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Analysis of the mechanism for apical-basal axis formation in plants by data-driven strategy

Research Project

Project/Area Number 21K15117
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 44030:Plant molecular biology and physiology-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Kimata Yusuke  東北大学, 生命科学研究科, 助教 (10893307)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,730,000 (Direct Cost: ¥2,100,000、Indirect Cost: ¥630,000)
Keywords細胞極性 / 胚発生 / トランスクリプトーム / ライブイメージング / シロイヌナズナ / 体軸形成
Outline of Research at the Start

体軸形成は多細胞生物の発生の根幹をなす過程である。応募者らは、植物の受精卵をライブイメージングすることに世界に先駆けて成功し、細胞内のダイナミックな変化が、受精卵の不等分裂の駆動力になるという、体軸形成の起点となる動態を見出した。しかしながら、「細胞内の動態はどんな因子によって制御されるのか」という分子機構はいまだ謎に包まれている。
そこで本研究では、受精卵の不等分裂の過程における網羅的な遺伝子発現解析を実施し、これに受精卵の詳細なライブイメージングを組み合わせることで、「どんな因子が・いつ・何を・どのように制御することで不等分裂に至るか」という、体軸形成の初期過程の全体像を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

Asymmetric division of the zygote is essential for the axis formation in plants but the molecular mechanism is unknown. In this study, we successfully isolated zygotes and obtained RNA-seq data. We found a down-regulation of about 200 genes in the mutants. Among the genes whose expression was reduced in the mutants, we obtained T-DNA lines of genes considered to be involved in asymmetric division and observed the phenotypes of them were observed, and in some of them, asymmetric division of zygotes was impaired. In the future, the specific functions of these genes will be investigated by live imaging, which is expected to aid elucidation of the molecular mechanism of asymmetric division.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

植物の体軸形成過程では、受精後にどのような遺伝子が働いて受精卵を不等分裂させるのかがほとんど不明であった。我々はトランスクリプトーム解析に基づく逆遺伝学的な解析から、植物受精卵の不等分裂を担う実働因子の候補を同定することに成功した。今後、これらの遺伝子の具体的な機能を解明することで、植物全体に共通した形作りの制御機構の理解や、胚発生の人為的な制御も可能になると期待できる。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Novel inhibitors of microtubule organization and phragmoplast formation in diverse plant species2023

    • Author(s)
      Kimata Yusuke、Yamada Moe、Murata Takashi、Kuwata Keiko、Sato Ayato、Suzuki Takamasa、Kurihara Daisuke、Hasebe Mitsuyasu、Higashiyama Tetsuya、Ueda Minako
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 6 Issue: 5 Pages: e202201657-e202201657

    • DOI

      10.26508/lsa.202201657

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dynamic Rearrangement and Directional Migration of Tubular Vacuoles are Required for the Asymmetric Division of the <i>Arabidopsis</i> Zygote2021

    • Author(s)
      Matsumoto Hikari、Kimata Yusuke、Higaki Takumi、Higashiyama Tetsuya、Ueda Minako
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 62 Issue: 8 Pages: 1280-1289

    • DOI

      10.1093/pcp/pcab075

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ゼニゴケ受精卵の細胞内動態から探る陸上植物の体軸形成機構の進化2023

    • Author(s)
      中村 聡汰、木全 祐資、佐藤 良勝、植田 美那子
    • Organizer
      日本植物生理学会 第64回年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ゼニゴケ受精卵におけるライブイメージング法の確立2023

    • Author(s)
      中村 聡汰、木全 祐資、佐藤 良勝、植田 美那子
    • Organizer
      日本植物生理学会 第64回年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] RNA-seq analysis for identification of novel regulators of asymmetric division of Arabidopsis zygote2022

    • Author(s)
      Yusuke Kimata, Naoya Shiraishi, Takamasa Suzuki, Miya Mizutani, Masahiro M. Kanaoka, Tetsuya Higashiyama, Minako Ueda
    • Organizer
      The 26th International Congress on Sexual Plant Reproduction
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞内動態に注目した受精卵の非対称分裂の制御機構の解析2021

    • Author(s)
      木全祐資,白石尚也,中村聡汰,鈴木孝征,水谷未耶,東山哲也,植田美那子
    • Organizer
      日本植物学会第85回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] ライブイメージング解析によるシロイヌナズナ受精卵の極性化過程の解明2021

    • Author(s)
      松本光梨,木全祐資,檜垣匠,東山哲也,植田美那子
    • Organizer
      日本植物学会第85回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 受精卵と初期胚における周期と変調から解き明かす植物の体軸形成機構2021

    • Author(s)
      植田美那子,小松大鳳,田中小百合,檜垣匠,松本光梨,木全祐資,鎌本直也,藤本 仰一,東山哲也
    • Organizer
      日本植物学会第85回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2024-01-30  

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