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      4大学ナノ・マイクロファブリケーションコンソーシアム・シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 1分子定量法に基づいたウイルス感染症の全自動迅速診断装置の開発2022

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      量子イメージング研究会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 新型コロナウイルスの新規デジタル検出法2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      第15回スフィンゴテラピ研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] マイクロチップを利用したデジタルバイオ分析技術2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      第12回スクリーニング研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] マイクロチップを利用した新型コロナウイルスの非増幅迅速検出技術2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      学振R031委員会 第3回研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule analysis of bio-molecules and its application2021

    • Author(s)
      Rikiya Watanabe
    • Organizer
      3rd KFU-RIKEN Symposium
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 新型コロナウイルスの超高感度・世界最速検出技術とリキッドバイオプシーへの展開2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      バイオインダストリー協会"未来へのバイオ技術"勉強会「リキッドバイオプシーの展望」
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 新型コロナウイルスの世界最速デジタル検出技術の開発2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      学振R165委員会 第103回研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] バイオDXを指向したデジタルバイオ分析と疾患診断への展開2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      BioJapan
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 新型コロナウイルスの新規デジタル検出法2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 新型コロナウイルスの新規デジタル検出法2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      電気学会E部門総合研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule analysis of bio-molecules and its application2021

    • Author(s)
      Rikiya Watanabe
    • Organizer
      東京大学先端科学技術研究センター LSBM Monday Seminar Series
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 酵素反応を指標としたウイルスのデジタル検出技術の開発2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      第21回蛋白質科学会年会シンポジウム「蛋白質科学が社会へ与えるインパクト」
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 新型コロナウイルスの新規デジタル検出法2021

    • Author(s)
      渡邉力也
    • Organizer
      第47回生体分子科学討論会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule analysis of bio-molecules and its application2021

    • Author(s)
      Rikiya Watanabe
    • Organizer
      IEEE NEMS,
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] 現代化学増刊号 マテリアル ズ・インフォィクスからマテリアルDX まで2024

    • Author(s)
      飯田龍也, 安藤潤, 渡邉力也
    • Total Pages
      208
    • Publisher
      東京化学同人
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 蛍光観察装置2024

    • Inventor(s)
      渡邉力也,飯田龍也
    • Industrial Property Rights Holder
      渡邉力也,飯田龍也
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2024
    • Related Report
      2023 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi