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Search for Population Dynamics and Novel Epigenomic Regulations that Manipulate Bacterial Pathogenicity

Research Project

Project/Area Number 21K19376
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 49:Pathology, infection/immunology, and related fields
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Nakagawa Ichiro  京都大学, 医学研究科, 教授 (70294113)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 竹本 訓彦  国立研究開発法人国立国際医療研究センター, その他部局等, 上級研究員 (40546793)
Project Period (FY) 2021-07-09 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
KeywordsA群レンサ球菌 / 遺伝子変異 / ゼノファジー / 病原性の変化 / エピジェネティクス / 高病原化 / 莢膜 / メチル化酵素 / メチル化 / ポピュレーションダイナミクス
Outline of Research at the Start

本研究では、細菌のゲノムの特定の領域特異的に変異を起こすメカニズムについて、1) DNA修飾が単に部位特異的な修飾によって遺伝子発現の変化を誘導するだけでなく、変異導入を誘発することで高病原化を促すのか 2) 宿主生体内ではゲノム変異が高頻度で誘発されるのか、またそれがどこで起きるのか 3) 変異を誘発するような外的刺激は存在するのか、の3点について明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

Group A Streptococcus invades host cells and are recognized by xenophagy, but not all of the bacteria are eliminated, and some escape xenophagy degradation. Therefore, when the remaining bacteria were recovered from the infected cells and reinfected, we found that capsular production increased dramatically in some bacteria. We analyzed the gene mutation sites of these bacteria by short-read sequencing, and we found that the bacteria exposed to xenophagy showed a deleterious mutation that is not seen in xenophagy-deficient cells.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

細菌の病原性を大きく変化させる機構は、外来性遺伝子の獲得による構成遺伝子の変化だけでなく、点変異による遺伝子の変化やゲノム構造の変化を伴うリレンジメントなど様々な要因が考えられる。そのため、「病原性の変化」を遺伝子の違いから類推することが細菌学の主流な研究スタイルとなっていた。本研究によって、一部の細菌では集団内でメチル化パターンの異なる亜集団を持つことで様々なストレス環境下での生存確率を制御あるいは異なる役割を分担させるといった高度な生存戦略を取ることが明らかとなった。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (30 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 8 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Book (3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Complete Genome Sequences of Three Streptococcus ruminantium Strains Obtained from Endocarditis Lesions of Cattle in Japan2022

    • Author(s)
      Nomoto Ryohei、Ishida-Kuroki Kasumi、Tohya Mari、Nakagawa Ichiro、Sekizaki Tsutomu
    • Journal Title

      Microbiology Resource Announcements

      Volume: 11 Issue: 5 Pages: 01248-21

    • DOI

      10.1128/mra.01248-21

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Complete genome sequences of four Streptococcus parasuis strains obtained from saliva of domestic pigs in Japan.2022

    • Author(s)
      Nomoto R, Ishida-Kuroki K, Nakagawa I, Sekizaki T
    • Journal Title

      Microbiol Resour Announc

      Volume: 11 Issue: 2 Pages: 01245-21

    • DOI

      10.1128/mra.01245-21

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Guanylate-Binding Protein 1 Regulates Infection-Induced Autophagy through TBK1 Phosphorylation.2022

    • Author(s)
      Miyako Hikichi, Hirotaka Toh, Atsuko Minowa-Nozawa, Takashi Nozawa, Ichiro Nakagawa.
    • Journal Title

      Cell Microbiol

      Volume: 2022 Pages: 1-18

    • DOI

      10.1155/2022/8612113

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genomic dissection of the Vibrio cholerae O-serogroup global reference strains: reassessing our view of diversity and plasticity between two chromosomes2022

    • Author(s)
      Murase Kazunori、Arakawa Eiji、Izumiya Hidemasa、Iguchi Atsushi、Takemura Taichiro、Kikuchi Taisei、Nakagawa Ichiro、Thomson Nicholas R.、Ohnishi Makoto、Morita Masatomo
    • Journal Title

      Microbial Genomics

      Volume: 8 Issue: 8 Pages: 860-860

    • DOI

      10.1099/mgen.0.000860

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] FBXO2/SCF ubiquitin ligase complex directs xenophagy through recognizing bacterial surface glycan2021

    • Author(s)
      Yamada Akihiro、Hikichi Miyako、Nozawa Takashi、Nakagawa Ichiro
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 22 Issue: 11

    • DOI

      10.15252/embr.202152584

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Characterization of a putative maltodextrin-binding protein of Streptococcus pyogenes, SPs0871 and the development of a VHH inhibitor2021

    • Author(s)
      Yamawaki T, Nakakido M, Ujiie K, Aikawa C, Nakagawa I, Tsumoto K
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 6 Pages: 1-7

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.05.056

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      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Single-chain variable fragment (scFv) targeting streptolysin O controls group A Streptococcus infection.2021

