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Novel cancer diagnosis by highly sensitive fusion gene analysis using cell-free RNA in plasma

Research Project

Project/Area Number 21K20846
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section 0901:Oncology and related fields
Research InstitutionJuntendo University

Principal Investigator

Hasegawa Nobuhiko  順天堂大学, 医学部, 非常勤助教 (70909192)

Project Period (FY) 2021-08-30 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywordscell free RNA / 融合遺伝子 / 肺がん / 骨軟部腫瘍 / cell-free RNA / リキッドバイオプシー
Outline of Research at the Start

リキッドバイオプシーは、血液などの体液検体を用いて低侵襲かつ経時的なモニタリングが可能な次世代のがん病態解析法である。血液からがん由来物質を早期かつ高感度に検出することによって、肺がん・骨軟部腫瘍の診断や治療薬の選択が可能となる。しかしながら、現在、最も多く用いられているcell-free DNAを測定する手法では治療、診断に有効な融合遺伝子の検出率は十分ではない。この問題の解決に向けて、本研究ではcell-free RNAを用いて、融合遺伝子解析のフローの構築、臨床的有用性評価を行うことで、革新的ながん診断技術の開発とその臨床応用を進め、臨床医学基盤構築の基に患者生命予後改善を目指す。

Outline of Final Research Achievements

This study aims to improve the prognosis of all cancers, including lung cancer and bone and soft tissue tumors, by identifying fusion genes using blood samples from cancer patients, which has been difficult to do to date, with an accuracy equal to or greater than that of tumor tissue diagnosis. To solve this problem, we developed a protocol for fusion gene analysis using cell-free RNA (cfRNA) in plasma and examined its clinical usefulness in lung cancer and bone and soft tissue tumors. We verified a series of protocols and established a simple method for identifying fusion genes from cfRNA. We also identified fusion genes from actual clinical samples and found the possibility of minimally invasive diagnosis and disease evaluation for non-small cell lung cancer and Ewing's sarcoma.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

cfRNA解析を用いた融合遺伝子同定手法は、現在までに確立されておらず、現状のDNAベースの解析では有効な治療標的、組織診断に用いられる融合遺伝子の同定率は十分ではない。今回のcfRNAを用いた解析手法を用いて、血液検体からの肺がん、骨軟部腫瘍の融合遺伝子高感度解析により低侵襲での早期診断・治療モニタリングの可能性を得た。組織生検が困難な肺がん患者に対して、血液よりALK, ROS1, RET等の融合遺伝子を同定することができれば、適切な分子標的治療薬を用いることができる。また、早期診断、病勢に応じての早期の治療介入によって、肺がんや骨軟部腫瘍患者の予後改善に繋がる可能性がある。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] Highly sensitive fusion detection using plasma cell-free RNA in non-small-cell lung cancers.2021

    • Author(s)
      Hasegawa N, Kohsaka S, Kurokawa K, Shinno Y, Takeda Nakamura I, Ueno T, Kojima S, Kawazu M, Suehara Y, Ishijima M, Goto Y, Kojima Y, Yonemori K, Hayashi T, Saito T, Shukuya T, Takahashi F, Takahashi K, Mano H.
    • Journal Title

      Cancer Sci

      Volume: 112 Issue: 10 Pages: 4393-4403

    • DOI

      10.1111/cas.15084

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 肉腫における診断および治療モニタリングツールとしての血漿中のcell-free RNAの可能性2023

    • Author(s)
      古川 直樹, 長谷川 延彦, 窪田 大介, 中村 泰大, 佐々 恵太, 岩田 慎太郎, 川井 章, 齋藤 剛, 高木 辰哉, 石島 旨章
    • Organizer
      第96回日本整形外科学会学術総会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Ewing肉腫における血漿中のcell-free RNAを用いた高感度融合遺伝子解析2022

    • Author(s)
      長谷川 延彦, 高阪 真路, 岩田 慎太郎, 川井 章, 齋藤 剛, 佐々 恵太, 窪田 大介, 末原 義之, 高木 辰哉, 間野 博行, 石島 旨章
    • Organizer
      第95回日本整形外科学会学術総会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] ユーイング肉腫における診断・治療モニタリングツールとしての血漿中のcell-free RNAの可能性2022

    • Author(s)
      長谷川 延彦, 窪田 大介, 高木 辰哉, 齋藤 剛, 岩田 慎太郎, 川井 章, 高阪 真路, 間野 博行
    • Organizer
      第81回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 血漿セルフリーRNAを用いた融合遺伝子診断2022

    • Author(s)
      長谷川延彦
    • Organizer
      第6回リキッドバイオプシー研究会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Highly sensitive fusion detection using plasma cell-free RNA in non-small-cell lung cancers.2021

    • Author(s)
      Nobuhiko Hasegawa, Shinji Kohsaka, Ikuko Takeda Nakamura, Toshihide Ueno, Masahito Kawazu, Yoshiyuki Suehara, Yasushi Goto, Kan Yonemori, Takuo Hayashi, Fumiyuki Takahashi, Kazuhisa Takahashi, Hiroyuki Mano
    • Organizer
      第80回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2021 Research-status Report

URL: 

Published: 2021-10-22   Modified: 2025-01-30  

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