長鎖シークエンシング技術を利用した環状RNAの全長一発同定手法の開発

• Project/Area Number: 21K19238
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
• Research Institution: Hakodate Junior College
• Principal Investigator: 梅影 創 函館短期大学, 食物栄養学科, 講師(移行) (30419436)
• Project Period (FY): 2021-07-09 – 2024-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2021)
• Budget Amount: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000); Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000); Fiscal Year 2022: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000); Fiscal Year 2021: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
• Keywords: 環状RNA

Outline of Research at the Start

本研究では、細胞内に発現する環状RNAの全長を一気に精度よく決定するための実験手法および解析手法の確立を目的として、Oxford nanopore technology社のナノポアシーケンサーを用いたロングリードシーケンシング技術を利用し、１.環状RNA由来の繰り返し配列（コンカテマー）cDNAライブラリ調製方法の開発、２．ロングリードシーケンシングデータから環状RNA配列を検出する解析手法の確立、３．ロングリードシーケンシングでしか見つからない新規環状RNAの探索、を実施する。