    • Author(s)
      Aikawa C, Kawashima K, Fukuzaki C, Nakakido M, Murase K, Nozawa T, Tsumoto K, Nakagawa I
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 20 Pages: 177-183

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.06.021

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      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Intracellular Group A Streptococcus Induces Golgi Fragmentation To Impair Host Defenses through Streptolysin O and NAD-Glycohydrolase2021

    • Author(s)
      Nozawa Takashi、Iibushi Junpei、Toh Hirotaka、Minowa-Nozawa Atsuko、Murase Kazunori、Aikawa Chihiro、Nakagawa Ichiro
    • Journal Title

      mBio

      Volume: 12 Issue: 1

    • DOI

      10.1128/mbio.01974-20

    • NAID

      120006958085

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  • [Presentation] TBC1D18 regulates exocytic and endocytic trafficking of the invading Group A Streptococcus2023

    • Author(s)
      野澤 敦子,野澤 孝志,中川 一路
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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      飯伏 純平,野澤 孝志,中川 一路
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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    • Author(s)
      山脇 つくし,中木戸 誠,相川 知宏,Jose Caaveiro,中川 一路,津本 浩平
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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  • [Presentation] 2.発表標題 A 群レンサ球菌の金属恒常性タンパク質 AdcAII は亜鉛の獲得と病 原性に必要である2023

    • Author(s)
      相川 知宏,清水 玲秀,村瀬 一典,野澤 孝志,中川 一路
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌由来の細胞外小胞が A 群レンサ球菌に与える生物学的影響2023

    • Author(s)
      河岸 優,村瀬 一典,中川 一路
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Genome diversity of Streptococcus dysgalactiae and the evolutional process with host switching2023

    • Author(s)
      村瀬 一典,柘植 亮佑,中川 一路
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Cytokine-induced FBXO2 directs xenophagy against Group A Streptococcus in endothelial cells2023

    • Author(s)
      Min Wu,野澤孝志,中川一路
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] A hydroxamic acid derivative identified by biophysical technologies suppresses Streptococcus infections2022

    • Author(s)
      Nakagawa I., Nakakido M., Aikawa C., Shimomura T., Hoshino M., Nagatoishi S., Tsumoto K
    • Organizer
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC10)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A 群レンサ球菌によるオートファゴソーム膜傷害とその修復機構2022

    • Author(s)
      中川一路
    • Organizer
      第52回レンサ球菌シンポジウム
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌が産生する細胞外小胞を介した A 群レンサ球菌の細胞分裂障害2022

    • Author(s)
      河岸優、村瀬一典、中川一路
    • Organizer
      第52回レンサ球菌シンポジウム
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] A 群レンサ球菌の膜孔形成毒素によるゼノファジー回避機構と宿主膜修復機構の解析2022

    • Author(s)
      野澤孝志、中川一路
    • Organizer
      第33回日本生体防御学会学術総会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] A 群レンサ球菌によるゴルジ体の断片化は宿主細胞の膜輸送経路を破綻しサイトカインの分泌を低下させる2022

    • Author(s)
      飯伏純平、野澤孝志、中川一路
    • Organizer
      第33回日本生体防御学会学術総会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌由来の細胞外小胞がA群レンサ球菌に与える生物学的影響2022

    • Author(s)
      河岸優、村瀬一典、中川一路
    • Organizer
      第75回日本細菌学会関西支部会学術総会
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  • [Presentation] MntEを介した菌体内の金属ホメオスタシスの維持はA群レンサ球菌の生育や 病原性に寄与する2022

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      清水玲秀, 相川知宏, 村瀬一典, 野澤孝志, 中川一路
    • Organizer
      第75回日本細菌学会関西支部会学術総会
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  • [Presentation] Rab GTPase ネットワークが制御する細胞内膜輸送経路と細菌感染2022

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      野澤 孝志,村瀬 一典,中川 一路
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      第96回日本細菌学会総会
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    • Invited
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    • Author(s)
      中川一路
    • Organizer
      第94回日本細菌学会総会
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    • Author(s)
      相川 知宏,長門石 曉,中木戸 誠,妹尾 暁暢,星野 将人,野澤 孝志,村瀬 一典,津本 浩平,中川 一路
    • Organizer
      第94回日本細菌学会総会
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      野澤 孝志,中川 一路
    • Organizer
      第94回日本細菌学会総会
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    • Total Pages
      350
    • Publisher
      中山書店
    • ISBN
      9784521749556
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    • Publisher
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    • ISBN
      9784758104074
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    • Publisher
      ニューサイエンス
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  • [Remarks] 京都大学医学部微生物感染症学分野

    • URL

      http://www.bac.med.kyoto-u.ac.jp

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Published: 2021-07-13   Modified: 2024-01-30  

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